plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/MergeBioAssay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
783 18 Sep 08 jari 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
149 10 Aug 06 enell 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5   Copyright (C) 2008 Jari H√§kkinen
783 18 Sep 08 jari 6   
783 18 Sep 08 jari 7   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 8   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 9   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 10
783 18 Sep 08 jari 11   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 12   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 13   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 14   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 15
783 18 Sep 08 jari 16   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 17   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 19   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 20
783 18 Sep 08 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 23 */
149 10 Aug 06 enell 24 package mergebioassay;
149 10 Aug 06 enell 25
149 10 Aug 06 enell 26 import java.io.File;
149 10 Aug 06 enell 27 import java.io.FileNotFoundException;
149 10 Aug 06 enell 28 import java.io.FileOutputStream;
149 10 Aug 06 enell 29 import java.io.IOException;
149 10 Aug 06 enell 30 import java.io.PrintStream;
149 10 Aug 06 enell 31 import java.util.ArrayList;
149 10 Aug 06 enell 32 import java.util.HashMap;
149 10 Aug 06 enell 33 import java.util.Iterator;
149 10 Aug 06 enell 34 import java.util.List;
149 10 Aug 06 enell 35
149 10 Aug 06 enell 36 import java.io.FileInputStream;
149 10 Aug 06 enell 37
149 10 Aug 06 enell 38 import mergebioassay.mergers.ArithmeticIntensityMerger;
149 10 Aug 06 enell 39 import mergebioassay.mergers.ArithmeticRatioMerger;
149 10 Aug 06 enell 40 import mergebioassay.mergers.BadPatternException;
149 10 Aug 06 enell 41 import mergebioassay.mergers.GeometricRatioMerger;
149 10 Aug 06 enell 42 import mergebioassay.mergers.Merge_assay;
149 10 Aug 06 enell 43 import mergebioassay.mergers.Merger;
149 10 Aug 06 enell 44 import mergebioassay.mergers.RatioRatioMerger;
149 10 Aug 06 enell 45
149 10 Aug 06 enell 46 import basefile.BASEFileException;
149 10 Aug 06 enell 47 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 48 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 49 import basefile.BadSectionException;
149 10 Aug 06 enell 50
149 10 Aug 06 enell 51 /**
149 10 Aug 06 enell 52  * @author Johan Enell
149 10 Aug 06 enell 53  * 
149 10 Aug 06 enell 54  * Merge bioassays is a plugin created for the database BASE and is designed
149 10 Aug 06 enell 55  * for merging bioassays. There are four merging method implemented in this
149 10 Aug 06 enell 56  * version which are using both arithmetic and geometric mean to calculte the
149 10 Aug 06 enell 57  * numbers. They will also allow the choice to calculate the mean from the
149 10 Aug 06 enell 58  * intensities or form raito.
149 10 Aug 06 enell 59  */
149 10 Aug 06 enell 60 public class MergeBioAssay
149 10 Aug 06 enell 61 {
149 10 Aug 06 enell 62   private final int GEOMETRIC_RATIO = 0, ARITHMETIC_RATIO = 1,
149 10 Aug 06 enell 63       ARITHMETIC_INT = 2, RATIO_RATIO = 3;
149 10 Aug 06 enell 64
149 10 Aug 06 enell 65   private String param_newname = "";
149 10 Aug 06 enell 66
149 10 Aug 06 enell 67   private String param_assayname = "%1";
149 10 Aug 06 enell 68
149 10 Aug 06 enell 69   private String param_group = "%1";
149 10 Aug 06 enell 70
149 10 Aug 06 enell 71   private String param_annType = "";
149 10 Aug 06 enell 72
149 10 Aug 06 enell 73   private String param_annValue = "";
149 10 Aug 06 enell 74
149 10 Aug 06 enell 75   private String param_ratio = "";
149 10 Aug 06 enell 76
149 10 Aug 06 enell 77   private int param_mergeMethod = GEOMETRIC_RATIO;
149 10 Aug 06 enell 78
149 10 Aug 06 enell 79   private int nbrOfGroups = -1;
149 10 Aug 06 enell 80
149 10 Aug 06 enell 81   private int sortnbr = 1;
149 10 Aug 06 enell 82
149 10 Aug 06 enell 83   private boolean annSort = false;
149 10 Aug 06 enell 84
149 10 Aug 06 enell 85   private String ratio = "";
149 10 Aug 06 enell 86
149 10 Aug 06 enell 87   private String ratioNumerator = "";
149 10 Aug 06 enell 88
149 10 Aug 06 enell 89   private String ratioDenominator = "";
149 10 Aug 06 enell 90
149 10 Aug 06 enell 91   private NoGroup noGroup = new NoGroup();
149 10 Aug 06 enell 92
149 10 Aug 06 enell 93   private HashMap<String, List<Merge_assay>> assayGroups = new HashMap<String, List<Merge_assay>>();
149 10 Aug 06 enell 94
149 10 Aug 06 enell 95   /**
149 10 Aug 06 enell 96    * SmoothMain method for the plugin.
149 10 Aug 06 enell 97    * 
149 10 Aug 06 enell 98    * @param args
149 10 Aug 06 enell 99    */
149 10 Aug 06 enell 100   public static void main(String[] args)
149 10 Aug 06 enell 101   {
149 10 Aug 06 enell 102     if (args.length == 1)
149 10 Aug 06 enell 103     {
149 10 Aug 06 enell 104       try
149 10 Aug 06 enell 105       {
149 10 Aug 06 enell 106         System.setIn(new FileInputStream("stdin.txt"));
149 10 Aug 06 enell 107         System.setOut(new PrintStream(new FileOutputStream("stdout.txt")));
149 10 Aug 06 enell 108       }
149 10 Aug 06 enell 109       catch (FileNotFoundException fnfe)
149 10 Aug 06 enell 110       {
149 10 Aug 06 enell 111         fnfe.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 112       }
149 10 Aug 06 enell 113     }
149 10 Aug 06 enell 114
149 10 Aug 06 enell 115     MergeBioAssay merge = new MergeBioAssay();
149 10 Aug 06 enell 116     try
149 10 Aug 06 enell 117     {
149 10 Aug 06 enell 118       BASEFileReader reader = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
149 10 Aug 06 enell 119       BASEFileSection section = null;
149 10 Aug 06 enell 120
149 10 Aug 06 enell 121       section = reader.readSection(true);
149 10 Aug 06 enell 122       if (section.isType("merge_bioassays settings"))
149 10 Aug 06 enell 123       {
149 10 Aug 06 enell 124         merge.extractSettings(section);
149 10 Aug 06 enell 125       }
149 10 Aug 06 enell 126
149 10 Aug 06 enell 127       section = reader.readSection();
149 10 Aug 06 enell 128       if (section.isType("assays"))
149 10 Aug 06 enell 129       {
149 10 Aug 06 enell 130         merge.extractAssays(section, reader);
149 10 Aug 06 enell 131       }
149 10 Aug 06 enell 132
149 10 Aug 06 enell 133       section = reader.readSection();
149 10 Aug 06 enell 134       if (section.isType("spots"))
149 10 Aug 06 enell 135       {
149 10 Aug 06 enell 136         merge.mergeSpots(section, reader);
149 10 Aug 06 enell 137       }
149 10 Aug 06 enell 138
149 10 Aug 06 enell 139       if (!merge.noGroup.isEmpty())
149 10 Aug 06 enell 140       {
149 10 Aug 06 enell 141         System.setIn(new FileInputStream("stdin.txt"));
149 10 Aug 06 enell 142         reader = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
149 10 Aug 06 enell 143         section = reader.readSection();
149 10 Aug 06 enell 144         while (section != null)
149 10 Aug 06 enell 145         {
149 10 Aug 06 enell 146           if (section.isType("spots"))
149 10 Aug 06 enell 147           {
149 10 Aug 06 enell 148             merge.noGroup.printNoGroup(section, reader);
149 10 Aug 06 enell 149             break;
149 10 Aug 06 enell 150           }
149 10 Aug 06 enell 151           else
149 10 Aug 06 enell 152             section = reader.readSection();
149 10 Aug 06 enell 153         }
149 10 Aug 06 enell 154       }
149 10 Aug 06 enell 155
149 10 Aug 06 enell 156       System.setOut(new PrintStream(new FileOutputStream("report.htm")));
149 10 Aug 06 enell 157
149 10 Aug 06 enell 158       System.out.println("<html><head><title>Report from merge</title></head>\n<body>");
149 10 Aug 06 enell 159       System.out.println("<big>Parameters</big>");
149 10 Aug 06 enell 160       System.out.println("<table border=\"0\">");
149 10 Aug 06 enell 161       System.out.println("<tr>\n<td>assayname\n<td>" + merge.param_assayname);
149 10 Aug 06 enell 162       System.out.println("<tr>\n<td>group\n<td>" + merge.param_group);
149 10 Aug 06 enell 163       System.out.println("<tr>\n<td>newname\n<td>" + merge.param_newname);
149 10 Aug 06 enell 164       System.out.println("<tr>\n<td>ratio\n<td>" + merge.param_ratio);
149 10 Aug 06 enell 165       System.out.println("<tr>\n<td>mergeMethod\n<td>" + merge.param_mergeMethod);
149 10 Aug 06 enell 166       System.out.println("<tr>\n<td>annType\n<td>" + merge.param_annType);
149 10 Aug 06 enell 167       System.out.println("<tr>\n<td>annValue\n<td>" + merge.param_annValue);
149 10 Aug 06 enell 168       System.out.println("</table>");
149 10 Aug 06 enell 169
149 10 Aug 06 enell 170       System.out.println("<br>");
149 10 Aug 06 enell 171       System.out.println("<big>Groups</big>");
149 10 Aug 06 enell 172       System.out.println("<table border=\"1\">");
149 10 Aug 06 enell 173       for (String key : merge.assayGroups.keySet())
149 10 Aug 06 enell 174       {
149 10 Aug 06 enell 175         System.out.println("<tr>\n<td>" + merge.param_newname + key + "\n<td>");
149 10 Aug 06 enell 176
149 10 Aug 06 enell 177         List<Merge_assay> group = merge.assayGroups.get(key);
149 10 Aug 06 enell 178         for (int i = 0; i < group.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 179         {
149 10 Aug 06 enell 180           BioAssay tmp = group.get(i);
149 10 Aug 06 enell 181           System.out.println(tmp.name + "<br>");
149 10 Aug 06 enell 182         }
149 10 Aug 06 enell 183       }
149 10 Aug 06 enell 184       if (!merge.noGroup.isEmpty())
149 10 Aug 06 enell 185       {
149 10 Aug 06 enell 186         System.out.println("<tr>\n<td>noGroup<td>");
149 10 Aug 06 enell 187         for (int i = 0; i < merge.noGroup.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 188         {
149 10 Aug 06 enell 189           BioAssay tmp = merge.noGroup.get(i);
149 10 Aug 06 enell 190           System.out.print(tmp.name + "<br>");
149 10 Aug 06 enell 191         }
149 10 Aug 06 enell 192       }
149 10 Aug 06 enell 193       System.out.println("</table>");
149 10 Aug 06 enell 194
149 10 Aug 06 enell 195     }
149 10 Aug 06 enell 196     catch (BASEFileException e)
149 10 Aug 06 enell 197     {
149 10 Aug 06 enell 198       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 199     }
149 10 Aug 06 enell 200     catch (IOException e)
149 10 Aug 06 enell 201     {
149 10 Aug 06 enell 202       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 203     }
149 10 Aug 06 enell 204   }
149 10 Aug 06 enell 205
149 10 Aug 06 enell 206   /**
149 10 Aug 06 enell 207    * Will read the parameters from the baseFile.
149 10 Aug 06 enell 208    * 
149 10 Aug 06 enell 209    * @param section - the section from where the parameters will be read
149 10 Aug 06 enell 210    * @return true if the parameters was read without any problems
149 10 Aug 06 enell 211    */
149 10 Aug 06 enell 212   private boolean extractSettings(BASEFileSection section)
149 10 Aug 06 enell 213   {
149 10 Aug 06 enell 214     param_assayname = section.findStringOpt("assayname");
149 10 Aug 06 enell 215     param_group = section.findStringOpt("group");
149 10 Aug 06 enell 216     param_ratio = section.findStringOpt("ratio");
149 10 Aug 06 enell 217     param_newname = section.findStringOpt("newname");
149 10 Aug 06 enell 218     param_mergeMethod = section.findIntOpt("mergeMethod");
149 10 Aug 06 enell 219     param_annType = section.findStringOpt("annType");
149 10 Aug 06 enell 220     param_annValue = section.findStringOpt("annValue");
149 10 Aug 06 enell 221
149 10 Aug 06 enell 222     if (param_group.matches("%\\d"))
149 10 Aug 06 enell 223     {
149 10 Aug 06 enell 224       if (!param_assayname.matches(".*" + param_group + ".*"))
149 10 Aug 06 enell 225       {
149 10 Aug 06 enell 226         System.err.println("MergeBioAssay.extractSettings(BASEFileSection section)");
149 10 Aug 06 enell 227         System.err.println("Bad argument <sort>: Cant find " + param_group + " in assayname");
149 10 Aug 06 enell 228         System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 229       }
149 10 Aug 06 enell 230
149 10 Aug 06 enell 231       sortnbr = param_group.charAt(1) - 48;
149 10 Aug 06 enell 232     }
149 10 Aug 06 enell 233     else
149 10 Aug 06 enell 234     {
149 10 Aug 06 enell 235       sortnbr = 10;
149 10 Aug 06 enell 236       annSort = true;
149 10 Aug 06 enell 237     }
149 10 Aug 06 enell 238
149 10 Aug 06 enell 239     if (param_mergeMethod == RATIO_RATIO)
149 10 Aug 06 enell 240     {
149 10 Aug 06 enell 241       if (!param_ratio.equals(""))
149 10 Aug 06 enell 242       {
149 10 Aug 06 enell 243         String[] tmp = split(param_ratio, param_ratio.charAt(param_ratio.length() - 1));
149 10 Aug 06 enell 244
149 10 Aug 06 enell 245         if (tmp.length != 3)
149 10 Aug 06 enell 246         {
149 10 Aug 06 enell 247           System.err.println("MergeBioAssay.extractSettings(BASEFileSection section)");
149 10 Aug 06 enell 248           System.err.println("Invalid format of argument <ratio>");
149 10 Aug 06 enell 249           System.err.println("Must be <ratio>|<numerator>|<denominator>|");
149 10 Aug 06 enell 250           System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 251         }
149 10 Aug 06 enell 252         ratio = tmp[0];
149 10 Aug 06 enell 253         ratioNumerator = tmp[1];
149 10 Aug 06 enell 254         ratioDenominator = tmp[2];
149 10 Aug 06 enell 255       }
149 10 Aug 06 enell 256       else if (!param_annType.equals("") && !param_annValue.equals(""))
149 10 Aug 06 enell 257       {
149 10 Aug 06 enell 258         String[] tmp = split(param_annValue, param_annValue.charAt(param_annValue.length() - 1));
149 10 Aug 06 enell 259         if (tmp.length != 2)
149 10 Aug 06 enell 260         {
149 10 Aug 06 enell 261           System.err.println("MergeBioAssay.extractSettings(BASEFileSection section)");
149 10 Aug 06 enell 262           System.err.println("Invalid format of argument annValue");
149 10 Aug 06 enell 263           System.err.println("Can not use delimiter " + param_annValue.charAt(param_annValue.length() - 1));
149 10 Aug 06 enell 264           System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 265         }
149 10 Aug 06 enell 266         ratio = param_annType;
149 10 Aug 06 enell 267         ratioNumerator = tmp[0];
149 10 Aug 06 enell 268         ratioDenominator = tmp[1];
149 10 Aug 06 enell 269       }
149 10 Aug 06 enell 270       else
149 10 Aug 06 enell 271       {
149 10 Aug 06 enell 272         System.err.println("MergeBioAssay.extractSettings(BASEFileSection section)");
149 10 Aug 06 enell 273         System.err.println("Merge method 'ratio of ratio' chosen but ratio or annotation type is left blank");
149 10 Aug 06 enell 274         System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 275       }
149 10 Aug 06 enell 276     }
149 10 Aug 06 enell 277
149 10 Aug 06 enell 278     if (param_group.equals(ratio))
149 10 Aug 06 enell 279     {
149 10 Aug 06 enell 280       System.err.println("You have the same sort as ratio. This will create crazy values.");
149 10 Aug 06 enell 281     }
149 10 Aug 06 enell 282     return true;
149 10 Aug 06 enell 283   }
149 10 Aug 06 enell 284
149 10 Aug 06 enell 285   /**
149 10 Aug 06 enell 286    * Will read the assay from the baseFile
149 10 Aug 06 enell 287    * 
149 10 Aug 06 enell 288    * @param section - the section to be read. Must have type "assays"
149 10 Aug 06 enell 289    * @param reader - the reader where the section data is located
149 10 Aug 06 enell 290    * @return true if the baseFile is read without any problems
149 10 Aug 06 enell 291    */
149 10 Aug 06 enell 292   private boolean extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 293   {
149 10 Aug 06 enell 294     int idCol, nameCol, sortCol, nbr = -1, ratioCol = -1;
149 10 Aug 06 enell 295
149 10 Aug 06 enell 296     List<String> columns = section.findFieldList("columns");
149 10 Aug 06 enell 297     if (columns == null)
149 10 Aug 06 enell 298     {
149 10 Aug 06 enell 299       System.err.println("MergeBioAssay.extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)");
149 10 Aug 06 enell 300       System.err.println("Missing header columns in section assays");
149 10 Aug 06 enell 301       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 302     }
149 10 Aug 06 enell 303
149 10 Aug 06 enell 304     idCol = columns.indexOf("id");
149 10 Aug 06 enell 305     nameCol = columns.indexOf("name");
149 10 Aug 06 enell 306     if (idCol == -1 || nameCol == -1)
149 10 Aug 06 enell 307     {
149 10 Aug 06 enell 308       System.err.println("MergeBioAssay.extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)");
149 10 Aug 06 enell 309       System.err.println("Missing id/name in section assays");
149 10 Aug 06 enell 310       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 311     }
149 10 Aug 06 enell 312
149 10 Aug 06 enell 313     sortCol = columns.indexOf(param_group);
149 10 Aug 06 enell 314     if (annSort && sortCol == -1)
149 10 Aug 06 enell 315     {
149 10 Aug 06 enell 316       System.err.println("MergeBioAssay.extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)");
149 10 Aug 06 enell 317       System.err.println("Missing " + param_group + " in section assays\n");
149 10 Aug 06 enell 318       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 319     }
149 10 Aug 06 enell 320
149 10 Aug 06 enell 321     if (param_mergeMethod == RATIO_RATIO)
149 10 Aug 06 enell 322     {
149 10 Aug 06 enell 323
149 10 Aug 06 enell 324       if (ratio.matches("%\\d"))
149 10 Aug 06 enell 325       {
149 10 Aug 06 enell 326         nbr = ratio.charAt(1) - 48;
149 10 Aug 06 enell 327       }
149 10 Aug 06 enell 328       else
149 10 Aug 06 enell 329       {
149 10 Aug 06 enell 330         ratioCol = columns.indexOf(ratio);
149 10 Aug 06 enell 331         if (ratioCol == -1)
149 10 Aug 06 enell 332         {
149 10 Aug 06 enell 333           System.err.println("MergeBioAssay.extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)");
149 10 Aug 06 enell 334           System.err.println("Ratio error: Cant find annotation type " + ratio);
149 10 Aug 06 enell 335           System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 336         }
149 10 Aug 06 enell 337       }
149 10 Aug 06 enell 338     }
149 10 Aug 06 enell 339
149 10 Aug 06 enell 340     try
149 10 Aug 06 enell 341     {
149 10 Aug 06 enell 342       String[] vals = reader.readDataRow(columns.size());
149 10 Aug 06 enell 343       while (vals != null)
149 10 Aug 06 enell 344       {
149 10 Aug 06 enell 345         Merge_assay tmp = new Merge_assay(vals[idCol], vals[nameCol]);
149 10 Aug 06 enell 346         if (annSort)
149 10 Aug 06 enell 347           tmp.v[sortnbr] = vals[sortCol];
149 10 Aug 06 enell 348         if (param_mergeMethod == RATIO_RATIO)
149 10 Aug 06 enell 349         {
149 10 Aug 06 enell 350           if (ratioCol != -1)
149 10 Aug 06 enell 351             tmp.v[11] = vals[ratioCol];
149 10 Aug 06 enell 352           else if (nbr != -1)
149 10 Aug 06 enell 353           {
149 10 Aug 06 enell 354             tmp.parse_name(param_assayname);
149 10 Aug 06 enell 355             tmp.v[11] = tmp.v[nbr];
149 10 Aug 06 enell 356           }
149 10 Aug 06 enell 357         }
149 10 Aug 06 enell 358
149 10 Aug 06 enell 359         // sort the data into the right group.
149 10 Aug 06 enell 360         // if the assay lacks sort value (ie. sortvalue == "")
149 10 Aug 06 enell 361         // the data is placed in noGroup
149 10 Aug 06 enell 362         //  && (annType.isEmpty() || annType.contains(tmp.v[sortnbr]))
149 10 Aug 06 enell 363         if (annSort || tmp.parse_name(param_assayname))
149 10 Aug 06 enell 364         {
149 10 Aug 06 enell 365           if (tmp.v[sortnbr] != null)
149 10 Aug 06 enell 366           {
149 10 Aug 06 enell 367             List<Merge_assay> vec = assayGroups.get(tmp.v[sortnbr]);
149 10 Aug 06 enell 368             if (vec == null)
149 10 Aug 06 enell 369             {
149 10 Aug 06 enell 370               vec = new ArrayList<Merge_assay>();
149 10 Aug 06 enell 371               vec.add(tmp);
149 10 Aug 06 enell 372               assayGroups.put(tmp.v[sortnbr], vec);
149 10 Aug 06 enell 373             }
149 10 Aug 06 enell 374             else
149 10 Aug 06 enell 375               vec.add(tmp);
149 10 Aug 06 enell 376           }
149 10 Aug 06 enell 377           else
149 10 Aug 06 enell 378           {
149 10 Aug 06 enell 379             noGroup.add(tmp);
149 10 Aug 06 enell 380           }
149 10 Aug 06 enell 381         }
149 10 Aug 06 enell 382         else
149 10 Aug 06 enell 383         {
149 10 Aug 06 enell 384           noGroup.add(tmp);
149 10 Aug 06 enell 385         }
149 10 Aug 06 enell 386         vals = reader.readDataRow(columns.size());
149 10 Aug 06 enell 387       }
149 10 Aug 06 enell 388     }
149 10 Aug 06 enell 389     catch (BadSectionException e)
149 10 Aug 06 enell 390     {
149 10 Aug 06 enell 391       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 392       return false;
149 10 Aug 06 enell 393     }
149 10 Aug 06 enell 394     catch (BadPatternException e)
149 10 Aug 06 enell 395     {
149 10 Aug 06 enell 396       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 397       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 398     }
663 16 Apr 08 jari 399     catch (BASEFileException e)
149 10 Aug 06 enell 400     {
149 10 Aug 06 enell 401       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 402       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 403     }
149 10 Aug 06 enell 404
149 10 Aug 06 enell 405     if (noGroup.size() > 0)
149 10 Aug 06 enell 406     {
149 10 Aug 06 enell 407       System.err.println(noGroup.size() + " didn't match the assayname " + param_assayname);
149 10 Aug 06 enell 408     }
149 10 Aug 06 enell 409
149 10 Aug 06 enell 410     if (param_mergeMethod == RATIO_RATIO)
149 10 Aug 06 enell 411     {
149 10 Aug 06 enell 412       Iterator it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 413       Object key;
149 10 Aug 06 enell 414       while (it.hasNext())
149 10 Aug 06 enell 415 //      for (String key : assayGroups.keySet())
149 10 Aug 06 enell 416       {
149 10 Aug 06 enell 417         key = it.next();
149 10 Aug 06 enell 418         List<Merge_assay> group = assayGroups.get(key);
149 10 Aug 06 enell 419         if (group.size() != 2)
149 10 Aug 06 enell 420         {
149 10 Aug 06 enell 421           assayGroups.remove(key);
149 10 Aug 06 enell 422           noGroup.addAll(group);
149 10 Aug 06 enell 423           it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 424         }
149 10 Aug 06 enell 425         else
149 10 Aug 06 enell 426         {
149 10 Aug 06 enell 427           Merge_assay assay1 = group.get(0);
149 10 Aug 06 enell 428           Merge_assay assay2 = group.get(1);
149 10 Aug 06 enell 429
149 10 Aug 06 enell 430           if (!(assay1.v[11].equals(ratioNumerator) || assay1.v[11].equals(ratioDenominator)))
149 10 Aug 06 enell 431           {
149 10 Aug 06 enell 432             assayGroups.remove(key);
149 10 Aug 06 enell 433             noGroup.add(assay1);
149 10 Aug 06 enell 434             it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 435           }
149 10 Aug 06 enell 436           if (!(assay2.v[11].equals(ratioNumerator) || assay2.v[11].equals(ratioDenominator)))
149 10 Aug 06 enell 437           {
149 10 Aug 06 enell 438             assayGroups.remove(key);
149 10 Aug 06 enell 439             noGroup.add(assay2);
149 10 Aug 06 enell 440             it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 441           }
149 10 Aug 06 enell 442         }
149 10 Aug 06 enell 443       }
149 10 Aug 06 enell 444     }
149 10 Aug 06 enell 445
149 10 Aug 06 enell 446     nbrOfGroups = assayGroups.size();
149 10 Aug 06 enell 447     if (nbrOfGroups == 0)
149 10 Aug 06 enell 448     {
149 10 Aug 06 enell 449       System.err.print("No groups found");
149 10 Aug 06 enell 450       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 451     }
149 10 Aug 06 enell 452     return true;
149 10 Aug 06 enell 453   }
149 10 Aug 06 enell 454
149 10 Aug 06 enell 455   /**
149 10 Aug 06 enell 456    * Will read the spots from the baseFile
149 10 Aug 06 enell 457    * 
149 10 Aug 06 enell 458    * @param section - the section to be read. Must have type "spots"
149 10 Aug 06 enell 459    * @param reader - the reader where the section data is located
149 10 Aug 06 enell 460    * @return true if the baseFile is read without any problems
149 10 Aug 06 enell 461    */
149 10 Aug 06 enell 462   public boolean mergeSpots(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 463   {
149 10 Aug 06 enell 464
149 10 Aug 06 enell 465     System.out.print("BASEfile\n");
149 10 Aug 06 enell 466     System.out.print("section\tassays\n" + "count\t" + (nbrOfGroups + noGroup.size()) + "\n");
149 10 Aug 06 enell 467     System.out.print("columns\tid\tname\tparents\n");
149 10 Aug 06 enell 468     System.out.print("%\n");
149 10 Aug 06 enell 469     int assay_nbr = 1;
149 10 Aug 06 enell 470     for (String key : assayGroups.keySet())
149 10 Aug 06 enell 471     {
149 10 Aug 06 enell 472       System.out.print(assay_nbr++ + "\t" + param_newname);
149 10 Aug 06 enell 473       List<Merge_assay> group = assayGroups.get(key);
149 10 Aug 06 enell 474       for (int i = 0; i < group.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 475       {
149 10 Aug 06 enell 476         Merge_assay tmp = group.get(i);
149 10 Aug 06 enell 477         if (i != 0)
149 10 Aug 06 enell 478         {
149 10 Aug 06 enell 479           System.out.print("/");
149 10 Aug 06 enell 480         }
149 10 Aug 06 enell 481         else
149 10 Aug 06 enell 482         {
149 10 Aug 06 enell 483           System.out.print(tmp.v[sortnbr] + "\t");
149 10 Aug 06 enell 484         }
149 10 Aug 06 enell 485         System.out.print(tmp.id);
149 10 Aug 06 enell 486       }
149 10 Aug 06 enell 487       System.out.print("\n");
149 10 Aug 06 enell 488     }
149 10 Aug 06 enell 489
149 10 Aug 06 enell 490     for (int i = 0; i < noGroup.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 491     {
149 10 Aug 06 enell 492       BioAssay tmp = noGroup.get(i);
149 10 Aug 06 enell 493       System.out.print(tmp.id + "\t" + tmp.name + "\t" + tmp.id + "\n");
149 10 Aug 06 enell 494     }
149 10 Aug 06 enell 495     System.out.println();
149 10 Aug 06 enell 496
149 10 Aug 06 enell 497     Merger m = null;
149 10 Aug 06 enell 498     switch (param_mergeMethod)
149 10 Aug 06 enell 499     {
149 10 Aug 06 enell 500       case GEOMETRIC_RATIO:
149 10 Aug 06 enell 501         m = new GeometricRatioMerger();
149 10 Aug 06 enell 502         break;
149 10 Aug 06 enell 503       case ARITHMETIC_RATIO:
149 10 Aug 06 enell 504         m = new ArithmeticRatioMerger();
149 10 Aug 06 enell 505         break;
149 10 Aug 06 enell 506       case ARITHMETIC_INT:
149 10 Aug 06 enell 507         m = new ArithmeticIntensityMerger();
149 10 Aug 06 enell 508         break;
149 10 Aug 06 enell 509       case RATIO_RATIO:
149 10 Aug 06 enell 510         m = new RatioRatioMerger(ratioNumerator, ratioDenominator);
149 10 Aug 06 enell 511         break;
149 10 Aug 06 enell 512     }
149 10 Aug 06 enell 513     m.merge(section, reader, assayGroups);
149 10 Aug 06 enell 514     return true;
149 10 Aug 06 enell 515   }
149 10 Aug 06 enell 516
149 10 Aug 06 enell 517   /**
149 10 Aug 06 enell 518    * A private utility method to split a string around a char
149 10 Aug 06 enell 519    * 
149 10 Aug 06 enell 520    * @param str - the string to split
149 10 Aug 06 enell 521    * @param token - the token to use to split
149 10 Aug 06 enell 522    * @return the strings as an <code>String[]</code>
149 10 Aug 06 enell 523    */
149 10 Aug 06 enell 524   private String[] split(String str, char token)
149 10 Aug 06 enell 525   {
149 10 Aug 06 enell 526     ArrayList<String> ret = new ArrayList<String>();
149 10 Aug 06 enell 527     int start = 0, end = 0;
149 10 Aug 06 enell 528
149 10 Aug 06 enell 529     while (str.length() > start)
149 10 Aug 06 enell 530     {
149 10 Aug 06 enell 531       end = str.indexOf(token, start);
149 10 Aug 06 enell 532       ret.add(str.substring(start, end));
149 10 Aug 06 enell 533       start = end + 1;
149 10 Aug 06 enell 534     }
149 10 Aug 06 enell 535     return ret.toArray(new String[ret.size()]);
149 10 Aug 06 enell 536   }
783 18 Sep 08 jari 537 }