plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/mergers/Merge_assay.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
783 18 Sep 08 jari 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
783 18 Sep 08 jari 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5   
783 18 Sep 08 jari 6   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 7   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 8   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 9
783 18 Sep 08 jari 10   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 11   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 12   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 13   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 14
783 18 Sep 08 jari 15   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 16   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 17   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 18   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 19
783 18 Sep 08 jari 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 21   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 22 */
149 10 Aug 06 enell 23 package mergebioassay.mergers;
149 10 Aug 06 enell 24
149 10 Aug 06 enell 25 import mergebioassay.BioAssay;
149 10 Aug 06 enell 26
149 10 Aug 06 enell 27 import java.util.Vector;
149 10 Aug 06 enell 28
149 10 Aug 06 enell 29
149 10 Aug 06 enell 30 /**
149 10 Aug 06 enell 31  * @author Johan Enell
149 10 Aug 06 enell 32  * 
149 10 Aug 06 enell 33  * An subclass of BioAssays. It implements a parse methode used to goup BioAssays
149 10 Aug 06 enell 34  */
149 10 Aug 06 enell 35 public class Merge_assay extends BioAssay
149 10 Aug 06 enell 36 {
149 10 Aug 06 enell 37   // v[0-9] - reserved for variabels %0 - %9
149 10 Aug 06 enell 38   // v[10] - reserved for annotation value
149 10 Aug 06 enell 39   // v[11] - reserved for ratio value
149 10 Aug 06 enell 40   public String[] v = new String[12];
149 10 Aug 06 enell 41
149 10 Aug 06 enell 42   /**
149 10 Aug 06 enell 43    * Creates a new Merge_assay.
149 10 Aug 06 enell 44    * 
149 10 Aug 06 enell 45    * @param id - the id of the BioAssay
149 10 Aug 06 enell 46    * @param name - the name of the BioAssay
149 10 Aug 06 enell 47    */
149 10 Aug 06 enell 48   public Merge_assay(String id, String name)
149 10 Aug 06 enell 49   {
149 10 Aug 06 enell 50     super(id, name);
149 10 Aug 06 enell 51   }
149 10 Aug 06 enell 52
149 10 Aug 06 enell 53   /**
149 10 Aug 06 enell 54    * This method will parse the name of the BioAssay using the input string as pattern. The
149 10 Aug 06 enell 55    * pattern consists of variable numbers, %0-%9, and some characters dividing them.
149 10 Aug 06 enell 56    * 
149 10 Aug 06 enell 57    * @param pattern - the pattern used for the parsing
149 10 Aug 06 enell 58    * @return tru if the parsing was done without any error
149 10 Aug 06 enell 59    */
149 10 Aug 06 enell 60   public boolean parse_name(String pattern) throws BadPatternException
149 10 Aug 06 enell 61   {
149 10 Aug 06 enell 62     Vector<String> tokens = new Vector<String>();
149 10 Aug 06 enell 63     int start = 0;
149 10 Aug 06 enell 64
149 10 Aug 06 enell 65     for (int i = pattern.indexOf('%', start); i != -1; i = pattern.indexOf('%', start))
149 10 Aug 06 enell 66     {
149 10 Aug 06 enell 67       tokens.add(pattern.substring(start, i));
149 10 Aug 06 enell 68       if (pattern.charAt(i + 1) >= 48 && pattern.charAt(i + 1) <= 57)
149 10 Aug 06 enell 69       {
149 10 Aug 06 enell 70         tokens.add("%" + pattern.charAt(i + 1));
149 10 Aug 06 enell 71       }
149 10 Aug 06 enell 72       else
149 10 Aug 06 enell 73       {
149 10 Aug 06 enell 74         throw new BadPatternException("A % in the assayname must be followed by a number 0-9");
149 10 Aug 06 enell 75       }
149 10 Aug 06 enell 76       start = i + 2;
149 10 Aug 06 enell 77     }
149 10 Aug 06 enell 78     if (start < pattern.length()) tokens.add(pattern.substring(start, pattern.length()));
149 10 Aug 06 enell 79
149 10 Aug 06 enell 80     start = 0;
149 10 Aug 06 enell 81     int end = 0;
149 10 Aug 06 enell 82     for (int i = 0; i < tokens.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 83     {
149 10 Aug 06 enell 84       String tok = tokens.get(i);
149 10 Aug 06 enell 85
149 10 Aug 06 enell 86       if (tok.startsWith("%"))
149 10 Aug 06 enell 87       {
149 10 Aug 06 enell 88         if (i < tokens.size() - 1)
149 10 Aug 06 enell 89         {
149 10 Aug 06 enell 90           end = name.indexOf(tokens.get(i + 1), start);
149 10 Aug 06 enell 91
149 10 Aug 06 enell 92           if (end == -1) { return false; }
149 10 Aug 06 enell 93         }
149 10 Aug 06 enell 94         else
149 10 Aug 06 enell 95         {
149 10 Aug 06 enell 96           end = name.length();
149 10 Aug 06 enell 97         }
149 10 Aug 06 enell 98
149 10 Aug 06 enell 99         v[tok.charAt(1) - 48] = name.substring(start, end);
149 10 Aug 06 enell 100         start = end;
149 10 Aug 06 enell 101       }
149 10 Aug 06 enell 102       else if (name.substring(start, start + tok.length()).equals(tok))
149 10 Aug 06 enell 103       {
149 10 Aug 06 enell 104         start += tok.length();
149 10 Aug 06 enell 105       }
149 10 Aug 06 enell 106       else
149 10 Aug 06 enell 107       {
149 10 Aug 06 enell 108         return false;
149 10 Aug 06 enell 109       }
149 10 Aug 06 enell 110     }
149 10 Aug 06 enell 111     return true;
149 10 Aug 06 enell 112   }
149 10 Aug 06 enell 113 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:36 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)