plugins/base1/se.lu.onk/trunk/NullPlugin/src/base1null/Base1NullPlugin.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
116 26 Jun 06 enell 1 /*
116 26 Jun 06 enell 2  $Id$
116 26 Jun 06 enell 3
116 26 Jun 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
116 26 Jun 06 enell 5
116 26 Jun 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
116 26 Jun 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
116 26 Jun 06 enell 8
116 26 Jun 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
116 26 Jun 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
116 26 Jun 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
116 26 Jun 06 enell 12  (at your option) any later version.
116 26 Jun 06 enell 13
116 26 Jun 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
116 26 Jun 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
116 26 Jun 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
116 26 Jun 06 enell 17  General Public License for more details.
116 26 Jun 06 enell 18
116 26 Jun 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
116 26 Jun 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
116 26 Jun 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
116 26 Jun 06 enell 22  02111-1307, USA.
116 26 Jun 06 enell 23  */
118 26 Jun 06 enell 24 package base1null;
116 26 Jun 06 enell 25
251 10 Apr 07 enell 26 import java.io.BufferedReader;
116 26 Jun 06 enell 27 import java.io.File;
251 10 Apr 07 enell 28 import java.io.FileReader;
251 10 Apr 07 enell 29 import java.io.IOException;
251 10 Apr 07 enell 30 import java.io.InputStreamReader;
251 10 Apr 07 enell 31 import java.io.PrintWriter;
116 26 Jun 06 enell 32 import java.util.List;
116 26 Jun 06 enell 33
116 26 Jun 06 enell 34 import basefile.BASEFileException;
116 26 Jun 06 enell 35 import basefile.BASEFileReader;
116 26 Jun 06 enell 36 import basefile.BASEFileSection;
116 26 Jun 06 enell 37 import basefile.BASEFileSpotSection;
116 26 Jun 06 enell 38
116 26 Jun 06 enell 39 public class Base1NullPlugin
116 26 Jun 06 enell 40 {
116 26 Jun 06 enell 41
116 26 Jun 06 enell 42   /**
116 26 Jun 06 enell 43    * @param args
116 26 Jun 06 enell 44    */
116 26 Jun 06 enell 45   public static void main(String[] args)
116 26 Jun 06 enell 46     throws Exception
116 26 Jun 06 enell 47   {
251 10 Apr 07 enell 48     readStdin();
251 10 Apr 07 enell 49     readFile();
251 10 Apr 07 enell 50     
116 26 Jun 06 enell 51     BASEFileReader bfr;
116 26 Jun 06 enell 52     bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
116 26 Jun 06 enell 53
116 26 Jun 06 enell 54     BASEFileSection bfs = bfr.readSection(true);
116 26 Jun 06 enell 55     if (!bfs.isType("settings"))
116 26 Jun 06 enell 56     {
116 26 Jun 06 enell 57       throw new BASEFileException("Can't find section settings");
116 26 Jun 06 enell 58     }
116 26 Jun 06 enell 59
116 26 Jun 06 enell 60     System.out.println("BASEfile");
116 26 Jun 06 enell 61     BASEFileSection bfas = bfr.readSection(false);
116 26 Jun 06 enell 62     
116 26 Jun 06 enell 63     BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = bfr.readSpotSection();
251 10 Apr 07 enell 64     bfss.setDataMatrix(bfss.getCount(), bfss.getAssays().size());
116 26 Jun 06 enell 65     if (bfss != null)
116 26 Jun 06 enell 66     {
116 26 Jun 06 enell 67       List<String> columns = bfss.findFieldList("columns");
116 26 Jun 06 enell 68       List<String> assayFields = bfss.findFieldList("assayFields");
116 26 Jun 06 enell 69       List<String> assays = bfss.findFieldList("assays");
116 26 Jun 06 enell 70       
116 26 Jun 06 enell 71       bfas.setHeader("annotationColumns", "");
122 29 Jun 06 enell 72       bfas.setHeader("columns", "id", "name", "parents");
116 26 Jun 06 enell 73       System.out.println(bfas);
116 26 Jun 06 enell 74       System.out.println("1\tintensity\t"+assays.get(0));
116 26 Jun 06 enell 75       System.out.println("2\tMA\t"+assays.get(0));
116 26 Jun 06 enell 76       System.out.println();
116 26 Jun 06 enell 77
116 26 Jun 06 enell 78       int posCol = columns.indexOf("position");
116 26 Jun 06 enell 79       int dataCol = columns.indexOf("assayData");
116 26 Jun 06 enell 80       int repCol = columns.indexOf("reporter");
116 26 Jun 06 enell 81       int int1Col = assayFields.indexOf("intensity1") + dataCol;
116 26 Jun 06 enell 82       int int2Col = assayFields.indexOf("intensity2") + dataCol;
116 26 Jun 06 enell 83
119 29 Jun 06 enell 84       String[] data = bfr.readDataRow();
116 26 Jun 06 enell 85       while (data != null)
116 26 Jun 06 enell 86       {
121 29 Jun 06 enell 87         Integer reporter = data[repCol].equals("") ? null : Integer.parseInt(data[repCol]);
121 29 Jun 06 enell 88         Reporter r = new Reporter(Integer.parseInt(data[posCol]), reporter);
116 26 Jun 06 enell 89         Spot s = new Spot(Float.parseFloat(data[int1Col]), Float.parseFloat(data[int2Col]));
116 26 Jun 06 enell 90         bfss.addData(r, s);
116 26 Jun 06 enell 91
116 26 Jun 06 enell 92         data = bfr.readDataRow();
116 26 Jun 06 enell 93       }
116 26 Jun 06 enell 94
116 26 Jun 06 enell 95       bfss.setHeader("assays", 1);
116 26 Jun 06 enell 96       bfss.setHeader("columns", "position", "reporter", "assayData");
116 26 Jun 06 enell 97       bfss.setHeader("assayFields", "intensity1", "intensity2");
116 26 Jun 06 enell 98       System.out.println(bfss);
121 29 Jun 06 enell 99       for (int i = 0; i < bfss.getSpotSize(); i++)
116 26 Jun 06 enell 100       {
116 26 Jun 06 enell 101         System.out.println(bfss.getReporter(i) + "\t" + bfss.getSpot(i).getInt1() + "\t" + bfss.getSpot(i).getInt2());
116 26 Jun 06 enell 102       }
116 26 Jun 06 enell 103       System.out.println();
116 26 Jun 06 enell 104       
116 26 Jun 06 enell 105       bfss.setHeader("assays", 2);
116 26 Jun 06 enell 106       bfss.setHeader("assayFields", "l2ratio1_2", "l10intgmean1_2");
116 26 Jun 06 enell 107       System.out.println(bfss);
116 26 Jun 06 enell 108       for (int i = 0; i < bfss.getHeight(); i++)
116 26 Jun 06 enell 109       {
116 26 Jun 06 enell 110         System.out.println(bfss.getReporter(i) + "\t" + bfss.getSpot(i).getM() + "\t" + bfss.getSpot(i).getA());
116 26 Jun 06 enell 111       }
116 26 Jun 06 enell 112       System.out.println();
116 26 Jun 06 enell 113     }
116 26 Jun 06 enell 114   }
116 26 Jun 06 enell 115
251 10 Apr 07 enell 116   private static void readFile() throws IOException
251 10 Apr 07 enell 117   {
251 10 Apr 07 enell 118     PrintWriter out = new PrintWriter("readStdinFile.txt");
251 10 Apr 07 enell 119     BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader("stdin.txt"));
251 10 Apr 07 enell 120     
251 10 Apr 07 enell 121     for (int i = 0; i < 100; i++)
251 10 Apr 07 enell 122     {
251 10 Apr 07 enell 123       out.printf("%4d:%s%n",i, in.readLine());
251 10 Apr 07 enell 124     }
251 10 Apr 07 enell 125     
251 10 Apr 07 enell 126     out.close();
251 10 Apr 07 enell 127   }
251 10 Apr 07 enell 128
251 10 Apr 07 enell 129   private static void readStdin() throws IOException
251 10 Apr 07 enell 130   {
251 10 Apr 07 enell 131     PrintWriter out = new PrintWriter("readStdinStream.txt");
251 10 Apr 07 enell 132     BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
251 10 Apr 07 enell 133     
251 10 Apr 07 enell 134     for (int i = 0; i < 100; i++)
251 10 Apr 07 enell 135     {
251 10 Apr 07 enell 136       out.printf("%4d:%s%n",i, in.readLine());
251 10 Apr 07 enell 137     }
251 10 Apr 07 enell 138     
251 10 Apr 07 enell 139     out.close();
251 10 Apr 07 enell 140   }
251 10 Apr 07 enell 141
116 26 Jun 06 enell 142 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:43 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)