plugins/base1/se.lu.onk/trunk/AnnotationFilter/src/annotationfilter/Filter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
149 10 Aug 06 enell 1 package annotationfilter;
149 10 Aug 06 enell 2
210 06 Dec 06 enell 3 import basefile.BASEFileException;
149 10 Aug 06 enell 4 import basefile.BASEFileReader;
149 10 Aug 06 enell 5 import basefile.BASEFileSection;
149 10 Aug 06 enell 6
149 10 Aug 06 enell 7 import java.io.IOException;
149 10 Aug 06 enell 8 import java.util.ArrayList;
149 10 Aug 06 enell 9 import java.util.Arrays;
149 10 Aug 06 enell 10 import java.util.List;
149 10 Aug 06 enell 11 import java.util.regex.Matcher;
149 10 Aug 06 enell 12 import java.util.regex.Pattern;
149 10 Aug 06 enell 13
149 10 Aug 06 enell 14 /**
149 10 Aug 06 enell 15  * The class for filtering a basefile using the assay annotations.
149 10 Aug 06 enell 16  * 
149 10 Aug 06 enell 17  * @author Johan Enell
149 10 Aug 06 enell 18  */
149 10 Aug 06 enell 19 public class Filter
149 10 Aug 06 enell 20 {
149 10 Aug 06 enell 21   private boolean filter = true;
149 10 Aug 06 enell 22
149 10 Aug 06 enell 23   private List<String> annotationValues;
149 10 Aug 06 enell 24
149 10 Aug 06 enell 25   private int[] assayNumbers;
149 10 Aug 06 enell 26
149 10 Aug 06 enell 27   private String param_annotationValues = "";
149 10 Aug 06 enell 28
149 10 Aug 06 enell 29   private String param_annotationType = "";
149 10 Aug 06 enell 30   
149 10 Aug 06 enell 31   /**
149 10 Aug 06 enell 32    * This method extract the settings section for a basefile. Should be called
149 10 Aug 06 enell 33    * before the extractAssays method. The parameters used are annotationType
149 10 Aug 06 enell 34    * and annotationValues. If the are not present in the basefile the program
149 10 Aug 06 enell 35    * will not run.
149 10 Aug 06 enell 36    * 
149 10 Aug 06 enell 37    * @param section
149 10 Aug 06 enell 38    *            The settings section.
149 10 Aug 06 enell 39    */
149 10 Aug 06 enell 40   public void extractSettings(BASEFileSection section)
149 10 Aug 06 enell 41   {
149 10 Aug 06 enell 42     try
149 10 Aug 06 enell 43     {
212 06 Dec 06 enell 44       param_annotationValues = section.findStringOpt("annotationValues");
149 10 Aug 06 enell 45       param_annotationType = section.findStringOpt("annotationType");
149 10 Aug 06 enell 46       if (param_annotationType.equals("0"))
149 10 Aug 06 enell 47       {
149 10 Aug 06 enell 48         filter = false;
149 10 Aug 06 enell 49         System.err.println("No annotation selected.");
149 10 Aug 06 enell 50       }
149 10 Aug 06 enell 51       else if (param_annotationValues.equals(""))
149 10 Aug 06 enell 52       {
149 10 Aug 06 enell 53         filter = false;
149 10 Aug 06 enell 54       }
149 10 Aug 06 enell 55       annotationValues = new ArrayList<String>(Arrays.asList(param_annotationValues.split("\\\\r\\\\n", 0)));
149 10 Aug 06 enell 56       annotationValues.removeAll(Arrays.asList(""));
149 10 Aug 06 enell 57       if (section.findBooleanOpt("leaveEmpty"))
149 10 Aug 06 enell 58       {
149 10 Aug 06 enell 59         annotationValues.add("");
149 10 Aug 06 enell 60       }
149 10 Aug 06 enell 61     }
149 10 Aug 06 enell 62     catch (Exception e)
149 10 Aug 06 enell 63     {
149 10 Aug 06 enell 64       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 65       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 66     }
149 10 Aug 06 enell 67   }
149 10 Aug 06 enell 68
149 10 Aug 06 enell 69   /**
149 10 Aug 06 enell 70    * The method that extract the assays from the basefile and starts to filter
149 10 Aug 06 enell 71    * according to the settings that extractSettings has read.
149 10 Aug 06 enell 72    * 
149 10 Aug 06 enell 73    * @param section
149 10 Aug 06 enell 74    *            The assays section
149 10 Aug 06 enell 75    * @param reader
149 10 Aug 06 enell 76    *            The BASEFileReader from the basefile so the assays can be
149 10 Aug 06 enell 77    *            read.
149 10 Aug 06 enell 78    */
149 10 Aug 06 enell 79   public void extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 80   {
149 10 Aug 06 enell 81     try
149 10 Aug 06 enell 82     {
149 10 Aug 06 enell 83       List<String> columns = section.findFieldList("columns");
149 10 Aug 06 enell 84
149 10 Aug 06 enell 85       if (columns == null)
149 10 Aug 06 enell 86       {
149 10 Aug 06 enell 87         System.err.println("columns is missing in the assays section.");
149 10 Aug 06 enell 88         System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 89       }
149 10 Aug 06 enell 90
149 10 Aug 06 enell 91       int idCol = columns.indexOf("id");
149 10 Aug 06 enell 92       int annotationCol = columns.indexOf(param_annotationType);
149 10 Aug 06 enell 93
149 10 Aug 06 enell 94       if (filter && (idCol == -1 || annotationCol == -1))
149 10 Aug 06 enell 95       {
149 10 Aug 06 enell 96         System.err.println("id or " + param_annotationType + " is missing in the assays section.");
149 10 Aug 06 enell 97         System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 98       }
149 10 Aug 06 enell 99
149 10 Aug 06 enell 100       String[] vals;
149 10 Aug 06 enell 101       ArrayList<String[]> data = new ArrayList<String[]>();
149 10 Aug 06 enell 102       ArrayList<Integer> tmpNumbers = new ArrayList<Integer>();
149 10 Aug 06 enell 103       while ((vals = reader.readDataRow()) != null)
149 10 Aug 06 enell 104       {
149 10 Aug 06 enell 105         if (filter)
149 10 Aug 06 enell 106         {
212 06 Dec 06 enell 107           if (annotationValues.contains(vals[annotationCol]))
149 10 Aug 06 enell 108           {
149 10 Aug 06 enell 109             data.add(vals);
149 10 Aug 06 enell 110             tmpNumbers.add(new Integer(vals[idCol]));
149 10 Aug 06 enell 111           }
149 10 Aug 06 enell 112         }
149 10 Aug 06 enell 113         else
149 10 Aug 06 enell 114         {
149 10 Aug 06 enell 115           tmpNumbers.add(new Integer(vals[idCol]));
149 10 Aug 06 enell 116           data.add(vals);
149 10 Aug 06 enell 117         }
149 10 Aug 06 enell 118       }
149 10 Aug 06 enell 119       section.setHeader("count", tmpNumbers.size());
149 10 Aug 06 enell 120       System.out.println(section);
149 10 Aug 06 enell 121
149 10 Aug 06 enell 122       for (String[] line : data)
149 10 Aug 06 enell 123       {
149 10 Aug 06 enell 124         System.out.print(line[0]);
149 10 Aug 06 enell 125         for (int i = 1; i < line.length; i++)
149 10 Aug 06 enell 126         {
149 10 Aug 06 enell 127           System.out.print("\t" + line[i]);
149 10 Aug 06 enell 128         }
149 10 Aug 06 enell 129         System.out.println();
149 10 Aug 06 enell 130       }
149 10 Aug 06 enell 131       System.out.println();
149 10 Aug 06 enell 132
149 10 Aug 06 enell 133       if (filter && tmpNumbers.size() == 0)
149 10 Aug 06 enell 134       {
210 06 Dec 06 enell 135         throw new BASEFileException("Can't find any assay with " + param_annotationType + " matching " + annotationValues);
149 10 Aug 06 enell 136       }
149 10 Aug 06 enell 137
149 10 Aug 06 enell 138       assayNumbers = new int[tmpNumbers.size()];
149 10 Aug 06 enell 139       for (int i = 0; i < assayNumbers.length; i++)
149 10 Aug 06 enell 140       {
149 10 Aug 06 enell 141         Integer number = tmpNumbers.get(i);
149 10 Aug 06 enell 142         assayNumbers[i] = number.intValue();
149 10 Aug 06 enell 143       }
149 10 Aug 06 enell 144     }
149 10 Aug 06 enell 145     catch (Exception e)
149 10 Aug 06 enell 146     {
149 10 Aug 06 enell 147       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 148       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 149     }
149 10 Aug 06 enell 150   }
149 10 Aug 06 enell 151
149 10 Aug 06 enell 152   /**
149 10 Aug 06 enell 153    * This method reads the spot section and and prints the spots from from the
149 10 Aug 06 enell 154    * assays left after the filtering.
149 10 Aug 06 enell 155    * 
149 10 Aug 06 enell 156    * @param section
149 10 Aug 06 enell 157    *            The spots section.
149 10 Aug 06 enell 158    * @param reader
149 10 Aug 06 enell 159    *            he BASEFileReader from the basefile so the spots can be read.
149 10 Aug 06 enell 160    */
149 10 Aug 06 enell 161   public void extractSpots(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
149 10 Aug 06 enell 162   {
149 10 Aug 06 enell 163     List<String> assays = section.findFieldList("assays");
149 10 Aug 06 enell 164     List<String> columns = section.findFieldList("columns");
149 10 Aug 06 enell 165     List<String> assayFields = section.findFieldList("assayFields");
149 10 Aug 06 enell 166
149 10 Aug 06 enell 167     if (columns == null || assayFields == null || assays == null)
149 10 Aug 06 enell 168     {
149 10 Aug 06 enell 169       System.err.println("columns, assayFields or assays is missing in one of the assays spot section.");
149 10 Aug 06 enell 170       System.exit(0);
149 10 Aug 06 enell 171     }
149 10 Aug 06 enell 172
149 10 Aug 06 enell 173     int assayDataCol = columns.indexOf("assayData");
149 10 Aug 06 enell 174     int[] assayCol = new int[assayNumbers.length];
149 10 Aug 06 enell 175
149 10 Aug 06 enell 176     for (int i = 0; i < assayCol.length; i++)
149 10 Aug 06 enell 177     {
149 10 Aug 06 enell 178       assayCol[i] = assays.indexOf(String.valueOf(assayNumbers[i]));
149 10 Aug 06 enell 179     }
149 10 Aug 06 enell 180
149 10 Aug 06 enell 181     if (assayNumbers.length > 0)
149 10 Aug 06 enell 182     {
149 10 Aug 06 enell 183       String value = String.valueOf(assayNumbers[0]);
149 10 Aug 06 enell 184       for (int i = 1; i < assayNumbers.length; i++)
149 10 Aug 06 enell 185       {
149 10 Aug 06 enell 186         value += "\t" + assayNumbers[i];
149 10 Aug 06 enell 187       }
149 10 Aug 06 enell 188       section.setHeader("assays", value);
149 10 Aug 06 enell 189     }
149 10 Aug 06 enell 190     else
149 10 Aug 06 enell 191     {
149 10 Aug 06 enell 192       section.setHeader("assays", "");
149 10 Aug 06 enell 193     }
149 10 Aug 06 enell 194
149 10 Aug 06 enell 195     try
149 10 Aug 06 enell 196     {
149 10 Aug 06 enell 197       section.removeHeader("setExtraFloats");
149 10 Aug 06 enell 198       Pattern p = Pattern.compile("_xc_(\\S*)\\b");
149 10 Aug 06 enell 199       Matcher m = p.matcher(section.findStringOpt("assayFields"));
149 10 Aug 06 enell 200       while (m.find())
149 10 Aug 06 enell 201       {
149 10 Aug 06 enell 202         String ef = section.getHeader("setExtraFloats");
149 10 Aug 06 enell 203         ef = ef == null ? m.group(1) : ef + "\t" + m.group(1);
149 10 Aug 06 enell 204         section.setHeader("setExtraFloats", ef);
149 10 Aug 06 enell 205       }
149 10 Aug 06 enell 206       section.setHeader("assayFields", section.findStringOpt("assayFields").replaceAll("_xc_", ""));
149 10 Aug 06 enell 207       System.out.println(section);
149 10 Aug 06 enell 208
149 10 Aug 06 enell 209       String[] vals;
149 10 Aug 06 enell 210       while ((vals = reader.readDataRow()) != null)
149 10 Aug 06 enell 211       {
149 10 Aug 06 enell 212         String spotLine = "";
149 10 Aug 06 enell 213         for (int i = 0; i < assayCol.length; i++)
149 10 Aug 06 enell 214         {
149 10 Aug 06 enell 215           for (int j = 0; j < assayFields.size(); j++)
149 10 Aug 06 enell 216           {
149 10 Aug 06 enell 217             spotLine += "\t" + vals[assayDataCol + assayFields.size() * assayCol[i] + j];
149 10 Aug 06 enell 218           }
149 10 Aug 06 enell 219         }
149 10 Aug 06 enell 220         if (!spotLine.matches("^\\s*$"))
149 10 Aug 06 enell 221         {
149 10 Aug 06 enell 222           String geneLine = vals[0];
149 10 Aug 06 enell 223           for (int j = 1; j < columns.size() - 1; j++)
149 10 Aug 06 enell 224           {
149 10 Aug 06 enell 225             geneLine += "\t" + vals[j];
149 10 Aug 06 enell 226           }
149 10 Aug 06 enell 227           System.out.println(geneLine + spotLine);
149 10 Aug 06 enell 228         }
149 10 Aug 06 enell 229
149 10 Aug 06 enell 230       }
149 10 Aug 06 enell 231     }
149 10 Aug 06 enell 232     catch (IOException e)
149 10 Aug 06 enell 233     {
149 10 Aug 06 enell 234       e.printStackTrace();
149 10 Aug 06 enell 235     }
149 10 Aug 06 enell 236   }
142 10 Aug 06 enell 237 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:21 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)