plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/bin/NNIFileConverter/Parameter.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
69 11 Feb 06 jari 1 // $Id$
69 11 Feb 06 jari 2
95 05 Apr 06 jari 3 /*
95 05 Apr 06 jari 4   Copyright (C) 2005, 2006 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 5
95 05 Apr 06 jari 6   This file is part of WeNNI,
825 26 Nov 08 jari 7   http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI
95 05 Apr 06 jari 8
95 05 Apr 06 jari 9   WeNNI is free software; you can redistribute it and/or modify it
95 05 Apr 06 jari 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
824 26 Nov 08 jari 11   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
95 05 Apr 06 jari 12   (at your option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 13
95 05 Apr 06 jari 14   WeNNI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
95 05 Apr 06 jari 15   ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
95 05 Apr 06 jari 16   or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public
95 05 Apr 06 jari 17   License for more details.
95 05 Apr 06 jari 18
95 05 Apr 06 jari 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 20   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
95 05 Apr 06 jari 21 */
95 05 Apr 06 jari 22
69 11 Feb 06 jari 23 #include "Parameter.h"
88 04 Apr 06 jari 24 #include <config.h>  // this header file is created by configure
69 11 Feb 06 jari 25
69 11 Feb 06 jari 26 #include <cstdlib>
69 11 Feb 06 jari 27 #include <iostream>
69 11 Feb 06 jari 28 #include <string>
69 11 Feb 06 jari 29
69 11 Feb 06 jari 30 #include <c++_tools/utility/FileIO.h>
69 11 Feb 06 jari 31
69 11 Feb 06 jari 32
69 11 Feb 06 jari 33 namespace theplu {
69 11 Feb 06 jari 34 namespace wenni {
69 11 Feb 06 jari 35 namespace nnifileconverter {
69 11 Feb 06 jari 36
69 11 Feb 06 jari 37   Parameter::Parameter(const int argc,const char *argv[])
69 11 Feb 06 jari 38   {
69 11 Feb 06 jari 39     using namespace std;
69 11 Feb 06 jari 40
69 11 Feb 06 jari 41     defaults();
69 11 Feb 06 jari 42
69 11 Feb 06 jari 43     for (int i=1; i<argc; i++) {
69 11 Feb 06 jari 44       bool ok=false;
69 11 Feb 06 jari 45       string myargv(argv[i]);
69 11 Feb 06 jari 46       if (myargv==string("-help") || myargv==string("-h")) {
69 11 Feb 06 jari 47         help();
69 11 Feb 06 jari 48         exit(0);      // always exit after printing help
69 11 Feb 06 jari 49       }
69 11 Feb 06 jari 50       if (myargv==string("-beta"))
69 11 Feb 06 jari 51         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 52           beta_=atof(argv[++i]);
69 11 Feb 06 jari 53           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 54         }
69 11 Feb 06 jari 55       if (myargv==string("-bg1"))
69 11 Feb 06 jari 56         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 57           bg1_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 58           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 59         }
69 11 Feb 06 jari 60       if (myargv==string("-bg2"))
69 11 Feb 06 jari 61         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 62           bg2_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 63           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 64         }
69 11 Feb 06 jari 65       if (myargv==string("-bgstd1"))
69 11 Feb 06 jari 66         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 67           bgstd1_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 68           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 69         }
69 11 Feb 06 jari 70       if (myargv==string("-bgstd2"))
69 11 Feb 06 jari 71         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 72           bgstd2_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 73           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 74         }
69 11 Feb 06 jari 75       if (myargv==string("-datatype"))
69 11 Feb 06 jari 76         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 77           datatype_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 78           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 79         }
69 11 Feb 06 jari 80       if (myargv==string("-fg1"))
69 11 Feb 06 jari 81         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 82           fg1_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 83           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 84         }
69 11 Feb 06 jari 85       if (myargv==string("-fg2"))
69 11 Feb 06 jari 86         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 87           fg2_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 88           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 89         }
69 11 Feb 06 jari 90       if (myargv==string("-logratio"))
69 11 Feb 06 jari 91         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 92           logratio_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 93           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 94         }
88 04 Apr 06 jari 95       if (myargv=="--version") {
88 04 Apr 06 jari 96           version();
88 04 Apr 06 jari 97           exit(0);
88 04 Apr 06 jari 98       }
69 11 Feb 06 jari 99       if (myargv==string("-weight"))
69 11 Feb 06 jari 100         if ((i+1)<argc) {
69 11 Feb 06 jari 101           weight_=argv[++i];
69 11 Feb 06 jari 102           ok=true;
69 11 Feb 06 jari 103         }
69 11 Feb 06 jari 104       if (!ok)
69 11 Feb 06 jari 105         std::cerr << "# Parameter::Parameter     Invalid option: "
69 11 Feb 06 jari 106                   << argv[i] << '\n';
69 11 Feb 06 jari 107     }
69 11 Feb 06 jari 108
69 11 Feb 06 jari 109     analyse();
69 11 Feb 06 jari 110   }
69 11 Feb 06 jari 111
69 11 Feb 06 jari 112   void Parameter::analyse(void)
69 11 Feb 06 jari 113   {
69 11 Feb 06 jari 114     using namespace theplu::utility;
69 11 Feb 06 jari 115     bool allok=true;
69 11 Feb 06 jari 116
69 11 Feb 06 jari 117     if (beta_<0) {
69 11 Feb 06 jari 118       std::cerr << "Negativ beta is not allowed " << beta_ << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 119       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 120     }
69 11 Feb 06 jari 121
69 11 Feb 06 jari 122     if (datatype_==std::string("raw")) {
69 11 Feb 06 jari 123       if (bg1_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 124         std::cerr << "No file for bg1 given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 125         allok=false;
69 11 Feb 06 jari 126       }
69 11 Feb 06 jari 127       else if (FileIO().access_rights(bg1_,"r")) {
69 11 Feb 06 jari 128         std::cerr << "Cannot access channel 1 background input file " << bg1_
69 11 Feb 06 jari 129                   << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 130         allok=false;
69 11 Feb 06 jari 131       }
69 11 Feb 06 jari 132
69 11 Feb 06 jari 133       if (bg2_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 134         std::cerr << "No file for bg2 given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 135         allok=false;
69 11 Feb 06 jari 136       }
69 11 Feb 06 jari 137       else if (FileIO().access_rights(bg2_,"r")) {
69 11 Feb 06 jari 138         std::cerr << "Cannot access channel 2 background input file " << bg2_
69 11 Feb 06 jari 139                   << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 140         allok=false;
69 11 Feb 06 jari 141       }
69 11 Feb 06 jari 142     }
69 11 Feb 06 jari 143
69 11 Feb 06 jari 144     if (bgstd1_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 145       std::cerr << "No file for bgstd1 given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 146       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 147     }
69 11 Feb 06 jari 148     else if (FileIO().access_rights(bgstd1_,"r")) {
69 11 Feb 06 jari 149       std::cerr << "Cannot access channel 1 background std input file "
69 11 Feb 06 jari 150                 << bgstd1_ << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 151       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 152     }
69 11 Feb 06 jari 153
69 11 Feb 06 jari 154     if (bgstd2_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 155       std::cerr << "No file for bgstd2 given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 156       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 157     }
69 11 Feb 06 jari 158     else if (FileIO().access_rights(bgstd2_,"r")) {
69 11 Feb 06 jari 159       std::cerr << "Cannot access channel 2 background std input file "
69 11 Feb 06 jari 160                 << bgstd2_ << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 161       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 162     }
69 11 Feb 06 jari 163
69 11 Feb 06 jari 164     if (datatype_!=std::string("derived") && datatype_!=std::string("raw")) {
69 11 Feb 06 jari 165       std::cerr << "Illegal datatype value: " << datatype_ << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 166       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 167     }
69 11 Feb 06 jari 168
69 11 Feb 06 jari 169     if (fg1_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 170       std::cerr << "No file for fg1 given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 171       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 172     }
69 11 Feb 06 jari 173     else if (FileIO().access_rights(fg1_,"r")) {
69 11 Feb 06 jari 174       std::cerr << "Cannot access channel 1 foreground input file " << fg1_
69 11 Feb 06 jari 175                 << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 176       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 177     }
69 11 Feb 06 jari 178
69 11 Feb 06 jari 179     if (fg2_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 180       std::cerr << "No file for fg2 given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 181       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 182     }
69 11 Feb 06 jari 183     else if (FileIO().access_rights(fg2_,"r")) {
69 11 Feb 06 jari 184       std::cerr << "Cannot access channel 2 foreground input file " << fg2_
69 11 Feb 06 jari 185                 << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 186       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 187     }
69 11 Feb 06 jari 188
69 11 Feb 06 jari 189     if (logratio_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 190       std::cerr << "No file for logratio given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 191       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 192     }
69 11 Feb 06 jari 193     /*
69 11 Feb 06 jari 194     else if (FileIO().access_rights(logratio_,"w")) {
69 11 Feb 06 jari 195       std::cerr << "No write rights for output file " << logratio_ << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 196       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 197     }
69 11 Feb 06 jari 198     */
69 11 Feb 06 jari 199
69 11 Feb 06 jari 200     if (weight_.empty()) {
69 11 Feb 06 jari 201       std::cerr << "No file for weight given" << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 202       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 203     }
69 11 Feb 06 jari 204     /*
69 11 Feb 06 jari 205     else if (FileIO().access_rights(weight_,"w")) {
69 11 Feb 06 jari 206       std::cerr << "No write rights for output file " << weight_ << std::endl;
69 11 Feb 06 jari 207       allok=false;
69 11 Feb 06 jari 208     }
69 11 Feb 06 jari 209     */
69 11 Feb 06 jari 210
69 11 Feb 06 jari 211     if (!allok)
69 11 Feb 06 jari 212       std::exit(-1);
69 11 Feb 06 jari 213   }
69 11 Feb 06 jari 214
69 11 Feb 06 jari 215
69 11 Feb 06 jari 216
69 11 Feb 06 jari 217   void Parameter::defaults(void)
69 11 Feb 06 jari 218   {
73 14 Feb 06 jari 219     beta_=0.6;
69 11 Feb 06 jari 220     datatype_=std::string("raw");
69 11 Feb 06 jari 221     logratio_=std::string("logratio.data");
69 11 Feb 06 jari 222     weight_=std::string("weight.data");
69 11 Feb 06 jari 223   }
69 11 Feb 06 jari 224
69 11 Feb 06 jari 225
69 11 Feb 06 jari 226
69 11 Feb 06 jari 227   void Parameter::help(void) const
69 11 Feb 06 jari 228   {  
69 11 Feb 06 jari 229     std::cout << "Convert files created by BaseFileConverter to logratios\n"
69 11 Feb 06 jari 230               << "and weights\n"
69 11 Feb 06 jari 231               << "Usage: filter -option option\n"
69 11 Feb 06 jari 232               << "\nInputs:\n"
69 11 Feb 06 jari 233               << "\t-beta     beta value of the snr to weight calculation\n"
73 14 Feb 06 jari 234               << "\t          [default: " << beta_ << "]\n"
69 11 Feb 06 jari 235               << "\t-datatype Values 'raw' or 'derived' . When 'derived' is\n"
69 11 Feb 06 jari 236               << "\t          given, only foreground files are expected, and\n"
69 11 Feb 06 jari 237               << "\t          background files ignored (cf. options -fg1,\n"
69 11 Feb 06 jari 238               << "\t          -fg2, -bg1, and -bg2.\n"
73 14 Feb 06 jari 239               << "\t          [" << datatype_ << "]\n"
69 11 Feb 06 jari 240               << "\t-fg1      input file first foreground\n"
69 11 Feb 06 jari 241               << "\t-bg1      input file first background\n"
69 11 Feb 06 jari 242               << "\t-bgstd1   input file first background standard deviation\n"
69 11 Feb 06 jari 243               << "\t-fg2      input file second foreground\n"
69 11 Feb 06 jari 244               << "\t-bg2      input file second background\n"
69 11 Feb 06 jari 245               << "\t-bgstd2   input file second background standard deviation\n"
69 11 Feb 06 jari 246               << "\t-logratio output file logratio (first/second)\n"
73 14 Feb 06 jari 247               << "\t          [" << logratio_ << "\n"
88 04 Apr 06 jari 248               << "\t--version print version information and exit\n"
73 14 Feb 06 jari 249               << "\t-weight   output file weight\n"
73 14 Feb 06 jari 250               << "\t          [" << weight_ << "]\n";
69 11 Feb 06 jari 251   }
69 11 Feb 06 jari 252
88 04 Apr 06 jari 253
88 04 Apr 06 jari 254   void Parameter::version(void) const
88 04 Apr 06 jari 255   {
88 04 Apr 06 jari 256     using namespace std;
88 04 Apr 06 jari 257     cout << PACKAGE_STRING
111 14 Jun 06 jari 258          << "\nCopyright (C) 2005-2006 Jari Häkkinen and Peter Johansson.\n\n"
88 04 Apr 06 jari 259          << "This is free software; see the source for copying conditions.\n"
88 04 Apr 06 jari 260          << "There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR\n"
88 04 Apr 06 jari 261          << "A PARTICULAR PURPOSE." << endl;
88 04 Apr 06 jari 262   }
88 04 Apr 06 jari 263
69 11 Feb 06 jari 264 }}} // of namespace nnifileconverter, wenni and namespace theplu

Generated on Tue Nov 21 03:42:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)