plugins/base1/se.lu.onk.ReplicateError/trunk/lib/README.old

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
143 10 Aug 06 enell 1 singleton - A spot occuring once
143 10 Aug 06 enell 2 duplicate - A spot occuring twice
143 10 Aug 06 enell 3 triplicate - ...
143 10 Aug 06 enell 4 replicate - A spot occuring more than once
143 10 Aug 06 enell 5
143 10 Aug 06 enell 6 The concept of replicate error.
143 10 Aug 06 enell 7
143 10 Aug 06 enell 8 The idea is that if you hav an experiemnt design that involve 
143 10 Aug 06 enell 9
143 10 Aug 06 enell 10
143 10 Aug 06 enell 11 A spot must have a ratio value so all spots with one intensoty <= 0 are removed.
143 10 Aug 06 enell 12
143 10 Aug 06 enell 13  * Replicates are created
143 10 Aug 06 enell 14    
143 10 Aug 06 enell 15    For mehtod "within assay" this means all spots in an assay whith the same 
143 10 Aug 06 enell 16    reporter is a replicate.
143 10 Aug 06 enell 17    
143 10 Aug 06 enell 18    For method "across assay" this depends on how the assays are grouped 
143 10 Aug 06 enell 19    according to the grouping parameters. This will work on spots "merged on 
143 10 Aug 06 enell 20    reporter"
143 10 Aug 06 enell 21    
143 10 Aug 06 enell 22  * How replicates are used in the calculations
143 10 Aug 06 enell 23    
143 10 Aug 06 enell 24    The method is designed to