plugins/base1/se.lu.thep.wenni/trunk/test/wenni_test.cc

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
71 14 Feb 06 jari 1 // $Id$
71 14 Feb 06 jari 2
95 05 Apr 06 jari 3 /*
95 05 Apr 06 jari 4   Copyright (C) 2005, 2006 Jari Häkkinen
836 28 Nov 08 peter 5   Copyright (C) 2007 2008 Peter Johansson
95 05 Apr 06 jari 6
95 05 Apr 06 jari 7   This file is part of WeNNI,
825 26 Nov 08 jari 8   http://baseplugins.thep.lu.se/wiki/se.lu.thep.WeNNI
95 05 Apr 06 jari 9
95 05 Apr 06 jari 10   WeNNI is free software; you can redistribute it and/or modify it
95 05 Apr 06 jari 11   under the terms of the GNU General Public License as published by
824 26 Nov 08 jari 12   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
95 05 Apr 06 jari 13   (at your option) any later version.
95 05 Apr 06 jari 14
95 05 Apr 06 jari 15   WeNNI is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
95 05 Apr 06 jari 16   ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY
95 05 Apr 06 jari 17   or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU General Public
95 05 Apr 06 jari 18   License for more details.
95 05 Apr 06 jari 19
95 05 Apr 06 jari 20   You should have received a copy of the GNU General Public License
824 26 Nov 08 jari 21   along with WeNNI. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
95 05 Apr 06 jari 22 */
95 05 Apr 06 jari 23
849 01 Dec 08 peter 24 #include <config.h>
849 01 Dec 08 peter 25
75 15 Feb 06 jari 26 #include "c++_tools/gslapi/matrix.h"
75 15 Feb 06 jari 27
836 28 Nov 08 peter 28 #include <cassert>
75 15 Feb 06 jari 29 #include <cmath>
71 14 Feb 06 jari 30 #include <cstdlib>
71 14 Feb 06 jari 31 #include <iostream>
75 15 Feb 06 jari 32 #include <fstream>
836 28 Nov 08 peter 33 #include <sstream>
71 14 Feb 06 jari 34 #include <string>
71 14 Feb 06 jari 35 #include <unistd.h>
71 14 Feb 06 jari 36
72 14 Feb 06 jari 37 bool check_default_results(void);
74 15 Feb 06 jari 38 bool check_knni_results(void);
72 14 Feb 06 jari 39 bool check_raw_results(void);
74 15 Feb 06 jari 40 bool check_wenni_snr_results(void);
71 14 Feb 06 jari 41 bool cleanup(void);
86 04 Apr 06 jari 42 bool compare(const std::string&, const std::string&, double error_bound=1e-20);
86 04 Apr 06 jari 43 bool diff(const std::string&, const std::string&);
846 01 Dec 08 peter 44 std::string get_srcdir(void);
72 14 Feb 06 jari 45 bool rm(const std::string& filename);
71 14 Feb 06 jari 46
71 14 Feb 06 jari 47 int main(const int argc,const char* argv[])
71 14 Feb 06 jari 48 {  
71 14 Feb 06 jari 49   bool teststatus=false;
71 14 Feb 06 jari 50
849 01 Dec 08 peter 51   if (WeNNI_STATE == "base1") {
849 01 Dec 08 peter 52     teststatus|=check_raw_results();
849 01 Dec 08 peter 53     teststatus|=check_default_results();
849 01 Dec 08 peter 54   }
72 14 Feb 06 jari 55
846 01 Dec 08 peter 56   std::string srcdir=get_srcdir();
836 28 Nov 08 peter 57   std::stringstream system_call;
849 01 Dec 08 peter 58   system_call << "./nni -data " << srcdir << "/../data/wenni_logratio.data"
836 28 Nov 08 peter 59               << " -neighbours 10 -weight " << srcdir 
836 28 Nov 08 peter 60               << "/../data/wenni_snr.data -weight_is_snr"
836 28 Nov 08 peter 61               << " > wenni_imputed.data";
836 28 Nov 08 peter 62   if (system(system_call.str().c_str())) {
74 15 Feb 06 jari 63     teststatus|=true;
74 15 Feb 06 jari 64     std::cerr << "ERROR: system call failed:\n\t" << system_call << std::endl;
74 15 Feb 06 jari 65   }
74 15 Feb 06 jari 66   teststatus|=check_wenni_snr_results();
74 15 Feb 06 jari 67
836 28 Nov 08 peter 68   system_call.str("");
849 01 Dec 08 peter 69   system_call << "./nni -data " << srcdir 
849 01 Dec 08 peter 70               << "/../data/wenni_logratio.data -neighbours 10"
849 01 Dec 08 peter 71               << " -nni_algorithm kNNI -weight " << srcdir 
849 01 Dec 08 peter 72               << "/../data/wenni_weight.data"
836 28 Nov 08 peter 73               << " -weight_cutoff 0.5 > knni_imputed.data";
836 28 Nov 08 peter 74   if (system(system_call.str().c_str())) {
74 15 Feb 06 jari 75     teststatus|=true;
74 15 Feb 06 jari 76     std::cerr << "ERROR: system call failed:\n\t" << system_call << std::endl;
74 15 Feb 06 jari 77   }
74 15 Feb 06 jari 78   teststatus|=check_knni_results();
74 15 Feb 06 jari 79
325 01 Jun 07 peter 80   //teststatus|=cleanup();
71 14 Feb 06 jari 81
71 14 Feb 06 jari 82   return (teststatus ? -1 : 0);
71 14 Feb 06 jari 83 }
71 14 Feb 06 jari 84
71 14 Feb 06 jari 85
72 14 Feb 06 jari 86 bool check_default_results(void)
72 14 Feb 06 jari 87 {
846 01 Dec 08 peter 88   std::string srcdir=get_srcdir();
836 28 Nov 08 peter 89
72 14 Feb 06 jari 90   bool teststatus=false;
836 28 Nov 08 peter 91   teststatus|=diff("default_results/BASEfile.data",
836 28 Nov 08 peter 92                    srcdir+"/../data/basefile_in.data");
325 01 Jun 07 peter 93   teststatus|=diff("default_results/basefile_out.data",
836 28 Nov 08 peter 94                    srcdir+"/../data/basefile_out.data");
325 01 Jun 07 peter 95   teststatus|=compare("default_results/wenni_BCh1SD.data",
836 28 Nov 08 peter 96                       srcdir+"/../data/wenni_BCh1SD.data");
325 01 Jun 07 peter 97   teststatus|=compare("default_results/wenni_BCh2SD.data",
836 28 Nov 08 peter 98                       srcdir+"/../data/wenni_BCh2SD.data");
325 01 Jun 07 peter 99   teststatus|=compare("default_results/wenni_imputed.data",
836 28 Nov 08 peter 100                       srcdir+"/../data/wenni_imputed.data");
325 01 Jun 07 peter 101   teststatus|=compare("default_results/wenni_intensity1.data",
836 28 Nov 08 peter 102                       srcdir+"/../data/wenni_intensity1.data");
325 01 Jun 07 peter 103   teststatus|=compare("default_results/wenni_intensity2.data",
836 28 Nov 08 peter 104                       srcdir+"/../data/wenni_intensity2.data");
325 01 Jun 07 peter 105   teststatus|=compare("default_results/wenni_logratio.data",
836 28 Nov 08 peter 106                       srcdir+"/../data/wenni_logratio.data");
325 01 Jun 07 peter 107   teststatus|=compare("default_results/wenni_weight.data",
836 28 Nov 08 peter 108                       srcdir+"/../data/wenni_weight.data");
72 14 Feb 06 jari 109   if (teststatus)
74 15 Feb 06 jari 110     std::cerr << "ERROR: check_default_results failed." << std::endl;
72 14 Feb 06 jari 111   return teststatus;
72 14 Feb 06 jari 112 }
71 14 Feb 06 jari 113
72 14 Feb 06 jari 114
74 15 Feb 06 jari 115 bool check_knni_results(void)
74 15 Feb 06 jari 116 {
846 01 Dec 08 peter 117   std::string srcdir=get_srcdir();
74 15 Feb 06 jari 118   bool teststatus=false;
836 28 Nov 08 peter 119   teststatus|=diff("knni_imputed.data",srcdir+"/../data/knni_imputed.data");
74 15 Feb 06 jari 120   if (teststatus)
74 15 Feb 06 jari 121     std::cerr << "ERROR: check_knni_results failed." << std::endl;
74 15 Feb 06 jari 122   return teststatus;
74 15 Feb 06 jari 123 }
74 15 Feb 06 jari 124
74 15 Feb 06 jari 125
72 14 Feb 06 jari 126 bool check_raw_results(void)
72 14 Feb 06 jari 127 {
846 01 Dec 08 peter 128   std::string srcdir=get_srcdir();
836 28 Nov 08 peter 129
72 14 Feb 06 jari 130   bool teststatus=false;
836 28 Nov 08 peter 131   teststatus|=diff("raw_results/BASEfile.data",
836 28 Nov 08 peter 132                    srcdir+"/../data/basefile_in.data");
325 01 Jun 07 peter 133   teststatus|=diff("raw_results/basefile_out.data","../data/basefile_out.data");
325 01 Jun 07 peter 134   teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh1Mean.data",
836 28 Nov 08 peter 135                       srcdir+"/../data/wenni_BCh1Mean.data");
325 01 Jun 07 peter 136   teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh1SD.data",
836 28 Nov 08 peter 137                       srcdir+"/../data/wenni_BCh1SD.data");
325 01 Jun 07 peter 138   teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh2Mean.data",
836 28 Nov 08 peter 139                       srcdir+"/../data/wenni_BCh2Mean.data");
325 01 Jun 07 peter 140   teststatus|=compare("raw_results/wenni_BCh2SD.data",
836 28 Nov 08 peter 141                       srcdir+"/../data/wenni_BCh2SD.data");
325 01 Jun 07 peter 142   teststatus|=compare("raw_results/wenni_FCh1Mean.data",
836 28 Nov 08 peter 143                       srcdir+"/../data/wenni_FCh1Mean.data");
325 01 Jun 07 peter 144   teststatus|=compare("raw_results/wenni_FCh2Mean.data",
836 28 Nov 08 peter 145                       srcdir+"/../data/wenni_FCh2Mean.data");
325 01 Jun 07 peter 146   teststatus|=compare("raw_results/wenni_imputed.data",
836 28 Nov 08 peter 147                       srcdir+"/../data/wenni_imputed.data");
325 01 Jun 07 peter 148   teststatus|=compare("raw_results/wenni_logratio.data",
836 28 Nov 08 peter 149                       srcdir+"/../data/wenni_logratio.data");
325 01 Jun 07 peter 150   teststatus|=compare("raw_results/wenni_weight.data",
836 28 Nov 08 peter 151                       srcdir+"/../data/wenni_weight.data");
72 14 Feb 06 jari 152   if (teststatus)
72 14 Feb 06 jari 153     std::cerr << "ERROR: check_raw_results failed." << std::endl;
72 14 Feb 06 jari 154   return teststatus;
71 14 Feb 06 jari 155 }
71 14 Feb 06 jari 156
72 14 Feb 06 jari 157
74 15 Feb 06 jari 158 bool check_wenni_snr_results(void)
74 15 Feb 06 jari 159 {
74 15 Feb 06 jari 160   bool teststatus=false;
846 01 Dec 08 peter 161   std::string srcdir=get_srcdir();
836 28 Nov 08 peter 162   teststatus|=compare("wenni_imputed.data",srcdir+"/../data/wenni_imputed.data",
86 04 Apr 06 jari 163                       1.1e-11);
74 15 Feb 06 jari 164   if (teststatus)
74 15 Feb 06 jari 165     std::cerr << "ERROR: check_wenni_results failed." << std::endl;
74 15 Feb 06 jari 166   return teststatus;
74 15 Feb 06 jari 167 }
74 15 Feb 06 jari 168
74 15 Feb 06 jari 169
71 14 Feb 06 jari 170 bool cleanup(void)
71 14 Feb 06 jari 171 {
71 14 Feb 06 jari 172   bool teststatus=false;
71 14 Feb 06 jari 173   teststatus|=rm("BASEfile.data");
74 15 Feb 06 jari 174   teststatus|=rm("basefile_out.data");
74 15 Feb 06 jari 175   teststatus|=rm("knni_imputed.data");
71 14 Feb 06 jari 176   teststatus|=rm("wenni_BCh1Mean.data");
71 14 Feb 06 jari 177   teststatus|=rm("wenni_BCh1SD.data");
71 14 Feb 06 jari 178   teststatus|=rm("wenni_BCh2Mean.data");
71 14 Feb 06 jari 179   teststatus|=rm("wenni_BCh2SD.data");
71 14 Feb 06 jari 180   teststatus|=rm("wenni_FCh1Mean.data");
71 14 Feb 06 jari 181   teststatus|=rm("wenni_FCh2Mean.data");
71 14 Feb 06 jari 182   teststatus|=rm("wenni_imputed.data");
72 14 Feb 06 jari 183   teststatus|=rm("wenni_intensity1.data");
72 14 Feb 06 jari 184   teststatus|=rm("wenni_intensity2.data");
71 14 Feb 06 jari 185   teststatus|=rm("wenni_logratio.data");
71 14 Feb 06 jari 186   teststatus|=rm("wenni_weight.data");
71 14 Feb 06 jari 187   return teststatus;
71 14 Feb 06 jari 188 }
72 14 Feb 06 jari 189
72 14 Feb 06 jari 190
86 04 Apr 06 jari 191 bool compare(const std::string& a,const std::string& b, double error_bound)
75 15 Feb 06 jari 192 {
75 15 Feb 06 jari 193   bool teststatus=false;
75 15 Feb 06 jari 194   std::ifstream astream(a.c_str());
836 28 Nov 08 peter 195   assert(astream.good());
75 15 Feb 06 jari 196   std::ifstream bstream(b.c_str());
836 28 Nov 08 peter 197   assert(bstream.good());
75 15 Feb 06 jari 198   theplu::gslapi::matrix adata(astream);
75 15 Feb 06 jari 199   theplu::gslapi::matrix bdata(bstream);
75 15 Feb 06 jari 200   adata-=bdata;
75 15 Feb 06 jari 201   for (size_t i=0; i<adata.rows(); i++)
75 15 Feb 06 jari 202     for (size_t j=0; j<adata.columns(); j++)
75 15 Feb 06 jari 203       if ((fabs(adata(i,j))>error_bound) || // result outside acceptable bounds
75 15 Feb 06 jari 204           (!((adata(i,j)==adata(i,j)))))    // calucaltion error detected
75 15 Feb 06 jari 205         teststatus=true;
75 15 Feb 06 jari 206   astream.close();
75 15 Feb 06 jari 207   bstream.close();
325 01 Jun 07 peter 208   if (teststatus)
325 01 Jun 07 peter 209     std::cerr << "ERROR: compare " << a << " " << b << std::endl;
75 15 Feb 06 jari 210   return teststatus;
75 15 Feb 06 jari 211 }
75 15 Feb 06 jari 212
75 15 Feb 06 jari 213
72 14 Feb 06 jari 214 bool diff(const std::string& a,const std::string& b)
72 14 Feb 06 jari 215 {
325 01 Jun 07 peter 216   std::ifstream is1(a.c_str());
836 28 Nov 08 peter 217   assert(is1.good());
325 01 Jun 07 peter 218   std::ifstream is2(a.c_str());
836 28 Nov 08 peter 219   assert(is2.good());
325 01 Jun 07 peter 220   std::string str1;
325 01 Jun 07 peter 221   std::string str2;
325 01 Jun 07 peter 222   while (getline(is1,str1)){
325 01 Jun 07 peter 223     getline(is2,str2);
325 01 Jun 07 peter 224     if (str1!=str2) {
325 01 Jun 07 peter 225       std::cerr << "ERROR: diff " << a << " " << b << std::endl;
325 01 Jun 07 peter 226       return true;
325 01 Jun 07 peter 227     }
72 14 Feb 06 jari 228   }
325 01 Jun 07 peter 229   return false;
72 14 Feb 06 jari 230 }
72 14 Feb 06 jari 231
72 14 Feb 06 jari 232
846 01 Dec 08 peter 233 std::string get_srcdir(void)
846 01 Dec 08 peter 234 {
846 01 Dec 08 peter 235   char* buf=std::getenv("srcdir");
846 01 Dec 08 peter 236   if (buf)
846 01 Dec 08 peter 237     return buf;
846 01 Dec 08 peter 238   return ".";
846 01 Dec 08 peter 239   
846 01 Dec 08 peter 240 }
846 01 Dec 08 peter 241
846 01 Dec 08 peter 242
72 14 Feb 06 jari 243 bool rm(const std::string& filename) {
72 14 Feb 06 jari 244   if (unlink(filename.c_str())) {
72 14 Feb 06 jari 245     std::cerr << "ERROR: unlink call failed for: " << filename << std::endl;
72 14 Feb 06 jari 246     return true;
72 14 Feb 06 jari 247   }
72 14 Feb 06 jari 248   return false;
72 14 Feb 06 jari 249 }

Generated on Tue Nov 21 03:42:32 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)