plugins/base1/se.lu.onk/trunk/Normalization/src/lowess/MASpot.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
114 16 Jun 06 enell 1 /*
130 09 Aug 06 enell 2  $Id$
114 16 Jun 06 enell 3
130 09 Aug 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
114 16 Jun 06 enell 5
130 09 Aug 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
130 09 Aug 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
114 16 Jun 06 enell 8
130 09 Aug 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
130 09 Aug 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
130 09 Aug 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
130 09 Aug 06 enell 12  (at your option) any later version.
114 16 Jun 06 enell 13
130 09 Aug 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
130 09 Aug 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
130 09 Aug 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
130 09 Aug 06 enell 17  General Public License for more details.
114 16 Jun 06 enell 18
130 09 Aug 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
130 09 Aug 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
130 09 Aug 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
130 09 Aug 06 enell 22  */
114 16 Jun 06 enell 23 package lowess;
114 16 Jun 06 enell 24
130 09 Aug 06 enell 25 /**
130 09 Aug 06 enell 26  * This is a simple spot with just the M ( log2(int1/int2) ) and the A (
130 09 Aug 06 enell 27  * log10(sqrt(int1 * int2)) ) values.
130 09 Aug 06 enell 28  * 
130 09 Aug 06 enell 29  * @author Johan Enell, johan.enell@med.lu.se, Dept Oncology, Lund University
130 09 Aug 06 enell 30  */
114 16 Jun 06 enell 31 public class MASpot
114 16 Jun 06 enell 32 {
130 09 Aug 06 enell 33
130 09 Aug 06 enell 34   /**
130 09 Aug 06 enell 35    * The M ( log2(int1/int2) ) value
130 09 Aug 06 enell 36    */
114 16 Jun 06 enell 37   private final float m;
130 09 Aug 06 enell 38
130 09 Aug 06 enell 39   /**
130 09 Aug 06 enell 40    * The A ( log10(sqrt(int1 * int2)) ) value
130 09 Aug 06 enell 41    */
114 16 Jun 06 enell 42   private final float a;
114 16 Jun 06 enell 43
130 09 Aug 06 enell 44   /**
130 09 Aug 06 enell 45    * Creates a new MASpot
130 09 Aug 06 enell 46    * 
130 09 Aug 06 enell 47    * @param m
130 09 Aug 06 enell 48    *        the M ( log2(int1/int2) ) value
130 09 Aug 06 enell 49    * @param a
130 09 Aug 06 enell 50    *        the A ( log10(sqrt(int1 * int2)) ) value
130 09 Aug 06 enell 51    */
114 16 Jun 06 enell 52   public MASpot(float m, float a)
114 16 Jun 06 enell 53   {
114 16 Jun 06 enell 54     this.m = m;
114 16 Jun 06 enell 55     this.a = a;
114 16 Jun 06 enell 56   }
114 16 Jun 06 enell 57
130 09 Aug 06 enell 58   /**
130 09 Aug 06 enell 59    * Gets the A value of this spot
130 09 Aug 06 enell 60    * 
130 09 Aug 06 enell 61    * @return the A ( log10(sqrt(int1 * int2)) ) value
130 09 Aug 06 enell 62    */
114 16 Jun 06 enell 63   public final float getA()
114 16 Jun 06 enell 64   {
114 16 Jun 06 enell 65     return a;
114 16 Jun 06 enell 66   }
114 16 Jun 06 enell 67
130 09 Aug 06 enell 68   /**
130 09 Aug 06 enell 69    * Gets the M value of this spot
130 09 Aug 06 enell 70    * 
130 09 Aug 06 enell 71    * @return the M ( log10(sqrt(int1 * int2)) ) value
130 09 Aug 06 enell 72    */
114 16 Jun 06 enell 73   public final float getM()
114 16 Jun 06 enell 74   {
114 16 Jun 06 enell 75     return m;
114 16 Jun 06 enell 76   }
130 09 Aug 06 enell 77
114 16 Jun 06 enell 78 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)