plugins/base1/se.lu.onk/trunk/OneClass/src/oneclass/rankproduct/Start.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
244 01 Mar 07 enell 1 /*
244 01 Mar 07 enell 2   $Id$
244 01 Mar 07 enell 3
244 01 Mar 07 enell 4   Copyright (C) 2006 Johan Enell
244 01 Mar 07 enell 5
244 01 Mar 07 enell 6   This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
244 01 Mar 07 enell 7   Available at http://base.thep.lu.se/
244 01 Mar 07 enell 8
244 01 Mar 07 enell 9   BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
244 01 Mar 07 enell 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
244 01 Mar 07 enell 11   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
244 01 Mar 07 enell 12   (at your option) any later version.
244 01 Mar 07 enell 13
244 01 Mar 07 enell 14   BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
244 01 Mar 07 enell 15   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
244 01 Mar 07 enell 16   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
244 01 Mar 07 enell 17   General Public License for more details.
244 01 Mar 07 enell 18
244 01 Mar 07 enell 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
244 01 Mar 07 enell 20   along with this program; if not, write to the Free Software
244 01 Mar 07 enell 21   Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
244 01 Mar 07 enell 22   02111-1307, USA.
244 01 Mar 07 enell 23 */
244 01 Mar 07 enell 24 package oneclass.rankproduct;
244 01 Mar 07 enell 25
252 10 Apr 07 enell 26 import basefile.BASEFile;
244 01 Mar 07 enell 27 import basefile.BASEFileException;
244 01 Mar 07 enell 28
244 01 Mar 07 enell 29 import java.io.File;
244 01 Mar 07 enell 30
244 01 Mar 07 enell 31 public class Start
244 01 Mar 07 enell 32 {
244 01 Mar 07 enell 33   
244 01 Mar 07 enell 34   /**
244 01 Mar 07 enell 35    * @param args
244 01 Mar 07 enell 36    */
252 10 Apr 07 enell 37   public static void main(String[] args) throws BASEFileException
244 01 Mar 07 enell 38   {
244 01 Mar 07 enell 39     try
244 01 Mar 07 enell 40     {
255 13 Apr 07 enell 41       File dataFolder = new File("lib");
255 13 Apr 07 enell 42       dataFolder.mkdir();
255 13 Apr 07 enell 43       
252 10 Apr 07 enell 44       BASEFile<Reporter, Spot> basefile;
252 10 Apr 07 enell 45       basefile = new BASEFile<Reporter, Spot>(new File(args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"), "r");
246 13 Mar 07 enell 46       
252 10 Apr 07 enell 47       RankProduct rankproduct = new RankProduct(basefile);
252 10 Apr 07 enell 48       rankproduct.calculate();
255 13 Apr 07 enell 49       rankproduct.print(dataFolder);
244 01 Mar 07 enell 50     }
244 01 Mar 07 enell 51     catch (BASEFileException e)
244 01 Mar 07 enell 52     {
252 10 Apr 07 enell 53       throw e;
244 01 Mar 07 enell 54     }
244 01 Mar 07 enell 55   }
244 01 Mar 07 enell 56
244 01 Mar 07 enell 57
252 10 Apr 07 enell 58 //  private static void print(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss, String prefix) throws BASEFileException
252 10 Apr 07 enell 59 //  {
252 10 Apr 07 enell 60 //      XYSeries oSeries = new XYSeries("Observed");
252 10 Apr 07 enell 61 //      XYSeries eSeries = new XYSeries("Expected");
252 10 Apr 07 enell 62 //      XYSeries fdrSeries = new XYSeries("FDR");
252 10 Apr 07 enell 63 //      HistogramDataset mHist = new HistogramDataset("M", 0.1);
252 10 Apr 07 enell 64 //
252 10 Apr 07 enell 65 //      for (int i = 0; i < bfss.getReporterSize(); i++)
252 10 Apr 07 enell 66 //      {
252 10 Apr 07 enell 67 //        int rank = i + 1;
252 10 Apr 07 enell 68 //        Reporter r = bfss.getReporter(i);
252 10 Apr 07 enell 69 //        double rankProduct = r.getRankProduct();
252 10 Apr 07 enell 70 //
252 10 Apr 07 enell 71 //        
252 10 Apr 07 enell 72 //        oSeries.add(rank, rank);
252 10 Apr 07 enell 73 //        eSeries.add(rank, rankProduct);
244 01 Mar 07 enell 74 //        fdrSeries.add(rank, fdr);
252 10 Apr 07 enell 75 //        mHist.addObservation(r.getM());
252 10 Apr 07 enell 76 //      }
252 10 Apr 07 enell 77 //
246 13 Mar 07 enell 78 //      Plot.plotFDR(fdrSeries);
246 13 Mar 07 enell 79 //      Plot.plotOE(oSeries, eSeries);
246 13 Mar 07 enell 80 //      Plot.plotOE_FDR(oSeries, eSeries, fdrSeries);
244 01 Mar 07 enell 81 //      Plot.plotMHist(mHist, ztest.getTotalMean(), ztest.getTotalSD());
252 10 Apr 07 enell 82 //  }
244 01 Mar 07 enell 83 }

Generated on Tue Nov 21 03:40:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)