plugins/base1/se.lu.onk/trunk/Normalization/src/medianratio/Normalizer.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
103 01 Jun 06 enell 1 /*
103 01 Jun 06 enell 2  $Id$
103 01 Jun 06 enell 3
103 01 Jun 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
103 01 Jun 06 enell 5
103 01 Jun 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
103 01 Jun 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
103 01 Jun 06 enell 8
103 01 Jun 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
103 01 Jun 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
103 01 Jun 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
103 01 Jun 06 enell 12  (at your option) any later version.
103 01 Jun 06 enell 13
103 01 Jun 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
103 01 Jun 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
103 01 Jun 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
103 01 Jun 06 enell 17  General Public License for more details.
103 01 Jun 06 enell 18
103 01 Jun 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
103 01 Jun 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
103 01 Jun 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
103 01 Jun 06 enell 22  02111-1307, USA.
103 01 Jun 06 enell 23  */
103 01 Jun 06 enell 24 package medianratio;
103 01 Jun 06 enell 25
103 01 Jun 06 enell 26 import java.util.ArrayList;
103 01 Jun 06 enell 27 import java.util.Collections;
103 01 Jun 06 enell 28 import java.util.Comparator;
103 01 Jun 06 enell 29 import java.util.HashMap;
103 01 Jun 06 enell 30 import java.util.Iterator;
103 01 Jun 06 enell 31 import java.util.List;
103 01 Jun 06 enell 32
103 01 Jun 06 enell 33 import basefile.BASEFileSpotSection;
103 01 Jun 06 enell 34
103 01 Jun 06 enell 35 public class Normalizer
103 01 Jun 06 enell 36 {
105 02 Jun 06 enell 37   private final Float heighExclude;
103 01 Jun 06 enell 38
105 02 Jun 06 enell 39   private final Float lowExclude;
103 01 Jun 06 enell 40
105 02 Jun 06 enell 41   private final Float minIntensity;
103 01 Jun 06 enell 42
105 02 Jun 06 enell 43   private final Integer blockGroup;
103 01 Jun 06 enell 44
105 02 Jun 06 enell 45   private final Float median;
105 02 Jun 06 enell 46
105 02 Jun 06 enell 47   public Normalizer(Float heighExclude, Float lowExclude, Float minIntensity, Integer blockGroup, Float median)
103 01 Jun 06 enell 48   {
104 01 Jun 06 enell 49     this.heighExclude = heighExclude / 100f;
104 01 Jun 06 enell 50     this.lowExclude = lowExclude / 100f;
103 01 Jun 06 enell 51     this.minIntensity = minIntensity;
103 01 Jun 06 enell 52     this.blockGroup = blockGroup;
105 02 Jun 06 enell 53     this.median = median;
103 01 Jun 06 enell 54   }
103 01 Jun 06 enell 55
103 01 Jun 06 enell 56   public void normalize(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss)
103 01 Jun 06 enell 57   {
103 01 Jun 06 enell 58     HashMap<Integer, List<Spot>> blockGroups = groupSpots(bfss);
103 01 Jun 06 enell 59     Iterator<List<Spot>> i = blockGroups.values().iterator();
103 01 Jun 06 enell 60     while (i.hasNext())
103 01 Jun 06 enell 61     {
103 01 Jun 06 enell 62       List<Spot> v = i.next();
105 02 Jun 06 enell 63       double med_ratio;
105 02 Jun 06 enell 64       if (median == null)
105 02 Jun 06 enell 65       {
105 02 Jun 06 enell 66         float[] m = median(v);
105 02 Jun 06 enell 67         med_ratio = Math.sqrt(m[0] * m[1]);
105 02 Jun 06 enell 68       }
105 02 Jun 06 enell 69       else
105 02 Jun 06 enell 70       {
105 02 Jun 06 enell 71         med_ratio = median;
105 02 Jun 06 enell 72       }
103 01 Jun 06 enell 73       double sqrt_med_ratio = Math.sqrt(med_ratio);
103 01 Jun 06 enell 74       double inv_sqrt_med_ratio = 1f / sqrt_med_ratio;
105 02 Jun 06 enell 75
103 01 Jun 06 enell 76       for (Spot s : v)
103 01 Jun 06 enell 77       {
103 01 Jun 06 enell 78         s.setInt1((float) (s.getInt1() * inv_sqrt_med_ratio));
103 01 Jun 06 enell 79         s.setInt2((float) (s.getInt2() * sqrt_med_ratio));
103 01 Jun 06 enell 80       }
103 01 Jun 06 enell 81     }
103 01 Jun 06 enell 82   }
103 01 Jun 06 enell 83
103 01 Jun 06 enell 84   private float[] median(List<Spot> v)
103 01 Jun 06 enell 85   {
103 01 Jun 06 enell 86     List<Spot> vin = new ArrayList<Spot>();
103 01 Jun 06 enell 87
103 01 Jun 06 enell 88     for (int i = 0; i < v.size(); i++)
103 01 Jun 06 enell 89     {
103 01 Jun 06 enell 90       Spot s = v.get(i);
103 01 Jun 06 enell 91       if (s.getInt1() >= minIntensity || s.getInt2() >= minIntensity)
103 01 Jun 06 enell 92       {
103 01 Jun 06 enell 93         vin.add(s);
103 01 Jun 06 enell 94       }
103 01 Jun 06 enell 95     }
105 02 Jun 06 enell 96
103 01 Jun 06 enell 97     Collections.sort(vin, new Comparator<Spot>()
103 01 Jun 06 enell 98     {
103 01 Jun 06 enell 99       public int compare(Spot s1, Spot s2)
103 01 Jun 06 enell 100       {
103 01 Jun 06 enell 101         if (s1.getRatio() < s2.getRatio()) return -1;
103 01 Jun 06 enell 102         else if (s1.getRatio() == s2.getRatio()) return 0;
103 01 Jun 06 enell 103         else return 1;
103 01 Jun 06 enell 104       }
103 01 Jun 06 enell 105     });
103 01 Jun 06 enell 106
103 01 Jun 06 enell 107     int low = Math.round(vin.size() * lowExclude);
103 01 Jun 06 enell 108     int high = Math.round(vin.size() - vin.size() * heighExclude);
103 01 Jun 06 enell 109
103 01 Jun 06 enell 110     vin = new ArrayList<Spot>(vin.subList(low, high));
103 01 Jun 06 enell 111
103 01 Jun 06 enell 112     int mid = vin.size() / 2;
103 01 Jun 06 enell 113
103 01 Jun 06 enell 114     float[] ret = new float[2];
103 01 Jun 06 enell 115     if (vin.size() % 2 == 1)
103 01 Jun 06 enell 116     {
103 01 Jun 06 enell 117       ret[0] = ret[1] = vin.get(mid).getRatio();
103 01 Jun 06 enell 118     }
103 01 Jun 06 enell 119     else
103 01 Jun 06 enell 120     {
103 01 Jun 06 enell 121       ret[0] = vin.get(mid).getRatio();
103 01 Jun 06 enell 122       ret[1] = vin.get(mid - 1).getRatio();
103 01 Jun 06 enell 123     }
103 01 Jun 06 enell 124
103 01 Jun 06 enell 125     return ret;
103 01 Jun 06 enell 126   }
103 01 Jun 06 enell 127
103 01 Jun 06 enell 128   private HashMap<Integer, List<Spot>> groupSpots(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss)
103 01 Jun 06 enell 129   {
103 01 Jun 06 enell 130     HashMap<Integer, List<Spot>> blockGroups = new HashMap<Integer, List<Spot>>();
103 01 Jun 06 enell 131     Iterator<Spot> i = bfss.spotIterator();
103 01 Jun 06 enell 132     while (i.hasNext())
103 01 Jun 06 enell 133     {
103 01 Jun 06 enell 134       Spot s = i.next();
103 01 Jun 06 enell 135       int block = (int) Math.ceil(s.getBlock() / (float) blockGroup);
103 01 Jun 06 enell 136       List<Spot> v;
103 01 Jun 06 enell 137       if (blockGroups.containsKey(block))
103 01 Jun 06 enell 138       {
103 01 Jun 06 enell 139         v = blockGroups.get(block);
103 01 Jun 06 enell 140       }
103 01 Jun 06 enell 141       else
103 01 Jun 06 enell 142       {
103 01 Jun 06 enell 143         v = new ArrayList<Spot>();
103 01 Jun 06 enell 144         blockGroups.put(block, v);
103 01 Jun 06 enell 145       }
103 01 Jun 06 enell 146       v.add(s);
103 01 Jun 06 enell 147     }
103 01 Jun 06 enell 148     return blockGroups;
103 01 Jun 06 enell 149   }
103 01 Jun 06 enell 150 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:40 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)