plugins/base1/se.lu.onk.cgh_dataDumper/trunk/cgh_dataDumper.base

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
720 11 Jun 08 jari 1 BASEfile
720 11 Jun 08 jari 2 section  plugin
720 11 Jun 08 jari 3 uniqueName  onk.lu.se/johans/cghDataDumper/
720 11 Jun 08 jari 4 versionNumber  1.0
720 11 Jun 08 jari 5 name  Export: CGH Data Dumper
720 11 Jun 08 jari 6 descr  Export: CGH Data Dumper\r\n\r\nThis plugin exports typical BAC data in a simple format readily accessible for e.g. Excel, CGHExplorer, MeV CGH viewer. This plugin works on a normal base file (matrix mode). Therefore, you might want to join array designs using Virtual array if having different designs before running this plugin.\r\n\r\nExported fields are:\r\nReporterId = BAC clone Id\r\nGeneSymbol = Gene symbols of genes mapped to the BAC clone. Could be bundled using ;\r\nChromosome\r\nCytoBand\r\nStartPosition = Start position in BP for the BAC clone\r\nEndPosition = End position in BP for the BAC clone\r\nM = Log2(ratio)\r\n\r\nObserve, that the CGH formats do require probes to be exported to have a genomic mapping.\r\n\r\nStandard Format:\r\nFormat of header line is the above common columns and then the assays with assay names in the header.\r\n\r\nLite Format:\r\nFormat of header line is reporterId,chromosome,start,stop and then the assays with assay names in the header. NOTE: This format should be compatible with MeV CGH viewer.\r\n\r\nSample Name export:\r\nOnly the sample names are exported into a file. No spot data.\r\n\r\nSample Name and annotation export:\r\nThe sample name and a chosen annotation is exported into a file. No spot data.\r\n\r\nAnnotation statistics:\r\nBy specifying in the appropiate text field below in the format e.g. |ER status|brca_family_status|..| you can get a summary of how many assays has a certain annotation value for each of the specified annotation types\r\n\r\nBED format:\r\nThis creates a format similar to BED format as defined by UCSC and Ensembl. Contains four columns, chr,start,stop,reporterId\r\nYou can use bed files to create your own tracks in e.g. UCSC genome browser.\r\n\r\nSingle file Lite. This creates N number of files corresponding to N number of assays. The file name speciefed as a parameter will be the suffix to the assay name. E.g specifying myfile.txt will create a file for Ca13928 as Ca13928_myfile.txt . The format of the individual files are the Lite format (reporterId, chromosome, start, stop, M).\r\n\r\nComplete annotations to file:\r\nThe annotations for all assays are printed to a file. Blanks are filled with NA\r\n\r\nSelected annotations to file:\r\nOnly selected annotations and their assays are printed to file. Blanks are filled with NA.\r\n\r\nMev + annotations\r\nAn MeV compatible file are printed, together with annotations. [TO BE COMPLETED]\r\n\r\nAnnotation Display dump for selected annotations:\r\nFor annotation display option. Enter selected annotations in the format:\r\n|ER Status|p_brca_family_status|etc..|\r\nThese annotations will be separated and a matrix created with N rows = N samples and for each annotation value type, a column will be made with N rows, where each row entry is 1 (annotation value exists for this assay) or 0, no annotation value.\r\n\r\nParameters:\r\n1. [Optional] Give a valid full file name for the created file.\r\n2. [Optional] Sort the data as well. OBS\! Using the sort option may require you to increase the RAM usage considerably if working with large data sets.\r\n3. Select export mode. Either standard or standard_lite as described above, or format suitable for Agilent CGH-analytics software.\r\n4. Select annotation for sample name and annotation export\r\n5. Define annotation types for annotation statistics in the form |ERstatus|brca_family_status|...|\r\n\r\nEnjoy\!  \r\n
720 11 Jun 08 jari 7 execName  onk.lu.se/johans/cghDataDumper/cgh_dataDumper.pl
720 11 Jun 08 jari 8 geneAverages  0
720 11 Jun 08 jari 9 serialFormat  0
720 11 Jun 08 jari 10 url  
720 11 Jun 08 jari 11 minChannels  2
720 11 Jun 08 jari 12 maxChannels  0
720 11 Jun 08 jari 13 leaveStdin  0
720 11 Jun 08 jari 14 leaveStdout  0
720 11 Jun 08 jari 15 estimatedTime  3600
720 11 Jun 08 jari 16 defaultMaxRam  134217728
720 11 Jun 08 jari 17 usedColumns  reporterId\tgeneSymbol\tchromosome\tcytoBand\tstartPosition\tendPosition
720 11 Jun 08 jari 18 usedFields  l2ratio1_2
720 11 Jun 08 jari 19 columns  position  valueType  name  commonName  options  defaultValue  enumOptions  removed
720 11 Jun 08 jari 20 %
720 11 Jun 08 jari 21 1  h  section    30  cghDataDumperParams    0
720 11 Jun 08 jari 22 13  t  filename  [Optional]  Give the export file a specific filename  50  NULL    0
720 11 Jun 08 jari 23 14  e  sort  Sort the data as well?  30  TRUE  TRUE\tYes\tFALSE\tNo  0
720 11 Jun 08 jari 24 16  e  exportMode  Select export mode  30  standard_lite  standard\tStandard format\tagilent\tAgilent CGH-analytics format \tstandard_lite\tStandard Lite\tsampleName\tSample names alone\tsampleName_annotation\tSample names + selected annotation\tannotationStatistics\tAnnotation statistics\tbed\tBED format\tsingleLite\tSingle assay Lite format\tannotationAll\tComplete annotations to file\tannotationSelected\tSelected annotations to file\tMeVannotationAll\tMeV all annotations\tannotationDisplaySelected\tAnnotation display export selected annotations  0
720 11 Jun 08 jari 25 20  n  annotationType  Select annotation for sample name - annotation export  30  0    0
720 11 Jun 08 jari 26 21  t  annoForStat  Define the annotation types to get statistics for as |..|..|  30  NULL    0
720 11 Jun 08 jari 27 22  t  yscale  Define y-scale in log 2 ratio  30  NULL    1
720 11 Jun 08 jari 28 23  i  min.clones  Define a minimum number of clones required for each chromosome  30  20    1
720 11 Jun 08 jari 29 24  e  boxes  Select degree of  "prettines" on plot  30  pretty  standard\tStandard\tpretty\tPretty \tsimple\tSimple  1
720 11 Jun 08 jari 30 25  t  noiselines  Define if desired 2 "noise lines" in log2(ratio) that will be plotted as dashed  30  NULL    1
720 11 Jun 08 jari 31 26  t  highlight  Highlight the following clones  100  NULL    1
720 11 Jun 08 jari 32 27  e  lines  Select if to have lines, dots, or both connecting clones  30  p  p\tClones as dots\tb\tClones as dots + lines between clones\tl\tOnly lines between dots  1
720 11 Jun 08 jari 33 28  t  assayNameStruct  Assay name structure (DO NOT USE %)  30  &1_&2    1
720 11 Jun 08 jari 34 29  t  assayGroup  Assay grouping item  30  NULL    1
720 11 Jun 08 jari 35 30  e  plotStyle  Select co-plotting style  30  0  0\tSide by side horizontal\t1\tOn top of each other horizontal  1
720 11 Jun 08 jari 36 31  t  stringDivider  Please enter the string divider if coplotting  5  _    1
720 11 Jun 08 jari 37 33  t  highlightGene  Highlight the following GENES  30  NULL    1
720 11 Jun 08 jari 38 34  e  VisualizeSegDup  Visualize segmental duplications  30  FALSE  TRUE\tYes\tFALSE\tNo  1
720 11 Jun 08 jari 39 35  f  qcSegDup  If visualize segDup, enter crosshyb cut off  30  1    1
720 11 Jun 08 jari 40

Generated on Tue Nov 21 03:42:01 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)