plugins/base1/se.lu.onk/trunk/Smooth/src/smooth/Spot.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
139 10 Aug 06 enell 1 /*
139 10 Aug 06 enell 2  $Id$
139 10 Aug 06 enell 3
139 10 Aug 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
139 10 Aug 06 enell 5
139 10 Aug 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
139 10 Aug 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
139 10 Aug 06 enell 8
139 10 Aug 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
139 10 Aug 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
139 10 Aug 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
139 10 Aug 06 enell 12  (at your option) any later version.
139 10 Aug 06 enell 13
139 10 Aug 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
139 10 Aug 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
139 10 Aug 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
139 10 Aug 06 enell 17  General Public License for more details.
139 10 Aug 06 enell 18
139 10 Aug 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
139 10 Aug 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
139 10 Aug 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
139 10 Aug 06 enell 22  02111-1307, USA.
139 10 Aug 06 enell 23  */
139 10 Aug 06 enell 24 package smooth;
139 10 Aug 06 enell 25
139 10 Aug 06 enell 26 import basefile.BASEFileException;
139 10 Aug 06 enell 27
139 10 Aug 06 enell 28 /**
139 10 Aug 06 enell 29  * The Spot for the smooth plugin. It contains intensity1, intensity2, M and the
139 10 Aug 06 enell 30  * new M.
139 10 Aug 06 enell 31  * 
139 10 Aug 06 enell 32  * @author Johan Enell, johan.enell@med.lu.se, Dept Oncology, Lund University
139 10 Aug 06 enell 33  */
139 10 Aug 06 enell 34 public class Spot
139 10 Aug 06 enell 35 {
139 10 Aug 06 enell 36   private final float int1;
139 10 Aug 06 enell 37
139 10 Aug 06 enell 38   private final float int2;
139 10 Aug 06 enell 39
139 10 Aug 06 enell 40   private final float m;
139 10 Aug 06 enell 41
139 10 Aug 06 enell 42   private float mPrim;
139 10 Aug 06 enell 43
139 10 Aug 06 enell 44   /**
139 10 Aug 06 enell 45    * Constructs a spot from intensity1 and intensity2. It calculates the M
139 10 Aug 06 enell 46    * value.
139 10 Aug 06 enell 47    * 
139 10 Aug 06 enell 48    * @param int1
139 10 Aug 06 enell 49    *        intensity for channel 1
139 10 Aug 06 enell 50    * @param int2
139 10 Aug 06 enell 51    *        intensity for channel 2
139 10 Aug 06 enell 52    * @throws BASEFileException
139 10 Aug 06 enell 53    *         if the string cant be parsed as floats
139 10 Aug 06 enell 54    */
139 10 Aug 06 enell 55   public Spot(String int1, String int2)
139 10 Aug 06 enell 56     throws BASEFileException
139 10 Aug 06 enell 57   {
139 10 Aug 06 enell 58     try
139 10 Aug 06 enell 59     {
139 10 Aug 06 enell 60       this.int1 = Float.parseFloat(int1);
139 10 Aug 06 enell 61       this.int2 = Float.parseFloat(int2);
139 10 Aug 06 enell 62       this.m = (float) (Math.log(this.int1 / this.int2) / Math.log(2));
139 10 Aug 06 enell 63     }
139 10 Aug 06 enell 64     catch (NumberFormatException e)
139 10 Aug 06 enell 65     {
139 10 Aug 06 enell 66       throw new BASEFileException(e.getMessage());
139 10 Aug 06 enell 67     }
139 10 Aug 06 enell 68   }
139 10 Aug 06 enell 69
139 10 Aug 06 enell 70   /**
139 10 Aug 06 enell 71    * Gets the intensity for channel 1.
139 10 Aug 06 enell 72    * 
139 10 Aug 06 enell 73    * @return intensity for channel 1
139 10 Aug 06 enell 74    */
139 10 Aug 06 enell 75   public final float getInt1()
139 10 Aug 06 enell 76   {
139 10 Aug 06 enell 77     return int1;
139 10 Aug 06 enell 78   }
139 10 Aug 06 enell 79
139 10 Aug 06 enell 80   /**
139 10 Aug 06 enell 81    * Gets the intensity for channel 2.
139 10 Aug 06 enell 82    * 
139 10 Aug 06 enell 83    * @return intensity for channel 2
139 10 Aug 06 enell 84    */
139 10 Aug 06 enell 85   public final float getInt2()
139 10 Aug 06 enell 86   {
139 10 Aug 06 enell 87     return int2;
139 10 Aug 06 enell 88   }
139 10 Aug 06 enell 89
139 10 Aug 06 enell 90   /**
139 10 Aug 06 enell 91    * Gets the M value calculated from the intensity values. log2(int1 / int2)
139 10 Aug 06 enell 92    * 
139 10 Aug 06 enell 93    * @return the M value
139 10 Aug 06 enell 94    */
139 10 Aug 06 enell 95   public float getM()
139 10 Aug 06 enell 96   {
139 10 Aug 06 enell 97     return m;
139 10 Aug 06 enell 98   }
139 10 Aug 06 enell 99
139 10 Aug 06 enell 100   /**
139 10 Aug 06 enell 101    * Gets the new M value.
139 10 Aug 06 enell 102    * 
139 10 Aug 06 enell 103    * @return the new M
139 10 Aug 06 enell 104    */
139 10 Aug 06 enell 105   public float getMprim()
139 10 Aug 06 enell 106   {
139 10 Aug 06 enell 107     return mPrim;
139 10 Aug 06 enell 108   }
139 10 Aug 06 enell 109
139 10 Aug 06 enell 110   /**
139 10 Aug 06 enell 111    * Gets the A value calculated from the intensity values. A=log10(sqrt(int1 *
139 10 Aug 06 enell 112    * int2)).
139 10 Aug 06 enell 113    * 
139 10 Aug 06 enell 114    * @return the A value
139 10 Aug 06 enell 115    */
139 10 Aug 06 enell 116   public float getA()
139 10 Aug 06 enell 117   {
139 10 Aug 06 enell 118     return (float) Math.log10(Math.sqrt(int1 * int2));
139 10 Aug 06 enell 119   }
139 10 Aug 06 enell 120
139 10 Aug 06 enell 121   /**
139 10 Aug 06 enell 122    * Sets the new M value.
139 10 Aug 06 enell 123    * 
139 10 Aug 06 enell 124    * @param m
139 10 Aug 06 enell 125    *        the new M value
139 10 Aug 06 enell 126    */
139 10 Aug 06 enell 127   public void setMprim(float m)
139 10 Aug 06 enell 128   {
139 10 Aug 06 enell 129     this.mPrim = m;
139 10 Aug 06 enell 130   }
139 10 Aug 06 enell 131
139 10 Aug 06 enell 132   @Override
139 10 Aug 06 enell 133   public String toString()
139 10 Aug 06 enell 134   {
139 10 Aug 06 enell 135     return getMprim() + "\t" + getA() + "\t" + (getMprim() - getM());
139 10 Aug 06 enell 136   }
139 10 Aug 06 enell 137 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:07 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)