plugins/base1/se.lu.onk/trunk/build.xml

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11 11 Oct 05 enell 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
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65 07 Feb 06 enell 3    Oct 10, 2005 3:32:31 PM
11 11 Oct 05 enell 4
65 07 Feb 06 enell 5    Base plugins
11 11 Oct 05 enell 6    This buildfile is used for base-plugins created at the oncology department in Lund, Sweden
65 07 Feb 06 enell 7
65 07 Feb 06 enell 8    johan
11 11 Oct 05 enell 9    ====================================================================== -->
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180 27 Sep 06 enell 14   <property name="doc" value="doc"/>
180 27 Sep 06 enell 15
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205 24 Nov 06 enell 17   <property name="lib" location="lib" />
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99 20 Apr 06 enell 22   <property name="basefile.src" location="BaseFile/src" />
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117 26 Jun 06 enell 24   <property name="normalization.src" location="Normalization/src" />
137 10 Aug 06 enell 25   <property name="null.src" location="NullPlugin/src" />
149 10 Aug 06 enell 26   <property name="smooth.src" location="Smooth/src" />
196 08 Nov 06 enell 27   <property name="gominer.src" location="GoMiner/src" />
200 21 Nov 06 enell 28   <property name="ztest.src" location="ZTest/src" />
210 06 Dec 06 enell 29   <property name="annotationfilter.src" location="AnnotationFilter/src" />
65 07 Feb 06 enell 30
99 20 Apr 06 enell 31   <!-- bin -->
99 20 Apr 06 enell 32   <property name="bin" location="build" />
99 20 Apr 06 enell 33   <property name="basefile.bin" location="${bin}/BaseFile" />
99 20 Apr 06 enell 34   <property name="qpackage.bin" location="${bin}/QPackage" />
117 26 Jun 06 enell 35   <property name="normalization.bin" location="${bin}/Normalization" />
137 10 Aug 06 enell 36   <property name="null.bin" location="${bin}/NullPlugin" />
149 10 Aug 06 enell 37   <property name="smooth.bin" location="${bin}/Smooth" />
196 08 Nov 06 enell 38   <property name="gominer.bin" location="${bin}/GoMiner" />
200 21 Nov 06 enell 39   <property name="ztest.bin" location="${bin}/ZTest" />
210 06 Dec 06 enell 40   <property name="annotationfilter.bin" location="${bin}/AnnotationFilter" />
65 07 Feb 06 enell 41
99 20 Apr 06 enell 42   <!-- dist -->
99 20 Apr 06 enell 43   <property name="dist" location="dist" />
99 20 Apr 06 enell 44   
180 27 Sep 06 enell 45   <!-- package -->
180 27 Sep 06 enell 46   <property name="smooth.pac" value="${dist}/smooth"/>
180 27 Sep 06 enell 47
210 06 Dec 06 enell 48   
205 24 Nov 06 enell 49   <path id="classpath">
215 07 Dec 06 enell 50     <fileset dir="${lib}">
215 07 Dec 06 enell 51       <include name="**/*.jar"/>
215 07 Dec 06 enell 52     </fileset>
210 06 Dec 06 enell 53     <pathelement path="${basefile.bin}"/>
205 24 Nov 06 enell 54   </path>
180 27 Sep 06 enell 55   
65 07 Feb 06 enell 56   <!-- =================================
99 20 Apr 06 enell 57       target: compile
99 20 Apr 06 enell 58     ================================== -->
99 20 Apr 06 enell 59   <target name="compile" description="--> Compiles all the packages">
99 20 Apr 06 enell 60     <ant target="qpackage.compile" />
117 26 Jun 06 enell 61     <ant target="normalization.compile" />
149 10 Aug 06 enell 62     <ant target="smooth.compile" />
11 11 Oct 05 enell 63   </target>
99 20 Apr 06 enell 64   
99 20 Apr 06 enell 65   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
99 20 Apr 06 enell 66       target: basefile.compile                      
99 20 Apr 06 enell 67      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
99 20 Apr 06 enell 68   <target name="basefile.compile">
99 20 Apr 06 enell 69     <mkdir dir="${basefile.bin}"/>
99 20 Apr 06 enell 70     <javac
99 20 Apr 06 enell 71       srcdir="${basefile.src}"
99 20 Apr 06 enell 72       destdir="${basefile.bin}"
99 20 Apr 06 enell 73       debug="true"
99 20 Apr 06 enell 74       deprecation="true"
99 20 Apr 06 enell 75       encoding="ISO-8859-1"
99 20 Apr 06 enell 76     />
99 20 Apr 06 enell 77   </target>
11 11 Oct 05 enell 78
99 20 Apr 06 enell 79   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
99 20 Apr 06 enell 80       target: qpackage.compile
99 20 Apr 06 enell 81      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
99 20 Apr 06 enell 82     <target name="qpackage.compile" depends="basefile.compile">
196 08 Nov 06 enell 83       <mkdir dir="${qpackage.bin}"/>
196 08 Nov 06 enell 84       <javac
196 08 Nov 06 enell 85         srcdir="${qpackage.src}"
196 08 Nov 06 enell 86         destdir="${qpackage.bin}"
196 08 Nov 06 enell 87         classpath="${basefile.bin}"
196 08 Nov 06 enell 88         debug="true"
196 08 Nov 06 enell 89         deprecation="true"
196 08 Nov 06 enell 90         encoding="ISO-8859-1"
196 08 Nov 06 enell 91       />
99 20 Apr 06 enell 92     </target>
99 20 Apr 06 enell 93   
99 20 Apr 06 enell 94   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
117 26 Jun 06 enell 95       target: normalization.compile
117 26 Jun 06 enell 96      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
117 26 Jun 06 enell 97     <target name="normalization.compile" depends="basefile.compile">
196 08 Nov 06 enell 98       <mkdir dir="${normalization.bin}"/>
196 08 Nov 06 enell 99       <javac
196 08 Nov 06 enell 100         srcdir="${normalization.src}"
196 08 Nov 06 enell 101         destdir="${normalization.bin}"
196 08 Nov 06 enell 102         classpath="${basefile.bin}"
196 08 Nov 06 enell 103         debug="true"
196 08 Nov 06 enell 104         deprecation="true"
196 08 Nov 06 enell 105         encoding="ISO-8859-1"
196 08 Nov 06 enell 106       />
117 26 Jun 06 enell 107     </target>
137 10 Aug 06 enell 108   
137 10 Aug 06 enell 109   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
149 10 Aug 06 enell 110       target: smooth.compile
149 10 Aug 06 enell 111      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
149 10 Aug 06 enell 112     <target name="smooth.compile" depends="basefile.compile">
196 08 Nov 06 enell 113       <mkdir dir="${smooth.bin}"/>
196 08 Nov 06 enell 114       <javac
196 08 Nov 06 enell 115         srcdir="${smooth.src}"
196 08 Nov 06 enell 116         destdir="${smooth.bin}"
707 27 May 08 jari 117         classpathref="classpath"
196 08 Nov 06 enell 118         debug="true"
196 08 Nov 06 enell 119         deprecation="true"
196 08 Nov 06 enell 120         encoding="ISO-8859-1"
196 08 Nov 06 enell 121       />
149 10 Aug 06 enell 122     </target>
149 10 Aug 06 enell 123   
149 10 Aug 06 enell 124   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
137 10 Aug 06 enell 125       target: null.compile
137 10 Aug 06 enell 126      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
137 10 Aug 06 enell 127     <target name="null.compile" depends="basefile.compile">
196 08 Nov 06 enell 128       <mkdir dir="${null.bin}"/>
196 08 Nov 06 enell 129       <javac
196 08 Nov 06 enell 130         srcdir="${null.src}"
196 08 Nov 06 enell 131         destdir="${null.bin}"
196 08 Nov 06 enell 132         classpath="${basefile.bin}"
196 08 Nov 06 enell 133         debug="true"
196 08 Nov 06 enell 134         deprecation="true"
196 08 Nov 06 enell 135         encoding="ISO-8859-1"
196 08 Nov 06 enell 136       />
137 10 Aug 06 enell 137     </target>
196 08 Nov 06 enell 138   
196 08 Nov 06 enell 139   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
196 08 Nov 06 enell 140       target: gominer.compile
196 08 Nov 06 enell 141      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
196 08 Nov 06 enell 142     <target name="gominer.compile" depends="basefile.compile">
196 08 Nov 06 enell 143       <mkdir dir="${gominer.bin}"/>
196 08 Nov 06 enell 144       <javac
196 08 Nov 06 enell 145         srcdir="${gominer.src}"
196 08 Nov 06 enell 146         destdir="${gominer.bin}"
196 08 Nov 06 enell 147         classpath="${basefile.bin}"
196 08 Nov 06 enell 148         debug="true"
196 08 Nov 06 enell 149         deprecation="true"
196 08 Nov 06 enell 150         encoding="ISO-8859-1"
196 08 Nov 06 enell 151       />
196 08 Nov 06 enell 152     </target>
200 21 Nov 06 enell 153   
200 21 Nov 06 enell 154   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
200 21 Nov 06 enell 155       target: ztest.compile
200 21 Nov 06 enell 156      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
200 21 Nov 06 enell 157     <target name="ztest.compile" depends="basefile.compile">
200 21 Nov 06 enell 158       <mkdir dir="${ztest.bin}"/>
200 21 Nov 06 enell 159       <javac
200 21 Nov 06 enell 160         srcdir="${ztest.src}"
200 21 Nov 06 enell 161         destdir="${ztest.bin}"
205 24 Nov 06 enell 162         classpathref="classpath"
200 21 Nov 06 enell 163         debug="true"
200 21 Nov 06 enell 164         deprecation="true"
200 21 Nov 06 enell 165         encoding="ISO-8859-1"
200 21 Nov 06 enell 166       />
200 21 Nov 06 enell 167     </target>
210 06 Dec 06 enell 168   
210 06 Dec 06 enell 169   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
210 06 Dec 06 enell 170       target: annotationfilter.compile
210 06 Dec 06 enell 171      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
210 06 Dec 06 enell 172     <target name="annotationfilter.compile" depends="basefile.compile">
210 06 Dec 06 enell 173       <mkdir dir="${annotationfilter.bin}"/>
210 06 Dec 06 enell 174       <javac
210 06 Dec 06 enell 175         srcdir="${annotationfilter.src}"
210 06 Dec 06 enell 176         destdir="${annotationfilter.bin}"
210 06 Dec 06 enell 177         classpathref="classpath"
210 06 Dec 06 enell 178         debug="true"
210 06 Dec 06 enell 179         deprecation="true"
210 06 Dec 06 enell 180         encoding="ISO-8859-1"
210 06 Dec 06 enell 181       />
210 06 Dec 06 enell 182     </target>
99 20 Apr 06 enell 183
99 20 Apr 06 enell 184
200 21 Nov 06 enell 185
65 07 Feb 06 enell 186   <!-- =================================
65 07 Feb 06 enell 187       target: clean
11 11 Oct 05 enell 188      ================================= -->
100 20 Apr 06 enell 189   <target name="clean" description="--> Remove all generated files">
100 20 Apr 06 enell 190     <delete dir="${dist}" />
99 20 Apr 06 enell 191     <delete dir="${bin}" />
11 11 Oct 05 enell 192   </target>
65 07 Feb 06 enell 193
99 20 Apr 06 enell 194   
65 07 Feb 06 enell 195   <!-- =================================
65 07 Feb 06 enell 196       target: dist
65 07 Feb 06 enell 197     ================================== -->
140 10 Aug 06 enell 198   <target name="dist"
895 08 Dec 08 jari 199     depends="qpackage.dist, lowess.dist, smooth.dist"
140 10 Aug 06 enell 200     description="--> Creates a ditributable gzipfile for each package">
65 07 Feb 06 enell 201   </target>
99 20 Apr 06 enell 202   
99 20 Apr 06 enell 203   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
99 20 Apr 06 enell 204       target: qpackage.dist                      
99 20 Apr 06 enell 205      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
180 27 Sep 06 enell 206   <target name="qpackage.dist" depends="qpackage.compile">
140 10 Aug 06 enell 207     <mkdir dir="${dist}" />
180 27 Sep 06 enell 208     <jar destfile="${dist}/qpackage.jar">
99 20 Apr 06 enell 209       <fileset dir="${basefile.src}" />
99 20 Apr 06 enell 210       <fileset dir="${basefile.bin}" />
99 20 Apr 06 enell 211       <fileset dir="${qpackage.bin}" />
99 20 Apr 06 enell 212       <fileset dir="${qpackage.src}" />
99 20 Apr 06 enell 213         <manifest>
99 20 Apr 06 enell 214           <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
99 20 Apr 06 enell 215         </manifest>
99 20 Apr 06 enell 216     </jar>
99 20 Apr 06 enell 217   </target>
99 20 Apr 06 enell 218   
99 20 Apr 06 enell 219   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
117 26 Jun 06 enell 220       target: lowess.dist                      
117 26 Jun 06 enell 221      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
180 27 Sep 06 enell 222   <target name="lowess.dist" depends="normalization.compile">
140 10 Aug 06 enell 223     <mkdir dir="${dist}" />
180 27 Sep 06 enell 224     <jar destfile="${dist}/lowess.jar">
117 26 Jun 06 enell 225       <fileset dir="${basefile.src}" />
117 26 Jun 06 enell 226       <fileset dir="${basefile.bin}" />
117 26 Jun 06 enell 227       <fileset dir="${normalization.bin}" includes="lowess/**" />
117 26 Jun 06 enell 228       <fileset dir="${normalization.src}" includes="lowess/**" />
117 26 Jun 06 enell 229         <manifest>
117 26 Jun 06 enell 230           <attribute name="Built-By" value="${user.name}" />
117 26 Jun 06 enell 231           <attribute name="Main-Class" value="lowess.Lowess" />
117 26 Jun 06 enell 232         </manifest>
117 26 Jun 06 enell 233     </jar>
117 26 Jun 06 enell 234   </target>
117 26 Jun 06 enell 235   
137 10 Aug 06 enell 236   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
149 10 Aug 06 enell 237       target: smooth.dist                      
149 10 Aug 06 enell 238      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
180 27 Sep 06 enell 239   <target name="smooth.dist" depends="smooth.compile">
149 10 Aug 06 enell 240     <mkdir dir="${dist}" />
180 27 Sep 06 enell 241     <jar destfile="${dist}/smooth.jar">
149 10 Aug 06 enell 242       <fileset dir="${basefile.src}" />
149 10 Aug 06 enell 243       <fileset dir="${basefile.bin}" />
149 10 Aug 06 enell 244       <fileset dir="${smooth.bin}" />
149 10 Aug 06 enell 245       <fileset dir="${smooth.src}" />
149 10 Aug 06 enell 246         <manifest>
149 10 Aug 06 enell 247           <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
149 10 Aug 06 enell 248           <attribute name="Main-Class" value="smooth.SmoothMain"/>
149 10 Aug 06 enell 249         </manifest>
149 10 Aug 06 enell 250     </jar>
149 10 Aug 06 enell 251   </target>
149 10 Aug 06 enell 252   
149 10 Aug 06 enell 253   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
137 10 Aug 06 enell 254       target: null.dist                      
137 10 Aug 06 enell 255      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
180 27 Sep 06 enell 256   <target name="null.dist" depends="null.compile">
140 10 Aug 06 enell 257     <mkdir dir="${dist}" />
180 27 Sep 06 enell 258     <jar destfile="${dist}/nullbase1plugin.jar">
137 10 Aug 06 enell 259       <fileset dir="${basefile.src}" />
137 10 Aug 06 enell 260       <fileset dir="${basefile.bin}" />
137 10 Aug 06 enell 261       <fileset dir="${null.bin}" />
137 10 Aug 06 enell 262       <fileset dir="${null.src}" />
137 10 Aug 06 enell 263         <manifest>
137 10 Aug 06 enell 264           <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
137 10 Aug 06 enell 265           <attribute name="Main-Class" value="base1null.Base1NullPlugin"/>
137 10 Aug 06 enell 266         </manifest>
137 10 Aug 06 enell 267     </jar>
137 10 Aug 06 enell 268   </target>
137 10 Aug 06 enell 269   
196 08 Nov 06 enell 270   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
196 08 Nov 06 enell 271       target: gominer.dist                      
196 08 Nov 06 enell 272      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
196 08 Nov 06 enell 273   <target name="gominer.dist" depends="gominer.compile">
196 08 Nov 06 enell 274     <mkdir dir="${dist}" />
196 08 Nov 06 enell 275     <jar destfile="${dist}/gominer.jar">
196 08 Nov 06 enell 276       <fileset dir="${basefile.src}" />
196 08 Nov 06 enell 277       <fileset dir="${basefile.bin}" />
196 08 Nov 06 enell 278       <fileset dir="${gominer.bin}" />
196 08 Nov 06 enell 279       <fileset dir="${gominer.src}" />
196 08 Nov 06 enell 280         <manifest>
196 08 Nov 06 enell 281           <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
200 21 Nov 06 enell 282           <attribute name="Main-Class" value="net.sf.basedb.plugin.gominer.GoMinerExport"/>
196 08 Nov 06 enell 283         </manifest>
196 08 Nov 06 enell 284     </jar>
200 21 Nov 06 enell 285   </target>
196 08 Nov 06 enell 286   
200 21 Nov 06 enell 287   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
200 21 Nov 06 enell 288       target: ztest.dist                      
200 21 Nov 06 enell 289      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
200 21 Nov 06 enell 290   <target name="ztest.dist" depends="ztest.compile">
200 21 Nov 06 enell 291     <mkdir dir="${dist}" />
200 21 Nov 06 enell 292     <jar destfile="${dist}/ztest.jar">
200 21 Nov 06 enell 293       <fileset dir="${basefile.src}" />
200 21 Nov 06 enell 294       <fileset dir="${basefile.bin}" />
200 21 Nov 06 enell 295       <fileset dir="${ztest.bin}" />
200 21 Nov 06 enell 296       <fileset dir="${ztest.src}" />
200 21 Nov 06 enell 297         <manifest>
200 21 Nov 06 enell 298           <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
210 06 Dec 06 enell 299           <attribute name="Main-Class" value="ztest.Start"/>
200 21 Nov 06 enell 300         </manifest>
200 21 Nov 06 enell 301     </jar>
200 21 Nov 06 enell 302   </target>
200 21 Nov 06 enell 303   
210 06 Dec 06 enell 304   <!-- - - - - - - - - - - - - - - - - - 
210 06 Dec 06 enell 305       target: annotationfilter.dist                      
210 06 Dec 06 enell 306      - - - - - - - - - - - - - - - - - -->
210 06 Dec 06 enell 307   <target name="annotationfilter.dist" depends="annotationfilter.compile">
210 06 Dec 06 enell 308     <mkdir dir="${dist}" />
210 06 Dec 06 enell 309     <jar destfile="${dist}/annotationfilter.jar">
210 06 Dec 06 enell 310       <fileset dir="${basefile.src}" />
210 06 Dec 06 enell 311       <fileset dir="${basefile.bin}" />
210 06 Dec 06 enell 312       <fileset dir="${annotationfilter.bin}" />
210 06 Dec 06 enell 313       <fileset dir="${annotationfilter.src}" />
210 06 Dec 06 enell 314         <manifest>
210 06 Dec 06 enell 315           <attribute name="Built-By" value="${user.name}"/>
210 06 Dec 06 enell 316           <attribute name="Main-Class" value="annotationfilter.Main"/>
210 06 Dec 06 enell 317         </manifest>
210 06 Dec 06 enell 318     </jar>
210 06 Dec 06 enell 319   </target>
200 21 Nov 06 enell 320   
210 06 Dec 06 enell 321   
180 27 Sep 06 enell 322   <!-- ================================= 
180 27 Sep 06 enell 323       target: smooth.package              
180 27 Sep 06 enell 324      ================================= -->
180 27 Sep 06 enell 325   <target name="smooth.package" depends="smooth.dist" description="--> Create a zip file containting all files necessary for distribution.">
180 27 Sep 06 enell 326     <mkdir dir="${smooth.pac}"/>
180 27 Sep 06 enell 327     <copy file="${dist}/smooth.jar" todir="${smooth.pac}" />
180 27 Sep 06 enell 328     <copy file="${doc}/gpl.txt" todir="${smooth.pac}" />
712 29 May 08 jari 329     <copy file="${lib}/jcommon-1.0.6.jar" todir="${smooth.pac}" />
712 29 May 08 jari 330     <copy file="${lib}/jfreechart-1.0.3.jar" todir="${smooth.pac}" />
707 27 May 08 jari 331     <copy file="${smooth.doc}/INSTALL.txt" todir="${smooth.pac}" />
180 27 Sep 06 enell 332     <copy file="${smooth.doc}/run" todir="${smooth.pac}" />
180 27 Sep 06 enell 333     <copy file="${smooth.doc}/smooth.base" todir="${smooth.pac}" />
180 27 Sep 06 enell 334     <zip destfile="smooth.zip" basedir="${smooth.pac}" />
180 27 Sep 06 enell 335   </target>  
140 10 Aug 06 enell 336   
707 27 May 08 jari 337 </project>

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