plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/mergers/ArithmeticIntensityMerger.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
783 18 Sep 08 jari 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
149 10 Aug 06 enell 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5   Copyright (C) 2008 Jari H√§kkinen
783 18 Sep 08 jari 6   
783 18 Sep 08 jari 7   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 8   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 9   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 10
783 18 Sep 08 jari 11   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 12   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 13   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 14   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 15
783 18 Sep 08 jari 16   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 17   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 19   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 20
783 18 Sep 08 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 23 */
149 10 Aug 06 enell 24 package mergebioassay.mergers;
149 10 Aug 06 enell 25
149 10 Aug 06 enell 26 import mergebioassay.BioAssay;
149 10 Aug 06 enell 27
149 10 Aug 06 enell 28 import java.io.IOException;
149 10 Aug 06 enell 29 import java.util.HashMap;
149 10 Aug 06 enell 30 import java.util.Iterator;
149 10 Aug 06 enell 31 import java.util.List;
149 10 Aug 06 enell 32
663 16 Apr 08 jari 33 import basefile.BASEFileException;
149 10 Aug 06 enell 34 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 35 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 36 import basefile.BadSectionException;
149 10 Aug 06 enell 37
149 10 Aug 06 enell 38 /**
149 10 Aug 06 enell 39  * @author Johan Enell
149 10 Aug 06 enell 40  * 
149 10 Aug 06 enell 41  * The ArithmeticIntensityMerger implements the abstract merger class. It will
149 10 Aug 06 enell 42  * use the arithmetic mean of the intensities.
149 10 Aug 06 enell 43  */
149 10 Aug 06 enell 44 public class ArithmeticIntensityMerger extends Merger
149 10 Aug 06 enell 45 {
149 10 Aug 06 enell 46
149 10 Aug 06 enell 47   /*
149 10 Aug 06 enell 48    * (non-Javadoc)
149 10 Aug 06 enell 49    * 
149 10 Aug 06 enell 50    * @see mergers.Merger#merge(baseFile.BASEFileSection,
149 10 Aug 06 enell 51    *      baseFile.BASEFileReader, java.util.HashMap)
149 10 Aug 06 enell 52    */
149 10 Aug 06 enell 53   @Override
149 10 Aug 06 enell 54   public void merge(BASEFileSection section, BASEFileReader reader, HashMap<String, List<Merge_assay>> assayGroups)
149 10 Aug 06 enell 55   {
149 10 Aug 06 enell 56     int intensity1Pos = -1;
149 10 Aug 06 enell 57     int intensity2Pos = -1;
149 10 Aug 06 enell 58
149 10 Aug 06 enell 59     super.init(section, reader);
149 10 Aug 06 enell 60
149 10 Aug 06 enell 61     intensity1Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity1");
149 10 Aug 06 enell 62     if (intensity1Pos == -1)
149 10 Aug 06 enell 63     {
149 10 Aug 06 enell 64       System.err.print("intensity1 field in assayFields row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 65       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 66     }
149 10 Aug 06 enell 67
149 10 Aug 06 enell 68     intensity2Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity2");
149 10 Aug 06 enell 69     if (intensity2Pos == -1)
149 10 Aug 06 enell 70     {
149 10 Aug 06 enell 71       System.err.print("intensity2 field in assayFields row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 72       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 73     }
149 10 Aug 06 enell 74
149 10 Aug 06 enell 75     try
149 10 Aug 06 enell 76     {
149 10 Aug 06 enell 77
149 10 Aug 06 enell 78       System.out.print("section\tspots\n");
149 10 Aug 06 enell 79       System.out.print("columns\tposition\treporter\tassayData\n");
149 10 Aug 06 enell 80       System.out.print("assayFields\tintensity1\tintensity2\tJE_nbrOfElements\n");
149 10 Aug 06 enell 81       System.out.print("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\n");
149 10 Aug 06 enell 82       System.out.print("assays");
149 10 Aug 06 enell 83       for (int i = 0; i < assayGroups.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 84         System.out.print("\t" + (i + 1));
149 10 Aug 06 enell 85       System.out.print("\n%\n");
149 10 Aug 06 enell 86       String[] row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
149 10 Aug 06 enell 87
149 10 Aug 06 enell 88       Iterator it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 89       String key;
149 10 Aug 06 enell 90       while (row != null)
149 10 Aug 06 enell 91       {
149 10 Aug 06 enell 92         System.out.print(row[positionPos] + "\t" + row[reporterPos]);
149 10 Aug 06 enell 93
149 10 Aug 06 enell 94         it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 95         while (it.hasNext())
149 10 Aug 06 enell 96         {
149 10 Aug 06 enell 97           key = (String) it.next();
149 10 Aug 06 enell 98           List<Merge_assay> micro = assayGroups.get(key);
149 10 Aug 06 enell 99           double int1 = 0, int2 = 0;
149 10 Aug 06 enell 100           DoubleVector intVector1 = new DoubleVector();
149 10 Aug 06 enell 101           DoubleVector intVector2 = new DoubleVector();
149 10 Aug 06 enell 102           for (int i = 0; i < micro.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 103           {
149 10 Aug 06 enell 104             BioAssay tmp = micro.get(i);
149 10 Aug 06 enell 105             int assay = assaysMap.indexOf(tmp.id);
149 10 Aug 06 enell 106             try
149 10 Aug 06 enell 107             {
149 10 Aug 06 enell 108               int1 = Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity1Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 109               int2 = Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity2Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 110
149 10 Aug 06 enell 111               intVector1.add(int1);
149 10 Aug 06 enell 112               intVector2.add(int2);
149 10 Aug 06 enell 113             }
149 10 Aug 06 enell 114             catch (NumberFormatException nfe)
149 10 Aug 06 enell 115             {
149 10 Aug 06 enell 116               missingValues++;
149 10 Aug 06 enell 117             }
149 10 Aug 06 enell 118           }
149 10 Aug 06 enell 119
149 10 Aug 06 enell 120           System.out.print("\t");
149 10 Aug 06 enell 121           if (intVector1.size() > 0)
149 10 Aug 06 enell 122           {
149 10 Aug 06 enell 123             System.out.print((float) arithmeticMean(intVector1.toArray()));
149 10 Aug 06 enell 124             System.out.print("\t");
149 10 Aug 06 enell 125             System.out.print((float) arithmeticMean(intVector2.toArray()));
149 10 Aug 06 enell 126           }
149 10 Aug 06 enell 127           else System.out.print("\t");
149 10 Aug 06 enell 128           if (intVector1.size() > 0) System.out.print("\t" + intVector1.size());
149 10 Aug 06 enell 129           else System.out.print("\t");
149 10 Aug 06 enell 130         }
149 10 Aug 06 enell 131         System.out.print("\n");
149 10 Aug 06 enell 132         row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
149 10 Aug 06 enell 133       }
149 10 Aug 06 enell 134       System.out.print("\n");
149 10 Aug 06 enell 135     }
149 10 Aug 06 enell 136     catch (BadSectionException e)
149 10 Aug 06 enell 137     {
149 10 Aug 06 enell 138       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 139     }
663 16 Apr 08 jari 140     catch (BASEFileException e)
149 10 Aug 06 enell 141     {
149 10 Aug 06 enell 142       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 143       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 144     }
149 10 Aug 06 enell 145   }
149 10 Aug 06 enell 146 }