plugins/base2/net.sf.basedb.agilent/trunk/README

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1199 06 Mar 10 jari 1 $Id$
1199 06 Mar 10 jari 2
1199 06 Mar 10 jari 3 == Requirements ==
1199 06 Mar 10 jari 4
1199 06 Mar 10 jari 5  1. BASE 2.14.0 or later.
1199 06 Mar 10 jari 6  
1199 06 Mar 10 jari 7
1199 06 Mar 10 jari 8 == Introduction ==
1199 06 Mar 10 jari 9
1199 06 Mar 10 jari 10 This file contains general information about the plug-in package and
1199 06 Mar 10 jari 11 specific information about expression data.
1199 06 Mar 10 jari 12
1199 06 Mar 10 jari 13 The Agilent plug-ins for BASE will add support for Agilent 1-channel
1199 06 Mar 10 jari 14 expression data to your BASE server. The new raw data type is defined
1199 06 Mar 10 jari 15 in agilent-raw-data-types.xml where the 1-channel type is defined
1199 06 Mar 10 jari 16 analogously to the Agilent 2-channel type available in a pristine BASE
1199 06 Mar 10 jari 17 server.
1199 06 Mar 10 jari 18
1199 06 Mar 10 jari 19 Installation and upgrade instructions are found in the 'INSTALL' file.
1199 06 Mar 10 jari 20
1199 06 Mar 10 jari 21
1199 06 Mar 10 jari 22 == Getting started ==
1199 06 Mar 10 jari 23
1199 06 Mar 10 jari 24 The below recipe is a minimalistic route to import an Agilent
1199 06 Mar 10 jari 25 experiment into BASE where many optional but important steps are
1199 06 Mar 10 jari 26 skipped.
1199 06 Mar 10 jari 27  1. Install this package as described by the instructions in the
1199 06 Mar 10 jari 28     'INSTALL' file.
1199 06 Mar 10 jari 29  2. Import reporter annotations.
1199 06 Mar 10 jari 30  3. Create array designs.
1199 06 Mar 10 jari 31  4. Import raw data.
1199 06 Mar 10 jari 32      - Upload raw data files to BASE.
1199 06 Mar 10 jari 33      - Create raw bioassays corresponding to your raw data.
1199 06 Mar 10 jari 34      - Create an experiment and associate the new raw bioassays to it.
1199 06 Mar 10 jari 35      - Click the 'Import...' button in the experiment properties
1199 06 Mar 10 jari 36        view. This will import all data in one single batch.
1199 06 Mar 10 jari 37
1199 06 Mar 10 jari 38 Share the array designs created to appropriate users, e.g, to an Agilent
1199 06 Mar 10 jari 39 group or group Everyone with 'RU' privileges.
1199 06 Mar 10 jari 40
1199 06 Mar 10 jari 41 ----------------------------------------------------------------------
1199 06 Mar 10 jari 42 {{{
1199 06 Mar 10 jari 43 Copyright (C) 2010 Jari H√§kkinen
1199 06 Mar 10 jari 44
1199 06 Mar 10 jari 45 This file is part of Illumina plug-in package for BASE.
1199 06 Mar 10 jari 46 Available at http://baseplugins.thep.lu.se/
1199 06 Mar 10 jari 47 BASE main site: http://base.thep.lu.se/
1199 06 Mar 10 jari 48
1199 06 Mar 10 jari 49 This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
1199 06 Mar 10 jari 50 the terms of the GNU General Public License as published by the Free
1199 06 Mar 10 jari 51 Software Foundation; either version 3 of the License, or (at your
1199 06 Mar 10 jari 52 option) any later version.
1199 06 Mar 10 jari 53
1199 06 Mar 10 jari 54 The software is distributed in the hope that it will be useful, but
1199 06 Mar 10 jari 55 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1199 06 Mar 10 jari 56 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
1199 06 Mar 10 jari 57 General Public License for more details.
1199 06 Mar 10 jari 58
1199 06 Mar 10 jari 59 You should have received a copy of the GNU General Public License
1199 06 Mar 10 jari 60 along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1199 06 Mar 10 jari 61 }}}
1199 06 Mar 10 jari 62 ----------------------------------------------------------------------