plugins/base1/se.lu.onk/trunk/OneClass/src/oneclass/rankproduct/Reporter.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
244 01 Mar 07 enell 1 /*
244 01 Mar 07 enell 2   $Id$
244 01 Mar 07 enell 3
244 01 Mar 07 enell 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
244 01 Mar 07 enell 5
244 01 Mar 07 enell 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
244 01 Mar 07 enell 7   Available at http://base.thep.lu.se/
244 01 Mar 07 enell 8
244 01 Mar 07 enell 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
244 01 Mar 07 enell 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
244 01 Mar 07 enell 11   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
244 01 Mar 07 enell 12   (at your option) any later version.
244 01 Mar 07 enell 13
244 01 Mar 07 enell 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
244 01 Mar 07 enell 15   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
244 01 Mar 07 enell 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
244 01 Mar 07 enell 17   General Public License for more details.
244 01 Mar 07 enell 18
244 01 Mar 07 enell 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
244 01 Mar 07 enell 20   along with this program; if not, write to the Free Software
244 01 Mar 07 enell 21   Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
244 01 Mar 07 enell 22   02111-1307, USA.
244 01 Mar 07 enell 23 */
244 01 Mar 07 enell 24 package oneclass.rankproduct;
244 01 Mar 07 enell 25
244 01 Mar 07 enell 26 public class Reporter
244 01 Mar 07 enell 27 {
244 01 Mar 07 enell 28   private final String reporter;
244 01 Mar 07 enell 29   private final String symbol;
244 01 Mar 07 enell 30   private final String locusLink;
244 01 Mar 07 enell 31   private final int id;
252 10 Apr 07 enell 32   private final int pos;
244 01 Mar 07 enell 33   private final Spot[] spots;
244 01 Mar 07 enell 34   private double a;
246 13 Mar 07 enell 35   private double m = 0;
246 13 Mar 07 enell 36   private int size = 0;;
244 01 Mar 07 enell 37   
252 10 Apr 07 enell 38   public Reporter(int pos, int id, String reporter, String symbol, String locusLink, double a, Spot ... spots)
244 01 Mar 07 enell 39   {
252 10 Apr 07 enell 40     this.pos = pos;
244 01 Mar 07 enell 41     this.id = id;
244 01 Mar 07 enell 42     this.reporter = reporter;
244 01 Mar 07 enell 43     this.symbol = symbol;
244 01 Mar 07 enell 44     this.locusLink = locusLink;
244 01 Mar 07 enell 45     this.a = a;
244 01 Mar 07 enell 46     this.spots = spots;
246 13 Mar 07 enell 47     
246 13 Mar 07 enell 48     for (Spot s : spots)
246 13 Mar 07 enell 49     {
246 13 Mar 07 enell 50       if (!Double.isNaN(s.getM()))
246 13 Mar 07 enell 51       {
246 13 Mar 07 enell 52         m += s.getM();
246 13 Mar 07 enell 53         ++size;
246 13 Mar 07 enell 54       }
246 13 Mar 07 enell 55     }
246 13 Mar 07 enell 56     m = m/size;
244 01 Mar 07 enell 57   }
244 01 Mar 07 enell 58
244 01 Mar 07 enell 59   public final double getA()
244 01 Mar 07 enell 60   {
244 01 Mar 07 enell 61     return a;
244 01 Mar 07 enell 62   }
244 01 Mar 07 enell 63   
244 01 Mar 07 enell 64   public final int getId()
244 01 Mar 07 enell 65   {
244 01 Mar 07 enell 66     return id;
244 01 Mar 07 enell 67   }
244 01 Mar 07 enell 68
244 01 Mar 07 enell 69   public final String getLocusLink()
244 01 Mar 07 enell 70   {
244 01 Mar 07 enell 71     return locusLink;
244 01 Mar 07 enell 72   }
244 01 Mar 07 enell 73
244 01 Mar 07 enell 74   public final double getM()
244 01 Mar 07 enell 75   {
244 01 Mar 07 enell 76     return m;
244 01 Mar 07 enell 77   }
244 01 Mar 07 enell 78
244 01 Mar 07 enell 79   public final double getRankProduct()
244 01 Mar 07 enell 80   {
246 13 Mar 07 enell 81     double rankProduct = 1;
246 13 Mar 07 enell 82     
246 13 Mar 07 enell 83     for (Spot s : spots)
246 13 Mar 07 enell 84     {
246 13 Mar 07 enell 85       if (!Double.isNaN(s.getM()))
246 13 Mar 07 enell 86       {
246 13 Mar 07 enell 87         rankProduct *= s.getRank();
246 13 Mar 07 enell 88       }
246 13 Mar 07 enell 89     }
252 10 Apr 07 enell 90     return rankProduct;
244 01 Mar 07 enell 91   }
244 01 Mar 07 enell 92   
244 01 Mar 07 enell 93   public final String getReporter()
244 01 Mar 07 enell 94   {
244 01 Mar 07 enell 95     return reporter;
244 01 Mar 07 enell 96   }
244 01 Mar 07 enell 97
246 13 Mar 07 enell 98   public final Spot getSpot(int i)
246 13 Mar 07 enell 99   {
246 13 Mar 07 enell 100     return spots[i];
246 13 Mar 07 enell 101   }
246 13 Mar 07 enell 102
244 01 Mar 07 enell 103   public final Spot[] getSpots()
244 01 Mar 07 enell 104   {
244 01 Mar 07 enell 105     return spots;
244 01 Mar 07 enell 106   }
244 01 Mar 07 enell 107
244 01 Mar 07 enell 108   public final String getSymbol()
244 01 Mar 07 enell 109   {
244 01 Mar 07 enell 110     return symbol;
244 01 Mar 07 enell 111   }
244 01 Mar 07 enell 112
244 01 Mar 07 enell 113   public int getSize()
244 01 Mar 07 enell 114   {
244 01 Mar 07 enell 115     return size;
244 01 Mar 07 enell 116   }
252 10 Apr 07 enell 117
252 10 Apr 07 enell 118   public int getPos()
252 10 Apr 07 enell 119   {
254 12 Apr 07 enell 120     return pos;
252 10 Apr 07 enell 121   }
244 01 Mar 07 enell 122 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:48 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)