plugins/base1/se.lu.onk.VirtualArray/trunk/src/virtualarray/VirtualArray.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
8 10 Oct 05 enell 1 /*
895 08 Dec 08 jari 2  * $Id$
895 08 Dec 08 jari 3  *
895 08 Dec 08 jari 4  * Copyright (C) 2004 Johan Enell
895 08 Dec 08 jari 5  * Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
895 08 Dec 08 jari 6  *
895 08 Dec 08 jari 7  * This file is part of the se.lu.onk.Center plug-in for
895 08 Dec 08 jari 8  * BASE. Available at http://baseplugins.thep.lu.se/ and BASE web site
895 08 Dec 08 jari 9  * is http://base.thep.lu.se
895 08 Dec 08 jari 10  *
895 08 Dec 08 jari 11  * This is free software; you can redistribute it and/or modify it
895 08 Dec 08 jari 12  * under the terms of the GNU General Public License as published by
895 08 Dec 08 jari 13  * the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
895 08 Dec 08 jari 14  * (at your option) any later version.
895 08 Dec 08 jari 15  *
895 08 Dec 08 jari 16  * The software is distributed in the hope that it will be useful, but
895 08 Dec 08 jari 17  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
895 08 Dec 08 jari 18  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
895 08 Dec 08 jari 19  * General Public License for more details.
895 08 Dec 08 jari 20  *
8 10 Oct 05 enell 21  * You should have received a copy of the GNU General Public License
895 08 Dec 08 jari 22  * along with this software. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
8 10 Oct 05 enell 23  */
8 10 Oct 05 enell 24
895 08 Dec 08 jari 25 package virtualarray;
895 08 Dec 08 jari 26
15 14 Oct 05 enell 27 import java.io.File;
8 10 Oct 05 enell 28 import java.io.FileNotFoundException;
8 10 Oct 05 enell 29 import java.io.IOException;
13 11 Oct 05 enell 30 import java.util.ArrayList;
8 10 Oct 05 enell 31 import java.util.List;
8 10 Oct 05 enell 32
8 10 Oct 05 enell 33 import basefile.BASEFileException;
8 10 Oct 05 enell 34 import basefile.BASEFileReader;
8 10 Oct 05 enell 35 import basefile.BASEFileSection;
8 10 Oct 05 enell 36 import basefile.MissingOptionException;
8 10 Oct 05 enell 37
8 10 Oct 05 enell 38
8 10 Oct 05 enell 39
8 10 Oct 05 enell 40 /**
8 10 Oct 05 enell 41  * 
8 10 Oct 05 enell 42  * @author Johan Enell, johan.enell@onk.lu.se, Dept Oncology, Lund University,
8 10 Oct 05 enell 43  *         S-221 85 Lund, Sweden
8 10 Oct 05 enell 44  */
8 10 Oct 05 enell 45 public class VirtualArray
8 10 Oct 05 enell 46 {
8 10 Oct 05 enell 47
8 10 Oct 05 enell 48   private VirtualArray(BASEFileReader bfr) throws BASEFileException, IOException
8 10 Oct 05 enell 49   {
8 10 Oct 05 enell 50     BASEFileSection section = bfr.readSection(true);
8 10 Oct 05 enell 51     while (section != null)
8 10 Oct 05 enell 52     {
8 10 Oct 05 enell 53       if (section.isType("settings"))
8 10 Oct 05 enell 54       {
8 10 Oct 05 enell 55         extractSettings(section);
8 10 Oct 05 enell 56       }
8 10 Oct 05 enell 57       else if (section.isType("assays"))
8 10 Oct 05 enell 58       {
8 10 Oct 05 enell 59         extractAssays(section, bfr);
8 10 Oct 05 enell 60       }
8 10 Oct 05 enell 61       else if (section.isType("spots"))
8 10 Oct 05 enell 62       {
8 10 Oct 05 enell 63         extractSpots(section, bfr);
8 10 Oct 05 enell 64       }
8 10 Oct 05 enell 65       section = bfr.readSection();
8 10 Oct 05 enell 66     }
8 10 Oct 05 enell 67   }
8 10 Oct 05 enell 68
8 10 Oct 05 enell 69   private void extractSettings(BASEFileSection section)
8 10 Oct 05 enell 70   {}
8 10 Oct 05 enell 71
8 10 Oct 05 enell 72   private void extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader bfr)
8 10 Oct 05 enell 73       throws IOException,
8 10 Oct 05 enell 74         MissingOptionException
8 10 Oct 05 enell 75   {
8 10 Oct 05 enell 76     System.out.println("BASEfile");
8 10 Oct 05 enell 77
8 10 Oct 05 enell 78     System.out.println(section);
8 10 Oct 05 enell 79
8 10 Oct 05 enell 80     String[] row = bfr.readDataRow();
8 10 Oct 05 enell 81     while (row != null)
8 10 Oct 05 enell 82     {
8 10 Oct 05 enell 83       System.out.print(row[0]);
8 10 Oct 05 enell 84       for (int j = 1; j < row.length; j++)
8 10 Oct 05 enell 85       {
8 10 Oct 05 enell 86         System.out.print("\t" + row[j]);
8 10 Oct 05 enell 87       }
8 10 Oct 05 enell 88       System.out.println();
8 10 Oct 05 enell 89       row = bfr.readDataRow();
8 10 Oct 05 enell 90     }
8 10 Oct 05 enell 91     System.out.println();
8 10 Oct 05 enell 92
8 10 Oct 05 enell 93   }
8 10 Oct 05 enell 94
8 10 Oct 05 enell 95   private void extractSpots(BASEFileSection section, BASEFileReader bfr)
8 10 Oct 05 enell 96       throws BASEFileException,
8 10 Oct 05 enell 97         IOException
8 10 Oct 05 enell 98   {
8 10 Oct 05 enell 99     List<String> columns = section.findFieldList("columns");
8 10 Oct 05 enell 100     List<String> assayFields = section.findFieldList("assayFields");
13 11 Oct 05 enell 101     List<String> setExtraFloats = new ArrayList<String>();
13 11 Oct 05 enell 102     
13 11 Oct 05 enell 103     for (int i = 0; i < assayFields.size(); i++)
13 11 Oct 05 enell 104     {
13 11 Oct 05 enell 105       String value = assayFields.get(i);
13 11 Oct 05 enell 106       if (value.startsWith("_xc_"))
13 11 Oct 05 enell 107       {
13 11 Oct 05 enell 108         assayFields.set(i, value.substring(4));
13 11 Oct 05 enell 109         setExtraFloats.add(value.substring(4));
13 11 Oct 05 enell 110       }
13 11 Oct 05 enell 111     }
13 11 Oct 05 enell 112     section.setHeader("assayFields", assayFields.toArray());
13 11 Oct 05 enell 113     if (setExtraFloats.size() > 0)
13 11 Oct 05 enell 114     {
13 11 Oct 05 enell 115       section.setHeader("setExtraFloats", setExtraFloats.toArray());
13 11 Oct 05 enell 116     }
8 10 Oct 05 enell 117
8 10 Oct 05 enell 118     columns.add(0, "position");
8 10 Oct 05 enell 119     section.setHeader("columns", columns.toArray());
8 10 Oct 05 enell 120     System.out.println(section);
8 10 Oct 05 enell 121
8 10 Oct 05 enell 122     String[] row = bfr.readDataRow();
8 10 Oct 05 enell 123     int i = 0;
13 11 Oct 05 enell 124     while (row != null)
8 10 Oct 05 enell 125     {
8 10 Oct 05 enell 126       System.out.print(--i);
13 11 Oct 05 enell 127       for (String val : row)
8 10 Oct 05 enell 128       {
8 10 Oct 05 enell 129         System.out.print("\t" + val);
8 10 Oct 05 enell 130       }
8 10 Oct 05 enell 131       System.out.println();
8 10 Oct 05 enell 132       row = bfr.readDataRow();
8 10 Oct 05 enell 133     }
8 10 Oct 05 enell 134
8 10 Oct 05 enell 135   }
8 10 Oct 05 enell 136
8 10 Oct 05 enell 137   public static void main(String[] args)
8 10 Oct 05 enell 138   {
8 10 Oct 05 enell 139     try
8 10 Oct 05 enell 140     {
8 10 Oct 05 enell 141       BASEFileReader bfr = null;
8 10 Oct 05 enell 142       if (args.length == 1)
8 10 Oct 05 enell 143       {
15 14 Oct 05 enell 144         bfr = new BASEFileReader(new File(args[0]));
8 10 Oct 05 enell 145       }
8 10 Oct 05 enell 146       else if (args.length == 0)
8 10 Oct 05 enell 147       {
15 14 Oct 05 enell 148         bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
8 10 Oct 05 enell 149       }
8 10 Oct 05 enell 150       else
8 10 Oct 05 enell 151       {
8 10 Oct 05 enell 152         System.err.println("VirtualArray: invalid input given");
8 10 Oct 05 enell 153         System.exit(-1);
8 10 Oct 05 enell 154       }
8 10 Oct 05 enell 155
8 10 Oct 05 enell 156       new VirtualArray(bfr);
8 10 Oct 05 enell 157     }
8 10 Oct 05 enell 158     catch (OutOfMemoryError e)
8 10 Oct 05 enell 159     {
8 10 Oct 05 enell 160       System.err.println("No more memory in the java virtual machine. Try to start the application with the flag '-Xmx256m' or '-Xmx512m'. If you need even more memory choose a larger digit (max 1024)");
8 10 Oct 05 enell 161       e.printStackTrace();
8 10 Oct 05 enell 162       System.exit(-1);
8 10 Oct 05 enell 163     }
8 10 Oct 05 enell 164     catch (FileNotFoundException e)
8 10 Oct 05 enell 165     {
8 10 Oct 05 enell 166       e.printStackTrace();
8 10 Oct 05 enell 167     }
8 10 Oct 05 enell 168     catch (BASEFileException e)
8 10 Oct 05 enell 169     {
8 10 Oct 05 enell 170       e.printStackTrace();
8 10 Oct 05 enell 171     }
8 10 Oct 05 enell 172     catch (IOException e)
8 10 Oct 05 enell 173     {
8 10 Oct 05 enell 174       e.printStackTrace();
8 10 Oct 05 enell 175     }
8 10 Oct 05 enell 176   }
8 10 Oct 05 enell 177 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:56 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)