plugins/base2/net.sf.basedb.agilent/trunk/config/agilent-raw-data-types.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1199 06 Mar 10 jari 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
1199 06 Mar 10 jari 2 <!DOCTYPE raw-data-types SYSTEM "raw-data-types.dtd" >
1199 06 Mar 10 jari 3 <!--
1199 06 Mar 10 jari 4   $Id$
1199 06 Mar 10 jari 5
1199 06 Mar 10 jari 6   Copyright (C) 2010 Jari H√§kkinen
1199 06 Mar 10 jari 7
1199 06 Mar 10 jari 8   This file is part of the Agilent plug-in package for BASE
1199 06 Mar 10 jari 9   (net.sf.based.agilent).
1199 06 Mar 10 jari 10   The package is available at http://baseplugins.thep.lu.se/
1199 06 Mar 10 jari 11   BASE main site is http://base.thep.lu.se/
1199 06 Mar 10 jari 12
1199 06 Mar 10 jari 13   This is free software; you can redistribute it and/or modify it
1199 06 Mar 10 jari 14   under the terms of the GNU General Public License as published by
1199 06 Mar 10 jari 15   the Free Software Foundation; either version 3 of the License, or
1199 06 Mar 10 jari 16   (at your option) any later version.
1199 06 Mar 10 jari 17
1199 06 Mar 10 jari 18   The software is distributed in the hope that it will be useful, but
1199 06 Mar 10 jari 19   WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1199 06 Mar 10 jari 20   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
1199 06 Mar 10 jari 21   General Public License for more details.
1199 06 Mar 10 jari 22
1199 06 Mar 10 jari 23   You should have received a copy of the GNU General Public License
1199 06 Mar 10 jari 24   along with this program. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
1199 06 Mar 10 jari 25 -->
1199 06 Mar 10 jari 26
1199 06 Mar 10 jari 27 <raw-data-types>
1199 06 Mar 10 jari 28
1199 06 Mar 10 jari 29   <raw-data-type
1199 06 Mar 10 jari 30     id="agilent1ch"
1199 06 Mar 10 jari 31     channels="1"
1199 06 Mar 10 jari 32     name="AgilentGE1ch"
1199 06 Mar 10 jari 33     table="RawDataAgilent1ch"
1199 06 Mar 10 jari 34     >
1199 06 Mar 10 jari 35     <property
1199 06 Mar 10 jari 36       name="gSurrogateUsed"
1199 06 Mar 10 jari 37       title="G surrogate used"
1199 06 Mar 10 jari 38       description="The green surrogate value used."
1199 06 Mar 10 jari 39       column="g_surrogate_used"
1199 06 Mar 10 jari 40       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 41       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 42       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 43     />
1199 06 Mar 10 jari 44     <property
1199 06 Mar 10 jari 45       name="gIsFound"
1199 06 Mar 10 jari 46       title="G is found"
1199 06 Mar 10 jari 47       description="A boolean used to flag found (strong) features. The flag is applied independently in each channel. A feature is considered found if the found spot centroid is within the bounds of the spot deviation limit with respect to corresponding nominal centroid. NOTE: IsFound was previously termed IsStrong."
1199 06 Mar 10 jari 48       column="g_is_found"
1199 06 Mar 10 jari 49       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 50       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 51       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 52     />
1199 06 Mar 10 jari 53     <property
1199 06 Mar 10 jari 54       name="gProcessedSignal"
1199 06 Mar 10 jari 55       title="G processed signal"
1199 06 Mar 10 jari 56       description="The propagated feature signal, per channel, used for computation of log ratio."
1199 06 Mar 10 jari 57       column="g_processed_signal"
1199 06 Mar 10 jari 58       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 59       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 60       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 61     />
1199 06 Mar 10 jari 62     <property
1199 06 Mar 10 jari 63       name="gNumPixOLHi"
1199 06 Mar 10 jari 64       title="G high outlier pixels"
1199 06 Mar 10 jari 65       description="Number of outlier pixels per feature with intensity &gt; upper threshold set via the pixel outlier rejection method. The number is computed independently in each channel. These pixels are omitted from all subsequent calculations."
1199 06 Mar 10 jari 66       column="g_high_outlier_pixels"
1199 06 Mar 10 jari 67       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 68       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 69       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 70     />
1199 06 Mar 10 jari 71     <property
1199 06 Mar 10 jari 72       name="gNumPixOLLo"
1199 06 Mar 10 jari 73       title="G low outlier pixels"
1199 06 Mar 10 jari 74       description="Number of outlier pixels per feature with intensity &lt; lower threshold set via the pixel outlier rejection method. The number is computed independently in each channel. NOTE: The pixel outlier method is the ONLY step that removes data in Feature Extraction."
1199 06 Mar 10 jari 75       column="g_low_outlier_pixels"
1199 06 Mar 10 jari 76       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 77       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 78       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 79     />
1199 06 Mar 10 jari 80     <property
1199 06 Mar 10 jari 81       name="gNumPix"
1199 06 Mar 10 jari 82       title="G pixels"
1199 06 Mar 10 jari 83       description="Total number of pixels used to compute feature statistics; ie. total number of inlier pixels/per spot, computed independently in each channel. The number of inlier pixels are the same in both channels."
1199 06 Mar 10 jari 84       column="g_pixels"
1199 06 Mar 10 jari 85       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 86       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 87       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 88     />
1199 06 Mar 10 jari 89     <property
1199 06 Mar 10 jari 90       name="gMeanSignal"
1199 06 Mar 10 jari 91       title="G mean signal"
1199 06 Mar 10 jari 92       description="Raw mean signal of feature in green channel."
1199 06 Mar 10 jari 93       column="g_mean_signal"
1199 06 Mar 10 jari 94       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 95       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 96       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 97     />
1199 06 Mar 10 jari 98     <property
1199 06 Mar 10 jari 99       name="gMedianSignal"
1199 06 Mar 10 jari 100       title="G median signal"
1199 06 Mar 10 jari 101       description="Raw median signal of feature in green channel."
1199 06 Mar 10 jari 102       column="g_median_signal"
1199 06 Mar 10 jari 103       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 104       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 105       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 106     />
1199 06 Mar 10 jari 107     <property
1199 06 Mar 10 jari 108       name="gBGNumPix"
1199 06 Mar 10 jari 109       title="G background pixels"
1199 06 Mar 10 jari 110       description="Total number of pixels used to compute Local BG statistics per spot; ie. Total number of BG inlier pixels. This number is computed independently in each channel."
1199 06 Mar 10 jari 111       column="g_bg_pixels"
1199 06 Mar 10 jari 112       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 113       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 114       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 115     />
1199 06 Mar 10 jari 116     <property
1199 06 Mar 10 jari 117       name="gBGMeanSignal"
1199 06 Mar 10 jari 118       title="G mean background"
1199 06 Mar 10 jari 119       description="Mean local background signal (local to corresponding feature) computed per channel."
1199 06 Mar 10 jari 120       column="g_bg_mean_signal"
1199 06 Mar 10 jari 121       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 122       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 123       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 124     />
1199 06 Mar 10 jari 125     <property
1199 06 Mar 10 jari 126       name="gBGMedianSignal"
1199 06 Mar 10 jari 127       title="G median background"
1199 06 Mar 10 jari 128       description="Median local background signal (local to corresponding feature) computed per channel."
1199 06 Mar 10 jari 129       column="g_bg_median_signal"
1199 06 Mar 10 jari 130       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 131       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 132       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 133     />
1199 06 Mar 10 jari 134     <property
1199 06 Mar 10 jari 135       name="gNumSatPix"
1199 06 Mar 10 jari 136       title="G saturated pixels"
1199 06 Mar 10 jari 137       description="Total number of saturated pixels per feature, computed per channel."
1199 06 Mar 10 jari 138       column="g_sat_pixels"
1199 06 Mar 10 jari 139       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 140       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 141       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 142     />
1199 06 Mar 10 jari 143     <property
1199 06 Mar 10 jari 144       name="gIsSaturated"
1199 06 Mar 10 jari 145       title="G is saturated"
1199 06 Mar 10 jari 146       description="Boolean flag indicating if a feature is saturated or not. A feature is saturated if 50% of the pixels in a feature are above the saturation threshold. A value of 1 means saturated."
1199 06 Mar 10 jari 147       column="g_is_saturated"
1199 06 Mar 10 jari 148       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 149       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 150       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 151     />
1199 06 Mar 10 jari 152     <property
1199 06 Mar 10 jari 153       name="gIsFeatNonUnifOL"
1199 06 Mar 10 jari 154       title="G non-uniform outlier"
1199 06 Mar 10 jari 155       description="Boolean flag indicating if a feature is a NonUniformity Outlier or not. A feature is non-uniform if the pixel noise of feature exceeds a threshold established for a 'uniform' feature. A 1 indicates Feature is a non-uniformity outlier."
1199 06 Mar 10 jari 156       column="g_nonuniform_outlier"
1199 06 Mar 10 jari 157       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 158       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 159       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 160     />
1199 06 Mar 10 jari 161     <property
1199 06 Mar 10 jari 162       name="gIsBGNonUnifOL"
1199 06 Mar 10 jari 163       title="G bg non-uniform outlier"
1199 06 Mar 10 jari 164       description="Boolean flag indicating if a background is a NonUniformity Outlier or not. A feature is non-uniform if the pixel noise of feature exceeds a threshold established for a 'uniform' feature. A 1 indicates Feature is a non-uniformity outlier."
1199 06 Mar 10 jari 165       column="g_bg_nonuniform_outlier"
1199 06 Mar 10 jari 166       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 167       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 168     />
1199 06 Mar 10 jari 169     <property
1199 06 Mar 10 jari 170       name="gIsFeatPopnOL"
1199 06 Mar 10 jari 171       title="G population outlier"
1199 06 Mar 10 jari 172       description="Boolean flag indicating if a feature is a Population Outlier or not. Probes with replicate features on a microarray are examined using population statistics. A feature is a population outlier if its signal is less than a lower threshold or exceeds an upper threshold determined using the interquartile range (i.e. IQR) of the population. A 1 indicates Feature is a population outlier."
1199 06 Mar 10 jari 173       column="g_population_outlier"
1199 06 Mar 10 jari 174       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 175       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 176     />
1199 06 Mar 10 jari 177     <property
1199 06 Mar 10 jari 178       name="gIsBGPopnOL"
1199 06 Mar 10 jari 179       title="G bg population outlier"
1199 06 Mar 10 jari 180       description="Boolean flag indicating if a background is a Population Outlier or not. Probes with replicate features on a microarray are examined using population statistics. A feature is a population outlier if its signal is less than a lower threshold or exceeds an upper threshold determined using the interquartile range (i.e. IQR) of the population. A 1 indicates background is a population outlier."
1199 06 Mar 10 jari 181       column="g_bg_population_outlier"
1199 06 Mar 10 jari 182       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 183       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 184       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 185     />
1199 06 Mar 10 jari 186     <property
1199 06 Mar 10 jari 187       name="IsManualFlag"
1199 06 Mar 10 jari 188       title="Manual flag"
1199 06 Mar 10 jari 189       description="If a feature has been moved manually this flag will be set to 1."
1199 06 Mar 10 jari 190       column="manual_flag"
1199 06 Mar 10 jari 191       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 192       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 193     />
1199 06 Mar 10 jari 194     <property
1199 06 Mar 10 jari 195       name="gBGSubSignal"
1199 06 Mar 10 jari 196       title="G net signal"
1199 06 Mar 10 jari 197       description="The net green signal following the subtraction of the background from the raw mean green signal."
1199 06 Mar 10 jari 198       column="g_net_signal"
1199 06 Mar 10 jari 199       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 200       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 201     />
1199 06 Mar 10 jari 202     <property
1199 06 Mar 10 jari 203       name="gIsPosAndSignif"
1199 06 Mar 10 jari 204       title="G > 0 and significant"
1199 06 Mar 10 jari 205       description="Boolean flag indicating if the mean signal of a feature is greater than the corresponding background and if this difference is significant. Significance is established via a 2-sided t-test against the user-settable maximum p-value. A 1 indicates Feature is positive and significant above background."
1199 06 Mar 10 jari 206       column="g_significant"
1199 06 Mar 10 jari 207       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 208       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 209       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 210     />
1199 06 Mar 10 jari 211     <property
1199 06 Mar 10 jari 212       name="gPValFeatEqBG"
1199 06 Mar 10 jari 213       title="G p-value"
1199 06 Mar 10 jari 214       description="P-value from t-test of significance between green Mean signal and green background."
1199 06 Mar 10 jari 215       column="g_pvalue"
1199 06 Mar 10 jari 216       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 217       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 218       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 219     />
1199 06 Mar 10 jari 220     <property
1199 06 Mar 10 jari 221       name="gNumBGUsed"
1199 06 Mar 10 jari 222       title="G background pixels"
1199 06 Mar 10 jari 223       description="A count of the number of background pixels used in the green channel."
1199 06 Mar 10 jari 224       column="g_numbg_used"
1199 06 Mar 10 jari 225       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 226       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 227       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 228     />
1199 06 Mar 10 jari 229     <property
1199 06 Mar 10 jari 230       name="gIsWellAboveBG"
1199 06 Mar 10 jari 231       title="G well above bg"
1199 06 Mar 10 jari 232       description="Boolean flag indicating if a feature is well above background or not. A feature must be gIsPosAndSignif and additionally the gBGSubSignal must be greater than 2.6*g(r)BG_SD. A 1 indicates a feature IsWellAboveBG."
1199 06 Mar 10 jari 233       column="g_above_bg"
1199 06 Mar 10 jari 234       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 235       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 236       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 237     />
1199 06 Mar 10 jari 238     <property
1199 06 Mar 10 jari 239       name="gBGUsed"
1199 06 Mar 10 jari 240       title="G bg used"
1199 06 Mar 10 jari 241       description="Background value subtracted from the raw mean signal to generate the BG subtracted signal; this value is computed per channel. If global BG subtraction is used the column is identical for every feature in a given channel."
1199 06 Mar 10 jari 242       column="g_bg_used"
1199 06 Mar 10 jari 243       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 244       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 245       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 246     />
1199 06 Mar 10 jari 247     <property
1199 06 Mar 10 jari 248       name="ErrorModel"
1199 06 Mar 10 jari 249       title="Error model"
1199 06 Mar 10 jari 250       description="ErrorModel Indicates the error model that the user chose for feature extraction. A 0 indicates use of the Propogated Error Model. A 1 indicates use of the Universal Error Model."
1199 06 Mar 10 jari 251       column="error_model"
1199 06 Mar 10 jari 252       type="int"
1199 06 Mar 10 jari 253       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 254     />
1199 06 Mar 10 jari 255     <property
1199 06 Mar 10 jari 256       name="gSpatialDetrendIsInFilteredSet"
1199 06 Mar 10 jari 257       title="G spatial trend"
1199 06 Mar 10 jari 258       description="Set to true for a given feature if it is part of the filtered set used to fit the surface measuring the spatial trend across the microarray. This feature is considered part of the locally weighted x% of the features."
1199 06 Mar 10 jari 259       column="g_spatial_trend"
1199 06 Mar 10 jari 260       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 261       type="boolean"
1199 06 Mar 10 jari 262       averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 263     />
1199 06 Mar 10 jari 264     <property
1199 06 Mar 10 jari 265       name="gSpatialDetrendSurfaceValue"
1199 06 Mar 10 jari 266       title="G surface value"
1199 06 Mar 10 jari 267       description="Value of the smoothed surface derived from the set of features that are part of SpatialDetrendIsInFilteredSet."
1199 06 Mar 10 jari 268       column="g_surface_value"
1199 06 Mar 10 jari 269       channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 270       type="float"
1199 06 Mar 10 jari 271       averagemethod="arithmetic_mean"
1199 06 Mar 10 jari 272     />
1199 06 Mar 10 jari 273     <property
1199 06 Mar 10 jari 274        name="gPixSDev"
1199 06 Mar 10 jari 275        title="G pixel SDev"
1199 06 Mar 10 jari 276        description="Standard deviation of all inlier pixels per feature; this is computed independently in each channel."
1199 06 Mar 10 jari 277        column="gPixSDev"
1199 06 Mar 10 jari 278        type="float"
1199 06 Mar 10 jari 279        averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 280      />
1199 06 Mar 10 jari 281     <property
1199 06 Mar 10 jari 282        name="gBGPixSDev"
1199 06 Mar 10 jari 283        title="G background pixel SDev"
1199 06 Mar 10 jari 284        description="Standard deviation of all inlier pixels per Local BG of each feature, computed independently in each channelStandard deviation of all inlier pixels per Local BG of each feature, computed independently in each channel."
1199 06 Mar 10 jari 285        column="gBGPixSDev"
1199 06 Mar 10 jari 286        type="float"
1199 06 Mar 10 jari 287        averagemethod="none"
1199 06 Mar 10 jari 288     />
1199 06 Mar 10 jari 289     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 290       name="mean"
1199 06 Mar 10 jari 291       title="Mean FG - Mean BG"
1199 06 Mar 10 jari 292       description="Subtract mean background from mean foreground"
1199 06 Mar 10 jari 293       >
1199 06 Mar 10 jari 294       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 295                expression="raw('gMeanSignal') - raw('gBGMeanSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 296     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 297     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 298       name="median"
1199 06 Mar 10 jari 299       title="Median FG - Median BG"
1199 06 Mar 10 jari 300       description="Subtract meadian background from median foreground"
1199 06 Mar 10 jari 301       >
1199 06 Mar 10 jari 302       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 303                expression="raw('gMedianSignal') - raw('gBGMedianSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 304     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 305     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 306       name="medianmean"
1199 06 Mar 10 jari 307       title="Median FG - Mean BG"
1199 06 Mar 10 jari 308       description="Subtract mean background from median foreground"
1199 06 Mar 10 jari 309       >
1199 06 Mar 10 jari 310       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 311                expression="raw('gMedianSignal') - raw('gBGMeanSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 312     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 313     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 314       name="meanmedian"
1199 06 Mar 10 jari 315       title="Mean FG - Median BG"
1199 06 Mar 10 jari 316       description="Subtract median background from mean foreground"
1199 06 Mar 10 jari 317       >
1199 06 Mar 10 jari 318       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 319                expression="raw('gMeanSignal') - raw('gBGMedianSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 320     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 321     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 322       name="meanfg"
1199 06 Mar 10 jari 323       title="Mean FG"
1199 06 Mar 10 jari 324       description="Mean foreground"
1199 06 Mar 10 jari 325       >
1199 06 Mar 10 jari 326       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 327                expression="raw('gMeanSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 328     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 329     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 330       name="medianfg"
1199 06 Mar 10 jari 331       title="Median FG"
1199 06 Mar 10 jari 332       description="Median foreground"
1199 06 Mar 10 jari 333       >
1199 06 Mar 10 jari 334       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 335                expression="raw('gMedianSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 336     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 337     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 338       name="medianfgmeanmedianbg"
1199 06 Mar 10 jari 339       title="Median FG - Mean(Median BG)"
1199 06 Mar 10 jari 340       description="Subtract mean of median backgrounds from median foreground"
1199 06 Mar 10 jari 341       >
1199 06 Mar 10 jari 342       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 343                expression="raw('gMedianSignal') - mean('gBGMedianSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 344     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 345     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 346       name="meanfgmeanmeanbg"
1199 06 Mar 10 jari 347       title="Mean FG - Mean(Mean BG)"
1199 06 Mar 10 jari 348       description="Subtract mean of mean backgrounds from mean foreground"
1199 06 Mar 10 jari 349       >
1199 06 Mar 10 jari 350       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 351                expression="raw('gMeanSignal') - mean('gBGMeanSignal')"  />
1199 06 Mar 10 jari 352     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 353     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 354       name="medianfgmeanmeanbg"
1199 06 Mar 10 jari 355       title="Median FG - Mean(Mean BG)"
1199 06 Mar 10 jari 356       description="Subtract mean of mean backgrounds from median foreground"
1199 06 Mar 10 jari 357       >
1199 06 Mar 10 jari 358       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 359         expression="raw('gMedianSignal') - mean('gBGMeanSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 360     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 361     <intensity-formula
1199 06 Mar 10 jari 362       name="meanfgmeanmedianbg"
1199 06 Mar 10 jari 363       title="Mean FG - Mean(Median BG)"
1199 06 Mar 10 jari 364       description="Subtract mean of median backgrounds from mean foreground"
1199 06 Mar 10 jari 365       >
1199 06 Mar 10 jari 366       <formula channel="1"
1199 06 Mar 10 jari 367                expression="raw('gMeanSignal') - mean('gBGMedianSignal')" />
1199 06 Mar 10 jari 368     </intensity-formula>
1199 06 Mar 10 jari 369   </raw-data-type>
1199 06 Mar 10 jari 370
1199 06 Mar 10 jari 371 </raw-data-types>