plugins/base1/se.lu.onk/trunk/ZTest/src/ztest/Plot.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
216 07 Dec 06 enell 1 /*
216 07 Dec 06 enell 2  $Id$
216 07 Dec 06 enell 3
216 07 Dec 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
216 07 Dec 06 enell 5
216 07 Dec 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
216 07 Dec 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
216 07 Dec 06 enell 8
216 07 Dec 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
216 07 Dec 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
216 07 Dec 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
216 07 Dec 06 enell 12  (at your option) any later version.
216 07 Dec 06 enell 13
216 07 Dec 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
216 07 Dec 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
216 07 Dec 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
216 07 Dec 06 enell 17  General Public License for more details.
216 07 Dec 06 enell 18
216 07 Dec 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
216 07 Dec 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
216 07 Dec 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
216 07 Dec 06 enell 22  02111-1307, USA.
216 07 Dec 06 enell 23  */
216 07 Dec 06 enell 24 package ztest;
216 07 Dec 06 enell 25
216 07 Dec 06 enell 26 import org.jfree.chart.ChartUtilities;
216 07 Dec 06 enell 27 import org.jfree.chart.JFreeChart;
216 07 Dec 06 enell 28 import org.jfree.chart.axis.LogarithmicAxis;
216 07 Dec 06 enell 29 import org.jfree.chart.axis.NumberAxis;
219 18 Dec 06 enell 30 import org.jfree.chart.plot.DatasetRenderingOrder;
216 07 Dec 06 enell 31 import org.jfree.chart.plot.SeriesRenderingOrder;
216 07 Dec 06 enell 32 import org.jfree.chart.plot.XYPlot;
217 08 Dec 06 enell 33 import org.jfree.chart.renderer.xy.XYBarRenderer;
216 07 Dec 06 enell 34 import org.jfree.chart.renderer.xy.XYLineAndShapeRenderer;
216 07 Dec 06 enell 35 import org.jfree.data.RangeType;
219 18 Dec 06 enell 36 import org.jfree.data.function.Function2D;
219 18 Dec 06 enell 37 import org.jfree.data.function.NormalDistributionFunction2D;
219 18 Dec 06 enell 38 import org.jfree.data.general.DatasetUtilities;
219 18 Dec 06 enell 39 import org.jfree.data.statistics.SimpleHistogramBin;
217 08 Dec 06 enell 40 import org.jfree.data.statistics.SimpleHistogramDataset;
219 18 Dec 06 enell 41 import org.jfree.data.xy.XYDataset;
216 07 Dec 06 enell 42 import org.jfree.data.xy.XYSeries;
216 07 Dec 06 enell 43 import org.jfree.data.xy.XYSeriesCollection;
216 07 Dec 06 enell 44
216 07 Dec 06 enell 45 import java.awt.Color;
216 07 Dec 06 enell 46 import java.io.File;
216 07 Dec 06 enell 47 import java.io.IOException;
216 07 Dec 06 enell 48
216 07 Dec 06 enell 49 public class Plot
216 07 Dec 06 enell 50 {
217 08 Dec 06 enell 51   public static class HistogramDataset extends SimpleHistogramDataset
217 08 Dec 06 enell 52   {
220 19 Dec 06 enell 53     
219 18 Dec 06 enell 54     private double binSize;
217 08 Dec 06 enell 55
219 18 Dec 06 enell 56     public HistogramDataset(Comparable key, double binSize)
217 08 Dec 06 enell 57     {
217 08 Dec 06 enell 58       super(key);
219 18 Dec 06 enell 59       this.binSize = binSize;
217 08 Dec 06 enell 60     }
217 08 Dec 06 enell 61
217 08 Dec 06 enell 62     @Override
217 08 Dec 06 enell 63     public void addObservation(double value, boolean notify)
217 08 Dec 06 enell 64     {
217 08 Dec 06 enell 65       try
217 08 Dec 06 enell 66       {
217 08 Dec 06 enell 67         super.addObservation(value, notify);
217 08 Dec 06 enell 68       }
217 08 Dec 06 enell 69       catch (RuntimeException e)
217 08 Dec 06 enell 70       {
219 18 Dec 06 enell 71         newBin(value);
217 08 Dec 06 enell 72         super.addObservation(value, notify);
217 08 Dec 06 enell 73       }
217 08 Dec 06 enell 74     }
219 18 Dec 06 enell 75
219 18 Dec 06 enell 76     private void newBin(double value)
219 18 Dec 06 enell 77     {
219 18 Dec 06 enell 78       double precision = 1000000;
219 18 Dec 06 enell 79       int low = (int)(Math.floor(value/binSize) * binSize * precision);
219 18 Dec 06 enell 80       int high = low + (int)(binSize * precision);
219 18 Dec 06 enell 81       SimpleHistogramBin bin = new SimpleHistogramBin(low/precision, high/precision, true, false);
219 18 Dec 06 enell 82       super.addBin(bin);
219 18 Dec 06 enell 83     }
219 18 Dec 06 enell 84
219 18 Dec 06 enell 85     public double getBinSize()
219 18 Dec 06 enell 86     {
219 18 Dec 06 enell 87       return binSize;
219 18 Dec 06 enell 88     }
217 08 Dec 06 enell 89   }
217 08 Dec 06 enell 90
216 07 Dec 06 enell 91   static void plotOE_FDR(XYSeries observed, XYSeries expected, XYSeries fdr)
216 07 Dec 06 enell 92     throws IOException
216 07 Dec 06 enell 93   {
216 07 Dec 06 enell 94     NumberAxis domainAxis = new LogarithmicAxis("Rank"); // x axis
216 07 Dec 06 enell 95     domainAxis.setAutoRangeIncludesZero(false);
216 07 Dec 06 enell 96     domainAxis.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 97     NumberAxis rangeAxisFDR = new NumberAxis("FDR"); // y axis fdr
216 07 Dec 06 enell 98     rangeAxisFDR.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 99     rangeAxisFDR.setAutoRangeIncludesZero(true);
217 08 Dec 06 enell 100     NumberAxis rangeAxisOE = new NumberAxis("Observed / Expected"); // y axis oe
216 07 Dec 06 enell 101     rangeAxisOE.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 102     rangeAxisOE.setAutoRangeIncludesZero(true);
216 07 Dec 06 enell 103
216 07 Dec 06 enell 104     XYSeriesCollection datasetOE = new XYSeriesCollection();
216 07 Dec 06 enell 105     datasetOE.addSeries(observed);
216 07 Dec 06 enell 106     datasetOE.addSeries(expected);
216 07 Dec 06 enell 107     XYSeriesCollection datasetFDR = new XYSeriesCollection();
216 07 Dec 06 enell 108     datasetFDR.addSeries(fdr);
216 07 Dec 06 enell 109
216 07 Dec 06 enell 110     XYLineAndShapeRenderer oeRenderer = new XYLineAndShapeRenderer(true, false);
216 07 Dec 06 enell 111     oeRenderer.setSeriesPaint(0, Color.RED);
216 07 Dec 06 enell 112     oeRenderer.setSeriesPaint(1, Color.BLUE);
216 07 Dec 06 enell 113     XYLineAndShapeRenderer fdrRenderer = new XYLineAndShapeRenderer(true, false);
216 07 Dec 06 enell 114     fdrRenderer.setSeriesPaint(0, Color.BLACK);
216 07 Dec 06 enell 115
216 07 Dec 06 enell 116     XYPlot plot = new XYPlot();
216 07 Dec 06 enell 117     plot.setDomainAxis(domainAxis);
216 07 Dec 06 enell 118
216 07 Dec 06 enell 119     plot.setDataset(0, datasetOE);
216 07 Dec 06 enell 120     plot.setRangeAxis(0, rangeAxisOE);
216 07 Dec 06 enell 121     plot.mapDatasetToRangeAxis(0, 0);
216 07 Dec 06 enell 122     plot.setRenderer(0, oeRenderer);
216 07 Dec 06 enell 123
216 07 Dec 06 enell 124     plot.setDataset(1, datasetFDR);
216 07 Dec 06 enell 125     plot.setRangeAxis(1, rangeAxisFDR);
216 07 Dec 06 enell 126     plot.mapDatasetToRangeAxis(1, 1);
216 07 Dec 06 enell 127     plot.setRenderer(1, fdrRenderer);
216 07 Dec 06 enell 128
216 07 Dec 06 enell 129     plot.setSeriesRenderingOrder(SeriesRenderingOrder.FORWARD);
216 07 Dec 06 enell 130
217 08 Dec 06 enell 131     JFreeChart chart = new JFreeChart(plot);
216 07 Dec 06 enell 132     chart.setAntiAlias(false);
216 07 Dec 06 enell 133
216 07 Dec 06 enell 134     ChartUtilities.saveChartAsPNG(new File("oe_fdrplot.png"), chart, 800, 600);
216 07 Dec 06 enell 135   }
216 07 Dec 06 enell 136
216 07 Dec 06 enell 137   static void plotFDR(XYSeries fdr)
216 07 Dec 06 enell 138     throws IOException
216 07 Dec 06 enell 139   {
216 07 Dec 06 enell 140     XYLineAndShapeRenderer fdrRenderer = new XYLineAndShapeRenderer(true, false);
216 07 Dec 06 enell 141     fdrRenderer.setSeriesPaint(0, Color.BLACK);
216 07 Dec 06 enell 142
216 07 Dec 06 enell 143     NumberAxis domainAxis = new LogarithmicAxis("Rank"); // x axis
216 07 Dec 06 enell 144     domainAxis.setAutoRangeIncludesZero(false);
216 07 Dec 06 enell 145     domainAxis.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 146     NumberAxis rangeAxis = new NumberAxis("FDR"); // y axis
216 07 Dec 06 enell 147     rangeAxis.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 148     rangeAxis.setAutoRangeIncludesZero(true);
216 07 Dec 06 enell 149     XYPlot plot = new XYPlot(new XYSeriesCollection(fdr), domainAxis, rangeAxis, fdrRenderer);
216 07 Dec 06 enell 150     plot.setSeriesRenderingOrder(SeriesRenderingOrder.FORWARD);
216 07 Dec 06 enell 151
217 08 Dec 06 enell 152     JFreeChart chart = new JFreeChart(plot);
216 07 Dec 06 enell 153     chart.setAntiAlias(false);
216 07 Dec 06 enell 154     chart.removeLegend();
216 07 Dec 06 enell 155
216 07 Dec 06 enell 156     ChartUtilities.saveChartAsPNG(new File("fdrplot.png"), chart, 800, 600);
216 07 Dec 06 enell 157   }
220 19 Dec 06 enell 158   
216 07 Dec 06 enell 159
216 07 Dec 06 enell 160   static void plotOE(XYSeries observed, XYSeries expected)
216 07 Dec 06 enell 161     throws IOException
216 07 Dec 06 enell 162   {
216 07 Dec 06 enell 163     XYSeriesCollection allSeries = new XYSeriesCollection();
216 07 Dec 06 enell 164     allSeries.addSeries(observed);
216 07 Dec 06 enell 165     allSeries.addSeries(expected);
216 07 Dec 06 enell 166
216 07 Dec 06 enell 167     XYLineAndShapeRenderer oeRenderer = new XYLineAndShapeRenderer(true, false);
216 07 Dec 06 enell 168     oeRenderer.setSeriesPaint(0, Color.RED);
216 07 Dec 06 enell 169     oeRenderer.setSeriesPaint(1, Color.BLUE);
216 07 Dec 06 enell 170
216 07 Dec 06 enell 171     NumberAxis domainAxis = new LogarithmicAxis("Rank"); // x axis
216 07 Dec 06 enell 172     domainAxis.setAutoRangeIncludesZero(false);
216 07 Dec 06 enell 173     domainAxis.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 174     NumberAxis rangeAxis = new NumberAxis(); // y axis
216 07 Dec 06 enell 175     rangeAxis.setRangeType(RangeType.POSITIVE);
216 07 Dec 06 enell 176     rangeAxis.setAutoRangeIncludesZero(true);
216 07 Dec 06 enell 177     XYPlot plot = new XYPlot(allSeries, domainAxis, rangeAxis, oeRenderer);
216 07 Dec 06 enell 178     plot.setSeriesRenderingOrder(SeriesRenderingOrder.FORWARD);
216 07 Dec 06 enell 179
217 08 Dec 06 enell 180     JFreeChart chart = new JFreeChart(plot);
216 07 Dec 06 enell 181     chart.setAntiAlias(false);
216 07 Dec 06 enell 182
216 07 Dec 06 enell 183     ChartUtilities.saveChartAsPNG(new File("oeplot.png"), chart, 800, 600);
216 07 Dec 06 enell 184   }
217 08 Dec 06 enell 185
219 18 Dec 06 enell 186   static void plotMHist(HistogramDataset m, double mean, double sd)
217 08 Dec 06 enell 187     throws IOException
217 08 Dec 06 enell 188   {
221 20 Dec 06 enell 189     if (m.getItemCount(0) == 0)
221 20 Dec 06 enell 190     {
221 20 Dec 06 enell 191       System.err.println("Can't print histogram. Dataset empty.");
221 20 Dec 06 enell 192       return;
221 20 Dec 06 enell 193     }
221 20 Dec 06 enell 194     
217 08 Dec 06 enell 195     NumberAxis domainAxis = new NumberAxis("M, log2(int1/int2)");
219 18 Dec 06 enell 196     NumberAxis rangeAxis1 = new NumberAxis("Frequence");
219 18 Dec 06 enell 197     NumberAxis rangeAxis2 = new NumberAxis("Normsdist");
219 18 Dec 06 enell 198     rangeAxis1.setAutoRangeIncludesZero(true);
217 08 Dec 06 enell 199
217 08 Dec 06 enell 200     XYBarRenderer hRenderer = new XYBarRenderer();
217 08 Dec 06 enell 201     XYLineAndShapeRenderer ndRenderer = new XYLineAndShapeRenderer(true, false);
217 08 Dec 06 enell 202
217 08 Dec 06 enell 203     XYPlot plot = new XYPlot();
217 08 Dec 06 enell 204     plot.setDomainAxis(domainAxis);
219 18 Dec 06 enell 205     plot.setRangeAxis(0, rangeAxis1);
219 18 Dec 06 enell 206     plot.setRangeAxis(1, rangeAxis2);
219 18 Dec 06 enell 207     plot.mapDatasetToRangeAxis(0, 0);
219 18 Dec 06 enell 208     plot.mapDatasetToRangeAxis(1, 1);
217 08 Dec 06 enell 209     
217 08 Dec 06 enell 210     plot.setDataset(0, m);
217 08 Dec 06 enell 211     plot.setRenderer(0, hRenderer);
217 08 Dec 06 enell 212     
219 18 Dec 06 enell 213     double start = Math.floor(m.getStartXValue(0, 0));
219 18 Dec 06 enell 214     double end = Math.ceil(m.getEndXValue(0, m.getItemCount(0) - 1));
219 18 Dec 06 enell 215     Function2D dist = new NormalDistributionFunction2D(mean, sd);
219 18 Dec 06 enell 216     XYDataset normsdist = DatasetUtilities.sampleFunction2D(dist, start, end, (int)((end - start)/m.getBinSize()), "Normsdist"); 
219 18 Dec 06 enell 217     plot.setDataset(1, normsdist);
217 08 Dec 06 enell 218     plot.setRenderer(1, ndRenderer);
217 08 Dec 06 enell 219
219 18 Dec 06 enell 220     plot.setDatasetRenderingOrder(DatasetRenderingOrder.FORWARD);
219 18 Dec 06 enell 221     
217 08 Dec 06 enell 222     JFreeChart chart = new JFreeChart(plot);
217 08 Dec 06 enell 223     chart.setAntiAlias(false);
217 08 Dec 06 enell 224
217 08 Dec 06 enell 225     ChartUtilities.saveChartAsPNG(new File("mhist.png"), chart, 800, 600);
217 08 Dec 06 enell 226   }
216 07 Dec 06 enell 227 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:09 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)