plugins/base1/se.lu.onk.MergeBioAssay/trunk/src/mergebioassay/mergers/WeightedMerger.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
58 10 Jan 06 enell 1 /*
783 18 Sep 08 jari 2   $Id$
783 18 Sep 08 jari 3
783 18 Sep 08 jari 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
783 18 Sep 08 jari 5   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
783 18 Sep 08 jari 6   
783 18 Sep 08 jari 7   This file is part of the se.lu.onk.MergeBioAssay plug-in for
783 18 Sep 08 jari 8   BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web
783 18 Sep 08 jari 9   site is http://base.thep.lu.se
783 18 Sep 08 jari 10
783 18 Sep 08 jari 11   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
783 18 Sep 08 jari 12   under the terms of the GNU General Public License as published by
783 18 Sep 08 jari 13   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
783 18 Sep 08 jari 14   (at your option) any later version.
783 18 Sep 08 jari 15
783 18 Sep 08 jari 16   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
783 18 Sep 08 jari 17   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
783 18 Sep 08 jari 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
783 18 Sep 08 jari 19   General Public License for more details.
783 18 Sep 08 jari 20
783 18 Sep 08 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
783 18 Sep 08 jari 22   along with BASE. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
783 18 Sep 08 jari 23 */
58 10 Jan 06 enell 24 package mergebioassay.mergers;
58 10 Jan 06 enell 25
96 06 Apr 06 enell 26 import mergebioassay.BioAssay;
96 06 Apr 06 enell 27
58 10 Jan 06 enell 28 import java.io.IOException;
58 10 Jan 06 enell 29 import java.util.HashMap;
58 10 Jan 06 enell 30 import java.util.Iterator;
58 10 Jan 06 enell 31 import java.util.List;
58 10 Jan 06 enell 32
663 16 Apr 08 jari 33 import basefile.BASEFileException;
58 10 Jan 06 enell 34 import basefile.BASEFileReader;
58 10 Jan 06 enell 35 import basefile.BASEFileSection;
58 10 Jan 06 enell 36 import basefile.BadSectionException;
58 10 Jan 06 enell 37
58 10 Jan 06 enell 38 /**
58 10 Jan 06 enell 39  * @author johan
58 10 Jan 06 enell 40  *
58 10 Jan 06 enell 41  * To change the template for this generated type comment go to
58 10 Jan 06 enell 42  * Window&gt;Preferences&gt;Java&gt;Code Generation&gt;Code and Comments
58 10 Jan 06 enell 43  */
58 10 Jan 06 enell 44 public class WeightedMerger extends Merger
58 10 Jan 06 enell 45 {
58 10 Jan 06 enell 46   /*
58 10 Jan 06 enell 47    * (non-Javadoc)
58 10 Jan 06 enell 48    * 
58 10 Jan 06 enell 49    * @see mergers.Merger#merge(baseFile.BASEFileSection,
58 10 Jan 06 enell 50    *      baseFile.BASEFileReader, java.util.HashMap)
58 10 Jan 06 enell 51    */
58 10 Jan 06 enell 52   @Override
58 10 Jan 06 enell 53   public void merge(BASEFileSection section, BASEFileReader reader, HashMap<String, List<Merge_assay>> assayGroups)
58 10 Jan 06 enell 54   {
58 10 Jan 06 enell 55     int intensity1Pos = -1;
58 10 Jan 06 enell 56     int intensity2Pos = -1;
58 10 Jan 06 enell 57
58 10 Jan 06 enell 58     super.init(section, reader);
58 10 Jan 06 enell 59
58 10 Jan 06 enell 60     intensity1Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity1");
58 10 Jan 06 enell 61     if (intensity1Pos == -1)
58 10 Jan 06 enell 62     {
58 10 Jan 06 enell 63       System.err.print("intensity1 field in assayFields row missing\n");
58 10 Jan 06 enell 64       System.exit(0);
58 10 Jan 06 enell 65     }
58 10 Jan 06 enell 66
58 10 Jan 06 enell 67     intensity2Pos = assayFieldsMap.indexOf("intensity2");
58 10 Jan 06 enell 68     if (intensity2Pos == -1)
58 10 Jan 06 enell 69     {
58 10 Jan 06 enell 70       System.err.print("intensity2 field in assayFields row missing\n");
58 10 Jan 06 enell 71       System.exit(0);
58 10 Jan 06 enell 72     }
58 10 Jan 06 enell 73
58 10 Jan 06 enell 74     try
58 10 Jan 06 enell 75     {
58 10 Jan 06 enell 76       System.out.print("section\tspots\n");
58 10 Jan 06 enell 77       System.out.print("columns\tposition\treporter\tassayData\n");
58 10 Jan 06 enell 78       System.out.print("assayFields\tl2ratio1_2\tl10intgmean1_2\tJE_nbrOfElements\n");
58 10 Jan 06 enell 79       System.out.print("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\n");
58 10 Jan 06 enell 80       System.out.print("assays");
58 10 Jan 06 enell 81       for (int i = 0; i < assayGroups.size(); i++)
58 10 Jan 06 enell 82         System.out.print("\t" + (i + 1));
58 10 Jan 06 enell 83       System.out.print("\n%\n");
58 10 Jan 06 enell 84
58 10 Jan 06 enell 85       String[] row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
58 10 Jan 06 enell 86
58 10 Jan 06 enell 87       while (row != null)
58 10 Jan 06 enell 88       {
58 10 Jan 06 enell 89         System.out.print(row[positionPos] + "\t" + row[reporterPos]);
58 10 Jan 06 enell 90
58 10 Jan 06 enell 91         Iterator it = assayGroups.keySet().iterator();
58 10 Jan 06 enell 92
58 10 Jan 06 enell 93         while (it.hasNext())
58 10 Jan 06 enell 94         {
58 10 Jan 06 enell 95           String key = (String) it.next();
58 10 Jan 06 enell 96           List<Merge_assay> micro = assayGroups.get(key);
58 10 Jan 06 enell 97           double int1 = 0, int2 = 0;
58 10 Jan 06 enell 98           DoubleVector ratioVector = new DoubleVector();
58 10 Jan 06 enell 99           DoubleVector aVector = new DoubleVector();
58 10 Jan 06 enell 100           for (int i = 0; i < micro.size(); i++)
58 10 Jan 06 enell 101           {
58 10 Jan 06 enell 102             BioAssay tmp = micro.get(i);
58 10 Jan 06 enell 103             int assay = assaysMap.indexOf(tmp.id);
58 10 Jan 06 enell 104             try
58 10 Jan 06 enell 105             {
58 10 Jan 06 enell 106               int1 = Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity1Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
58 10 Jan 06 enell 107               int2 = Double.parseDouble(row[assayDataPos + intensity2Pos + assay * assayFieldsMap.size()]);
58 10 Jan 06 enell 108
58 10 Jan 06 enell 109               ratioVector.add(int1 / int2);
58 10 Jan 06 enell 110               aVector.add(Math.sqrt(int1 * int2));
58 10 Jan 06 enell 111             }
58 10 Jan 06 enell 112             catch (NumberFormatException nfe)
58 10 Jan 06 enell 113             {
58 10 Jan 06 enell 114               missingValues++;
58 10 Jan 06 enell 115             }
58 10 Jan 06 enell 116           }
58 10 Jan 06 enell 117           if (ratioVector.size() > 0)
58 10 Jan 06 enell 118           {
58 10 Jan 06 enell 119
58 10 Jan 06 enell 120             System.out.print("\t" + log(arithmeticMean(ratioVector.toArray()), 2));
58 10 Jan 06 enell 121             System.out.print("\t" + log(arithmeticMean(aVector.toArray()), 10));
58 10 Jan 06 enell 122           }
58 10 Jan 06 enell 123           else
58 10 Jan 06 enell 124           {
58 10 Jan 06 enell 125             System.out.print("\t\t");
58 10 Jan 06 enell 126           }
58 10 Jan 06 enell 127           if (ratioVector.size() > 0) System.out.print("\t" + ratioVector.size());
58 10 Jan 06 enell 128           else System.out.print("\t");
58 10 Jan 06 enell 129         }
58 10 Jan 06 enell 130         System.out.println();
58 10 Jan 06 enell 131         row = reader.readDataRow(nbrOfColumns);
58 10 Jan 06 enell 132       }
58 10 Jan 06 enell 133     }
58 10 Jan 06 enell 134     catch (BadSectionException e)
58 10 Jan 06 enell 135     {
58 10 Jan 06 enell 136       e.printStackTrace();
58 10 Jan 06 enell 137     }
663 16 Apr 08 jari 138     catch (BASEFileException e)
58 10 Jan 06 enell 139     {
58 10 Jan 06 enell 140       e.printStackTrace();
58 10 Jan 06 enell 141       System.exit(0);
58 10 Jan 06 enell 142     }
58 10 Jan 06 enell 143   }
58 10 Jan 06 enell 144
58 10 Jan 06 enell 145   private float log(double d, int base)
58 10 Jan 06 enell 146   {
58 10 Jan 06 enell 147     return (float) (Math.log(d) / Math.log(base));
58 10 Jan 06 enell 148   }
58 10 Jan 06 enell 149 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)