plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/base/base2/WeNNI.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
123 12 Jul 06 jari 1 /*
123 12 Jul 06 jari 2   $Id$
123 12 Jul 06 jari 3
266 07 May 07 peter 4   Copyright (C) 2007 Peter Johansson
858 02 Dec 08 jari 5   Copyright (C) 2008 Jari Häkkinen
123 12 Jul 06 jari 6   
858 02 Dec 08 jari 7   This file is part of WeNNI,
858 02 Dec 08 jari 8   http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI
123 12 Jul 06 jari 9
858 02 Dec 08 jari 10   WeNNI is free software; you can redistribute it and/or modify it
858 02 Dec 08 jari 11   under the terms of the GNU General Public License as published by
824 26 Nov 08 jari 12   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
123 12 Jul 06 jari 13   (at your option) any later version.
123 12 Jul 06 jari 14
858 02 Dec 08 jari 15   WeNNI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
858 02 Dec 08 jari 16   ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
858 02 Dec 08 jari 17   or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public
858 02 Dec 08 jari 18   License for more details.
123 12 Jul 06 jari 19
123 12 Jul 06 jari 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 21   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
123 12 Jul 06 jari 22 */
123 12 Jul 06 jari 23
334 12 Jun 07 peter 24 package se.lu.thep.wenni;
123 12 Jul 06 jari 25
844 01 Dec 08 jari 26 import net.sf.basedb.plugins.AbstractRunBinaryPlugin;
311 28 May 07 peter 27
863 02 Dec 08 jari 28 import net.sf.basedb.core.DbControl; // Jari, remove this?
863 02 Dec 08 jari 29 import net.sf.basedb.core.Item;
863 02 Dec 08 jari 30 import net.sf.basedb.core.Permission;
123 12 Jul 06 jari 31
123 12 Jul 06 jari 32 import net.sf.basedb.core.plugin.AboutImpl;
863 02 Dec 08 jari 33 import net.sf.basedb.core.plugin.Permissions;
858 02 Dec 08 jari 34 import net.sf.basedb.core.plugin.Plugin;
123 12 Jul 06 jari 35
908 08 Dec 08 jari 36 import net.sf.basedb.plugins.BioAssaySetExporter;
908 08 Dec 08 jari 37
908 08 Dec 08 jari 38 import java.io.File;
908 08 Dec 08 jari 39 import java.io.FileOutputStream;
123 12 Jul 06 jari 40 import java.io.IOException;
123 12 Jul 06 jari 41
908 08 Dec 08 jari 42 import java.sql.SQLException;
908 08 Dec 08 jari 43
863 02 Dec 08 jari 44 import java.util.EnumSet;
123 12 Jul 06 jari 45 import java.util.List;
123 12 Jul 06 jari 46
123 12 Jul 06 jari 47 /**
867 03 Dec 08 jari 48    WeNNI plug-in. An unreliable expression value of a gene is imputed
858 02 Dec 08 jari 49    as the average expression in the most similar genes.
123 12 Jul 06 jari 50
858 02 Dec 08 jari 51    The method is published in "Improving missing value imputation of
858 02 Dec 08 jari 52    microarray data by using spot quality weights", P. Johansson and
858 02 Dec 08 jari 53    J. Häkkinen. BMC Bioinformatics 7, 306 (2006)
123 12 Jul 06 jari 54
858 02 Dec 08 jari 55    @author Jari Häkkinen, Peter Johansson
287 22 May 07 jari 56    @version MAKESUBSTOFVERSIONNUMBER
858 02 Dec 08 jari 57    @since BASE 2.9
126 20 Jul 06 jari 58    @base.modified $Date$
123 12 Jul 06 jari 59 */
123 12 Jul 06 jari 60
334 12 Jun 07 peter 61 public class WeNNI
844 01 Dec 08 jari 62   extends AbstractRunBinaryPlugin
123 12 Jul 06 jari 63 {
123 12 Jul 06 jari 64
858 02 Dec 08 jari 65   public WeNNI() {
863 02 Dec 08 jari 66
893 07 Dec 08 jari 67     if (debug_output) System.err.println("Initalizing WeNNI");
893 07 Dec 08 jari 68
858 02 Dec 08 jari 69     about = new AboutImpl
867 03 Dec 08 jari 70       ( "WeNNI", "An unreliable expression value of a gene is " +
858 02 Dec 08 jari 71         "imputed as the average expression in the most similar genes.\n" +
858 02 Dec 08 jari 72         "\nThe method is published in \"Improving missing value imputation " +
858 02 Dec 08 jari 73         "of microarray data by using spot quality weights\", P. Johansson " +
858 02 Dec 08 jari 74         "and J. Häkkinen. BMC Bioinformatics 7, 306 (2006)",
893 07 Dec 08 jari 75         "Version: MAKESUBSTOFVERSIONNUMBER",
858 02 Dec 08 jari 76         "2008 Jari Häkkinen, Peter Johansson",
858 02 Dec 08 jari 77         null, null,
858 02 Dec 08 jari 78         "http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI" );
863 02 Dec 08 jari 79
863 02 Dec 08 jari 80     defaultChildName = "WeNNI imputed bioassayset";
863 02 Dec 08 jari 81
863 02 Dec 08 jari 82     // Permisssions to request
863 02 Dec 08 jari 83     permissions.add(new Permissions(Item.EXPERIMENT, null,
863 02 Dec 08 jari 84                                     EnumSet.of(Permission.USE)));
863 02 Dec 08 jari 85     permissions.add(new Permissions(Item.JOB, null,
863 02 Dec 08 jari 86                                     EnumSet.of(Permission.READ)));
863 02 Dec 08 jari 87
858 02 Dec 08 jari 88     // set the type of the plug-in
858 02 Dec 08 jari 89     plugin_maintype=Plugin.MainType.ANALYZE;
858 02 Dec 08 jari 90   }
123 12 Jul 06 jari 91
863 02 Dec 08 jari 92   /**
863 02 Dec 08 jari 93      List of background correction methods.
123 12 Jul 06 jari 94
863 02 Dec 08 jari 95      Note, changing the string in the list will affect the behaviour
863 02 Dec 08 jari 96      of the plug-in and most certaintly unexpected results will be
863 02 Dec 08 jari 97      generated. As an example, changing 'Illumina BeadStudio median'
863 02 Dec 08 jari 98      will break the median method.
863 02 Dec 08 jari 99
863 02 Dec 08 jari 100   private static final
863 02 Dec 08 jari 101   PluginParameter<String> methodParameter = new PluginParameter<String>
863 02 Dec 08 jari 102     ( "method",
863 02 Dec 08 jari 103       "Correction method",
863 02 Dec 08 jari 104       "These methods are implemented:\n\n" +
863 02 Dec 08 jari 105       "Illumina BeadStudio inspired mean 'negative control'\n" +
863 02 Dec 08 jari 106       "Illumina BeadStudio inspired median 'negative control'",
863 02 Dec 08 jari 107       new StringParameterType(255, "Illumina BeadStudio median", true, 1, 0, 0,
863 02 Dec 08 jari 108                               Arrays.asList(
863 02 Dec 08 jari 109                                 new String[] { "Illumina BeadStudio mean" ,
863 02 Dec 08 jari 110                                                "Illumina BeadStudio median" }
863 02 Dec 08 jari 111                                 )
863 02 Dec 08 jari 112         )
863 02 Dec 08 jari 113       );
863 02 Dec 08 jari 114   */
863 02 Dec 08 jari 115
893 07 Dec 08 jari 116    protected void runBinary()
123 12 Jul 06 jari 117     throws InterruptedException, IOException
123 12 Jul 06 jari 118   {
908 08 Dec 08 jari 119     FileOutputStream os = new FileOutputStream(new File(getExecDirectory(),
908 08 Dec 08 jari 120                                                         "data.data"));
908 08 Dec 08 jari 121     BioAssaySetExporter base=new BioAssaySetExporter();
908 08 Dec 08 jari 122     try
908 08 Dec 08 jari 123     {
908 08 Dec 08 jari 124       base.exportPlainMatrix(sourceBAS, os, null);
908 08 Dec 08 jari 125       subprocess_stdout="stdout.txt";
908 08 Dec 08 jari 126       String[] cmd = { "nni", "-weight", "data.data" };
908 08 Dec 08 jari 127       execute(cmd);
908 08 Dec 08 jari 128     }
908 08 Dec 08 jari 129     catch (SQLException e)
908 08 Dec 08 jari 130     {
908 08 Dec 08 jari 131       e.printStackTrace();
908 08 Dec 08 jari 132 //       response.setError(e.getMessage(), Arrays.asList(e));
908 08 Dec 08 jari 133     }
123 12 Jul 06 jari 134   }
123 12 Jul 06 jari 135
123 12 Jul 06 jari 136
893 07 Dec 08 jari 137   protected void storeResult(DbControl dc, String name)
123 12 Jul 06 jari 138   {
123 12 Jul 06 jari 139   }
123 12 Jul 06 jari 140
123 12 Jul 06 jari 141 }

Generated on Tue Nov 21 03:42:12 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)