plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/bin/nni/nni.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
69 11 Feb 06 jari 1 // $Id$
69 11 Feb 06 jari 2
95 05 Apr 06 jari 3 /*
95 05 Apr 06 jari 4   Copyright (C) 2005, 2006 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 5
95 05 Apr 06 jari 6   This file is part of WeNNI,
825 26 Nov 08 jari 7   http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI
95 05 Apr 06 jari 8
95 05 Apr 06 jari 9   WeNNI is free software; you can redistribute it and/or modify it
95 05 Apr 06 jari 10   under the terms of the GNU General Public License as published by
824 26 Nov 08 jari 11   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
95 05 Apr 06 jari 12   (at your option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 13
95 05 Apr 06 jari 14   WeNNI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
95 05 Apr 06 jari 15   ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
95 05 Apr 06 jari 16   or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public
95 05 Apr 06 jari 17   License for more details.
95 05 Apr 06 jari 18
95 05 Apr 06 jari 19   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 20   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
95 05 Apr 06 jari 21 */
95 05 Apr 06 jari 22
69 11 Feb 06 jari 23 #include "nni.h"
69 11 Feb 06 jari 24
69 11 Feb 06 jari 25 #include <iostream>
69 11 Feb 06 jari 26 #include <fstream>
69 11 Feb 06 jari 27
69 11 Feb 06 jari 28 #include <c++_tools/utility/kNNI.h>
69 11 Feb 06 jari 29 #include <c++_tools/utility/WeNNI.h>
69 11 Feb 06 jari 30
69 11 Feb 06 jari 31 #include "Parameter.h"
69 11 Feb 06 jari 32 #include "weight.h"
69 11 Feb 06 jari 33
69 11 Feb 06 jari 34 void make_weights_binary(theplu::gslapi::matrix& weight,double cutoff);
69 11 Feb 06 jari 35
69 11 Feb 06 jari 36 int main(const int argc,const char* argv[])
69 11 Feb 06 jari 37 {
69 11 Feb 06 jari 38   using namespace theplu;
69 11 Feb 06 jari 39   wenni::Parameter option(argc,argv);
69 11 Feb 06 jari 40
69 11 Feb 06 jari 41   std::ifstream data_stream(option.data_file().c_str());
69 11 Feb 06 jari 42   std::ifstream weight_stream(option.weight_file().c_str());
69 11 Feb 06 jari 43   gslapi::matrix data(data_stream);
69 11 Feb 06 jari 44   gslapi::matrix weight(weight_stream);
69 11 Feb 06 jari 45   data_stream.close();
69 11 Feb 06 jari 46   weight_stream.close();
69 11 Feb 06 jari 47
69 11 Feb 06 jari 48   if (option.weight_is_snr())
69 11 Feb 06 jari 49     weight=wenni::weight::weight_SNR(weight,option.beta());
69 11 Feb 06 jari 50
69 11 Feb 06 jari 51   utility::NNI* nni=NULL;
69 11 Feb 06 jari 52   switch (option.nni_algorithm()) {
69 11 Feb 06 jari 53   case wenni::kNNI:
69 11 Feb 06 jari 54     make_weights_binary(weight,option.weight_cutoff());
69 11 Feb 06 jari 55     nni=new utility::kNNI(data,weight,option.neighbours());
69 11 Feb 06 jari 56     break;
69 11 Feb 06 jari 57   case wenni::WeNNI:
69 11 Feb 06 jari 58     nni=new utility::WeNNI(data,weight,option.neighbours());
69 11 Feb 06 jari 59     break;
69 11 Feb 06 jari 60   }
69 11 Feb 06 jari 61   nni->estimate();
69 11 Feb 06 jari 62   std::cout << nni->imputed_data() << '\n';
69 11 Feb 06 jari 63
69 11 Feb 06 jari 64   delete nni;
69 11 Feb 06 jari 65
69 11 Feb 06 jari 66   exit(0);        // normal exit
69 11 Feb 06 jari 67 }
69 11 Feb 06 jari 68
69 11 Feb 06 jari 69 void make_weights_binary(theplu::gslapi::matrix& weight,double cutoff)
69 11 Feb 06 jari 70 {
69 11 Feb 06 jari 71   for (size_t i=0; i<weight.rows(); ++i)
69 11 Feb 06 jari 72     for (size_t j=0; j<weight.columns(); ++j)
69 11 Feb 06 jari 73       weight(i,j)=(weight(i,j)>cutoff ? 1 : 0);
69 11 Feb 06 jari 74 }

Generated on Tue Nov 21 03:42:17 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)