plugins/base2/net.sf.basedb.agilent/trunk/README_PluginDetails

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1199 06 Mar 10 jari 1 $Id$
1199 06 Mar 10 jari 2
1199 06 Mar 10 jari 3 == Introduction ==
1199 06 Mar 10 jari 4
1199 06 Mar 10 jari 5 This file gives some details on some of the plug-ins in this package.
1199 06 Mar 10 jari 6
1199 06 Mar 10 jari 7
1199 06 Mar 10 jari 8 == Background correction plug-in ==
1199 06 Mar 10 jari 9
1199 06 Mar 10 jari 10 This plug-in will remove a per-slide global background from all
1199 06 Mar 10 jari 11 spots. The background is calculated from a set of negative control
1199 06 Mar 10 jari 12 spot on the array. See implementation details below for details.
1199 06 Mar 10 jari 13
1199 06 Mar 10 jari 14
1199 06 Mar 10 jari 15 === Parameters ===
1199 06 Mar 10 jari 16
1212 26 Mar 10 jari 17 There is one parameter to set that specifies how background
1212 26 Mar 10 jari 18 intensities should be calculated. Allowed values are median or mean,
1212 26 Mar 10 jari 19 i.e. the background is either the median or the mean of the negative
1212 26 Mar 10 jari 20 control spots on the array.
1199 06 Mar 10 jari 21
1212 26 Mar 10 jari 22 The expression of the background probes is optionally saved to a
1212 26 Mar 10 jari 23 file. The default is not to save the expression matrix but this can be
1212 26 Mar 10 jari 24 changed during job configuration.
1199 06 Mar 10 jari 25
1212 26 Mar 10 jari 26
1199 06 Mar 10 jari 27 === Implementation details ===
1199 06 Mar 10 jari 28
1199 06 Mar 10 jari 29 Each assay is treated separately, i.e., no samples are combined
1199 06 Mar 10 jari 30 together. All calculations are made on the current bioassay data
1199 06 Mar 10 jari 31 implying that this plug-in should be used early in analysis and before
1199 06 Mar 10 jari 32 background spots are removed.
1199 06 Mar 10 jari 33
1199 06 Mar 10 jari 34 A spot is considered to be a negative control spot if it has an
1199 06 Mar 10 jari 35 ''External Id'' exactly matching the string ''(-)3xSLv1''.
1199 06 Mar 10 jari 36
1199 06 Mar 10 jari 37
1199 06 Mar 10 jari 38 ----------------------------------------------------------------------
1199 06 Mar 10 jari 39 {{{
1199 06 Mar 10 jari 40 Copyright (C) 2010 Jari Häkkinen
1199 06 Mar 10 jari 41
1199 06 Mar 10 jari 42 This file is part of Illumina plug-in package for BASE.
1199 06 Mar 10 jari 43 Available at http://baseplugins.thep.lu.se/
1199 06 Mar 10 jari 44 BASE main site: http://base.thep.lu.se/
1199 06 Mar 10 jari 45
1199 06 Mar 10 jari 46 This is free software; you can redistribute it and/or modify it under
1199 06 Mar 10 jari 47 the terms of the GNU General Public License as published by the Free
1199 06 Mar 10 jari 48 Software Foundation; either version 3 of the License, or (at your
1199 06 Mar 10 jari 49 option) any later version.
1199 06 Mar 10 jari 50
1199 06 Mar 10 jari 51 The software is distributed in the hope that it will be useful, but
1199 06 Mar 10 jari 52 WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1199 06 Mar 10 jari 53 MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
1199 06 Mar 10 jari 54 General Public License for more details.
1199 06 Mar 10 jari 55
1199 06 Mar 10 jari 56 You should have received a copy of the GNU General Public License
1199 06 Mar 10 jari 57 along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1199 06 Mar 10 jari 58 }}}
1199 06 Mar 10 jari 59 ----------------------------------------------------------------------

Generated on Tue Nov 21 03:42:47 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)