plugins/base1/se.lu.onk/trunk/Normalization/src/lowess/Normalizer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
114 16 Jun 06 enell 1 /*
114 16 Jun 06 enell 2  $Id$
114 16 Jun 06 enell 3
114 16 Jun 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
114 16 Jun 06 enell 5
114 16 Jun 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
114 16 Jun 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
114 16 Jun 06 enell 8
114 16 Jun 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
114 16 Jun 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
114 16 Jun 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
114 16 Jun 06 enell 12  (at your option) any later version.
114 16 Jun 06 enell 13
114 16 Jun 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
114 16 Jun 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
114 16 Jun 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
114 16 Jun 06 enell 17  General Public License for more details.
114 16 Jun 06 enell 18
114 16 Jun 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
114 16 Jun 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
114 16 Jun 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
114 16 Jun 06 enell 22  02111-1307, USA.
114 16 Jun 06 enell 23  */
114 16 Jun 06 enell 24 package lowess;
114 16 Jun 06 enell 25
114 16 Jun 06 enell 26 import java.util.ArrayList;
114 16 Jun 06 enell 27 import java.util.Arrays;
114 16 Jun 06 enell 28 import java.util.Collections;
114 16 Jun 06 enell 29 import java.util.Comparator;
114 16 Jun 06 enell 30 import java.util.Iterator;
114 16 Jun 06 enell 31 import java.util.List;
114 16 Jun 06 enell 32
114 16 Jun 06 enell 33 import basefile.BASEFileException;
114 16 Jun 06 enell 34 import basefile.BASEFileSpotSection;
114 16 Jun 06 enell 35
130 09 Aug 06 enell 36 /**
130 09 Aug 06 enell 37  * This is a normalizer using the lowess algorithm. This implementation has been
130 09 Aug 06 enell 38  * enhanced with the functionality of spike and pin-based normalization.
130 09 Aug 06 enell 39  * 
130 09 Aug 06 enell 40  * @author Johan Enell, johan.enell@med.lu.se, Dept Oncology, Lund University
130 09 Aug 06 enell 41  */
114 16 Jun 06 enell 42 public class Normalizer
114 16 Jun 06 enell 43 {
114 16 Jun 06 enell 44   private final double ywRangeFactor = 6;
114 16 Jun 06 enell 45
130 09 Aug 06 enell 46   /**
130 09 Aug 06 enell 47    * The smoother span. This gives the proportion of spots which influence the
130 09 Aug 06 enell 48    * smooth at each value. Larger values give more smoothness.
130 09 Aug 06 enell 49    */
114 16 Jun 06 enell 50   private final Float fitFraction;
114 16 Jun 06 enell 51
130 09 Aug 06 enell 52   /**
130 09 Aug 06 enell 53    * The number of robustifying iterations which should be performed. Using
130 09 Aug 06 enell 54    * smaller values of iter will make lowess run faster.
130 09 Aug 06 enell 55    */
130 09 Aug 06 enell 56   private final Integer iter;
114 16 Jun 06 enell 57
130 09 Aug 06 enell 58   /**
130 09 Aug 06 enell 59    * Values of x which lie within delta of each other are replaced by a single
130 09 Aug 06 enell 60    * value in the output from lowess. Defaults to 1/100th of the range of x.
130 09 Aug 06 enell 61    */
114 16 Jun 06 enell 62   private final Float delta;
114 16 Jun 06 enell 63
130 09 Aug 06 enell 64   /**
130 09 Aug 06 enell 65    * When using spike normalization this list of reporters is used to
130 09 Aug 06 enell 66    * include/exclude spots for the lowess computation.
130 09 Aug 06 enell 67    */
130 09 Aug 06 enell 68   private final List<String> reporters;
130 09 Aug 06 enell 69
130 09 Aug 06 enell 70   /**
130 09 Aug 06 enell 71    * When using spike normalization the mode tells the algorithm if the
130 09 Aug 06 enell 72    * reporters in the reporterlist should be used to include or exclude spots
130 09 Aug 06 enell 73    * in the lowess computation.
130 09 Aug 06 enell 74    */
114 16 Jun 06 enell 75   private final ReporterMode mode;
114 16 Jun 06 enell 76
130 09 Aug 06 enell 77   /**
130 09 Aug 06 enell 78    * Creates a normalizer with the specified parameters.
130 09 Aug 06 enell 79    * 
130 09 Aug 06 enell 80    * @param fitFraction
130 09 Aug 06 enell 81    *        the smoother span. This gives the proportion of spots which
130 09 Aug 06 enell 82    *        influence the smooth at each value. Larger values give more
130 09 Aug 06 enell 83    *        smoothness.
130 09 Aug 06 enell 84    * @param delta
130 09 Aug 06 enell 85    *        values of x which lie within delta of each other are replaced by a
130 09 Aug 06 enell 86    *        single value in the output from lowess. Defaults to 1/100th of the
130 09 Aug 06 enell 87    *        range of x.
130 09 Aug 06 enell 88    * @param iter
130 09 Aug 06 enell 89    *        the number of robustifying iterations which should be performed.
130 09 Aug 06 enell 90    *        Using smaller values of iter will make lowess run faster.
130 09 Aug 06 enell 91    * @param mode
130 09 Aug 06 enell 92    *        when using spike normalization the mode tells the algorithm if the
130 09 Aug 06 enell 93    *        reporters in the reporterlist should be used to include or exclude
130 09 Aug 06 enell 94    *        spots in the lowess computation.
130 09 Aug 06 enell 95    * @param reporters
130 09 Aug 06 enell 96    *        when using spike normalization this list of reporters is used to
130 09 Aug 06 enell 97    *        include/exclude spots for the lowess computation.
130 09 Aug 06 enell 98    */
114 16 Jun 06 enell 99   public Normalizer(Float fitFraction, Float delta, Integer nIter, String mode, String[] reporters)
114 16 Jun 06 enell 100   {
114 16 Jun 06 enell 101     this.fitFraction = fitFraction;
114 16 Jun 06 enell 102     this.delta = delta;
130 09 Aug 06 enell 103     this.iter = nIter;
114 16 Jun 06 enell 104     this.mode = ReporterMode.get(mode);
114 16 Jun 06 enell 105     this.reporters = Arrays.asList(reporters);
114 16 Jun 06 enell 106   }
114 16 Jun 06 enell 107
130 09 Aug 06 enell 108   /**
130 09 Aug 06 enell 109    * This method will normalize the spot section. It will start by sorting the
130 09 Aug 06 enell 110    * spots by group en each group by A. Then it will normalize each group. If
130 09 Aug 06 enell 111    * spike normalization is choosen the reporters specified in the reportelist
130 09 Aug 06 enell 112    * is either included or excluded from the lowess computation. Each spot
130 09 Aug 06 enell 113    * will be fitted to the closest spot in the lowess smooth curve.
130 09 Aug 06 enell 114    * 
130 09 Aug 06 enell 115    * @param bfss
130 09 Aug 06 enell 116    *        the spot section to be normalized
130 09 Aug 06 enell 117    * @throws BASEFileException
130 09 Aug 06 enell 118    */
114 16 Jun 06 enell 119   public void normalize(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss)
114 16 Jun 06 enell 120     throws BASEFileException
114 16 Jun 06 enell 121   {
114 16 Jun 06 enell 122     bfss.sortSpot(new Comparator<Spot>()
114 16 Jun 06 enell 123     {
114 16 Jun 06 enell 124       public int compare(Spot s1, Spot s2)
114 16 Jun 06 enell 125       {
114 16 Jun 06 enell 126         if (s1.getBlock() < s2.getBlock()) return -1;
114 16 Jun 06 enell 127         else if (s1.getBlock() == s2.getBlock())
114 16 Jun 06 enell 128         {
114 16 Jun 06 enell 129           if (s1.getA() < s2.getA()) return -1;
114 16 Jun 06 enell 130           else if (s1.getA() == s2.getA())
114 16 Jun 06 enell 131           {
114 16 Jun 06 enell 132             return 0;
114 16 Jun 06 enell 133           }
114 16 Jun 06 enell 134           else return 1;
114 16 Jun 06 enell 135         }
114 16 Jun 06 enell 136         else return 1;
114 16 Jun 06 enell 137       }
114 16 Jun 06 enell 138     });
114 16 Jun 06 enell 139
114 16 Jun 06 enell 140     Iterator<List<Spot>> groupIterator = new GroupIterator(bfss);
114 16 Jun 06 enell 141     while (groupIterator.hasNext())
114 16 Jun 06 enell 142     {
114 16 Jun 06 enell 143       List<Spot> group = groupIterator.next();
114 16 Jun 06 enell 144       if (group.size() == 0)
114 16 Jun 06 enell 145       {
114 16 Jun 06 enell 146         throw new BASEFileException("One of the groups is to small. Increas the groupsize.");
114 16 Jun 06 enell 147       }
114 16 Jun 06 enell 148       List<MASpot> fit = null;
114 16 Jun 06 enell 149       if (mode == ReporterMode.all)
114 16 Jun 06 enell 150       {
114 16 Jun 06 enell 151         fit = lowess(group);
114 16 Jun 06 enell 152       }
114 16 Jun 06 enell 153       else
114 16 Jun 06 enell 154       {
114 16 Jun 06 enell 155         List<Spot> normList = new ArrayList<Spot>();
114 16 Jun 06 enell 156         if (mode == ReporterMode.include)
114 16 Jun 06 enell 157         {
114 16 Jun 06 enell 158           for (Spot s : group)
114 16 Jun 06 enell 159           {
114 16 Jun 06 enell 160             if (reporters.contains(s.getReporter().getReporterId()))
114 16 Jun 06 enell 161             {
114 16 Jun 06 enell 162               normList.add(s);
114 16 Jun 06 enell 163             }
114 16 Jun 06 enell 164           }
114 16 Jun 06 enell 165         }
114 16 Jun 06 enell 166         else if (mode == ReporterMode.exclude)
114 16 Jun 06 enell 167         {
114 16 Jun 06 enell 168           for (Spot s : group)
114 16 Jun 06 enell 169           {
114 16 Jun 06 enell 170             if (!reporters.contains(s.getReporter().getReporterId()))
114 16 Jun 06 enell 171             {
114 16 Jun 06 enell 172               normList.add(s);
114 16 Jun 06 enell 173             }
114 16 Jun 06 enell 174           }
114 16 Jun 06 enell 175         }
114 16 Jun 06 enell 176         if (normList.size() == 0)
114 16 Jun 06 enell 177         {
130 09 Aug 06 enell 178           throw new BASEFileException(
130 09 Aug 06 enell 179             "The number of reporters to normalize in is to small. Change the include/exclude parameter.");
114 16 Jun 06 enell 180         }
114 16 Jun 06 enell 181         fit = lowess(normList);
114 16 Jun 06 enell 182       }
114 16 Jun 06 enell 183
114 16 Jun 06 enell 184       // Fit spot to closest fit point
114 16 Jun 06 enell 185       int j = 0;
114 16 Jun 06 enell 186       MASpot mas = fit.get(0);
114 16 Jun 06 enell 187       for (Spot s : group)
114 16 Jun 06 enell 188       {
114 16 Jun 06 enell 189         if (j < fit.size() - 1)
114 16 Jun 06 enell 190         {
114 16 Jun 06 enell 191           MASpot nextMas = fit.get(j + 1);
114 16 Jun 06 enell 192           if (Math.abs(s.getA() - nextMas.getA()) <= Math.abs(s.getA() - mas.getA()))
114 16 Jun 06 enell 193           {
114 16 Jun 06 enell 194             j++;
114 16 Jun 06 enell 195             mas = fit.get(j);
114 16 Jun 06 enell 196           }
114 16 Jun 06 enell 197         }
114 16 Jun 06 enell 198         s.setM(s.getM() - mas.getM());
114 16 Jun 06 enell 199       }
114 16 Jun 06 enell 200     }
114 16 Jun 06 enell 201   }
114 16 Jun 06 enell 202
114 16 Jun 06 enell 203   /**
130 09 Aug 06 enell 204    * Computes a lowess smooth curve from a list of {@link Spot Spots}. The list must be sorted on A.
114 16 Jun 06 enell 205    * 
114 16 Jun 06 enell 206    * @param spots
130 09 Aug 06 enell 207    * @return
114 16 Jun 06 enell 208    */
114 16 Jun 06 enell 209   private List<MASpot> lowess(List<Spot> spots)
114 16 Jun 06 enell 210   {
114 16 Jun 06 enell 211     Float[] smoothCurve = new Float[spots.size()];
114 16 Jun 06 enell 212     int windowSize = Math.min(spots.size(), (int) (spots.size() * fitFraction + 0.5));
114 16 Jun 06 enell 213
114 16 Jun 06 enell 214     List<Double> wFit = new ArrayList<Double>();
114 16 Jun 06 enell 215     wFit.addAll(Collections.nCopies(spots.size(), 1D));
130 09 Aug 06 enell 216     for (int iteration = 0; iteration < iter; iteration++)
114 16 Jun 06 enell 217     {
114 16 Jun 06 enell 218       int windowStart = 0;
114 16 Jun 06 enell 219       int i = 0;
114 16 Jun 06 enell 220       int prevI = -1;
114 16 Jun 06 enell 221       while (prevI < spots.size() - 1)
114 16 Jun 06 enell 222       {
114 16 Jun 06 enell 223         // center window around the i:th value in x
130 09 Aug 06 enell 224         // while distance from windowStart to i is greater then distance
130 09 Aug 06 enell 225         // from i to windowEnd: move window
114 16 Jun 06 enell 226         while (windowStart + windowSize < spots.size() && spots.get(i).getA() - spots.get(windowStart).getA() > spots.get(
114 16 Jun 06 enell 227           windowStart + windowSize).getA() - spots.get(i).getA())
114 16 Jun 06 enell 228         {
114 16 Jun 06 enell 229           windowStart++;
114 16 Jun 06 enell 230         }
114 16 Jun 06 enell 231
114 16 Jun 06 enell 232         List<Spot> window = spots.subList(windowStart, windowStart + windowSize);
114 16 Jun 06 enell 233         List<Double> wFitWindow = wFit.subList(windowStart, windowStart + windowSize);
114 16 Jun 06 enell 234
114 16 Jun 06 enell 235         List<Double> w = calculateWeights(window, spots.get(i).getA(), wFitWindow);
114 16 Jun 06 enell 236         double[] km = weightedLeastSquaresRegression(window, w);
114 16 Jun 06 enell 237         smoothCurve[i] = (float) (km[0] * spots.get(i).getA() + km[1]);
114 16 Jun 06 enell 238
114 16 Jun 06 enell 239         // Interpolate skipped points due to delta
114 16 Jun 06 enell 240         if (prevI + 1 < i)
114 16 Jun 06 enell 241         {
114 16 Jun 06 enell 242           double d = spots.get(i).getA() - spots.get(prevI).getA();
114 16 Jun 06 enell 243           if (d == 0)
114 16 Jun 06 enell 244           {
114 16 Jun 06 enell 245             for (int j = prevI + 1; j < i; j++)
114 16 Jun 06 enell 246             {
114 16 Jun 06 enell 247               smoothCurve[j] = smoothCurve[i];
114 16 Jun 06 enell 248             }
114 16 Jun 06 enell 249           }
114 16 Jun 06 enell 250           else
114 16 Jun 06 enell 251           {
114 16 Jun 06 enell 252             for (int j = prevI + 1; j < i; j++)
114 16 Jun 06 enell 253             {
114 16 Jun 06 enell 254               double a = (spots.get(j).getA() - spots.get(prevI).getA()) / d;
114 16 Jun 06 enell 255               smoothCurve[j] = (float) (a * smoothCurve[i] + (1D - a) * smoothCurve[prevI]);
114 16 Jun 06 enell 256             }
114 16 Jun 06 enell 257           }
114 16 Jun 06 enell 258         }
114 16 Jun 06 enell 259
130 09 Aug 06 enell 260         // increase i, next x value must be at least delta greater then
130 09 Aug 06 enell 261         // current
114 16 Jun 06 enell 262         prevI = i;
114 16 Jun 06 enell 263         double cut = spots.get(i).getA() + delta;
114 16 Jun 06 enell 264         while (i < spots.size() - 1 && spots.get(i).getA() <= cut)
114 16 Jun 06 enell 265         {
114 16 Jun 06 enell 266           i++;
114 16 Jun 06 enell 267         }
114 16 Jun 06 enell 268       }
114 16 Jun 06 enell 269
114 16 Jun 06 enell 270       double invYWRange = 1D / (ywRangeFactor * medianCorrection(spots, smoothCurve));
114 16 Jun 06 enell 271       for (int j = 0; j < wFit.size(); j++)
114 16 Jun 06 enell 272       {
114 16 Jun 06 enell 273         double w = Math.abs((smoothCurve[j] - spots.get(j).getM()) * invYWRange);
114 16 Jun 06 enell 274         wFit.set(j, w < 1 ? Math.pow(Math.pow(1 - w, 2), 2) : 0);
114 16 Jun 06 enell 275       }
114 16 Jun 06 enell 276     }
114 16 Jun 06 enell 277
114 16 Jun 06 enell 278     ArrayList<MASpot> ret = new ArrayList<MASpot>(smoothCurve.length);
114 16 Jun 06 enell 279     for (int i = 0; i < spots.size(); i++)
114 16 Jun 06 enell 280     {
114 16 Jun 06 enell 281       ret.add(new MASpot(smoothCurve[i], spots.get(i).getA()));
114 16 Jun 06 enell 282     }
114 16 Jun 06 enell 283     return ret;
114 16 Jun 06 enell 284   }
114 16 Jun 06 enell 285
114 16 Jun 06 enell 286   private double medianCorrection(List<Spot> spots, Float[] smoothCurve)
114 16 Jun 06 enell 287   {
114 16 Jun 06 enell 288     List<Float> temp = new ArrayList<Float>(spots.size());
114 16 Jun 06 enell 289     for (int i = 0; i < spots.size(); i++)
114 16 Jun 06 enell 290     {
114 16 Jun 06 enell 291       temp.add(Math.abs(spots.get(i).getM() - smoothCurve[i]));
114 16 Jun 06 enell 292     }
114 16 Jun 06 enell 293     Collections.sort(temp);
114 16 Jun 06 enell 294     if (temp.size() % 2 == 0)
114 16 Jun 06 enell 295     {
114 16 Jun 06 enell 296       double v1 = temp.get((temp.size() / 2) - 1);
114 16 Jun 06 enell 297       double v2 = temp.get((temp.size() / 2));
114 16 Jun 06 enell 298       return 0.5 * v1 * v2;
114 16 Jun 06 enell 299     }
114 16 Jun 06 enell 300     else
114 16 Jun 06 enell 301     {
114 16 Jun 06 enell 302       return temp.get((temp.size() - 1) / 2);
114 16 Jun 06 enell 303     }
114 16 Jun 06 enell 304   }
114 16 Jun 06 enell 305
114 16 Jun 06 enell 306   private double[] weightedLeastSquaresRegression(List<Spot> spots, List<Double> w)
114 16 Jun 06 enell 307   {
114 16 Jun 06 enell 308     double k;
114 16 Jun 06 enell 309     double m;
114 16 Jun 06 enell 310     double sumX = 0;
114 16 Jun 06 enell 311     double sumY = 0;
114 16 Jun 06 enell 312     double sumXX = 0;
114 16 Jun 06 enell 313     double sumXY = 0;
114 16 Jun 06 enell 314     double sumW = 0;
114 16 Jun 06 enell 315     for (int j = 0; j < spots.size(); j++)
114 16 Jun 06 enell 316     {
114 16 Jun 06 enell 317       double localW = w.get(j);
114 16 Jun 06 enell 318       sumX += spots.get(j).getA() * localW;
114 16 Jun 06 enell 319       sumY += spots.get(j).getM() * localW;
114 16 Jun 06 enell 320       sumXX += spots.get(j).getA() * spots.get(j).getA() * localW;
114 16 Jun 06 enell 321       sumXY += spots.get(j).getA() * spots.get(j).getM() * localW;
114 16 Jun 06 enell 322       sumW += localW;
114 16 Jun 06 enell 323     }
114 16 Jun 06 enell 324     if (sumW <= 0)
114 16 Jun 06 enell 325     {
114 16 Jun 06 enell 326       System.out.println("dont panic");
114 16 Jun 06 enell 327     }
114 16 Jun 06 enell 328     double denom = sumW * sumXX - sumX * sumX;
114 16 Jun 06 enell 329     if (denom != 0.)
114 16 Jun 06 enell 330     {
114 16 Jun 06 enell 331       k = (sumW * sumXY - sumX * sumY) / denom;
114 16 Jun 06 enell 332       m = (sumY - k * sumX) / sumW;
114 16 Jun 06 enell 333     }
114 16 Jun 06 enell 334     else
114 16 Jun 06 enell 335     {
114 16 Jun 06 enell 336       k = 0.;
114 16 Jun 06 enell 337       m = sumY / sumW;
114 16 Jun 06 enell 338     }
114 16 Jun 06 enell 339
114 16 Jun 06 enell 340     return new double[] {k, m};
114 16 Jun 06 enell 341   }
114 16 Jun 06 enell 342
114 16 Jun 06 enell 343   private List<Double> calculateWeights(List<Spot> values, double x1, List<Double> wFit)
114 16 Jun 06 enell 344   {
114 16 Jun 06 enell 345     List<Double> w = new ArrayList<Double>();
114 16 Jun 06 enell 346     double invRadius = 0;
114 16 Jun 06 enell 347     for (Spot s : values)
114 16 Jun 06 enell 348     {
114 16 Jun 06 enell 349       if (Math.abs(x1 - s.getA()) > invRadius)
114 16 Jun 06 enell 350       {
114 16 Jun 06 enell 351         invRadius = Math.abs(x1 - s.getA());
114 16 Jun 06 enell 352       }
114 16 Jun 06 enell 353     }
114 16 Jun 06 enell 354     invRadius = 1 / invRadius;
114 16 Jun 06 enell 355     for (int i = 0; i < values.size(); i++)
114 16 Jun 06 enell 356     {
114 16 Jun 06 enell 357       Spot s = values.get(i);
114 16 Jun 06 enell 358       double distance = Math.abs(x1 - s.getA()) * invRadius;
114 16 Jun 06 enell 359       w.add((distance < 1 ? Math.pow(1D - Math.pow(Math.abs(distance), 3), 3) : 0) * wFit.get(i));
114 16 Jun 06 enell 360     }
114 16 Jun 06 enell 361     return w;
114 16 Jun 06 enell 362   }
114 16 Jun 06 enell 363
114 16 Jun 06 enell 364   private class GroupIterator implements Iterator<List<Spot>>
114 16 Jun 06 enell 365   {
114 16 Jun 06 enell 366     BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss;
114 16 Jun 06 enell 367
114 16 Jun 06 enell 368     private int start = 0;
114 16 Jun 06 enell 369
114 16 Jun 06 enell 370     private int end = 0;
114 16 Jun 06 enell 371
114 16 Jun 06 enell 372     private int currentGroup = -1;
114 16 Jun 06 enell 373
114 16 Jun 06 enell 374     public GroupIterator(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss)
114 16 Jun 06 enell 375     {
114 16 Jun 06 enell 376       this.bfss = bfss;
114 16 Jun 06 enell 377     }
114 16 Jun 06 enell 378
114 16 Jun 06 enell 379     public boolean hasNext()
114 16 Jun 06 enell 380     {
114 16 Jun 06 enell 381       start = end;
114 16 Jun 06 enell 382       if (start >= bfss.getHeight())
114 16 Jun 06 enell 383       {
114 16 Jun 06 enell 384         return false;
114 16 Jun 06 enell 385       }
114 16 Jun 06 enell 386       currentGroup = bfss.getSpot(start).getBlock();
114 16 Jun 06 enell 387       while (end < bfss.getSpotSize())
114 16 Jun 06 enell 388       {
114 16 Jun 06 enell 389         Spot s = bfss.getSpot(end);
114 16 Jun 06 enell 390         if (s.getBlock() != currentGroup)
114 16 Jun 06 enell 391         {
114 16 Jun 06 enell 392           break;
114 16 Jun 06 enell 393         }
114 16 Jun 06 enell 394         end++;
114 16 Jun 06 enell 395       }
114 16 Jun 06 enell 396       return true;
114 16 Jun 06 enell 397     }
114 16 Jun 06 enell 398
114 16 Jun 06 enell 399     public List<Spot> next()
114 16 Jun 06 enell 400     {
114 16 Jun 06 enell 401       if (start >= bfss.getHeight())
114 16 Jun 06 enell 402       {
114 16 Jun 06 enell 403         return null;
114 16 Jun 06 enell 404       }
114 16 Jun 06 enell 405       return bfss.spotSubList(start, end);
114 16 Jun 06 enell 406     }
114 16 Jun 06 enell 407
114 16 Jun 06 enell 408     public void remove()
114 16 Jun 06 enell 409     {
114 16 Jun 06 enell 410       throw new UnsupportedOperationException();
114 16 Jun 06 enell 411     }
114 16 Jun 06 enell 412   }
114 16 Jun 06 enell 413
114 16 Jun 06 enell 414   private enum ReporterMode
114 16 Jun 06 enell 415   {
114 16 Jun 06 enell 416     include, exclude, all;
114 16 Jun 06 enell 417
114 16 Jun 06 enell 418     public static ReporterMode get(String mode)
114 16 Jun 06 enell 419     {
114 16 Jun 06 enell 420       if (mode.equals("include"))
114 16 Jun 06 enell 421       {
114 16 Jun 06 enell 422         return ReporterMode.include;
114 16 Jun 06 enell 423       }
114 16 Jun 06 enell 424       else if (mode.equals("exclude"))
114 16 Jun 06 enell 425       {
114 16 Jun 06 enell 426         return ReporterMode.exclude;
114 16 Jun 06 enell 427       }
114 16 Jun 06 enell 428       else if (mode.equals("all"))
114 16 Jun 06 enell 429       {
114 16 Jun 06 enell 430         return ReporterMode.all;
114 16 Jun 06 enell 431       }
114 16 Jun 06 enell 432       return null;
114 16 Jun 06 enell 433     }
114 16 Jun 06 enell 434   }
114 16 Jun 06 enell 435 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)