plugins/base1/se.lu.onk/trunk/BaseFile_deprecated/src/basefile/BASEFileDataSection.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
248 28 Mar 07 enell 1 /*
248 28 Mar 07 enell 2   $Id$
248 28 Mar 07 enell 3
248 28 Mar 07 enell 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
248 28 Mar 07 enell 5
248 28 Mar 07 enell 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
248 28 Mar 07 enell 7   Available at http://base.thep.lu.se/
248 28 Mar 07 enell 8
248 28 Mar 07 enell 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
248 28 Mar 07 enell 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
248 28 Mar 07 enell 11   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
248 28 Mar 07 enell 12   (at your option) any later version.
248 28 Mar 07 enell 13
248 28 Mar 07 enell 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
248 28 Mar 07 enell 15   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
248 28 Mar 07 enell 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
248 28 Mar 07 enell 17   General Public License for more details.
248 28 Mar 07 enell 18
248 28 Mar 07 enell 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
248 28 Mar 07 enell 20   along with this program; if not, write to the Free Software
248 28 Mar 07 enell 21   Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
248 28 Mar 07 enell 22   02111-1307, USA.
248 28 Mar 07 enell 23 */
248 28 Mar 07 enell 24 package basefile;
248 28 Mar 07 enell 25
265 27 Apr 07 enell 26 import java.util.List;
265 27 Apr 07 enell 27
248 28 Mar 07 enell 28 public abstract class BASEFileDataSection extends BASEFileSection
248 28 Mar 07 enell 29 {
248 28 Mar 07 enell 30   
248 28 Mar 07 enell 31   protected int height;
248 28 Mar 07 enell 32   
248 28 Mar 07 enell 33   protected int width;
248 28 Mar 07 enell 34   
248 28 Mar 07 enell 35   public BASEFileDataSection(BASEFileSection bfs) throws BASEFileException
248 28 Mar 07 enell 36   {
248 28 Mar 07 enell 37     super(bfs);
248 28 Mar 07 enell 38   }
248 28 Mar 07 enell 39   
248 28 Mar 07 enell 40   public BASEFileDataSection(BASEFileDataSection bfds) throws BASEFileException
248 28 Mar 07 enell 41   {
250 30 Mar 07 enell 42     this((BASEFileSection)bfds);
250 30 Mar 07 enell 43     this.setWidth(bfds.getWidth());
250 30 Mar 07 enell 44     this.setHeight(bfds.getHeight());
248 28 Mar 07 enell 45   }
248 28 Mar 07 enell 46   
250 30 Mar 07 enell 47   protected BASEFileDataSection(String type)
250 30 Mar 07 enell 48   {
250 30 Mar 07 enell 49     super(type);
265 27 Apr 07 enell 50     this.setCount(0);
265 27 Apr 07 enell 51     this.setColumns();
250 30 Mar 07 enell 52   }
250 30 Mar 07 enell 53
248 28 Mar 07 enell 54   public int getCount()
248 28 Mar 07 enell 55   {
248 28 Mar 07 enell 56     return this.findIntOpt("count");
248 28 Mar 07 enell 57   }
248 28 Mar 07 enell 58
248 28 Mar 07 enell 59   public final int getHeight()
248 28 Mar 07 enell 60   {
248 28 Mar 07 enell 61     return height;
248 28 Mar 07 enell 62   }
248 28 Mar 07 enell 63
248 28 Mar 07 enell 64   public final int getWidth()
248 28 Mar 07 enell 65   {
248 28 Mar 07 enell 66     return width;
248 28 Mar 07 enell 67   }
250 30 Mar 07 enell 68   
265 27 Apr 07 enell 69   public final List<String> getColumns()
265 27 Apr 07 enell 70   {
265 27 Apr 07 enell 71     return this.findFieldList("columns");
265 27 Apr 07 enell 72   }
265 27 Apr 07 enell 73
265 27 Apr 07 enell 74   public final int getColumnsColIndex(String col) throws BASEFileException
265 27 Apr 07 enell 75   {
265 27 Apr 07 enell 76     return this.getColIndex("columns", col);
265 27 Apr 07 enell 77   }
265 27 Apr 07 enell 78
265 27 Apr 07 enell 79   public final String setColumns(Object... values)
265 27 Apr 07 enell 80   {
265 27 Apr 07 enell 81     return setHeader("columns", values);
265 27 Apr 07 enell 82   }
265 27 Apr 07 enell 83   
250 30 Mar 07 enell 84   public final String setCount(int c)
248 28 Mar 07 enell 85   {
250 30 Mar 07 enell 86     return setHeader("count", c);
248 28 Mar 07 enell 87   }
248 28 Mar 07 enell 88
248 28 Mar 07 enell 89   public final void setHeight(int height)
248 28 Mar 07 enell 90   {
248 28 Mar 07 enell 91     this.height = height;
248 28 Mar 07 enell 92   }
248 28 Mar 07 enell 93
248 28 Mar 07 enell 94   public final void setWidth(int width)
248 28 Mar 07 enell 95   {
248 28 Mar 07 enell 96     this.width = width;
248 28 Mar 07 enell 97   }
248 28 Mar 07 enell 98
248 28 Mar 07 enell 99   public abstract int getDataLineLength();
250 30 Mar 07 enell 100   
250 30 Mar 07 enell 101   public abstract String getDataLine(int i);
250 30 Mar 07 enell 102   
250 30 Mar 07 enell 103   public void addData(Object... data)
250 30 Mar 07 enell 104     throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 105   {
250 30 Mar 07 enell 106     if (!isInitiated())
250 30 Mar 07 enell 107     {
250 30 Mar 07 enell 108       init();
250 30 Mar 07 enell 109     }
250 30 Mar 07 enell 110   }
250 30 Mar 07 enell 111
250 30 Mar 07 enell 112   @Override
250 30 Mar 07 enell 113   protected void init() throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 114   {
250 30 Mar 07 enell 115     super.init();
250 30 Mar 07 enell 116   }
250 30 Mar 07 enell 117
250 30 Mar 07 enell 118   @Override
250 30 Mar 07 enell 119   public void validate() throws BASEFileException
250 30 Mar 07 enell 120   {
250 30 Mar 07 enell 121     super.validate();
250 30 Mar 07 enell 122     if (getHeader("count") == null) throw new BadSectionException("Data section must contain count header");
250 30 Mar 07 enell 123   }
248 28 Mar 07 enell 124 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:24 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)