plugins/base2/net.sf.basedb.agilent/trunk/config/Agilent1chFull-plugin-configuration.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1199 06 Mar 10 jari 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
1199 06 Mar 10 jari 2 <!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd"><configfile>
1199 06 Mar 10 jari 3   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.plugins.RawDataFlatFileImporter">
1199 06 Mar 10 jari 4     <configname>Agilent 1 channel raw data import (full format files)</configname>
1199 06 Mar 10 jari 5     <description>Configuration to import raw data from Agilent 'full' format files. Created using a result file from 1 channel assay on 4X44K GE.</description>
1199 06 Mar 10 jari 6     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 7       <name>propertyMapping.gNumSatPix</name>
1199 06 Mar 10 jari 8       <label>G saturated pixels</label>
1199 06 Mar 10 jari 9       <description>Total number of saturated pixels per feature, computed per channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 10       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 11       <value>\gNumSatPix\</value>
1199 06 Mar 10 jari 12     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 13     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 14       <name>ignoreRegexp</name>
1199 06 Mar 10 jari 15       <label>Ignore</label>
1199 06 Mar 10 jari 16       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
1199 06 Mar 10 jari 17       <class />
1199 06 Mar 10 jari 18       <value />
1199 06 Mar 10 jari 19     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 20     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 21       <name>propertyMapping.gSpatialDetrendSurfaceValue</name>
1199 06 Mar 10 jari 22       <label>G surface value</label>
1199 06 Mar 10 jari 23       <description>Value of the smoothed surface derived from the set of features that are part of SpatialDetrendIsInFilteredSet.</description>
1199 06 Mar 10 jari 24       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 25       <value>\gSpatialDetrendSurfaceValue\</value>
1199 06 Mar 10 jari 26     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 27     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 28       <name>decimalSeparator</name>
1199 06 Mar 10 jari 29       <label>Decimal separator</label>
1199 06 Mar 10 jari 30       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
1199 06 Mar 10 jari 31       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 32       <value>dot</value>
1199 06 Mar 10 jari 33     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 34     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 35       <name>blockColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 36       <label>Block</label>
1199 06 Mar 10 jari 37       <description>Mapping that picks the spot's block number from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the COORDINATES method for identifying features. In all other cases, the value is stored as is.For example: \Block\</description>
1199 06 Mar 10 jari 38       <class />
1199 06 Mar 10 jari 39       <value />
1199 06 Mar 10 jari 40     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 41     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 42       <name>propertyMapping.gIsFeatNonUnifOL</name>
1199 06 Mar 10 jari 43       <label>G non-uniform outlier</label>
1199 06 Mar 10 jari 44       <description>Boolean flag indicating if a feature is a NonUniformity Outlier or not. A feature is non-uniform if the pixel noise of feature exceeds a threshold established for a 'uniform' feature. A 1 indicates Feature is a non-uniformity outlier.</description>
1199 06 Mar 10 jari 45       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 46       <value>\gIsFeatNonUnifOL\</value>
1199 06 Mar 10 jari 47     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 48     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 49       <name>trimQuotes</name>
1199 06 Mar 10 jari 50       <label>Remove quotes</label>
1199 06 Mar 10 jari 51       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
1199 06 Mar 10 jari 52       <class>java.lang.Boolean</class>
1199 06 Mar 10 jari 53       <value>true</value>
1199 06 Mar 10 jari 54     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 55     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 56       <name>propertyMapping.gIsWellAboveBG</name>
1199 06 Mar 10 jari 57       <label>G well above bg</label>
1199 06 Mar 10 jari 58       <description>Boolean flag indicating if a feature is well above background or not. A feature must be gIsPosAndSignif and additionally the gBGSubSignal must be greater than 2.6*g(r)BG_SD. A 1 indicates a feature IsWellAboveBG.</description>
1199 06 Mar 10 jari 59       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 60       <value>\gIsWellAboveBG\</value>
1199 06 Mar 10 jari 61     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 62     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 63       <name>propertyMapping.gSurrogateUsed</name>
1199 06 Mar 10 jari 64       <label>G surrogate used</label>
1199 06 Mar 10 jari 65       <description>The green surrogate value used.</description>
1199 06 Mar 10 jari 66       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 67       <value>\gSurrogateUsed\</value>
1199 06 Mar 10 jari 68     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 69     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 70       <name>dataHeaderRegexp</name>
1199 06 Mar 10 jari 71       <label>Data header</label>
1199 06 Mar 10 jari 72       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
1199 06 Mar 10 jari 73       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 74       <value>FEATURES\tFeatureNum\tRow\tCol.*\tgSurrogateUsed.*\tgProcessedSignal\tgProcessedSigError.*</value>
1199 06 Mar 10 jari 75     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 76     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 77       <name>propertyMapping.gIsBGPopnOL</name>
1199 06 Mar 10 jari 78       <label>G bg population outlier</label>
1199 06 Mar 10 jari 79       <description>Boolean flag indicating if a background is a Population Outlier or not. Probes with replicate features on a microarray are examined using population statistics. A feature is a population outlier if its signal is less than a lower threshold or exceeds an upper threshold determined using the interquartile range (i.e. IQR) of the population. A 1 indicates background is a population outlier.</description>
1199 06 Mar 10 jari 80       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 81       <value>\gIsBGPopnOL\</value>
1199 06 Mar 10 jari 82     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 83     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 84       <name>positionColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 85       <label>Position</label>
1199 06 Mar 10 jari 86       <description>Mapping that picks the spot's position from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the POSITION method for identifying features. If the raw data is not connected to an array design position values will automatically be generated if no mapping has been specified. In allcases, position value must be unique.Mapping example: \Position\</description>
1199 06 Mar 10 jari 87       <class />
1199 06 Mar 10 jari 88       <value />
1199 06 Mar 10 jari 89     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 90     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 91       <name>charset</name>
1199 06 Mar 10 jari 92       <label>Character set</label>
1199 06 Mar 10 jari 93       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
1199 06 Mar 10 jari 94       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 95       <value>ISO-8859-1</value>
1199 06 Mar 10 jari 96     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 97     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 98       <name>featureIdColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 99       <label>Feature ID</label>
1199 06 Mar 10 jari 100       <description>Mapping that picks the spot's feature ID from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the FEATURE_ID method for identifying features. The value is not saved to the database.For example: \Feature ID\</description>
1199 06 Mar 10 jari 101       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 102       <value>\FeatureNum\</value>
1199 06 Mar 10 jari 103     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 104     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 105       <name>rawDataType</name>
1199 06 Mar 10 jari 106       <label>Raw data type</label>
1199 06 Mar 10 jari 107       <description>The type of raw data that this importer will import.</description>
1199 06 Mar 10 jari 108       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 109       <value>agilent1ch</value>
1199 06 Mar 10 jari 110     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 111     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 112       <name>dataSplitterRegexp</name>
1199 06 Mar 10 jari 113       <label>Data splitter</label>
1199 06 Mar 10 jari 114       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
1199 06 Mar 10 jari 115       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 116       <value>\t</value>
1199 06 Mar 10 jari 117     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 118     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 119       <name>propertyMapping.IsManualFlag</name>
1199 06 Mar 10 jari 120       <label>Manual flag</label>
1199 06 Mar 10 jari 121       <description>If a feature has been moved manually this flag will be set to 1.</description>
1199 06 Mar 10 jari 122       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 123       <value>\IsManualFlag\</value>
1199 06 Mar 10 jari 124     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 125     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 126       <name>propertyMapping.gSpatialDetrendIsInFilteredSet</name>
1199 06 Mar 10 jari 127       <label>G spatial trend</label>
1199 06 Mar 10 jari 128       <description>Set to true for a given feature if it is part of the filtered set used to fit the surface measuring the spatial trend across the microarray. This feature is considered part of the locally weighted x% of the features.</description>
1199 06 Mar 10 jari 129       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 130       <value>\gSpatialDetrendIsInFilteredSet\</value>
1199 06 Mar 10 jari 131     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 132     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 133       <name>minDataColumns</name>
1199 06 Mar 10 jari 134       <label>Min data columns</label>
1199 06 Mar 10 jari 135       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
1199 06 Mar 10 jari 136       <class />
1199 06 Mar 10 jari 137       <value />
1199 06 Mar 10 jari 138     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 139     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 140       <name>propertyMapping.ErrorModel</name>
1199 06 Mar 10 jari 141       <label>Error model</label>
1199 06 Mar 10 jari 142       <description>ErrorModel Indicates the error model that the user chose for feature extraction. A 0 indicates use of the Propogated Error Model. A 1 indicates use of the Universal Error Model.</description>
1199 06 Mar 10 jari 143       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 144       <value>\ErrorModel\</value>
1199 06 Mar 10 jari 145     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 146     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 147       <name>dataFooterRegexp</name>
1199 06 Mar 10 jari 148       <label>Data footer</label>
1199 06 Mar 10 jari 149       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
1199 06 Mar 10 jari 150       <class />
1199 06 Mar 10 jari 151       <value />
1199 06 Mar 10 jari 152     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 153     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 154       <name>propertyMapping.gNumBGUsed</name>
1199 06 Mar 10 jari 155       <label>G background pixels</label>
1199 06 Mar 10 jari 156       <description>A count of the number of background pixels used in the green channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 157       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 158       <value>\gBGNumPix\</value>
1199 06 Mar 10 jari 159     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 160     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 161       <name>propertyMapping.gBGPixSDev</name>
1199 06 Mar 10 jari 162       <label>G background pixel SDev</label>
1199 06 Mar 10 jari 163       <description>Standard deviation of  all inlier pixels per Local BG of each feature, computed independently in each channelStandard deviation of  all inlier pixels per Local BG of each feature, computed independently in each channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 164       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 165       <value>\gBGPixSDev\</value>
1199 06 Mar 10 jari 166     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 167     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 168       <name>propertyMapping.gIsBGNonUnifOL</name>
1199 06 Mar 10 jari 169       <label>G bg non-uniform outlier</label>
1199 06 Mar 10 jari 170       <description>Boolean flag indicating if a background is a NonUniformity Outlier or not. A feature is non-uniform if the pixel noise of feature exceeds a threshold established for a 'uniform' feature. A 1 indicates Feature is a non-uniformity outlier.</description>
1199 06 Mar 10 jari 171       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 172       <value>\gIsBGNonUnifOL\</value>
1199 06 Mar 10 jari 173     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 174     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 175       <name>yColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 176       <label>Y</label>
1199 06 Mar 10 jari 177       <description>Mapping that picks the spot's physical Y coordinate from the data columns. For example: \Y\</description>
1199 06 Mar 10 jari 178       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 179       <value>\PositionY\</value>
1199 06 Mar 10 jari 180     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 181     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 182       <name>propertyMapping.gBGNumPix</name>
1199 06 Mar 10 jari 183       <label>G background pixels</label>
1199 06 Mar 10 jari 184       <description>Total number of pixels used to compute Local BG statistics per spot; ie. Total number of BG inlier pixels. This number is computed independently in each channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 185       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 186       <value>\gBGNumPix\</value>
1199 06 Mar 10 jari 187     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 188     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 189       <name>propertyMapping.gIsSaturated</name>
1199 06 Mar 10 jari 190       <label>G is saturated</label>
1199 06 Mar 10 jari 191       <description>Boolean flag indicating if a feature is saturated or not. A feature is saturated if 50% of the pixels in a feature are above the saturation threshold. A value of 1 means saturated.</description>
1199 06 Mar 10 jari 192       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 193       <value>\gIsSaturated\</value>
1199 06 Mar 10 jari 194     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 195     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 196       <name>propertyMapping.gMedianSignal</name>
1199 06 Mar 10 jari 197       <label>G median signal</label>
1199 06 Mar 10 jari 198       <description>Raw median signal of feature in green channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 199       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 200       <value>\gMedianSignal\</value>
1199 06 Mar 10 jari 201     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 202     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 203       <name>metaGridXColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 204       <label>MetaGridX</label>
1199 06 Mar 10 jari 205       <description>Mapping that picks the spot's meta-Grid X-axis from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the COORDINATES method for identifying features. In all other cases, the value is stored as is.For example: \Meta grid X\</description>
1199 06 Mar 10 jari 206       <class />
1199 06 Mar 10 jari 207       <value />
1199 06 Mar 10 jari 208     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 209     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 210       <name>propertyMapping.gPixSDev</name>
1199 06 Mar 10 jari 211       <label>G pixel SDev</label>
1199 06 Mar 10 jari 212       <description>Standard deviation of all inlier pixels per feature; this is computed independently in each channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 213       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 214       <value>\gPixSDev\</value>
1199 06 Mar 10 jari 215     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 216     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 217       <name>maxDataColumns</name>
1199 06 Mar 10 jari 218       <label>Max data columns</label>
1199 06 Mar 10 jari 219       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
1199 06 Mar 10 jari 220       <class />
1199 06 Mar 10 jari 221       <value />
1199 06 Mar 10 jari 222     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 223     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 224       <name>propertyMapping.gBGUsed</name>
1199 06 Mar 10 jari 225       <label>G bg used</label>
1199 06 Mar 10 jari 226       <description>Background value subtracted from the raw mean signal to generate the BG subtracted signal; this value is computed per channel. If global BG subtraction is used the column is identical for every feature in a given channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 227       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 228       <value>\gBGUsed\</value>
1199 06 Mar 10 jari 229     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 230     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 231       <name>propertyMapping.gIsFound</name>
1199 06 Mar 10 jari 232       <label>G is found</label>
1199 06 Mar 10 jari 233       <description>A boolean used to flag found (strong) features. The flag is applied independently in each channel. A feature is considered found if the found spot centroid is within the bounds of the spot deviation limit with respect to corresponding nominal centroid. NOTE: IsFound was previously termed IsStrong.</description>
1199 06 Mar 10 jari 234       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 235       <value>\gIsFound\</value>
1199 06 Mar 10 jari 236     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 237     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 238       <name>metaGridYColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 239       <label>MetaGridY</label>
1199 06 Mar 10 jari 240       <description>Mapping that picks the spot's meta-Grid Y-axis from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the COORDINATES method for identifying features. In all other cases, the value is stored as is.For example: \Meta grid Y\</description>
1199 06 Mar 10 jari 241       <class />
1199 06 Mar 10 jari 242       <value />
1199 06 Mar 10 jari 243     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 244     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 245       <name>headerRegexp</name>
1199 06 Mar 10 jari 246       <label>Header</label>
1199 06 Mar 10 jari 247       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
1199 06 Mar 10 jari 248       <class />
1199 06 Mar 10 jari 249       <value />
1199 06 Mar 10 jari 250     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 251     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 252       <name>propertyMapping.gMeanSignal</name>
1199 06 Mar 10 jari 253       <label>G mean signal</label>
1199 06 Mar 10 jari 254       <description>Raw mean signal of feature in green channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 255       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 256       <value>\gMeanSignal\</value>
1199 06 Mar 10 jari 257     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 258     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 259       <name>complexExpressions</name>
1199 06 Mar 10 jari 260       <label>Complex column mappings</label>
1199 06 Mar 10 jari 261       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
1199 06 Mar 10 jari 262 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
1199 06 Mar 10 jari 263       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 264       <value>disallow</value>
1199 06 Mar 10 jari 265     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 266     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 267       <name>propertyMapping.gProcessedSignal</name>
1199 06 Mar 10 jari 268       <label>G processed signal</label>
1199 06 Mar 10 jari 269       <description>The propagated feature signal, per channel, used for computation of log ratio.</description>
1199 06 Mar 10 jari 270       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 271       <value>\gProcessedSignal\</value>
1199 06 Mar 10 jari 272     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 273     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 274       <name>columnColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 275       <label>Column</label>
1199 06 Mar 10 jari 276       <description>Mapping that picks the spot's column coordinate from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the COORDINATES method for identifying features. In all other cases, the value is stored as is.For example: \Column\</description>
1199 06 Mar 10 jari 277       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 278       <value>\Col\</value>
1199 06 Mar 10 jari 279     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 280     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 281       <name>propertyMapping.gIsPosAndSignif</name>
1199 06 Mar 10 jari 282       <label>G &gt; 0 and significant</label>
1199 06 Mar 10 jari 283       <description>Boolean flag indicating if the mean signal of a feature is greater than the corresponding background and if this difference is significant. Significance is established via a 2-sided t-test against the user-settable maximum p-value. A 1 indicates Feature is positive and significant above background.</description>
1199 06 Mar 10 jari 284       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 285       <value>\gIsPosAndSignif\</value>
1199 06 Mar 10 jari 286     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 287     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 288       <name>reporterIdColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 289       <label>Reporter ID</label>
1199 06 Mar 10 jari 290       <description>Mapping that picks the 'External ID' of the spot's reporter from the data columns. For example: \ID\</description>
1199 06 Mar 10 jari 291       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 292       <value>\ProbeName\</value>
1199 06 Mar 10 jari 293     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 294     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 295       <name>propertyMapping.gPValFeatEqBG</name>
1199 06 Mar 10 jari 296       <label>G p-value</label>
1199 06 Mar 10 jari 297       <description>P-value from t-test of significance between green Mean signal and green background.</description>
1199 06 Mar 10 jari 298       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 299       <value>\gPValFeatEqBG\</value>
1199 06 Mar 10 jari 300     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 301     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 302       <name>propertyMapping.gNumPix</name>
1199 06 Mar 10 jari 303       <label>G pixels</label>
1199 06 Mar 10 jari 304       <description>Total number of pixels used to compute feature statistics; ie. total number of inlier pixels/per spot, computed independently in each channel. The number of inlier pixels are the same in both channels.</description>
1199 06 Mar 10 jari 305       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 306       <value>\gNumPix\</value>
1199 06 Mar 10 jari 307     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 308     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 309       <name>propertyMapping.gBGMedianSignal</name>
1199 06 Mar 10 jari 310       <label>G median background</label>
1199 06 Mar 10 jari 311       <description>Median local background signal (local to corresponding feature) computed per channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 312       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 313       <value>\gBGMedianSignal\</value>
1199 06 Mar 10 jari 314     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 315     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 316       <name>propertyMapping.gNumPixOLHi</name>
1199 06 Mar 10 jari 317       <label>G high outlier pixels</label>
1199 06 Mar 10 jari 318       <description>Number of outlier pixels per feature with intensity &gt; upper threshold set via the pixel outlier rejection method. The number is computed independently in each channel. These pixels are omitted from all subsequent calculations.</description>
1199 06 Mar 10 jari 319       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 320       <value>\gNumPixOLHi\</value>
1199 06 Mar 10 jari 321     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 322     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 323       <name>propertyMapping.gIsFeatPopnOL</name>
1199 06 Mar 10 jari 324       <label>G population outlier</label>
1199 06 Mar 10 jari 325       <description>Boolean flag indicating if a feature is a Population Outlier or not. Probes with replicate features on a microarray are examined using population statistics. A feature is a population outlier if its signal is less than a lower threshold or exceeds an upper threshold determined using the interquartile range (i.e. IQR) of the population. A 1 indicates Feature is a population outlier.</description>
1199 06 Mar 10 jari 326       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 327       <value>\gIsFeatPopnOL\</value>
1199 06 Mar 10 jari 328     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 329     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 330       <name>propertyMapping.gBGMeanSignal</name>
1199 06 Mar 10 jari 331       <label>G mean background</label>
1199 06 Mar 10 jari 332       <description>Mean local background signal (local to corresponding feature) computed per channel.</description>
1199 06 Mar 10 jari 333       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 334       <value>\gBGMeanSignal\</value>
1199 06 Mar 10 jari 335     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 336     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 337       <name>propertyMapping.gBGSubSignal</name>
1199 06 Mar 10 jari 338       <label>G net signal</label>
1199 06 Mar 10 jari 339       <description>The net green signal following the subtraction of the background from the raw mean green signal.</description>
1199 06 Mar 10 jari 340       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 341       <value>\gNetSignal\</value>
1199 06 Mar 10 jari 342     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 343     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 344       <name>rowColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 345       <label>Row</label>
1199 06 Mar 10 jari 346       <description>Mapping that picks the spot's row coordinate from the data columns. This column is only used when the raw data is connected to an array design which uses the COORDINATES method for identifying features. In all other cases, the value is stored as is.For example: \Row\</description>
1199 06 Mar 10 jari 347       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 348       <value>\Row\</value>
1199 06 Mar 10 jari 349     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 350     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 351       <name>propertyMapping.gNumPixOLLo</name>
1199 06 Mar 10 jari 352       <label>G low outlier pixels</label>
1199 06 Mar 10 jari 353       <description>Number of outlier pixels per feature with intensity &lt; lower threshold set via the pixel outlier rejection method. The number is computed independently in each channel. NOTE: The pixel outlier method is the ONLY step that removes data in Feature Extraction.</description>
1199 06 Mar 10 jari 354       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 355       <value>\gNumPixOLLo\</value>
1199 06 Mar 10 jari 356     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 357     <parameter>
1199 06 Mar 10 jari 358       <name>xColumnMapping</name>
1199 06 Mar 10 jari 359       <label>X</label>
1199 06 Mar 10 jari 360       <description>Mapping that picks the spot's physical X coordinate from the data columns. For example: \X\</description>
1199 06 Mar 10 jari 361       <class>java.lang.String</class>
1199 06 Mar 10 jari 362       <value>\PositionX\</value>
1199 06 Mar 10 jari 363     </parameter>
1199 06 Mar 10 jari 364   </configuration>
1199 06 Mar 10 jari 365 </configfile>

Generated on Tue Nov 21 03:42:41 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)