plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/lib/c++_tools/utility/WeNNI.h

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
69 11 Feb 06 jari 1 // $Id$
69 11 Feb 06 jari 2
95 05 Apr 06 jari 3 /*
95 05 Apr 06 jari 4   Copyright (C) 2004 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 5   Copyright (C) 2005 Peter Johansson
95 05 Apr 06 jari 6   Copyright (C) 2006 Jari Häkkinen
95 05 Apr 06 jari 7
95 05 Apr 06 jari 8   This file is part of the thep c++ tools library,
95 05 Apr 06 jari 9                                 http://lev.thep.lu.se/trac/c++_tools
95 05 Apr 06 jari 10
95 05 Apr 06 jari 11   The c++ tools library is free software; you can redistribute it
95 05 Apr 06 jari 12   and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 13   as published by the Free Software Foundation; either version 3 of
95 05 Apr 06 jari 14   the License, or (at your option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 15
95 05 Apr 06 jari 16   The c++ tools library is distributed in the hope that it will be
95 05 Apr 06 jari 17   useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
95 05 Apr 06 jari 18   of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
95 05 Apr 06 jari 19   General Public License for more details.
95 05 Apr 06 jari 20
95 05 Apr 06 jari 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 22   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
95 05 Apr 06 jari 23 */
95 05 Apr 06 jari 24
69 11 Feb 06 jari 25 #ifndef _theplu_utility_wenni_
69 11 Feb 06 jari 26 #define _theplu_utility_wenni_ 
69 11 Feb 06 jari 27
69 11 Feb 06 jari 28 #include <c++_tools/utility/NNI.h>
69 11 Feb 06 jari 29
69 11 Feb 06 jari 30 #include <c++_tools/gslapi/matrix.h>
69 11 Feb 06 jari 31
69 11 Feb 06 jari 32 #include <iostream>
69 11 Feb 06 jari 33
69 11 Feb 06 jari 34
69 11 Feb 06 jari 35
69 11 Feb 06 jari 36 namespace theplu {
69 11 Feb 06 jari 37 namespace utility {
69 11 Feb 06 jari 38
69 11 Feb 06 jari 39   ///
69 11 Feb 06 jari 40   /// WeNNI is a continuous weights generalization of the (binary
69 11 Feb 06 jari 41   /// weights) kNNI algorithm presented by Troyanskaya et al. A
69 11 Feb 06 jari 42   /// reference to this paper is found in the NNI document referred to
69 11 Feb 06 jari 43   /// in the NNI class documentation. The NNI document also describes
69 11 Feb 06 jari 44   /// WeNNI in depth.
69 11 Feb 06 jari 45   ///
69 11 Feb 06 jari 46   /// @see NNI and kNNI
69 11 Feb 06 jari 47   ///
69 11 Feb 06 jari 48   class WeNNI : public NNI
69 11 Feb 06 jari 49   {
69 11 Feb 06 jari 50   public:
69 11 Feb 06 jari 51     ///
69 11 Feb 06 jari 52     /// Constructor
69 11 Feb 06 jari 53     ///
69 11 Feb 06 jari 54     WeNNI(const gslapi::matrix& matrix,const gslapi::matrix& weight,
819 24 Nov 08 jari 55           const unsigned int neighbours);
69 11 Feb 06 jari 56
69 11 Feb 06 jari 57     ///
69 11 Feb 06 jari 58     /// Perform WeNNI on data in \a matrix with continuous uncertainty
69 11 Feb 06 jari 59     /// weights in \a weight using \a neighbours for the new impute
69 11 Feb 06 jari 60     /// value.
69 11 Feb 06 jari 61     ///
819 24 Nov 08 jari 62     unsigned int estimate(void);
69 11 Feb 06 jari 63
69 11 Feb 06 jari 64     ///
69 11 Feb 06 jari 65     /// @return A const reference to imputed_data_raw.
69 11 Feb 06 jari 66     ///
69 11 Feb 06 jari 67     const gslapi::matrix& imputed_data_raw(void) const 
69 11 Feb 06 jari 68     { return imputed_data_raw_; }
69 11 Feb 06 jari 69
69 11 Feb 06 jari 70
69 11 Feb 06 jari 71
69 11 Feb 06 jari 72   private:
69 11 Feb 06 jari 73
69 11 Feb 06 jari 74     gslapi::matrix imputed_data_raw_;
69 11 Feb 06 jari 75   };
69 11 Feb 06 jari 76
69 11 Feb 06 jari 77 }} // of namespace utility and namespace theplu
69 11 Feb 06 jari 78
69 11 Feb 06 jari 79 #endif

Generated on Tue Nov 21 03:42:25 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)