plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/lib/c++_tools/utility/WeNNI.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
69 11 Feb 06 jari 1 // $Id$
69 11 Feb 06 jari 2
95 05 Apr 06 jari 3 /*
95 05 Apr 06 jari 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 5   Copyright (C) 2005 Jari Häkkinen, Peter Johansson
95 05 Apr 06 jari 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 7
95 05 Apr 06 jari 8   This file is part of the thep c++ tools library,
95 05 Apr 06 jari 9                                 http://lev.thep.lu.se/trac/c++_tools
95 05 Apr 06 jari 10
95 05 Apr 06 jari 11   The c++ tools library is free software; you can redistribute it
95 05 Apr 06 jari 12   and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3 of
95 05 Apr 06 jari 14   the License, or (at your option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 15
95 05 Apr 06 jari 16   The c++ tools library is distributed in the hope that it will be
95 05 Apr 06 jari 17   useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
95 05 Apr 06 jari 18   of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
95 05 Apr 06 jari 19   General Public License for more details.
95 05 Apr 06 jari 20
95 05 Apr 06 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 22   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
95 05 Apr 06 jari 23 */
95 05 Apr 06 jari 24
69 11 Feb 06 jari 25 #include <c++_tools/utility/WeNNI.h>
69 11 Feb 06 jari 26
69 11 Feb 06 jari 27 #include <c++_tools/utility/stl_utility.h>
69 11 Feb 06 jari 28
69 11 Feb 06 jari 29 #include <algorithm>
69 11 Feb 06 jari 30 #include <cmath>
69 11 Feb 06 jari 31 #include <fstream>
69 11 Feb 06 jari 32
69 11 Feb 06 jari 33 namespace theplu {
69 11 Feb 06 jari 34 namespace utility {
69 11 Feb 06 jari 35
69 11 Feb 06 jari 36
69 11 Feb 06 jari 37   WeNNI::WeNNI(const gslapi::matrix& matrix,const gslapi::matrix& flag,
819 24 Nov 08 jari 38                const unsigned int neighbours)
69 11 Feb 06 jari 39     : NNI(matrix,flag,neighbours), imputed_data_raw_(matrix)
69 11 Feb 06 jari 40   {
69 11 Feb 06 jari 41     //estimate();
69 11 Feb 06 jari 42   }
69 11 Feb 06 jari 43
69 11 Feb 06 jari 44
69 11 Feb 06 jari 45
69 11 Feb 06 jari 46   // \hat{x_{ij}}=\frac{ \sum_{k=1,N} \frac{w_{kj}*x_{kj}}{d_{ki}} }
69 11 Feb 06 jari 47   //                   { \sum_{k=1,N} \frac{w_{kj}       }{d_{ki}} }
69 11 Feb 06 jari 48   // where N is defined in the paper cited in the NNI class definition
69 11 Feb 06 jari 49   // documentation.
819 24 Nov 08 jari 50   unsigned int WeNNI::estimate(void)
69 11 Feb 06 jari 51   {
69 11 Feb 06 jari 52     using namespace std;
69 11 Feb 06 jari 53     for (unsigned int i=0; i<data_.rows(); i++) {
69 11 Feb 06 jari 54       // Jari, avoid copying in next line
819 24 Nov 08 jari 55       vector<pair<unsigned int,double> > distance=calculate_distances(i);
69 11 Feb 06 jari 56        sort(distance.begin(),distance.end(),
819 24 Nov 08 jari 57                 pair_value_compare<unsigned int,double>());
69 11 Feb 06 jari 58       bool row_imputed=true;
69 11 Feb 06 jari 59       for (unsigned int j=0; j<data_.columns(); j++) {
819 24 Nov 08 jari 60         vector<unsigned int> knn=nearest_neighbours(j,distance);
69 11 Feb 06 jari 61         double new_value=0.0;
69 11 Feb 06 jari 62         double norm=0.0;
819 24 Nov 08 jari 63         for (vector<unsigned int>::const_iterator k=knn.begin(); k!=knn.end(); k++) {
69 11 Feb 06 jari 64           // Jari, a small number needed here, use something standardized.
69 11 Feb 06 jari 65           // Avoid division with zero (perfect match vectors)
69 11 Feb 06 jari 66           double d=(distance[*k].second ? distance[*k].second : 1e-10);
69 11 Feb 06 jari 67           new_value+=(weight_(distance[*k].first,j) *
69 11 Feb 06 jari 68                       data_(distance[*k].first,j)/d);
69 11 Feb 06 jari 69           norm+=weight_(distance[*k].first,j)/d;
69 11 Feb 06 jari 70         }
69 11 Feb 06 jari 71         // No impute if no contributions from neighbours.
69 11 Feb 06 jari 72         if (norm){
69 11 Feb 06 jari 73           imputed_data_raw_(i,j) = new_value/norm;
69 11 Feb 06 jari 74           imputed_data_(i,j)=
69 11 Feb 06 jari 75             weight_(i,j)*data_(i,j) + (1-weight_(i,j))* imputed_data_raw_(i,j);
69 11 Feb 06 jari 76         }
69 11 Feb 06 jari 77         else
69 11 Feb 06 jari 78           row_imputed=false;
69 11 Feb 06 jari 79       }
69 11 Feb 06 jari 80       if (!row_imputed)
69 11 Feb 06 jari 81         not_imputed_.push_back(i);
69 11 Feb 06 jari 82     }
69 11 Feb 06 jari 83     return not_imputed_.size();
69 11 Feb 06 jari 84   }
69 11 Feb 06 jari 85
69 11 Feb 06 jari 86
69 11 Feb 06 jari 87 }} // of namespace utility and namespace theplu

Generated on Tue Nov 21 03:42:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)