plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/NoGroup.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
783 18 Sep 08 jari 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
149 10 Aug 06 enell 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5   
783 18 Sep 08 jari 6   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 7   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 8   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 9
783 18 Sep 08 jari 10   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 11   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 12   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 13   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 14
783 18 Sep 08 jari 15   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 16   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 18   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 19
783 18 Sep 08 jari 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 22 */
149 10 Aug 06 enell 23 package mergebioassay;
149 10 Aug 06 enell 24
149 10 Aug 06 enell 25 import java.io.IOException;
149 10 Aug 06 enell 26 import java.util.List;
149 10 Aug 06 enell 27 import java.util.ArrayList;
149 10 Aug 06 enell 28
149 10 Aug 06 enell 29 import mergebioassay.mergers.Merge_assay;
149 10 Aug 06 enell 30
149 10 Aug 06 enell 31 import basefile.BASEFileException;
149 10 Aug 06 enell 32 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 33 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 34
149 10 Aug 06 enell 35 /**
149 10 Aug 06 enell 36  * A simple utility class to handle the assyas that doesn't fit in any group. It is basically 
149 10 Aug 06 enell 37  * a List with a print method added.
149 10 Aug 06 enell 38  * 
149 10 Aug 06 enell 39  * @author Johan Enell
149 10 Aug 06 enell 40  */
149 10 Aug 06 enell 41 public class NoGroup extends ArrayList<Merge_assay>
149 10 Aug 06 enell 42 {
149 10 Aug 06 enell 43
149 10 Aug 06 enell 44   /**
149 10 Aug 06 enell 45    * A method that will print the assays as a "spots" section on System.out.
149 10 Aug 06 enell 46    * 
149 10 Aug 06 enell 47    * @param section - the spots section to read
149 10 Aug 06 enell 48    * @param reader - the baseFile where the data is located
149 10 Aug 06 enell 49    */
149 10 Aug 06 enell 50   public void printNoGroup(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 51   {
149 10 Aug 06 enell 52     int intensity1Pos = -1;
149 10 Aug 06 enell 53     int intensity2Pos = -1;
149 10 Aug 06 enell 54     int assayDataPos = -1;
149 10 Aug 06 enell 55     int positionPos = -1;
149 10 Aug 06 enell 56     int reporterPos = -1;
149 10 Aug 06 enell 57
149 10 Aug 06 enell 58     int nbrOfColumns = -1;
149 10 Aug 06 enell 59
149 10 Aug 06 enell 60     List<String> assayFieldsMap;
149 10 Aug 06 enell 61     List<String> assaysMap;
149 10 Aug 06 enell 62     List<String> columnsMap;
149 10 Aug 06 enell 63
149 10 Aug 06 enell 64     assaysMap = section.findFieldList("assays");
149 10 Aug 06 enell 65     if (assaysMap == null)
149 10 Aug 06 enell 66     {
149 10 Aug 06 enell 67       System.err.print("assaysMap row in spots section not found\n");
149 10 Aug 06 enell 68       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 69     }
149 10 Aug 06 enell 70
149 10 Aug 06 enell 71     columnsMap = section.findFieldList("columns");
149 10 Aug 06 enell 72     if (columnsMap == null)
149 10 Aug 06 enell 73     {
149 10 Aug 06 enell 74       System.err.print("Columns row in spots section not found\n");
149 10 Aug 06 enell 75       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 76     }
149 10 Aug 06 enell 77
149 10 Aug 06 enell 78     assayFieldsMap = section.findFieldList("assayFields");
149 10 Aug 06 enell 79     if (assayFieldsMap == null)
149 10 Aug 06 enell 80     {
149 10 Aug 06 enell 81       System.err.print("assayFields row in spots section not found\n");
149 10 Aug 06 enell 82       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 83     }
149 10 Aug 06 enell 84     nbrOfColumns = (columnsMap.size() - 1) + (assayFieldsMap.size() * assaysMap.size());
149 10 Aug 06 enell 85
149 10 Aug 06 enell 86     positionPos = columnsMap.indexOf("position");
149 10 Aug 06 enell 87     if (positionPos == -1)
149 10 Aug 06 enell 88     {
149 10 Aug 06 enell 89       System.err.print("position column in columns row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 90       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 91     }
149 10 Aug 06 enell 92
149 10 Aug 06 enell 93     reporterPos = columnsMap.indexOf("reporter");
149 10 Aug 06 enell 94     if (reporterPos == -1)
149 10 Aug 06 enell 95     {
149 10 Aug 06 enell 96       System.err.print("reporter column in columns row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 97       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 98     }
149 10 Aug 06 enell 99
149 10 Aug 06 enell 100     intensity1Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity1");
149 10 Aug 06 enell 101     if (intensity1Pos == -1)
149 10 Aug 06 enell 102     {
149 10 Aug 06 enell 103       System.err.print("intensity1 field in assayFields row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 104       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 105     }
149 10 Aug 06 enell 106
149 10 Aug 06 enell 107     intensity2Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity2");
149 10 Aug 06 enell 108     if (intensity2Pos == -1)
149 10 Aug 06 enell 109     {
149 10 Aug 06 enell 110       System.err.print("intensity2 field in assayFields row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 111       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 112     }
149 10 Aug 06 enell 113
149 10 Aug 06 enell 114     assayDataPos = columnsMap.indexOf("assayData");
149 10 Aug 06 enell 115     if (assayDataPos == -1)
149 10 Aug 06 enell 116     {
149 10 Aug 06 enell 117       System.err.print("assayData column in columns row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 118       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 119     }
149 10 Aug 06 enell 120
149 10 Aug 06 enell 121     System.out.println();
149 10 Aug 06 enell 122     System.out.print("section\tspots\n");
149 10 Aug 06 enell 123     System.out.print("columns\tposition\treporter\tassayData\n");
149 10 Aug 06 enell 124     System.out.print("assayFields\tintensity1\tintensity2\tJE_nbrOfElements\n");
149 10 Aug 06 enell 125     System.out.print("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\n");
149 10 Aug 06 enell 126
149 10 Aug 06 enell 127     System.out.print("assays");
149 10 Aug 06 enell 128     for (int i = 0; i < size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 129     {
149 10 Aug 06 enell 130       BioAssay tmp = get(i);
149 10 Aug 06 enell 131       System.out.print("\t" + tmp.id);
149 10 Aug 06 enell 132     }
149 10 Aug 06 enell 133
149 10 Aug 06 enell 134     System.out.print("\n%\n");
149 10 Aug 06 enell 135
149 10 Aug 06 enell 136     try
149 10 Aug 06 enell 137     {
149 10 Aug 06 enell 138       String[] row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
149 10 Aug 06 enell 139       float int1 = 0, int2 = 0;
149 10 Aug 06 enell 140
149 10 Aug 06 enell 141       while (row != null)
149 10 Aug 06 enell 142       {
149 10 Aug 06 enell 143         System.out.print(row[positionPos] + "\t" + row[reporterPos]);
149 10 Aug 06 enell 144         for (int i = 0; i < size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 145         {
149 10 Aug 06 enell 146           BioAssay tmp = get(i);
149 10 Aug 06 enell 147           int assay = assaysMap.indexOf(tmp.id);
149 10 Aug 06 enell 148           try
149 10 Aug 06 enell 149           {
149 10 Aug 06 enell 150             int1 = Float.parseFloat(row[assayDataPos + intensity1Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 151             int2 = Float.parseFloat(row[assayDataPos + intensity2Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 152             System.out.print("\t" + int1 + "\t" + int2 + "\t1");
149 10 Aug 06 enell 153           }
149 10 Aug 06 enell 154           catch (NumberFormatException nfe)
149 10 Aug 06 enell 155           {
149 10 Aug 06 enell 156             System.out.print("\t\t\t0");
149 10 Aug 06 enell 157           }
149 10 Aug 06 enell 158         }
149 10 Aug 06 enell 159         System.out.print("\n");
149 10 Aug 06 enell 160         row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
149 10 Aug 06 enell 161       }
149 10 Aug 06 enell 162     }
149 10 Aug 06 enell 163     catch (BASEFileException bfe)
149 10 Aug 06 enell 164     {
149 10 Aug 06 enell 165       bfe.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 166     }
149 10 Aug 06 enell 167   }
149 10 Aug 06 enell 168 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)