plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/bin/NNIFileConverter/NNIFileConverter.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
69 11 Feb 06 jari 1 // $Id$
69 11 Feb 06 jari 2
95 05 Apr 06 jari 3 /*
597 27 Feb 08 jari 4   Copyright (C) 2005, 2006, 2008 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 5
95 05 Apr 06 jari 6   This file is part of WeNNI,
825 26 Nov 08 jari 7   http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI
95 05 Apr 06 jari 8
95 05 Apr 06 jari 9   WeNNI is free software; you can redistribute it and/or modify it
95 05 Apr 06 jari 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
824 26 Nov 08 jari 11   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
95 05 Apr 06 jari 12   (at your option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 13
95 05 Apr 06 jari 14   WeNNI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
95 05 Apr 06 jari 15   ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
95 05 Apr 06 jari 16   or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public
95 05 Apr 06 jari 17   License for more details.
95 05 Apr 06 jari 18
95 05 Apr 06 jari 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 20   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
95 05 Apr 06 jari 21 */
95 05 Apr 06 jari 22
69 11 Feb 06 jari 23 #include "Parameter.h"
69 11 Feb 06 jari 24 #include "weight.h"
69 11 Feb 06 jari 25
69 11 Feb 06 jari 26 #include <cmath>
69 11 Feb 06 jari 27 #include <fstream>
597 27 Feb 08 jari 28 #include <string>
69 11 Feb 06 jari 29
69 11 Feb 06 jari 30 #include <c++_tools/gslapi/matrix.h>
69 11 Feb 06 jari 31
69 11 Feb 06 jari 32
69 11 Feb 06 jari 33 int main(const int argc,const char* argv[]) 
69 11 Feb 06 jari 34 {
69 11 Feb 06 jari 35   theplu::wenni::nnifileconverter::Parameter option(argc,argv);
597 27 Feb 08 jari 36   std::ifstream is_f1(option.fg1().c_str());
597 27 Feb 08 jari 37   std::ifstream is_f2(option.fg2().c_str());
597 27 Feb 08 jari 38   std::ifstream is_s1(option.bgstd1().c_str());
597 27 Feb 08 jari 39   std::ifstream is_s2(option.bgstd2().c_str());
597 27 Feb 08 jari 40   std::ifstream* is_b1=NULL;
597 27 Feb 08 jari 41   std::ifstream* is_b2=NULL;
69 11 Feb 06 jari 42   if (option.datatype()==std::string("raw")) {
597 27 Feb 08 jari 43     is_b1=new std::ifstream(option.bg1().c_str());
597 27 Feb 08 jari 44     is_b2=new std::ifstream(option.bg2().c_str());
69 11 Feb 06 jari 45   }
69 11 Feb 06 jari 46
597 27 Feb 08 jari 47   std::ofstream os_r(option.logratio().c_str());
597 27 Feb 08 jari 48   std::ofstream os_w(option.weight().c_str());
597 27 Feb 08 jari 49   std::string f1str;
597 27 Feb 08 jari 50   while (std::getline(is_f1,f1str)) {
597 27 Feb 08 jari 51     std::string f2str;
597 27 Feb 08 jari 52     std::string s1str;
597 27 Feb 08 jari 53     std::string s2str;
597 27 Feb 08 jari 54     std::getline(is_f2,f2str);
597 27 Feb 08 jari 55     std::getline(is_s1,s1str);
597 27 Feb 08 jari 56     std::getline(is_s2,s2str);
597 27 Feb 08 jari 57     if (is_f1.fail() || is_f2.fail() ||is_s1.fail() ||is_s2.fail()) {
597 27 Feb 08 jari 58       std::cerr << "Failed to read at least one file. Length problem?\n"
597 27 Feb 08 jari 59                 << "   (fg1, fg2, bgstd1, or bgstd2)" << std::endl;
597 27 Feb 08 jari 60       exit(-1);
597 27 Feb 08 jari 61     }
597 27 Feb 08 jari 62     theplu::gslapi::vector f1(f1str);
597 27 Feb 08 jari 63     theplu::gslapi::vector f2(f2str);
597 27 Feb 08 jari 64     theplu::gslapi::vector s1(s1str);
597 27 Feb 08 jari 65     theplu::gslapi::vector s2(s2str);
597 27 Feb 08 jari 66     theplu::gslapi::vector b1(f1.size(),0.0);
597 27 Feb 08 jari 67     theplu::gslapi::vector b2(f2.size(),0.0);
597 27 Feb 08 jari 68     if (is_b1) {
597 27 Feb 08 jari 69       std::string b1str;
597 27 Feb 08 jari 70       std::getline(*is_b1,b1str);
597 27 Feb 08 jari 71       if (is_b1->fail()) {
597 27 Feb 08 jari 72         std::cerr << "Failed to read at bg1 file. Length problem?"
597 27 Feb 08 jari 73                   << std::endl;
597 27 Feb 08 jari 74         exit(-1);
597 27 Feb 08 jari 75       }
597 27 Feb 08 jari 76       b1=theplu::gslapi::vector(b1str);
597 27 Feb 08 jari 77     }
597 27 Feb 08 jari 78     if (is_b2) {
597 27 Feb 08 jari 79       std::string b2str;
597 27 Feb 08 jari 80       std::getline(*is_b2,b2str);
597 27 Feb 08 jari 81       if (is_b2->fail()) {
597 27 Feb 08 jari 82         std::cerr << "Failed to read at bg2 file. Length problem?"
597 27 Feb 08 jari 83                   << std::endl;
597 27 Feb 08 jari 84         exit(-1);
597 27 Feb 08 jari 85       }
597 27 Feb 08 jari 86       b2=theplu::gslapi::vector(b2str);
597 27 Feb 08 jari 87     }
69 11 Feb 06 jari 88
597 27 Feb 08 jari 89     // Calculating log2ratio
597 27 Feb 08 jari 90     theplu::gslapi::vector log2ratio(f1.size());
597 27 Feb 08 jari 91     double log2=log(2);
597 27 Feb 08 jari 92     for (size_t i=0; i<log2ratio.size(); i++) 
597 27 Feb 08 jari 93       if (f1(i)>b1(i) && f2(i)>b2(i))
597 27 Feb 08 jari 94         log2ratio(i)=log( (f1(i)-b1(i)) / (f2(i)-b2(i)) ) / log2;
597 27 Feb 08 jari 95
597 27 Feb 08 jari 96     // calculating weights
597 27 Feb 08 jari 97     theplu::gslapi::vector weight(f1.size());
597 27 Feb 08 jari 98     for (size_t i=0; i<weight.size(); i++) {
69 11 Feb 06 jari 99       using namespace theplu::wenni::weight;
597 27 Feb 08 jari 100       weight(i)=weight_SNR2(get_snr(f1(i),b1(i),s1(i)),
597 27 Feb 08 jari 101                             get_snr(f2(i),b2(i),s2(i)),option.beta());
69 11 Feb 06 jari 102     }
69 11 Feb 06 jari 103
597 27 Feb 08 jari 104     os_r << log2ratio << '\n';
597 27 Feb 08 jari 105     os_w << weight << '\n';
597 27 Feb 08 jari 106   }
69 11 Feb 06 jari 107
597 27 Feb 08 jari 108   is_f1.close();
597 27 Feb 08 jari 109   is_s1.close();
597 27 Feb 08 jari 110   is_f2.close();
597 27 Feb 08 jari 111   is_s2.close();
597 27 Feb 08 jari 112   if (is_b1) {
597 27 Feb 08 jari 113     is_b1->close();
597 27 Feb 08 jari 114     delete is_b1;
597 27 Feb 08 jari 115   }
597 27 Feb 08 jari 116   if (is_b2) {
597 27 Feb 08 jari 117     is_b2->close();
597 27 Feb 08 jari 118     delete is_b2;
597 27 Feb 08 jari 119   }
597 27 Feb 08 jari 120   os_r.close();
597 27 Feb 08 jari 121   os_w.close();
597 27 Feb 08 jari 122
69 11 Feb 06 jari 123   return 0;
69 11 Feb 06 jari 124 }

Generated on Tue Nov 21 03:42:14 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)