plugins/base1/se.lu.onk/trunk/Normalization/src/medianratio/MedianRatio.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
103 01 Jun 06 enell 1 /*
105 02 Jun 06 enell 2  $Id$
103 01 Jun 06 enell 3
105 02 Jun 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
103 01 Jun 06 enell 5
105 02 Jun 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
105 02 Jun 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
103 01 Jun 06 enell 8
105 02 Jun 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
105 02 Jun 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
105 02 Jun 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
105 02 Jun 06 enell 12  (at your option) any later version.
103 01 Jun 06 enell 13
105 02 Jun 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
105 02 Jun 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
105 02 Jun 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
105 02 Jun 06 enell 17  General Public License for more details.
103 01 Jun 06 enell 18
105 02 Jun 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
105 02 Jun 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
105 02 Jun 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
105 02 Jun 06 enell 22  02111-1307, USA.
105 02 Jun 06 enell 23  */
103 01 Jun 06 enell 24 package medianratio;
103 01 Jun 06 enell 25
103 01 Jun 06 enell 26 import java.io.File;
103 01 Jun 06 enell 27 import java.io.IOException;
103 01 Jun 06 enell 28 import java.util.List;
103 01 Jun 06 enell 29
103 01 Jun 06 enell 30 import basefile.BASEFileException;
103 01 Jun 06 enell 31 import basefile.BASEFileReader;
103 01 Jun 06 enell 32 import basefile.BASEFileSection;
103 01 Jun 06 enell 33 import basefile.BASEFileSpotSection;
103 01 Jun 06 enell 34
103 01 Jun 06 enell 35 /**
103 01 Jun 06 enell 36  * 
103 01 Jun 06 enell 37  * @author Johan Enell, johan.enell@onk.lu.se, Dept Oncology, Lund University, S-221 85 Lund, Sweden
103 01 Jun 06 enell 38  */
103 01 Jun 06 enell 39 public class MedianRatio
103 01 Jun 06 enell 40 {
103 01 Jun 06 enell 41
103 01 Jun 06 enell 42   /**
103 01 Jun 06 enell 43    * @param args
103 01 Jun 06 enell 44    * @throws IOException 
103 01 Jun 06 enell 45    * @throws BASEFileException 
103 01 Jun 06 enell 46    */
105 02 Jun 06 enell 47   public static void main(String[] args)
105 02 Jun 06 enell 48     throws IOException, BASEFileException
103 01 Jun 06 enell 49   {
105 02 Jun 06 enell 50     BASEFileReader bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
103 01 Jun 06 enell 51     BASEFileSection bfs = bfr.readSection(true);
103 01 Jun 06 enell 52     if (!bfs.isType("settings"))
103 01 Jun 06 enell 53     {
103 01 Jun 06 enell 54       throw new BASEFileException("Can't find section settings");
103 01 Jun 06 enell 55     }
103 01 Jun 06 enell 56     
105 02 Jun 06 enell 57     Float median;
105 02 Jun 06 enell 58     if (bfs.findStringOpt("median").equals("none"))
105 02 Jun 06 enell 59     {
105 02 Jun 06 enell 60       median = null;
105 02 Jun 06 enell 61     }
105 02 Jun 06 enell 62     else
105 02 Jun 06 enell 63     {
105 02 Jun 06 enell 64       try
105 02 Jun 06 enell 65       {
105 02 Jun 06 enell 66         median = bfs.findFloatOpt("median");
105 02 Jun 06 enell 67       }
105 02 Jun 06 enell 68       catch (NumberFormatException e)
105 02 Jun 06 enell 69       {
105 02 Jun 06 enell 70         throw new BASEFileException("Median must be 'none' or a number.");
105 02 Jun 06 enell 71       }
105 02 Jun 06 enell 72     }
105 02 Jun 06 enell 73
105 02 Jun 06 enell 74     Normalizer norm = new Normalizer(bfs.findFloatOpt("low_exclude"), bfs.findFloatOpt("high_exclude"), bfs.findFloatOpt("min_I"),
105 02 Jun 06 enell 75       bfs.findIntOpt("blockGroup"), median);
104 01 Jun 06 enell 76     System.out.println("BASEFile");
103 01 Jun 06 enell 77     BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = bfr.readSpotSection();
103 01 Jun 06 enell 78     while (bfss != null)
103 01 Jun 06 enell 79     {
103 01 Jun 06 enell 80       List<String> columns = bfss.findFieldList("columns");
103 01 Jun 06 enell 81       List<String> assayFields = bfss.findFieldList("assayFields");
105 02 Jun 06 enell 82
103 01 Jun 06 enell 83       int posCol = columns.indexOf("position");
103 01 Jun 06 enell 84       int dataCol = columns.indexOf("assayData");
103 01 Jun 06 enell 85       int repCol = columns.indexOf("reporter");
103 01 Jun 06 enell 86       int i1Col = assayFields.indexOf("intensity1") + dataCol;
103 01 Jun 06 enell 87       int i2Col = assayFields.indexOf("intensity2") + dataCol;
104 01 Jun 06 enell 88       int blockCol = assayFields.indexOf("block") + dataCol;
105 02 Jun 06 enell 89
103 01 Jun 06 enell 90       bfss.setDataMatrix(bfss.findIntOpt("count"), 1);
105 02 Jun 06 enell 91
103 01 Jun 06 enell 92       String[] data = bfr.readDataRow(5);
103 01 Jun 06 enell 93       while (data != null)
103 01 Jun 06 enell 94       {
103 01 Jun 06 enell 95         Spot s;
103 01 Jun 06 enell 96         if (blockCol == -1)
103 01 Jun 06 enell 97         {
103 01 Jun 06 enell 98           s = new Spot(Float.parseFloat(data[i1Col]), Float.parseFloat(data[i2Col]));
103 01 Jun 06 enell 99         }
103 01 Jun 06 enell 100         else
103 01 Jun 06 enell 101         {
103 01 Jun 06 enell 102           s = new Spot(Float.parseFloat(data[i1Col]), Float.parseFloat(data[i2Col]), Integer.parseInt(data[blockCol]));
103 01 Jun 06 enell 103         }
103 01 Jun 06 enell 104         Reporter r = new Reporter(Integer.parseInt(data[posCol]), Integer.parseInt(data[repCol]));
103 01 Jun 06 enell 105         bfss.addData(r, s);
105 02 Jun 06 enell 106
103 01 Jun 06 enell 107         data = bfr.readDataRow(5);
103 01 Jun 06 enell 108       }
103 01 Jun 06 enell 109       norm.normalize(bfss);
105 02 Jun 06 enell 110
104 01 Jun 06 enell 111       bfss.setHeader("assayFields", "intensity1", "intensity2");
104 01 Jun 06 enell 112       System.out.println(bfss);
104 01 Jun 06 enell 113       for (int i = 0; i < bfss.getHeight(); i++)
104 01 Jun 06 enell 114       {
104 01 Jun 06 enell 115         System.out.println(bfss.getReporter(i) + "\t" + bfss.getSpot(i));
104 01 Jun 06 enell 116       }
104 01 Jun 06 enell 117       System.out.println();
103 01 Jun 06 enell 118       bfss = bfr.readSpotSection();
103 01 Jun 06 enell 119     }
103 01 Jun 06 enell 120   }
103 01 Jun 06 enell 121 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)