plugins/base1/se.lu.onk/trunk/MergeReplicate/src/mergereplicate/MergeReplicates.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
142 10 Aug 06 enell 1 /*
142 10 Aug 06 enell 2  * Created on 07-Oct-2004
142 10 Aug 06 enell 3  * 
142 10 Aug 06 enell 4  * Merge.java is a part of MergeReplilcate
142 10 Aug 06 enell 5  * Copyright (C) 2004 Johan Enell, Dept Oncology, Lund University
142 10 Aug 06 enell 6  * 
142 10 Aug 06 enell 7  * This program is free software; you can redistribute it and/or
142 10 Aug 06 enell 8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
142 10 Aug 06 enell 9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
142 10 Aug 06 enell 10  * of the License, or (at your option) any later version.
142 10 Aug 06 enell 11  * 
142 10 Aug 06 enell 12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
142 10 Aug 06 enell 13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
142 10 Aug 06 enell 14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
142 10 Aug 06 enell 15  * GNU General Public License for more details.
142 10 Aug 06 enell 16  * 
142 10 Aug 06 enell 17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
142 10 Aug 06 enell 18  * along with this program; if not, write toX the Free Software
142 10 Aug 06 enell 19  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
142 10 Aug 06 enell 20  */
142 10 Aug 06 enell 21 package mergereplicate;
142 10 Aug 06 enell 22
142 10 Aug 06 enell 23 import java.io.File;
142 10 Aug 06 enell 24 import java.io.FileNotFoundException;
142 10 Aug 06 enell 25 import java.io.IOException;
142 10 Aug 06 enell 26 import java.io.PrintStream;
142 10 Aug 06 enell 27 import java.util.ArrayList;
142 10 Aug 06 enell 28 import java.util.Arrays;
142 10 Aug 06 enell 29 import java.util.HashMap;
142 10 Aug 06 enell 30 import java.util.List;
142 10 Aug 06 enell 31
142 10 Aug 06 enell 32 import basefile.BASEFileException;
142 10 Aug 06 enell 33 import basefile.BASEFileReader;
142 10 Aug 06 enell 34 import basefile.BASEFileSection;
142 10 Aug 06 enell 35
142 10 Aug 06 enell 36 /**
142 10 Aug 06 enell 37  * 
142 10 Aug 06 enell 38  * @author Johan Enell, johan.enell@onk.lu.se, Dept Oncology, Lund University, S-221 85 Lund, Sweden
142 10 Aug 06 enell 39  */
142 10 Aug 06 enell 40 public class MergeReplicates
142 10 Aug 06 enell 41 {
142 10 Aug 06 enell 42   PrintStream out;
142 10 Aug 06 enell 43
142 10 Aug 06 enell 44   /**
142 10 Aug 06 enell 45    * @param bfr
142 10 Aug 06 enell 46    * @throws IOException
142 10 Aug 06 enell 47    * @throws BadFormatException
142 10 Aug 06 enell 48    * @throws BadSectionException
142 10 Aug 06 enell 49    */
142 10 Aug 06 enell 50   public MergeReplicates(BASEFileReader bfr) throws Exception
142 10 Aug 06 enell 51   {
142 10 Aug 06 enell 52     out = new PrintStream("stdout.txt");
142 10 Aug 06 enell 53     BASEFileSection section = bfr.readSection(true);
142 10 Aug 06 enell 54     while (section != null)
142 10 Aug 06 enell 55     {
142 10 Aug 06 enell 56       if (section.isType("settings"))
142 10 Aug 06 enell 57       {
142 10 Aug 06 enell 58         extractSettings(section);
142 10 Aug 06 enell 59       }
142 10 Aug 06 enell 60       else if (section.isType("assays"))
142 10 Aug 06 enell 61       {
142 10 Aug 06 enell 62         extractAssays(section, bfr);
142 10 Aug 06 enell 63       }
142 10 Aug 06 enell 64       else if (section.isType("spots"))
142 10 Aug 06 enell 65       {
142 10 Aug 06 enell 66         extractSpots(section, bfr);
142 10 Aug 06 enell 67       }
142 10 Aug 06 enell 68       section = bfr.readSection();
142 10 Aug 06 enell 69     }
142 10 Aug 06 enell 70   }
142 10 Aug 06 enell 71
142 10 Aug 06 enell 72   /**
142 10 Aug 06 enell 73    * @param section
142 10 Aug 06 enell 74    * @param bfr
142 10 Aug 06 enell 75    * @throws BASEFileException
142 10 Aug 06 enell 76    * @throws IOException
142 10 Aug 06 enell 77    */
142 10 Aug 06 enell 78   private void extractSpots(BASEFileSection section, BASEFileReader bfr) throws BASEFileException, IOException
142 10 Aug 06 enell 79   {
142 10 Aug 06 enell 80     List<String> assayFieldsMap;
142 10 Aug 06 enell 81     List<String> columnsMap;
142 10 Aug 06 enell 82     List<String> assaysMap;
142 10 Aug 06 enell 83
142 10 Aug 06 enell 84     int positionPos = -1;
142 10 Aug 06 enell 85     int assayDataPos = -1;
142 10 Aug 06 enell 86     int reporterPos = -1;
142 10 Aug 06 enell 87     int ratioPos = -1;
142 10 Aug 06 enell 88     int intensityPos = -1;
142 10 Aug 06 enell 89
142 10 Aug 06 enell 90     assaysMap = section.findFieldList("assays");
142 10 Aug 06 enell 91     if (assaysMap == null)
142 10 Aug 06 enell 92     {
142 10 Aug 06 enell 93       System.err.print("assaysMap row in spots section not found\n");
142 10 Aug 06 enell 94       System.exit(0);
142 10 Aug 06 enell 95     }
142 10 Aug 06 enell 96
142 10 Aug 06 enell 97     columnsMap = section.findFieldList("columns");
142 10 Aug 06 enell 98     if (columnsMap == null)
142 10 Aug 06 enell 99     {
142 10 Aug 06 enell 100       throw new BASEFileException("Columns row in spots section not found\n");
142 10 Aug 06 enell 101     }
142 10 Aug 06 enell 102
142 10 Aug 06 enell 103     assayFieldsMap = section.findFieldList("assayFields");
142 10 Aug 06 enell 104     if (assayFieldsMap == null)
142 10 Aug 06 enell 105     {
142 10 Aug 06 enell 106       throw new BASEFileException("assayFields row in spots section not found\n");
142 10 Aug 06 enell 107     }
142 10 Aug 06 enell 108
142 10 Aug 06 enell 109     positionPos = columnsMap.indexOf("position");
142 10 Aug 06 enell 110     if (positionPos == -1)
142 10 Aug 06 enell 111     {
142 10 Aug 06 enell 112       throw new BASEFileException("position column in columns row missing\n");
142 10 Aug 06 enell 113     }
142 10 Aug 06 enell 114
142 10 Aug 06 enell 115     reporterPos = columnsMap.indexOf("reporter");
142 10 Aug 06 enell 116     if (reporterPos == -1)
142 10 Aug 06 enell 117     {
142 10 Aug 06 enell 118       throw new BASEFileException("reporter column in columns row missing\n");
142 10 Aug 06 enell 119     }
142 10 Aug 06 enell 120
142 10 Aug 06 enell 121     assayDataPos = columnsMap.indexOf("assayData");
142 10 Aug 06 enell 122     if (assayDataPos == -1)
142 10 Aug 06 enell 123     {
142 10 Aug 06 enell 124       throw new BASEFileException("assayData column in columns row missing\n");
142 10 Aug 06 enell 125     }
142 10 Aug 06 enell 126
142 10 Aug 06 enell 127     ratioPos = assayFieldsMap.indexOf("l2ratio1_2");
142 10 Aug 06 enell 128     if (ratioPos == -1)
142 10 Aug 06 enell 129     {
142 10 Aug 06 enell 130       throw new BASEFileException("l2ratio1_2 field in assayFields row missing\n");
142 10 Aug 06 enell 131     }
142 10 Aug 06 enell 132     ratioPos += assayDataPos;
142 10 Aug 06 enell 133
142 10 Aug 06 enell 134     intensityPos = assayFieldsMap.indexOf("l10intgmean1_2");
142 10 Aug 06 enell 135     if (intensityPos == -1)
142 10 Aug 06 enell 136     {
142 10 Aug 06 enell 137       throw new BASEFileException("l10intgmean1_2 field in assayFields row missing\n");
142 10 Aug 06 enell 138     }
142 10 Aug 06 enell 139     intensityPos += assayDataPos;
142 10 Aug 06 enell 140
142 10 Aug 06 enell 141     HashMap<Integer, List<MergeReplicates.Spot>> reporters = new HashMap<Integer, List<MergeReplicates.Spot>>();
142 10 Aug 06 enell 142     String[] row = bfr.readDataRow();
142 10 Aug 06 enell 143
142 10 Aug 06 enell 144     while (row != null)
142 10 Aug 06 enell 145     {
142 10 Aug 06 enell 146       float m;
142 10 Aug 06 enell 147       float a;
142 10 Aug 06 enell 148       int pos = Integer.parseInt(row[positionPos]);
142 10 Aug 06 enell 149       int reporter = Integer.parseInt(row[reporterPos]);
142 10 Aug 06 enell 150       Spot s = new Spot(pos, reporter, assaysMap.size());
142 10 Aug 06 enell 151
142 10 Aug 06 enell 152       for (int i = 0; i < assaysMap.size(); i++)
142 10 Aug 06 enell 153       {
142 10 Aug 06 enell 154         try
142 10 Aug 06 enell 155         {
142 10 Aug 06 enell 156           m = Float.parseFloat(row[ratioPos + i * assayFieldsMap.size()]);
142 10 Aug 06 enell 157           a = Float.parseFloat(row[intensityPos + i * assayFieldsMap.size()]);
142 10 Aug 06 enell 158         }
142 10 Aug 06 enell 159         catch (NumberFormatException e)
142 10 Aug 06 enell 160         {
142 10 Aug 06 enell 161           m = Float.NaN;
142 10 Aug 06 enell 162           a = Float.NaN;
142 10 Aug 06 enell 163         }
142 10 Aug 06 enell 164
142 10 Aug 06 enell 165         s.setA(a, i);
142 10 Aug 06 enell 166         s.setM(m, i);
142 10 Aug 06 enell 167       }
142 10 Aug 06 enell 168
142 10 Aug 06 enell 169       if (reporters.containsKey(reporter))
142 10 Aug 06 enell 170       {
142 10 Aug 06 enell 171         List<MergeReplicates.Spot> spots = reporters.get(reporter);
142 10 Aug 06 enell 172         spots.add(s);
142 10 Aug 06 enell 173       }
142 10 Aug 06 enell 174       else
142 10 Aug 06 enell 175       {
142 10 Aug 06 enell 176         List<MergeReplicates.Spot> spots = new ArrayList<MergeReplicates.Spot>();
142 10 Aug 06 enell 177         spots.add(s);
142 10 Aug 06 enell 178         reporters.put(reporter, spots);
142 10 Aug 06 enell 179       }
142 10 Aug 06 enell 180       row = bfr.readDataRow();
142 10 Aug 06 enell 181     }
142 10 Aug 06 enell 182
142 10 Aug 06 enell 183     for (String assay : assaysMap)
142 10 Aug 06 enell 184     {
142 10 Aug 06 enell 185       out.println("section\tspots");
142 10 Aug 06 enell 186       out.println("columns\tposition\treporter\tassayData");
142 10 Aug 06 enell 187       out.println("setExtraFloats\tonk_nbrOfReplicates");
142 10 Aug 06 enell 188       out.println("assayFields\tl2ratio1_2\tl10intgmean1_2\tonk_nbrOfReplicates");
142 10 Aug 06 enell 189       out.println("assays\t" + assay);
142 10 Aug 06 enell 190       out.println("%");
142 10 Aug 06 enell 191
142 10 Aug 06 enell 192       for (int reporter : reporters.keySet())
142 10 Aug 06 enell 193       {
142 10 Aug 06 enell 194         List<MergeReplicates.Spot> replicates = reporters.get(reporter);
142 10 Aug 06 enell 195         int assayNbr = assaysMap.indexOf(assay);
142 10 Aug 06 enell 196         int nbrOfReplicates = weight(replicates, assayNbr);
142 10 Aug 06 enell 197
142 10 Aug 06 enell 198         if (nbrOfReplicates == 0)
142 10 Aug 06 enell 199         {
142 10 Aug 06 enell 200           continue;
142 10 Aug 06 enell 201         }
142 10 Aug 06 enell 202
142 10 Aug 06 enell 203         for (Spot s : replicates)
142 10 Aug 06 enell 204         {
142 10 Aug 06 enell 205           out.println(s.getPos() + "\t" + reporter + "\t" + s.getM(assayNbr) + "\t" + s.getA(assayNbr) + "\t" + nbrOfReplicates);
142 10 Aug 06 enell 206         }
142 10 Aug 06 enell 207       }
142 10 Aug 06 enell 208       out.println();
142 10 Aug 06 enell 209     }
142 10 Aug 06 enell 210   }
142 10 Aug 06 enell 211
142 10 Aug 06 enell 212   /**
142 10 Aug 06 enell 213    * @param list
142 10 Aug 06 enell 214    */
142 10 Aug 06 enell 215   private int weight(List<MergeReplicates.Spot> list, int index)
142 10 Aug 06 enell 216   {
142 10 Aug 06 enell 217     int nbrOfReplicates = list.size();
142 10 Aug 06 enell 218
142 10 Aug 06 enell 219     float avgM = 0;
142 10 Aug 06 enell 220     float avgA = 0;
142 10 Aug 06 enell 221     for (Spot s : list)
142 10 Aug 06 enell 222     {
142 10 Aug 06 enell 223       if (!Float.isNaN(s.getA(index)) && !Float.isNaN(s.getM(index)))
142 10 Aug 06 enell 224       {
142 10 Aug 06 enell 225         avgM += s.getM(index);
142 10 Aug 06 enell 226         avgA += s.getA(index);
142 10 Aug 06 enell 227       }
142 10 Aug 06 enell 228       else
142 10 Aug 06 enell 229       {
142 10 Aug 06 enell 230         nbrOfReplicates--;
142 10 Aug 06 enell 231       }
142 10 Aug 06 enell 232     }
142 10 Aug 06 enell 233     avgM = avgM / nbrOfReplicates;
142 10 Aug 06 enell 234     avgA = avgA / nbrOfReplicates;
142 10 Aug 06 enell 235
142 10 Aug 06 enell 236     for (Spot s : list)
142 10 Aug 06 enell 237     {
142 10 Aug 06 enell 238       s.setA(avgA, index);
142 10 Aug 06 enell 239       s.setM(avgM, index);
142 10 Aug 06 enell 240     }
142 10 Aug 06 enell 241     return nbrOfReplicates;
142 10 Aug 06 enell 242   }
142 10 Aug 06 enell 243
142 10 Aug 06 enell 244   /**
142 10 Aug 06 enell 245    * @param section
142 10 Aug 06 enell 246    * @param bfr
142 10 Aug 06 enell 247    */
142 10 Aug 06 enell 248   private void extractAssays(BASEFileSection section, BASEFileReader bfr)
142 10 Aug 06 enell 249   {
142 10 Aug 06 enell 250     out.println("BASEfile");
142 10 Aug 06 enell 251   }
142 10 Aug 06 enell 252
142 10 Aug 06 enell 253   /**
142 10 Aug 06 enell 254    * @param section
142 10 Aug 06 enell 255    */
142 10 Aug 06 enell 256   private void extractSettings(BASEFileSection section)
142 10 Aug 06 enell 257   {}
142 10 Aug 06 enell 258
142 10 Aug 06 enell 259   public static void main(String[] args) throws Throwable
142 10 Aug 06 enell 260   {
142 10 Aug 06 enell 261     try
142 10 Aug 06 enell 262     {
142 10 Aug 06 enell 263       BASEFileReader bfr = null;
142 10 Aug 06 enell 264       if (args.length == 1)
142 10 Aug 06 enell 265       {
142 10 Aug 06 enell 266         bfr = new BASEFileReader(new File(args[0]));
142 10 Aug 06 enell 267       }
142 10 Aug 06 enell 268       else if (args.length == 0)
142 10 Aug 06 enell 269       {
142 10 Aug 06 enell 270         bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
142 10 Aug 06 enell 271       }
142 10 Aug 06 enell 272       else
142 10 Aug 06 enell 273       {
142 10 Aug 06 enell 274         throw new Exception("Merge Replicate: invalid input given");
142 10 Aug 06 enell 275       }
142 10 Aug 06 enell 276       new MergeReplicates(bfr);
142 10 Aug 06 enell 277     }
142 10 Aug 06 enell 278     catch (OutOfMemoryError e)
142 10 Aug 06 enell 279     {
142 10 Aug 06 enell 280       throw new Exception("No more memory in the java virtual machine. Try to start the application with the flag '-Xmx256m' or '-Xmx512m'. If you need even more memory choose a larger digit (max 1024)", e);
142 10 Aug 06 enell 281
142 10 Aug 06 enell 282     }
142 10 Aug 06 enell 283     catch (FileNotFoundException e)
142 10 Aug 06 enell 284     {
142 10 Aug 06 enell 285       throw new Exception("Could not find the file " + args[0], e);
142 10 Aug 06 enell 286     }
142 10 Aug 06 enell 287     catch (Throwable t)
142 10 Aug 06 enell 288     {
142 10 Aug 06 enell 289       throw t;
142 10 Aug 06 enell 290     }
142 10 Aug 06 enell 291   }
142 10 Aug 06 enell 292
142 10 Aug 06 enell 293   private class Spot
142 10 Aug 06 enell 294   {
142 10 Aug 06 enell 295     private int reporter;
142 10 Aug 06 enell 296
142 10 Aug 06 enell 297     private int pos;
142 10 Aug 06 enell 298
142 10 Aug 06 enell 299     private float[] m;
142 10 Aug 06 enell 300
142 10 Aug 06 enell 301     private float[] a;
142 10 Aug 06 enell 302
142 10 Aug 06 enell 303     public Spot(int pos, int reporter, int size)
142 10 Aug 06 enell 304     {
142 10 Aug 06 enell 305       this.pos = pos;
142 10 Aug 06 enell 306       this.reporter = reporter;
142 10 Aug 06 enell 307
142 10 Aug 06 enell 308       m = new float[size];
142 10 Aug 06 enell 309       a = new float[size];
142 10 Aug 06 enell 310     }
142 10 Aug 06 enell 311
142 10 Aug 06 enell 312     public float getM(int index)
142 10 Aug 06 enell 313     {
142 10 Aug 06 enell 314       return m[index];
142 10 Aug 06 enell 315     }
142 10 Aug 06 enell 316
142 10 Aug 06 enell 317     public float getA(int index)
142 10 Aug 06 enell 318     {
142 10 Aug 06 enell 319       return a[index];
142 10 Aug 06 enell 320     }
142 10 Aug 06 enell 321
142 10 Aug 06 enell 322     public int getPos()
142 10 Aug 06 enell 323     {
142 10 Aug 06 enell 324       return pos;
142 10 Aug 06 enell 325     }
142 10 Aug 06 enell 326
142 10 Aug 06 enell 327     public void setM(float m, int index)
142 10 Aug 06 enell 328     {
142 10 Aug 06 enell 329       this.m[index] = m;
142 10 Aug 06 enell 330     }
142 10 Aug 06 enell 331
142 10 Aug 06 enell 332     public void setA(float a, int index)
142 10 Aug 06 enell 333     {
142 10 Aug 06 enell 334       this.a[index] = a;
142 10 Aug 06 enell 335     }
142 10 Aug 06 enell 336
142 10 Aug 06 enell 337     public int getReporter()
142 10 Aug 06 enell 338     {
142 10 Aug 06 enell 339       return reporter;
142 10 Aug 06 enell 340     }
142 10 Aug 06 enell 341
142 10 Aug 06 enell 342     @Override
142 10 Aug 06 enell 343     public String toString()
142 10 Aug 06 enell 344     {
142 10 Aug 06 enell 345       return "[" + pos + "," + reporter + "," + Arrays.toString(m) + "," + Arrays.toString(a) + "]";
142 10 Aug 06 enell 346     }
142 10 Aug 06 enell 347   }
142 10 Aug 06 enell 348 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:34 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)