plugins/base1/se.lu.onk/trunk/GoMiner/src/net/sf/basedb/plugin/gominer/GoMinerExport.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
195 07 Nov 06 enell 1 /*
195 07 Nov 06 enell 2  * Created on 21-Sep-2004
195 07 Nov 06 enell 3  * 
195 07 Nov 06 enell 4  * Main.java is a part of GoMiner
195 07 Nov 06 enell 5  * Copyright (C) 2004 Johan Enell, Dept Oncology, Lund University
195 07 Nov 06 enell 6  * 
195 07 Nov 06 enell 7  * This program is free software; you can redistribute it and/or
195 07 Nov 06 enell 8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
195 07 Nov 06 enell 9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
195 07 Nov 06 enell 10  * of the License, or (at your option) any later version.
195 07 Nov 06 enell 11  * 
195 07 Nov 06 enell 12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
195 07 Nov 06 enell 13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
195 07 Nov 06 enell 14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
195 07 Nov 06 enell 15  * GNU General Public License for more details.
195 07 Nov 06 enell 16  * 
195 07 Nov 06 enell 17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
195 07 Nov 06 enell 18  * along with this program; if not, write toX the Free Software
195 07 Nov 06 enell 19  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
195 07 Nov 06 enell 20  */
195 07 Nov 06 enell 21 package net.sf.basedb.plugin.gominer;
195 07 Nov 06 enell 22
195 07 Nov 06 enell 23 import basefile.BASEFileReader;
195 07 Nov 06 enell 24 import basefile.BASEFileSection;
195 07 Nov 06 enell 25 import basefile.BadFormatException;
195 07 Nov 06 enell 26 import basefile.BadSectionException;
195 07 Nov 06 enell 27
195 07 Nov 06 enell 28 import java.io.File;
195 07 Nov 06 enell 29 import java.io.FileNotFoundException;
195 07 Nov 06 enell 30 import java.io.FileOutputStream;
195 07 Nov 06 enell 31 import java.io.IOException;
195 07 Nov 06 enell 32 import java.io.PrintStream;
195 07 Nov 06 enell 33 import java.util.ArrayList;
195 07 Nov 06 enell 34 import java.util.HashMap;
195 07 Nov 06 enell 35 import java.util.HashSet;
195 07 Nov 06 enell 36 import java.util.Iterator;
195 07 Nov 06 enell 37 import java.util.List;
195 07 Nov 06 enell 38
195 07 Nov 06 enell 39 /**
195 07 Nov 06 enell 40  * 
195 07 Nov 06 enell 41  * @author Johan Enell, johan.enell@onk.lu.se, Dept Oncology, Lund University, S-221 85 Lund, Sweden
195 07 Nov 06 enell 42  */
195 07 Nov 06 enell 43 public class GoMinerExport
195 07 Nov 06 enell 44 {
195 07 Nov 06 enell 45
195 07 Nov 06 enell 46   private HashMap<String, PrintStream> assayFiles = new HashMap<String, PrintStream>();
195 07 Nov 06 enell 47
195 07 Nov 06 enell 48   private Float param_threshold;
195 07 Nov 06 enell 49
195 07 Nov 06 enell 50   private HashSet<String> geneList;
195 07 Nov 06 enell 51
195 07 Nov 06 enell 52   public GoMinerExport(BASEFileReader bfr) throws IOException, BadFormatException, BadSectionException
195 07 Nov 06 enell 53   {
195 07 Nov 06 enell 54     BASEFileSection section = bfr.readSection(true);
195 07 Nov 06 enell 55     while (section != null)
195 07 Nov 06 enell 56     {
195 07 Nov 06 enell 57       if (section.isType("settings"))
195 07 Nov 06 enell 58       {
195 07 Nov 06 enell 59         extractSettings(section);
195 07 Nov 06 enell 60       }
195 07 Nov 06 enell 61       else if (section.isType("assays"))
195 07 Nov 06 enell 62       {
195 07 Nov 06 enell 63         extractAssays(section, bfr);
195 07 Nov 06 enell 64       }
195 07 Nov 06 enell 65       else if (section.isType("spots"))
195 07 Nov 06 enell 66       {
195 07 Nov 06 enell 67         extractSpots(section, bfr);
195 07 Nov 06 enell 68       }
195 07 Nov 06 enell 69       section = bfr.readSection();
195 07 Nov 06 enell 70     }
195 07 Nov 06 enell 71
195 07 Nov 06 enell 72     PrintStream geneList_out = new PrintStream(new FileOutputStream("genelist.txt"), true);
195 07 Nov 06 enell 73
195 07 Nov 06 enell 74     Iterator it = geneList.iterator();
195 07 Nov 06 enell 75     for (String gene = (String) it.next(); it.hasNext(); gene = (String) it.next())
195 07 Nov 06 enell 76     {
195 07 Nov 06 enell 77       geneList_out.println(gene);
195 07 Nov 06 enell 78     }
195 07 Nov 06 enell 79   }
195 07 Nov 06 enell 80
195 07 Nov 06 enell 81   /**
195 07 Nov 06 enell 82    * @param section
195 07 Nov 06 enell 83    * @param bfr
195 07 Nov 06 enell 84    */
195 07 Nov 06 enell 85   private void extractSpots(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
195 07 Nov 06 enell 86   {
195 07 Nov 06 enell 87     String[] assays = null;
195 07 Nov 06 enell 88
195 07 Nov 06 enell 89     List<String> columns = section.findFieldList("columns");
195 07 Nov 06 enell 90     List<String> assayFields = section.findFieldList("assayFields");
195 07 Nov 06 enell 91     
195 07 Nov 06 enell 92     HashMap<String, List<Float>> geneRatios = new HashMap<String, List<Float>>();
195 07 Nov 06 enell 93
195 07 Nov 06 enell 94     assays = section.findStringOpts("assays");
195 07 Nov 06 enell 95     PrintStream file = assayFiles.get(assays[0]);
195 07 Nov 06 enell 96
195 07 Nov 06 enell 97     int symCol = columns.indexOf("geneSymbol");
195 07 Nov 06 enell 98     int dataCol = columns.indexOf("assayData");
195 07 Nov 06 enell 99     int ratioCol = assayFields.indexOf("l2ratio1_2") + dataCol;
195 07 Nov 06 enell 100
195 07 Nov 06 enell 101     String[] vals;
195 07 Nov 06 enell 102     try
195 07 Nov 06 enell 103     {
195 07 Nov 06 enell 104       while ((vals = reader.readDataRow()) != null)
195 07 Nov 06 enell 105       {
195 07 Nov 06 enell 106         if (!vals[symCol].equals(""))
195 07 Nov 06 enell 107         {
195 07 Nov 06 enell 108           if (param_threshold != null)
195 07 Nov 06 enell 109           {
195 07 Nov 06 enell 110             if (!vals[ratioCol].equals(""))
195 07 Nov 06 enell 111             {
195 07 Nov 06 enell 112               geneList.add(vals[symCol]);
195 07 Nov 06 enell 113               
195 07 Nov 06 enell 114               List<Float> geneR = geneRatios.get(vals[symCol]);
195 07 Nov 06 enell 115               if (geneR == null)
195 07 Nov 06 enell 116               {
195 07 Nov 06 enell 117                 geneR = new ArrayList<Float>();
195 07 Nov 06 enell 118                 geneRatios.put(vals[symCol], geneR);
195 07 Nov 06 enell 119               }
195 07 Nov 06 enell 120               geneR.add(new Float(vals[ratioCol]));
195 07 Nov 06 enell 121             }
195 07 Nov 06 enell 122           }
195 07 Nov 06 enell 123         }
195 07 Nov 06 enell 124       }
195 07 Nov 06 enell 125
195 07 Nov 06 enell 126       for (String symbol : geneRatios.keySet())
195 07 Nov 06 enell 127       {
195 07 Nov 06 enell 128         float v = mean(geneRatios.get(symbol));
195 07 Nov 06 enell 129         if (v > param_threshold)
195 07 Nov 06 enell 130         {
195 07 Nov 06 enell 131           file.println(symbol + "\t1");
195 07 Nov 06 enell 132         }
195 07 Nov 06 enell 133         else if (v < -1.0 * param_threshold)
195 07 Nov 06 enell 134         {
195 07 Nov 06 enell 135           file.println(symbol + "\t-1");
195 07 Nov 06 enell 136         }
195 07 Nov 06 enell 137       }
195 07 Nov 06 enell 138     }
195 07 Nov 06 enell 139     catch (IOException e)
195 07 Nov 06 enell 140     {
195 07 Nov 06 enell 141       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 142     }
195 07 Nov 06 enell 143   }
195 07 Nov 06 enell 144
195 07 Nov 06 enell 145   /**
195 07 Nov 06 enell 146    * @param section
195 07 Nov 06 enell 147    * @param bfr
195 07 Nov 06 enell 148    */
195 07 Nov 06 enell 149   private void extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader reader)
195 07 Nov 06 enell 150   {
195 07 Nov 06 enell 151     String[] vals;
195 07 Nov 06 enell 152     try
195 07 Nov 06 enell 153     {
195 07 Nov 06 enell 154       if (param_threshold != null)
195 07 Nov 06 enell 155       {
195 07 Nov 06 enell 156         while ((vals = reader.readDataRow()) != null)
195 07 Nov 06 enell 157         {
195 07 Nov 06 enell 158           assayFiles.put(vals[0], new PrintStream(new FileOutputStream(vals[1] + ".txt"), true));
195 07 Nov 06 enell 159         }
195 07 Nov 06 enell 160       }
195 07 Nov 06 enell 161       geneList = new HashSet<String>();
195 07 Nov 06 enell 162     }
195 07 Nov 06 enell 163     catch (IOException e)
195 07 Nov 06 enell 164     {
195 07 Nov 06 enell 165       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 166       System.exit(-1);
195 07 Nov 06 enell 167     }
195 07 Nov 06 enell 168   }
195 07 Nov 06 enell 169
195 07 Nov 06 enell 170   /**
195 07 Nov 06 enell 171    * @param section
195 07 Nov 06 enell 172    * @throws MissingOptionException
195 07 Nov 06 enell 173    * @throws NumberFormatException
195 07 Nov 06 enell 174    */
195 07 Nov 06 enell 175   private void extractSettings(BASEFileSection section)
195 07 Nov 06 enell 176   {
195 07 Nov 06 enell 177     try
195 07 Nov 06 enell 178     {
195 07 Nov 06 enell 179       String threshold = section.findStringOpt("threshold");
195 07 Nov 06 enell 180       if (threshold.equals(""))
195 07 Nov 06 enell 181       {
195 07 Nov 06 enell 182         param_threshold = null;
195 07 Nov 06 enell 183       }
195 07 Nov 06 enell 184       else
195 07 Nov 06 enell 185       {
195 07 Nov 06 enell 186         param_threshold = new Float(threshold);
195 07 Nov 06 enell 187       }
195 07 Nov 06 enell 188     }
195 07 Nov 06 enell 189     catch (Exception e)
195 07 Nov 06 enell 190     {
195 07 Nov 06 enell 191       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 192       System.exit(-1);
195 07 Nov 06 enell 193     }
195 07 Nov 06 enell 194   }
195 07 Nov 06 enell 195
195 07 Nov 06 enell 196   public static void main(String[] args)
195 07 Nov 06 enell 197   {
195 07 Nov 06 enell 198     try
195 07 Nov 06 enell 199     {
195 07 Nov 06 enell 200       BASEFileReader bfr = null;
195 07 Nov 06 enell 201       if (args.length == 1)
195 07 Nov 06 enell 202       {
195 07 Nov 06 enell 203         bfr = new BASEFileReader(new File(args[0]));
195 07 Nov 06 enell 204       }
195 07 Nov 06 enell 205       else
195 07 Nov 06 enell 206       {
195 07 Nov 06 enell 207         bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
195 07 Nov 06 enell 208       }
195 07 Nov 06 enell 209
195 07 Nov 06 enell 210       new GoMinerExport(bfr);
195 07 Nov 06 enell 211     }
195 07 Nov 06 enell 212     catch (OutOfMemoryError e)
195 07 Nov 06 enell 213     {
195 07 Nov 06 enell 214       System.err.println("No more memory in the java virtual machine. Try to start the application with the flag '-Xmx256m' or '-Xmx512m'. If you need even more memory, duplicate the digit");
195 07 Nov 06 enell 215       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 216       System.exit(-1);
195 07 Nov 06 enell 217     }
195 07 Nov 06 enell 218     catch (FileNotFoundException e)
195 07 Nov 06 enell 219     {
195 07 Nov 06 enell 220       System.out.println("GoMiner: Could not find the file " + args[0]);
195 07 Nov 06 enell 221       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 222     }
195 07 Nov 06 enell 223     catch (BadFormatException e)
195 07 Nov 06 enell 224     {
195 07 Nov 06 enell 225       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 226     }
195 07 Nov 06 enell 227     catch (BadSectionException e)
195 07 Nov 06 enell 228     {
195 07 Nov 06 enell 229       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 230     }
195 07 Nov 06 enell 231     catch (IOException e)
195 07 Nov 06 enell 232     {
195 07 Nov 06 enell 233       System.out.println("GoMiner: Error reading the file " + args[0]);
195 07 Nov 06 enell 234       e.printStackTrace();
195 07 Nov 06 enell 235     }
195 07 Nov 06 enell 236   }
195 07 Nov 06 enell 237
195 07 Nov 06 enell 238   private float mean(List<Float> list)
195 07 Nov 06 enell 239   {
195 07 Nov 06 enell 240     float sum = 0;
195 07 Nov 06 enell 241     for (Float f : list)
195 07 Nov 06 enell 242     {
195 07 Nov 06 enell 243       sum += f;
195 07 Nov 06 enell 244     }
195 07 Nov 06 enell 245     return sum / list.size();
195 07 Nov 06 enell 246   }
195 07 Nov 06 enell 247 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:31 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)