plugins/base1/se.lu.onk.Center/trunk/src/center/Spot.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
142 10 Aug 06 enell 1 /*
875 05 Dec 08 jari 2  * $Id$
875 05 Dec 08 jari 3  *
142 10 Aug 06 enell 4  * Copyright (C) 2006 Johan Enell
875 05 Dec 08 jari 5  * Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
875 05 Dec 08 jari 6
875 05 Dec 08 jari 7  * This file is part of the se.lu.onk.Center plug-in for
875 05 Dec 08 jari 8  * BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site
875 05 Dec 08 jari 9  * is http://base.thep.lu.se
875 05 Dec 08 jari 10
875 05 Dec 08 jari 11  * This is free software; you can redistribute it and/or modify it
875 05 Dec 08 jari 12  * under the terms of the GNU General Public License as published by
875 05 Dec 08 jari 13  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
875 05 Dec 08 jari 14  * (at your option) any later version.
875 05 Dec 08 jari 15
875 05 Dec 08 jari 16  * The software is distributed in the hope that it will be useful, but
875 05 Dec 08 jari 17  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
875 05 Dec 08 jari 18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
875 05 Dec 08 jari 19  * General Public License for more details.
875 05 Dec 08 jari 20
142 10 Aug 06 enell 21  * You should have received a copy of the GNU General Public License
875 05 Dec 08 jari 22  * along with this software. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
142 10 Aug 06 enell 23  */
875 05 Dec 08 jari 24
142 10 Aug 06 enell 25 package center;
142 10 Aug 06 enell 26
142 10 Aug 06 enell 27 public class Spot
142 10 Aug 06 enell 28 {
142 10 Aug 06 enell 29
142 10 Aug 06 enell 30   private int position;
142 10 Aug 06 enell 31
142 10 Aug 06 enell 32   private int reporter;
142 10 Aug 06 enell 33
142 10 Aug 06 enell 34   private float[] int2;
142 10 Aug 06 enell 35
142 10 Aug 06 enell 36   private float[] int1;
142 10 Aug 06 enell 37
142 10 Aug 06 enell 38   public Spot(int position, int reporter, int nbrOfAssays)
142 10 Aug 06 enell 39   {
142 10 Aug 06 enell 40     this.position = position;
142 10 Aug 06 enell 41     this.reporter = reporter;
142 10 Aug 06 enell 42     this.int1 = new float[nbrOfAssays];
142 10 Aug 06 enell 43     this.int2 = new float[nbrOfAssays];
142 10 Aug 06 enell 44   }
142 10 Aug 06 enell 45
142 10 Aug 06 enell 46   public void setInt1(float i1, int assay)
142 10 Aug 06 enell 47   {
142 10 Aug 06 enell 48     int1[assay] = i1;
142 10 Aug 06 enell 49   }
142 10 Aug 06 enell 50
142 10 Aug 06 enell 51   public void setInt2(float i2, int assay)
142 10 Aug 06 enell 52   {
142 10 Aug 06 enell 53     int2[assay] = assay;
142 10 Aug 06 enell 54   }
142 10 Aug 06 enell 55
142 10 Aug 06 enell 56   public void setM(float M, int i)
142 10 Aug 06 enell 57   {
142 10 Aug 06 enell 58     setRatio((float) Math.pow(2, M), i);
142 10 Aug 06 enell 59   }
142 10 Aug 06 enell 60
142 10 Aug 06 enell 61   public void setRatio(float ratio, int i)
142 10 Aug 06 enell 62   {
142 10 Aug 06 enell 63     float A = getA(i);
142 10 Aug 06 enell 64     double ten_pow_2A = Math.pow(10, 2 * A); //10 ^ 2*A
142 10 Aug 06 enell 65
142 10 Aug 06 enell 66     // sqrt(10^2*A * ratio)
142 10 Aug 06 enell 67     setInt1((float) Math.sqrt(ten_pow_2A * ratio), i);
142 10 Aug 06 enell 68     // sqrt(10^2*A / ratio)
142 10 Aug 06 enell 69     setInt2((float) Math.sqrt(ten_pow_2A / ratio), i); 
142 10 Aug 06 enell 70   }
142 10 Aug 06 enell 71
142 10 Aug 06 enell 72   public int getPos()
142 10 Aug 06 enell 73   {
142 10 Aug 06 enell 74     return position;
142 10 Aug 06 enell 75   }
142 10 Aug 06 enell 76
142 10 Aug 06 enell 77   public int getReporter()
142 10 Aug 06 enell 78   {
142 10 Aug 06 enell 79     return reporter;
142 10 Aug 06 enell 80   }
142 10 Aug 06 enell 81
142 10 Aug 06 enell 82   public float getInt1(int j)
142 10 Aug 06 enell 83   {
142 10 Aug 06 enell 84     return int1[j];
142 10 Aug 06 enell 85   }
142 10 Aug 06 enell 86
142 10 Aug 06 enell 87   public float getInt2(int j)
142 10 Aug 06 enell 88   {
142 10 Aug 06 enell 89     return int2[j];
142 10 Aug 06 enell 90   }
142 10 Aug 06 enell 91
142 10 Aug 06 enell 92   /**
142 10 Aug 06 enell 93    * Returns M as log2(intensity1 / intenisity2)
142 10 Aug 06 enell 94    * 
142 10 Aug 06 enell 95    * @return
142 10 Aug 06 enell 96    */
142 10 Aug 06 enell 97   public float getM(int i)
142 10 Aug 06 enell 98   {
142 10 Aug 06 enell 99     return (float) (Math.log(getRatio(i)) / Math.log(2));
142 10 Aug 06 enell 100   }
142 10 Aug 06 enell 101
142 10 Aug 06 enell 102   /**
142 10 Aug 06 enell 103    * Returns A as log10(sqrt(intensity1 * intensity2))
142 10 Aug 06 enell 104    * 
142 10 Aug 06 enell 105    * @return
142 10 Aug 06 enell 106    */
142 10 Aug 06 enell 107   public float getA(int i)
142 10 Aug 06 enell 108   {
142 10 Aug 06 enell 109     return (float) (Math.log(Math.sqrt(getInt1(i) * getInt2(i))) / Math.log(10));
142 10 Aug 06 enell 110   }
142 10 Aug 06 enell 111
142 10 Aug 06 enell 112   /**
142 10 Aug 06 enell 113    * Returns retio as intensity1 / intensity2
142 10 Aug 06 enell 114    * 
142 10 Aug 06 enell 115    * @return
142 10 Aug 06 enell 116    */
142 10 Aug 06 enell 117   public float getRatio(int i)
142 10 Aug 06 enell 118   {
142 10 Aug 06 enell 119     return getInt1(i) / getInt2(i);
142 10 Aug 06 enell 120   }
142 10 Aug 06 enell 121
142 10 Aug 06 enell 122   public boolean isValid(int i)
142 10 Aug 06 enell 123   {
142 10 Aug 06 enell 124     return !Float.isNaN(getInt1(i)) && !Float.isNaN(getInt2(i));
142 10 Aug 06 enell 125   }
142 10 Aug 06 enell 126 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:30 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)