plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/ChangeLog

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
69 11 Feb 06 jari 1 $Id$
69 11 Feb 06 jari 2
317 28 May 07 peter 3 ----------------------------------------------------------------------
317 28 May 07 peter 4 {{{
95 05 Apr 06 jari 5 Copyright (C) 2005, 2006 Jari Häkkinen, Peter Johansson
317 28 May 07 peter 6 Copyright (C) 2007 Peter Johansson
822 26 Nov 08 jari 7 Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 8
95 05 Apr 06 jari 9 This file is part of WeNNI,
825 26 Nov 08 jari 10 http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI
95 05 Apr 06 jari 11
95 05 Apr 06 jari 12 WeNNI is free software; you can redistribute it and/or modify it under
95 05 Apr 06 jari 13 the terms of the GNU General Public License as published by the Free
824 26 Nov 08 jari 14 Software Foundation; either version 3 of the License, or (at your
95 05 Apr 06 jari 15 option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 16
95 05 Apr 06 jari 17 WeNNI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
95 05 Apr 06 jari 18 ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
95 05 Apr 06 jari 19 FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
95 05 Apr 06 jari 20 for more details.
95 05 Apr 06 jari 21
95 05 Apr 06 jari 22 You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 23 along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
317 28 May 07 peter 24 }}}
317 28 May 07 peter 25 ----------------------------------------------------------------------
95 05 Apr 06 jari 26
95 05 Apr 06 jari 27 version 0.7:
115 22 Jun 06 jari 28   - Added some clarifying details on implementation issues in
115 22 Jun 06 jari 29     README.
115 22 Jun 06 jari 30   - Updated plug-in description file, among other changes a
115 22 Jun 06 jari 31     reference to the BMC Bioinformatics paper describing WeNNI was
115 22 Jun 06 jari 32     added.
115 22 Jun 06 jari 33   - Changed BASE plugin to adhere to the common BASE treatment of A
115 22 Jun 06 jari 34     values (log10[int1*int2]) where well defined A values before
115 22 Jun 06 jari 35     imputations are kept after transformation (more information in
115 22 Jun 06 jari 36     README).
110 13 Jun 06 jari 37   - Included new versions of the matrix and vector class (with
110 13 Jun 06 jari 38     support) from theplu C++ tools. NaN entries are treated more
110 13 Jun 06 jari 39     gracefully now.
95 05 Apr 06 jari 40   - Added copyright statement to files.
822 26 Nov 08 jari 41   - Added BASE 2 wrapper classes for use of WeNNI in BASE 2 without
822 26 Nov 08 jari 42     having to go through the use of BASEfile.
822 26 Nov 08 jari 43   - Three different building modes, stand-alone, base1, and base2.
822 26 Nov 08 jari 44   - Changed default install paths.
824 26 Nov 08 jari 45   - Changed license to GPL3.
827 26 Nov 08 jari 46   - Changed project site URL.
827 26 Nov 08 jari 47   - Added more checks on required build tools.
844 01 Dec 08 jari 48   - Using external abstract class when building Java wrapper.
844 01 Dec 08 jari 49   - Automatic download of required BASE components.
844 01 Dec 08 jari 50   
92 04 Apr 06 jari 51 version 0.6 (revision 92):
92 04 Apr 06 jari 52   - Minor changes, basically a maintenence version.
92 04 Apr 06 jari 53   - Added --version option to 'nni' and 'NNIFileConverter'.
92 04 Apr 06 jari 54   - Changed most tests to do numerical tests instead of 'diff's,
92 04 Apr 06 jari 55     BASE files are still checked with 'diff'.
92 04 Apr 06 jari 56   - Improved INSTALL document.
92 04 Apr 06 jari 57
76 15 Feb 06 jari 58 version 0.5 (revision 76):
71 14 Feb 06 jari 59   - Added 'make check' that runs test programs.
69 11 Feb 06 jari 60   - Moved wenni source code to BASE plug-ins development site.
69 11 Feb 06 jari 61   - Major changes in the implementation.
69 11 Feb 06 jari 62   - 'nni' accepts SNR values as input as a complement to weights
69 11 Feb 06 jari 63     input. Do 'nni -h' for a short description of available
69 11 Feb 06 jari 64     command line parameters.
69 11 Feb 06 jari 65   - Non-binary files can be supplied to 'nni' when kNNI is run. A
69 11 Feb 06 jari 66     weight cutoff is set with a command line parameter. Do 'nni -h'
69 11 Feb 06 jari 67     for a short description of available command line parameters.
69 11 Feb 06 jari 68
69 11 Feb 06 jari 69 version 0.4:
69 11 Feb 06 jari 70   - Added support for imputation starting from ch1 and ch2
69 11 Feb 06 jari 71     intensities (i.e. background subtracted user defined
69 11 Feb 06 jari 72     mean/median/... intensities).
69 11 Feb 06 jari 73   - Improved README; Added example usage of the wenni.pl script
69 11 Feb 06 jari 74     aswell as examples of using 'raw' and 'derived' type of data.
69 11 Feb 06 jari 75   - Added sample BASE file result file.
69 11 Feb 06 jari 76   - Added WeNNIParams section to input BASE file, used by wenni.pl.
69 11 Feb 06 jari 77   
69 11 Feb 06 jari 78 version 0.3:
69 11 Feb 06 jari 79   - Changed test data set to a smaller data set.
69 11 Feb 06 jari 80   - Fixed BASEfile parameter parsing bug in wenni.pl.
69 11 Feb 06 jari 81   - Made M=log2 [I1/I2] and A=log10 sqrt[I1*I2] to behave more
69 11 Feb 06 jari 82     coherrently in wenni.pl. Now, A is recalculated with the
69 11 Feb 06 jari 83     original value for I2. This will change in future releases such
69 11 Feb 06 jari 84     that the orignal A is kept. Imputation of M will change both I1
69 11 Feb 06 jari 85     and I2 in the future, instead of just I1 as it is today.
69 11 Feb 06 jari 86
69 11 Feb 06 jari 87 version 0.2:
69 11 Feb 06 jari 88   - Improved BASE plug-in installation documentation.
69 11 Feb 06 jari 89   - Added a plug-in definition file.
69 11 Feb 06 jari 90
69 11 Feb 06 jari 91 version 0.1:
69 11 Feb 06 jari 92   - First public release of WeNNI

Generated on Tue Nov 21 03:42:33 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)