plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/mergers/RatioRatioMerger.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
783 18 Sep 08 jari 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
783 18 Sep 08 jari 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5   Copyright (C) 2008 Jari H√§kkinen
783 18 Sep 08 jari 6   
783 18 Sep 08 jari 7   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 8   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 9   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 10
783 18 Sep 08 jari 11   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 12   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 13   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 14   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 15
783 18 Sep 08 jari 16   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 17   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 19   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 20
783 18 Sep 08 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 23 */
149 10 Aug 06 enell 24 package mergebioassay.mergers;
149 10 Aug 06 enell 25
149 10 Aug 06 enell 26 import java.io.IOException;
149 10 Aug 06 enell 27 import java.util.HashMap;
149 10 Aug 06 enell 28 import java.util.Iterator;
149 10 Aug 06 enell 29 import java.util.List;
149 10 Aug 06 enell 30
663 16 Apr 08 jari 31 import basefile.BASEFileException;
149 10 Aug 06 enell 32 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 33 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 34 import basefile.BadSectionException;
149 10 Aug 06 enell 35
149 10 Aug 06 enell 36 /**
149 10 Aug 06 enell 37  * @author Johan Enell
149 10 Aug 06 enell 38  * 
149 10 Aug 06 enell 39  * The RatioRatioMerger implements the abstract merger class. It will calculate
149 10 Aug 06 enell 40  * as ratio over ratio.
149 10 Aug 06 enell 41  */
149 10 Aug 06 enell 42 public class RatioRatioMerger extends Merger
149 10 Aug 06 enell 43 {
149 10 Aug 06 enell 44   String ratioNumerator;
149 10 Aug 06 enell 45
149 10 Aug 06 enell 46   String ratioDenominator;
149 10 Aug 06 enell 47
149 10 Aug 06 enell 48   /**
149 10 Aug 06 enell 49    * This will create a new RartioRatioMerger.
149 10 Aug 06 enell 50    * 
149 10 Aug 06 enell 51    * @param ratioNumerator - the string used as numerator
149 10 Aug 06 enell 52    * @param ratioDenominator - the string used as denominator
149 10 Aug 06 enell 53    */
149 10 Aug 06 enell 54   public RatioRatioMerger(String ratioNumerator, String ratioDenominator)
149 10 Aug 06 enell 55   {
149 10 Aug 06 enell 56     this.ratioDenominator = ratioDenominator;
149 10 Aug 06 enell 57     this.ratioNumerator = ratioNumerator;
149 10 Aug 06 enell 58   }
149 10 Aug 06 enell 59
149 10 Aug 06 enell 60   /* (non-Javadoc)
149 10 Aug 06 enell 61    * @see mergers.Merger#merge(baseFile.BASEFileSection, baseFile.BASEFileReader, java.util.HashMap)
149 10 Aug 06 enell 62    */
149 10 Aug 06 enell 63   @Override
149 10 Aug 06 enell 64   public void merge(BASEFileSection section, BASEFileReader reader, HashMap<String, List<Merge_assay>> assayGroups)
149 10 Aug 06 enell 65   {
149 10 Aug 06 enell 66     int intensity1Pos = -1;
149 10 Aug 06 enell 67     int intensity2Pos = -1;
149 10 Aug 06 enell 68
149 10 Aug 06 enell 69     super.init(section, reader);
149 10 Aug 06 enell 70
149 10 Aug 06 enell 71     intensity1Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity1");
149 10 Aug 06 enell 72     if (intensity1Pos == -1)
149 10 Aug 06 enell 73     {
149 10 Aug 06 enell 74       System.err.print("intensity1 field in assayFields row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 75       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 76     }
149 10 Aug 06 enell 77
149 10 Aug 06 enell 78     intensity2Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity2");
149 10 Aug 06 enell 79     if (intensity2Pos == -1)
149 10 Aug 06 enell 80     {
149 10 Aug 06 enell 81       System.err.print("intensity2 field in assayFields row missing\n");
149 10 Aug 06 enell 82       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 83     }
149 10 Aug 06 enell 84
149 10 Aug 06 enell 85     try
149 10 Aug 06 enell 86     {
149 10 Aug 06 enell 87       System.out.print("section\tspots\n");
149 10 Aug 06 enell 88       System.out.print("columns\tposition\treporter\tassayData\n");
149 10 Aug 06 enell 89       System.out.print("assayFields\tintensity1\tintensity2\tJE_nbrOfElements\n");
149 10 Aug 06 enell 90       System.out.print("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\n");
149 10 Aug 06 enell 91       System.out.print("assays");
149 10 Aug 06 enell 92       for (int i = 0; i < assayGroups.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 93         System.out.print("\t" + (i + 1));
149 10 Aug 06 enell 94       System.out.print("\n%\n");
149 10 Aug 06 enell 95
149 10 Aug 06 enell 96       String[] row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
149 10 Aug 06 enell 97
149 10 Aug 06 enell 98       Iterator it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 99       String key;
149 10 Aug 06 enell 100       while (row != null)
149 10 Aug 06 enell 101       {
149 10 Aug 06 enell 102         System.out.print(row[positionPos] + "\t" + row[reporterPos]);
149 10 Aug 06 enell 103
149 10 Aug 06 enell 104         it = assayGroups.keySet().iterator();
149 10 Aug 06 enell 105         while (it.hasNext())
149 10 Aug 06 enell 106         {
149 10 Aug 06 enell 107           key = (String) it.next();
149 10 Aug 06 enell 108           List<Merge_assay> micro = assayGroups.get(key);
149 10 Aug 06 enell 109           double int1 = 0, int2 = 0;
149 10 Aug 06 enell 110           try
149 10 Aug 06 enell 111           {
149 10 Aug 06 enell 112             for (int i = 0; i < micro.size(); i++)
149 10 Aug 06 enell 113             {
149 10 Aug 06 enell 114               Merge_assay tmp = micro.get(i);
149 10 Aug 06 enell 115               int assay = assaysMap.indexOf(tmp.id);
149 10 Aug 06 enell 116               if (tmp.v[11].equals(ratioNumerator))
149 10 Aug 06 enell 117               {
149 10 Aug 06 enell 118                 int1 = Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity1Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 119                 int1 /= Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity2Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 120               }
149 10 Aug 06 enell 121               else if (tmp.v[11].equals(ratioDenominator))
149 10 Aug 06 enell 122               {
149 10 Aug 06 enell 123                 int2 = Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity1Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 124                 int2 /= Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity2Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
149 10 Aug 06 enell 125               }
149 10 Aug 06 enell 126             }
149 10 Aug 06 enell 127             System.out.print("\t" + int1 + "\t" + int2 + "\t2");
149 10 Aug 06 enell 128           }
149 10 Aug 06 enell 129           catch (NumberFormatException nfe)
149 10 Aug 06 enell 130           {
149 10 Aug 06 enell 131             System.out.print("\t\t\t0");
149 10 Aug 06 enell 132             missingValues++;
149 10 Aug 06 enell 133           }
149 10 Aug 06 enell 134         }
149 10 Aug 06 enell 135         System.out.print("\n");
149 10 Aug 06 enell 136         row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
149 10 Aug 06 enell 137       }
149 10 Aug 06 enell 138       System.out.print("\n");
149 10 Aug 06 enell 139     }
149 10 Aug 06 enell 140     catch (BadSectionException e)
149 10 Aug 06 enell 141     {
149 10 Aug 06 enell 142       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 143     }
663 16 Apr 08 jari 144     catch (BASEFileException e)
149 10 Aug 06 enell 145     {
149 10 Aug 06 enell 146       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 147       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 148     }
149 10 Aug 06 enell 149   }
149 10 Aug 06 enell 150 }