plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/BioAssay_point.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
783 18 Sep 08 jari 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
783 18 Sep 08 jari 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5
783 18 Sep 08 jari 6   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 7   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 8   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 9
783 18 Sep 08 jari 10   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 11   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 12   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 13   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 14
783 18 Sep 08 jari 15   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 16   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 18   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 19
783 18 Sep 08 jari 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 22 */
96 06 Apr 06 enell 23 package mergebioassay;
6 10 Oct 05 enell 24
6 10 Oct 05 enell 25 /**
6 10 Oct 05 enell 26  * A simple class that wraps a BioAssay_point. It holds the basic values a BioAssay_point 
6 10 Oct 05 enell 27  * has, which is reporter, position, intenisty1 and intensity2.  
6 10 Oct 05 enell 28  * 
6 10 Oct 05 enell 29  * @author Johan Enell
6 10 Oct 05 enell 30  */
6 10 Oct 05 enell 31 public class BioAssay_point {
6 10 Oct 05 enell 32   public int reporter, position;
6 10 Oct 05 enell 33   public float int1, int2;
6 10 Oct 05 enell 34
6 10 Oct 05 enell 35   /**
6 10 Oct 05 enell 36    * Will constuct a new BioAssay_point.
6 10 Oct 05 enell 37    * 
6 10 Oct 05 enell 38    * @param position the position of the point
6 10 Oct 05 enell 39    * @param reporter the reorter id of the point
6 10 Oct 05 enell 40    * @param int1 intensity 1 of the point
6 10 Oct 05 enell 41    * @param int2 intensity 2 of the point
6 10 Oct 05 enell 42    */
6 10 Oct 05 enell 43   public BioAssay_point(int position, int reporter, float int1, float int2) {
6 10 Oct 05 enell 44     this.position = position;
6 10 Oct 05 enell 45     this.reporter = reporter;
6 10 Oct 05 enell 46     this.int1 = int1;
6 10 Oct 05 enell 47     this.int2 = int2;
6 10 Oct 05 enell 48   }
6 10 Oct 05 enell 49
6 10 Oct 05 enell 50   /**
6 10 Oct 05 enell 51    * Will calculate the ration of the point
6 10 Oct 05 enell 52    * 
6 10 Oct 05 enell 53    * @return the ratio of the point, -1 if one of the intensities is 0 or less.
6 10 Oct 05 enell 54    */
6 10 Oct 05 enell 55   public float ratio() {
6 10 Oct 05 enell 56     return (int1 > 0 && int2 > 0) ? int1 / int2 : -1;
6 10 Oct 05 enell 57   }
6 10 Oct 05 enell 58 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:39 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)