plugins/base1/se.lu.onk/trunk/ZTest/src/ztest/Start.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
187 13 Oct 06 enell 1 /*
187 13 Oct 06 enell 2  $Id$
187 13 Oct 06 enell 3
187 13 Oct 06 enell 4  Copyright (C) 2006 Johan Enell
187 13 Oct 06 enell 5
187 13 Oct 06 enell 6  This file is part of BASE - BioArray Software Environment.
187 13 Oct 06 enell 7  Available at http://base.thep.lu.se/
187 13 Oct 06 enell 8
187 13 Oct 06 enell 9  BASE is free software; you can redistribute it and/or modify it
187 13 Oct 06 enell 10  under the terms of the GNU General Public License as published by
187 13 Oct 06 enell 11  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
187 13 Oct 06 enell 12  (at your option) any later version.
187 13 Oct 06 enell 13
187 13 Oct 06 enell 14  BASE is distributed in the hope that it will be useful, but
187 13 Oct 06 enell 15  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
187 13 Oct 06 enell 16  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
187 13 Oct 06 enell 17  General Public License for more details.
187 13 Oct 06 enell 18
187 13 Oct 06 enell 19  You should have received a copy of the GNU General Public License
187 13 Oct 06 enell 20  along with this program; if not, write to the Free Software
187 13 Oct 06 enell 21  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
187 13 Oct 06 enell 22  02111-1307, USA.
187 13 Oct 06 enell 23  */
187 13 Oct 06 enell 24 package ztest;
187 13 Oct 06 enell 25
213 07 Dec 06 enell 26 import org.jfree.data.xy.XYSeries;
213 07 Dec 06 enell 27
187 13 Oct 06 enell 28 import java.io.File;
187 13 Oct 06 enell 29 import java.io.FileNotFoundException;
187 13 Oct 06 enell 30 import java.io.IOException;
187 13 Oct 06 enell 31 import java.io.PrintWriter;
187 13 Oct 06 enell 32 import java.util.Comparator;
187 13 Oct 06 enell 33 import java.util.List;
187 13 Oct 06 enell 34
187 13 Oct 06 enell 35 import basefile.BASEFileException;
187 13 Oct 06 enell 36 import basefile.BASEFileReader;
187 13 Oct 06 enell 37 import basefile.BASEFileSpotSection;
187 13 Oct 06 enell 38 import basefile.BadFormatException;
187 13 Oct 06 enell 39
187 13 Oct 06 enell 40 public class Start
187 13 Oct 06 enell 41 {
217 08 Dec 06 enell 42   
217 08 Dec 06 enell 43   private static ZTest ztest = new ZTest();
187 13 Oct 06 enell 44
187 13 Oct 06 enell 45   /**
187 13 Oct 06 enell 46    * @param args
187 13 Oct 06 enell 47    */
187 13 Oct 06 enell 48   public static void main(String[] args)
187 13 Oct 06 enell 49   {
187 13 Oct 06 enell 50     BASEFileReader bfr;
187 13 Oct 06 enell 51     try
187 13 Oct 06 enell 52     {
187 13 Oct 06 enell 53       bfr = new BASEFileReader(new File(args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"));
187 13 Oct 06 enell 54       BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss = bfr.readSpotSection();
187 13 Oct 06 enell 55
187 13 Oct 06 enell 56       List<String> columns = bfss.findFieldList("columns");
187 13 Oct 06 enell 57       List<Integer> assays = bfss.findFieldIntList("assays");
187 13 Oct 06 enell 58       List<String> assayFields = bfss.findFieldList("assayFields");
187 13 Oct 06 enell 59
187 13 Oct 06 enell 60       int mCol = assayFields.indexOf("l2ratio1_2");
221 20 Dec 06 enell 61       int aCol = assayFields.indexOf("l10intgmean1_2");
187 13 Oct 06 enell 62       int repCol = columns.indexOf("reporter");
207 04 Dec 06 enell 63       int repidCol = columns.indexOf("reporterId");
207 04 Dec 06 enell 64       int symCol = columns.indexOf("geneSymbol");
207 04 Dec 06 enell 65       int llCol = columns.indexOf("locusLink");
187 13 Oct 06 enell 66       int assayDataCol = columns.indexOf("assayData");
187 13 Oct 06 enell 67
221 20 Dec 06 enell 68       if (aCol == -1 || mCol == -1 || repCol == -1 || repidCol == -1 || symCol == -1 || llCol == -1 || assayDataCol == -1)
187 13 Oct 06 enell 69       {
187 13 Oct 06 enell 70         throw new BASEFileException("Cant find the columns l2ratio1_2, reporter or assayData");
187 13 Oct 06 enell 71       }
187 13 Oct 06 enell 72       mCol += assayDataCol;
221 20 Dec 06 enell 73       aCol += assayDataCol;
187 13 Oct 06 enell 74
187 13 Oct 06 enell 75       int dataLength = columns.size() + assays.size() * assayFields.size() - 1;
221 20 Dec 06 enell 76       bfss.setDataMatrix(bfss.findIntOpt("count"), assays.size());
187 13 Oct 06 enell 77       String[] data = bfr.readDataRow(dataLength);
187 13 Oct 06 enell 78       while (data != null)
187 13 Oct 06 enell 79       {
187 13 Oct 06 enell 80         Spot[] spots = new Spot[assays.size()];
221 20 Dec 06 enell 81         Double a = 0.0;
221 20 Dec 06 enell 82         int aCount = 0;
187 13 Oct 06 enell 83         for (int i = 0; i < assays.size(); i++)
187 13 Oct 06 enell 84         {
221 20 Dec 06 enell 85           int mIndex = mCol + i * assayFields.size();
221 20 Dec 06 enell 86           int aIndex = aCol + i * assayFields.size();
197 21 Nov 06 enell 87           Double m = Double.NaN;
221 20 Dec 06 enell 88           if (!data[mIndex].equals(""))
221 20 Dec 06 enell 89             m = new Double(data[mIndex]);
221 20 Dec 06 enell 90           if (!data[aIndex].equals(""))
187 13 Oct 06 enell 91           {
221 20 Dec 06 enell 92             a += new Double(data[aIndex]);
221 20 Dec 06 enell 93             aCount++;
187 13 Oct 06 enell 94           }
187 13 Oct 06 enell 95           spots[i] = new Spot(m);
187 13 Oct 06 enell 96         }
221 20 Dec 06 enell 97         Reporter r = new Reporter(new Integer(data[repCol]), data[repidCol], data[symCol], data[llCol], a/aCount);
187 13 Oct 06 enell 98         bfss.addData(r, spots);
187 13 Oct 06 enell 99         data = bfr.readDataRow(dataLength);
187 13 Oct 06 enell 100       }
187 13 Oct 06 enell 101       ztest.calculate(bfss);
187 13 Oct 06 enell 102
187 13 Oct 06 enell 103       bfss.sortReporter(new Comparator<Reporter>()
187 13 Oct 06 enell 104       {
187 13 Oct 06 enell 105
187 13 Oct 06 enell 106         public int compare(Reporter r1, Reporter r2)
187 13 Oct 06 enell 107         {
187 13 Oct 06 enell 108           if (r1.getP() < r2.getP()) return -1;
187 13 Oct 06 enell 109           else if (r1.getP() == r2.getP()) return 0;
187 13 Oct 06 enell 110           else return 1;
187 13 Oct 06 enell 111         }
187 13 Oct 06 enell 112       });
187 13 Oct 06 enell 113       print(bfss);
213 07 Dec 06 enell 114       
187 13 Oct 06 enell 115     }
187 13 Oct 06 enell 116     catch (FileNotFoundException e)
187 13 Oct 06 enell 117     {
187 13 Oct 06 enell 118       System.err.println("Can't find the file " + (args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"));
187 13 Oct 06 enell 119     }
187 13 Oct 06 enell 120     catch (BadFormatException e)
187 13 Oct 06 enell 121     {
187 13 Oct 06 enell 122       System.err.println((args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt") + " is not a basefile");
187 13 Oct 06 enell 123     }
187 13 Oct 06 enell 124     catch (IOException e)
187 13 Oct 06 enell 125     {
187 13 Oct 06 enell 126       System.err.println("An error when reading file " + (args.length == 1 ? args[0] : "stdin.txt"));
187 13 Oct 06 enell 127       e.printStackTrace();
187 13 Oct 06 enell 128     }
187 13 Oct 06 enell 129     catch (BASEFileException e)
187 13 Oct 06 enell 130     {
187 13 Oct 06 enell 131       e.printStackTrace();
187 13 Oct 06 enell 132     }
187 13 Oct 06 enell 133   }
187 13 Oct 06 enell 134
187 13 Oct 06 enell 135   private static void print(BASEFileSpotSection<Reporter, Spot> bfss)
187 13 Oct 06 enell 136   {
187 13 Oct 06 enell 137     try
187 13 Oct 06 enell 138     {
213 07 Dec 06 enell 139       XYSeries oSeries = new XYSeries("Observed");
213 07 Dec 06 enell 140       XYSeries eSeries = new XYSeries("Expected");
214 07 Dec 06 enell 141       XYSeries fdrSeries = new XYSeries("FDR");
219 18 Dec 06 enell 142       Plot.HistogramDataset mHist = new Plot.HistogramDataset("M", 0.1);
217 08 Dec 06 enell 143
204 24 Nov 06 enell 144       PrintWriter html = new PrintWriter(new File("index.html"));
206 24 Nov 06 enell 145       PrintWriter tab = new PrintWriter(new File("result.tsv"));
187 13 Oct 06 enell 146       int numOfReporters = bfss.getReporterSize();
220 19 Dec 06 enell 147       
220 19 Dec 06 enell 148       Object[] tableRow = {"Reporter","GeneSymbol","LocusLink","AverageM","up/down","P","Rank","Expected","FDR","NumberOfValues"};
187 13 Oct 06 enell 149
221 20 Dec 06 enell 150       System.out.println("BASEfile");
221 20 Dec 06 enell 151       System.out.println("section\tassays");
221 20 Dec 06 enell 152       System.out.println("annotationColumns\t");
221 20 Dec 06 enell 153       System.out.println("columns\tid\tname\tparents");
221 20 Dec 06 enell 154       System.out.println("count\t1");
221 20 Dec 06 enell 155       System.out.println("%");
221 20 Dec 06 enell 156       System.out.println("1\tztest\t"+bfss.findStringOpt("assays").replaceAll("\t", "/"));
221 20 Dec 06 enell 157       System.out.println();
221 20 Dec 06 enell 158       System.out.println("section\tspots");
221 20 Dec 06 enell 159       System.out.println("channels\t2");
221 20 Dec 06 enell 160       System.out.println("setExtraFloats\tJE_nbrOfElements\tJE_rank\tJE_Expected\tJE_fdr");
221 20 Dec 06 enell 161       System.out.println("assayFields\tl2ratio1_2\tl10intgmean1_2\tJE_nbrOfElements\tJE_rank\tJE_Expected\tJE_fdr");
221 20 Dec 06 enell 162       System.out.println("columns\tposition\treporter\tassayData");
221 20 Dec 06 enell 163       System.out.println("assays\t1");
221 20 Dec 06 enell 164       System.out.println("count\t"+bfss.getReporterSize());
221 20 Dec 06 enell 165       System.out.println("%");
221 20 Dec 06 enell 166       
204 24 Nov 06 enell 167       html.println("<!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD XHTML 1.0 Frameset//EN\" \"http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-frameset.dtd\">");
204 24 Nov 06 enell 168       html.println("<html>");
204 24 Nov 06 enell 169       html.println("<head>");
204 24 Nov 06 enell 170       html.println("<meta http-equiv=\"Content-Type\" content=\"text/html; charset=ISO-8859-1\" />");
204 24 Nov 06 enell 171       html.println("<title>BASE 1.2.16dev - Experiment Enell:Enell Plugin</title>");
204 24 Nov 06 enell 172       html.println("<link rel=\"stylesheet\" type=\"text/css\" href=\"base.css\" />");
204 24 Nov 06 enell 173       html.println("</head>");
204 24 Nov 06 enell 174       html.println("<table>");
220 19 Dec 06 enell 175       html.printf("<tr><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th><th>%s</th></tr>\n", tableRow);
221 20 Dec 06 enell 176       
220 19 Dec 06 enell 177       tab.printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n", tableRow);
217 08 Dec 06 enell 178
204 24 Nov 06 enell 179       for (int i = 0; i < bfss.getReporterSize(); i++)
187 13 Oct 06 enell 180       {
197 21 Nov 06 enell 181         int rank = i + 1;
187 13 Oct 06 enell 182         Reporter r = bfss.getReporter(i);
206 24 Nov 06 enell 183         double expected = r.getP() * numOfReporters;
206 24 Nov 06 enell 184         double fdr = (expected / rank);
197 21 Nov 06 enell 185         
221 20 Dec 06 enell 186         System.out.printf("%d\t%d\t", (-1*rank), r.getId());
221 20 Dec 06 enell 187         System.out.printf("%f\t%f\t", r.getM(), r.getA());
221 20 Dec 06 enell 188         System.out.printf("%d\t%d\t%f\t%f\n", r.getSize(), rank, expected, fdr);
221 20 Dec 06 enell 189         
221 20 Dec 06 enell 190         tableRow[0] = r.getReporter();
221 20 Dec 06 enell 191         tableRow[1] = r.getSymbol();
221 20 Dec 06 enell 192         tableRow[2] = r.getLocusLink();
221 20 Dec 06 enell 193         tableRow[3] = r.getM();
221 20 Dec 06 enell 194         tableRow[4] = r.getM() > 0 ? "+" : "-";
221 20 Dec 06 enell 195         tableRow[5] = r.getP();
221 20 Dec 06 enell 196         tableRow[6] = rank;
221 20 Dec 06 enell 197         tableRow[7] = expected;
221 20 Dec 06 enell 198         tableRow[8] = fdr;
221 20 Dec 06 enell 199         tableRow[9] = r.getSize();
221 20 Dec 06 enell 200
207 04 Dec 06 enell 201         if (i < 1000)
207 04 Dec 06 enell 202         {
207 04 Dec 06 enell 203           html.printf(
220 19 Dec 06 enell 204             "<tr class=\"row" + (i % 2 + 1) + "\"><td>%s</td><td>%s</td><td>%s</td><td>%f</td>" +
220 19 Dec 06 enell 205             "<td>%s</td><td>%f</td><td>%d</td><td>%f</td><td>%.2f</td><td>%d</td></tr>\n",
220 19 Dec 06 enell 206             tableRow);
207 04 Dec 06 enell 207         }
220 19 Dec 06 enell 208         tab.printf("%s\t%s\t%s\t%f\t%s\t%f\t%d\t%f\t%f\t%d\n", tableRow);
213 07 Dec 06 enell 209         
220 19 Dec 06 enell 210         oSeries.add(rank, rank);
220 19 Dec 06 enell 211         eSeries.add(rank, expected);
220 19 Dec 06 enell 212         fdrSeries.add(rank, fdr);
220 19 Dec 06 enell 213         mHist.addObservation(r.getM());
187 13 Oct 06 enell 214       }
221 20 Dec 06 enell 215       System.out.println();
221 20 Dec 06 enell 216       
204 24 Nov 06 enell 217       html.println("</table>");
204 24 Nov 06 enell 218       html.print("</html>");
204 24 Nov 06 enell 219       html.close();
206 24 Nov 06 enell 220       
206 24 Nov 06 enell 221       tab.close();
213 07 Dec 06 enell 222       
216 07 Dec 06 enell 223       Plot.plotFDR(fdrSeries);
216 07 Dec 06 enell 224       Plot.plotOE(oSeries, eSeries);
216 07 Dec 06 enell 225       Plot.plotOE_FDR(oSeries, eSeries, fdrSeries);
217 08 Dec 06 enell 226       Plot.plotMHist(mHist, ztest.getTotalMean(), ztest.getTotalSD());
187 13 Oct 06 enell 227     }
213 07 Dec 06 enell 228     catch (IOException e)
213 07 Dec 06 enell 229     {
213 07 Dec 06 enell 230       e.printStackTrace();
213 07 Dec 06 enell 231     }
216 07 Dec 06 enell 232   }  
187 13 Oct 06 enell 233 }

Generated on Tue Nov 21 03:41:11 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)