plugins/base1/se.lu.onk/trunk/Smooth/src/smooth/SmoothMain.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
139 10 Aug 06 enell 1 /*
139 10 Aug 06 enell 2  $Id$
139 10 Aug 06 enell 3
139 10 Aug 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
139 10 Aug 06 enell 5
139 10 Aug 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
139 10 Aug 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
139 10 Aug 06 enell 8
139 10 Aug 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
139 10 Aug 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
139 10 Aug 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
139 10 Aug 06 enell 12  (at your option) any later version.
139 10 Aug 06 enell 13
139 10 Aug 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
139 10 Aug 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
139 10 Aug 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
139 10 Aug 06 enell 17  General Public License for more details.
139 10 Aug 06 enell 18
139 10 Aug 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
139 10 Aug 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
139 10 Aug 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
139 10 Aug 06 enell 22  02111-1307, USA.
139 10 Aug 06 enell 23  */
139 10 Aug 06 enell 24 package smooth;
139 10 Aug 06 enell 25
222 22 Dec 06 enell 26 import org.jfree.chart.ChartUtilities;
222 22 Dec 06 enell 27 import org.jfree.chart.JFreeChart;
222 22 Dec 06 enell 28 import org.jfree.chart.axis.CategoryAxis;
222 22 Dec 06 enell 29 import org.jfree.chart.axis.NumberAxis;
222 22 Dec 06 enell 30 import org.jfree.chart.plot.CategoryPlot;
227 17 Jan 07 enell 31 import org.jfree.chart.plot.PlotRenderingInfo;
222 22 Dec 06 enell 32 import org.jfree.chart.renderer.category.BoxAndWhiskerRenderer;
227 17 Jan 07 enell 33 import org.jfree.chart.renderer.category.CategoryItemRendererState;
222 22 Dec 06 enell 34 import org.jfree.data.statistics.BoxAndWhiskerItem;
222 22 Dec 06 enell 35 import org.jfree.data.statistics.DefaultBoxAndWhiskerCategoryDataset;
222 22 Dec 06 enell 36
139 10 Aug 06 enell 37 import basefile.BASEFileException;
139 10 Aug 06 enell 38 import basefile.BASEFileReader;
139 10 Aug 06 enell 39 import basefile.BASEFileSection;
139 10 Aug 06 enell 40 import basefile.BASEFileSpotSection;
139 10 Aug 06 enell 41
227 17 Jan 07 enell 42 import java.awt.Graphics2D;
227 17 Jan 07 enell 43 import java.awt.geom.Rectangle2D;
139 10 Aug 06 enell 44 import java.io.File;
222 22 Dec 06 enell 45 import java.io.IOException;
139 10 Aug 06 enell 46 import java.io.PrintStream;
222 22 Dec 06 enell 47 import java.util.HashMap;
139 10 Aug 06 enell 48 import java.util.List;
222 22 Dec 06 enell 49 import java.util.Map;
139 10 Aug 06 enell 50
139 10 Aug 06 enell 51 /**
139 10 Aug 06 enell 52  * This is the main class for the smooth plugin.
139 10 Aug 06 enell 53  * 
139 10 Aug 06 enell 54  * @author Johan Enell, johan.enell@med.lu.se, Dept Oncology, Lund University
139 10 Aug 06 enell 55  */
139 10 Aug 06 enell 56 public class SmoothMain
139 10 Aug 06 enell 57 {
139 10 Aug 06 enell 58
227 17 Jan 07 enell 59   private static String wType = "";
227 17 Jan 07 enell 60
139 10 Aug 06 enell 61   /**
139 10 Aug 06 enell 62    * The main method will parse the basefile. The first section must be named
139 10 Aug 06 enell 63    * "settings" and the requierd parameters will be extracted and validated
139 10 Aug 06 enell 64    * and a new smooth object will be constructed from these. Every following
139 10 Aug 06 enell 65    * spot section will be computed using the smoother and written to the file
139 10 Aug 06 enell 66    * stdout.txt.
139 10 Aug 06 enell 67    * 
139 10 Aug 06 enell 68    * @param args either empty or the name of the basefile
139 10 Aug 06 enell 69    */
139 10 Aug 06 enell 70   public static void main(String[] args)
139 10 Aug 06 enell 71   {
139 10 Aug 06 enell 72     try
139 10 Aug 06 enell 73     {
139 10 Aug 06 enell 74       BASEFileReader bfr;
139 10 Aug 06 enell 75       if (args.length == 1) bfr = new BASEFileReader(new File(args[0]));
139 10 Aug 06 enell 76       else bfr = new BASEFileReader(new File("stdin.txt"));
139 10 Aug 06 enell 77       System.setOut(new PrintStream("stdout.txt"));
139 10 Aug 06 enell 78
139 10 Aug 06 enell 79       BASEFileSection bfs = bfr.readSection(true);
713 29 May 08 jari 80       if (!bfs.isType("smooth settings"))
139 10 Aug 06 enell 81       {
139 10 Aug 06 enell 82         throw new BASEFileException("Can't find section settings");
139 10 Aug 06 enell 83       }
139 10 Aug 06 enell 84
227 17 Jan 07 enell 85       wType = bfs.findStringOpt("w_type");
139 10 Aug 06 enell 86       String average = bfs.findStringOpt("average");
139 10 Aug 06 enell 87       int wSize = bfs.findIntOpt("w_size");
139 10 Aug 06 enell 88       float w = bfs.findFloatOpt("w");
139 10 Aug 06 enell 89
139 10 Aug 06 enell 90       if (wSize <= 0)
139 10 Aug 06 enell 91       {
139 10 Aug 06 enell 92         System.err.println("Can't do anything with windowsize " + wSize);
139 10 Aug 06 enell 93         System.exit(-1);
139 10 Aug 06 enell 94       }
139 10 Aug 06 enell 95       if (w <= 0 || w > 1)
139 10 Aug 06 enell 96       {
139 10 Aug 06 enell 97         System.err.println("Weight must be greater than 0 and less or equal with 1");
139 10 Aug 06 enell 98         System.exit(-1);
139 10 Aug 06 enell 99       }
222 22 Dec 06 enell 100       
222 22 Dec 06 enell 101       bfs = bfr.readSection();
222 22 Dec 06 enell 102       if (!bfs.isType("assays"))
222 22 Dec 06 enell 103       {
222 22 Dec 06 enell 104         throw new BASEFileException("Can't find section assays");
222 22 Dec 06 enell 105       }
222 22 Dec 06 enell 106       Map<Integer, String> assays = getAssays(bfs, bfr);
222 22 Dec 06 enell 107       
139 10 Aug 06 enell 108       System.out.println("BASEfile");
139 10 Aug 06 enell 109
139 10 Aug 06 enell 110       Smooth smooth = new Smooth(wType, average, wSize, w);
139 10 Aug 06 enell 111       BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = bfr.readSpotSection();
139 10 Aug 06 enell 112       while (bfss != null)
139 10 Aug 06 enell 113       {
139 10 Aug 06 enell 114         List<String> columns = bfss.findFieldList("columns");
139 10 Aug 06 enell 115         List<String> assayFields = bfss.findFieldList("assayFields");
139 10 Aug 06 enell 116
139 10 Aug 06 enell 117         int posCol = columns.indexOf("position");
139 10 Aug 06 enell 118         int repCol = columns.indexOf("reporter");
139 10 Aug 06 enell 119         int chrCol = columns.indexOf("chromosome");
139 10 Aug 06 enell 120         int startCol = columns.indexOf("startPosition");
139 10 Aug 06 enell 121         int endCol = columns.indexOf("endPosition");
139 10 Aug 06 enell 122         int dataCol = columns.indexOf("assayData");
139 10 Aug 06 enell 123         int i1Col = assayFields.indexOf("intensity1") + dataCol;
139 10 Aug 06 enell 124         int i2Col = assayFields.indexOf("intensity2") + dataCol;
139 10 Aug 06 enell 125
139 10 Aug 06 enell 126         bfss.setDataMatrix(bfss.findIntOpt("count"), 1);
139 10 Aug 06 enell 127
139 10 Aug 06 enell 128         String[] data = bfr.readDataRow();
139 10 Aug 06 enell 129         while (data != null)
139 10 Aug 06 enell 130         {
139 10 Aug 06 enell 131           try
139 10 Aug 06 enell 132           {
139 10 Aug 06 enell 133             Spot s = new Spot(data[i1Col], data[i2Col]);
139 10 Aug 06 enell 134             Reporter r = new Reporter(data[posCol], data[repCol], data[chrCol], data[startCol], data[endCol], s);
139 10 Aug 06 enell 135             bfss.addData(r, s);
139 10 Aug 06 enell 136           }
222 22 Dec 06 enell 137           catch (Exception e)
139 10 Aug 06 enell 138           {}
139 10 Aug 06 enell 139           data = bfr.readDataRow(7);
139 10 Aug 06 enell 140         }
139 10 Aug 06 enell 141
139 10 Aug 06 enell 142         smooth.compute(bfss);
139 10 Aug 06 enell 143
139 10 Aug 06 enell 144         bfss.setHeader("columns", "position", "reporter", "assayData");
139 10 Aug 06 enell 145         bfss.setHeader("assayFields", "l2ratio1_2", "l10intgmean1_2", "JE_smoothdiff");
139 10 Aug 06 enell 146         bfss.setHeader("setExtraFloats", "JE_smoothdiff");
139 10 Aug 06 enell 147         System.out.println(bfss);
139 10 Aug 06 enell 148         for (int i = 0; i < bfss.getReporterSize(); i++)
139 10 Aug 06 enell 149         {
139 10 Aug 06 enell 150           Reporter r = bfss.getReporter(i);
139 10 Aug 06 enell 151           System.out.println(r + "\t" + r.getSpot());
139 10 Aug 06 enell 152         }
139 10 Aug 06 enell 153         System.out.println();
139 10 Aug 06 enell 154         bfss = bfr.readSpotSection();
139 10 Aug 06 enell 155       }
139 10 Aug 06 enell 156
222 22 Dec 06 enell 157       plot(assays, smooth);
222 22 Dec 06 enell 158       
139 10 Aug 06 enell 159     }
139 10 Aug 06 enell 160     catch (OutOfMemoryError oome)
139 10 Aug 06 enell 161     {
222 22 Dec 06 enell 162       System.err.println("No more memory in the java virtual machine. Start the application with more memory.");
139 10 Aug 06 enell 163       System.exit(-1);
139 10 Aug 06 enell 164     }
139 10 Aug 06 enell 165     catch (Exception e)
139 10 Aug 06 enell 166     {
139 10 Aug 06 enell 167       e.printStackTrace();
139 10 Aug 06 enell 168       System.exit(-1);
139 10 Aug 06 enell 169     }
139 10 Aug 06 enell 170   }
139 10 Aug 06 enell 171
222 22 Dec 06 enell 172   private static void plot(Map<Integer, String> assays, Smooth smooth) throws IOException
222 22 Dec 06 enell 173   {
222 22 Dec 06 enell 174     DefaultBoxAndWhiskerCategoryDataset data = new DefaultBoxAndWhiskerCategoryDataset();
222 22 Dec 06 enell 175     for (Integer assayId : assays.keySet())
222 22 Dec 06 enell 176     {
222 22 Dec 06 enell 177       BoxAndWhiskerItem bw = smooth.getBoxAndWhiskerItem(assayId);
227 17 Jan 07 enell 178       data.add(bw, "Window distibution", assays.get(assayId));
222 22 Dec 06 enell 179     }
222 22 Dec 06 enell 180     
227 17 Jan 07 enell 181     CategoryAxis xAxis = new CategoryAxis("Sample");
227 17 Jan 07 enell 182     NumberAxis yAxis = new NumberAxis("Window size (" + (wType.equals("cl") ? "bp" : "clones") + ")");
227 17 Jan 07 enell 183     yAxis.setAutoRangeIncludesZero(false);
222 22 Dec 06 enell 184     
227 17 Jan 07 enell 185     BoxAndWhiskerRenderer renderer = new BoxAndWhiskerRenderer() 
227 17 Jan 07 enell 186     {
227 17 Jan 07 enell 187       @Override
227 17 Jan 07 enell 188       public CategoryItemRendererState initialise(Graphics2D g2, Rectangle2D dataArea, CategoryPlot plot, int rendererIndex, PlotRenderingInfo info)
227 17 Jan 07 enell 189       {
227 17 Jan 07 enell 190         CategoryItemRendererState state = super.initialise(g2, dataArea, plot, rendererIndex, info);
227 17 Jan 07 enell 191         state.setBarWidth(20);
227 17 Jan 07 enell 192         return state;
227 17 Jan 07 enell 193       }
227 17 Jan 07 enell 194     };
227 17 Jan 07 enell 195     CategoryPlot plot = new CategoryPlot(data, xAxis, yAxis, renderer);
222 22 Dec 06 enell 196     
227 17 Jan 07 enell 197     
222 22 Dec 06 enell 198     JFreeChart chart = new JFreeChart(plot);
227 17 Jan 07 enell 199     chart.removeLegend();
222 22 Dec 06 enell 200     chart.setAntiAlias(false);
222 22 Dec 06 enell 201
227 17 Jan 07 enell 202     int w = 150 + 40 * assays.size();
227 17 Jan 07 enell 203     ChartUtilities.saveChartAsPNG(new File("windowsize.png"), chart, w, 600);
222 22 Dec 06 enell 204   }
222 22 Dec 06 enell 205
222 22 Dec 06 enell 206   private static Map<Integer, String> getAssays(BASEFileSection bfs, BASEFileReader bfr) throws IOException
222 22 Dec 06 enell 207   {
222 22 Dec 06 enell 208     List<String> columns = bfs.findFieldList("columns");
222 22 Dec 06 enell 209     int idCol = columns.indexOf("id");
222 22 Dec 06 enell 210     int nameCol = columns.indexOf("name");
222 22 Dec 06 enell 211
222 22 Dec 06 enell 212     Map<Integer, String> assays = new HashMap<Integer, String>();
222 22 Dec 06 enell 213     String[] data = bfr.readDataRow();
222 22 Dec 06 enell 214     while (data != null)
222 22 Dec 06 enell 215     {
222 22 Dec 06 enell 216       assays.put(new Integer(data[idCol]), data[nameCol]);
222 22 Dec 06 enell 217       data = bfr.readDataRow();
222 22 Dec 06 enell 218     }
222 22 Dec 06 enell 219     return assays;
222 22 Dec 06 enell 220   }
222 22 Dec 06 enell 221
139 10 Aug 06 enell 222 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:06 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)