plugins/base2/net.sf.basedb.illumina/trunk/META-INF/plugin-configurations.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
546 18 Jan 08 nicklas 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
559 29 Jan 08 nicklas 2 <!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd"><configfile>
559 29 Jan 08 nicklas 3   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.illumina.plugins.BgxReporterImporter">
575 07 Feb 08 martin 4     <configname>Illumina default reporter import</configname>
559 29 Jan 08 nicklas 5     <description>A standard configuration that assumes that the default configuration for extended properties are used + the extra extended properties that are shipped with this plug-in package</description>
559 29 Jan 08 nicklas 6     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 7       <name>extendedColumnMapping.accession</name>
559 29 Jan 08 nicklas 8       <label>Accession</label>
559 29 Jan 08 nicklas 9       <description />
559 29 Jan 08 nicklas 10       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 11       <value>\Accession\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 12     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 13     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 14       <name>minDataColumns</name>
559 29 Jan 08 nicklas 15       <label>Min data columns</label>
559 29 Jan 08 nicklas 16       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
559 29 Jan 08 nicklas 17       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 18       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 19     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 20     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 21       <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
559 29 Jan 08 nicklas 22       <label>Cytoband</label>
559 29 Jan 08 nicklas 23       <description>The cytoband from which the reporter is derived</description>
559 29 Jan 08 nicklas 24       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 25       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 26     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 27     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 28       <name>dataFooterRegexp</name>
580 11 Feb 08 nicklas 29       <label>Data footer</label>
580 11 Feb 08 nicklas 30       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
559 29 Jan 08 nicklas 31       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 32       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 33     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 34     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 35       <name>extendedColumnMapping.source</name>
575 07 Feb 08 martin 36       <label>Source</label>
575 07 Feb 08 martin 37       <description />
575 07 Feb 08 martin 38       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 39       <value>\Source\</value>
575 07 Feb 08 martin 40     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 41     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 42       <name>extendedColumnMapping.markers</name>
559 29 Jan 08 nicklas 43       <label>Markers</label>
559 29 Jan 08 nicklas 44       <description />
559 29 Jan 08 nicklas 45       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 46       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 47     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 48     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 49       <name>extendedColumnMapping.omim</name>
580 11 Feb 08 nicklas 50       <label>OMIM</label>
580 11 Feb 08 nicklas 51       <description />
559 29 Jan 08 nicklas 52       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 53       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 54     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 55     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 56       <name>extendedColumnMapping.searchKey</name>
575 07 Feb 08 martin 57       <label>Search key</label>
575 07 Feb 08 martin 58       <description />
575 07 Feb 08 martin 59       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 60       <value>\Search_Key\</value>
575 07 Feb 08 martin 61     </parameter>
575 07 Feb 08 martin 62     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 63       <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
580 11 Feb 08 nicklas 64       <label>Tissue</label>
580 11 Feb 08 nicklas 65       <description>The tissue from which the reporter is derived</description>
559 29 Jan 08 nicklas 66       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 67       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 68     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 69     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 70       <name>descriptionColumnMapping</name>
559 29 Jan 08 nicklas 71       <label>Description</label>
559 29 Jan 08 nicklas 72       <description>Mapping that picks the reporter's description from the data columns. For example: \Description\</description>
559 29 Jan 08 nicklas 73       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 74       <value>\Definition\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 75     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 76     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 77       <name>ignoreRegexp</name>
580 11 Feb 08 nicklas 78       <label>Ignore</label>
580 11 Feb 08 nicklas 79       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
580 11 Feb 08 nicklas 80       <class />
580 11 Feb 08 nicklas 81       <value />
580 11 Feb 08 nicklas 82     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 83     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 84       <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
559 29 Jan 08 nicklas 85       <label>Cluster ID</label>
559 29 Jan 08 nicklas 86       <description>A unique identifier for a Unigene entry</description>
559 29 Jan 08 nicklas 87       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 88       <value>\Unigene_ID\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 89     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 90     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 91       <name>decimalSeparator</name>
559 29 Jan 08 nicklas 92       <label>Decimal separator</label>
559 29 Jan 08 nicklas 93       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
559 29 Jan 08 nicklas 94       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 95       <value>dot</value>
559 29 Jan 08 nicklas 96     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 97     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 98       <name>trimQuotes</name>
559 29 Jan 08 nicklas 99       <label>Remove quotes</label>
559 29 Jan 08 nicklas 100       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
559 29 Jan 08 nicklas 101       <class>java.lang.Boolean</class>
559 29 Jan 08 nicklas 102       <value>true</value>
559 29 Jan 08 nicklas 103     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 104     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 105       <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
559 29 Jan 08 nicklas 106       <label>LocusLink</label>
559 29 Jan 08 nicklas 107       <description />
580 11 Feb 08 nicklas 108       <class>java.lang.String</class>
580 11 Feb 08 nicklas 109       <value>\Entrez_Gene_ID\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 110     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 111     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 112       <name>extendedColumnMapping.synonyms</name>
575 07 Feb 08 martin 113       <label>Synonyms</label>
575 07 Feb 08 martin 114       <description />
575 07 Feb 08 martin 115       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 116       <value>\Synonyms\</value>
575 07 Feb 08 martin 117     </parameter>
575 07 Feb 08 martin 118     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 119       <name>extendedColumnMapping.isoformType</name>
575 07 Feb 08 martin 120       <label>Isoform type</label>
575 07 Feb 08 martin 121       <description />
575 07 Feb 08 martin 122       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 123       <value>\Probe_Type\</value>
575 07 Feb 08 martin 124     </parameter>
575 07 Feb 08 martin 125     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 126       <name>extendedColumnMapping.sourceReferenceId</name>
575 07 Feb 08 martin 127       <label>Source reference id</label>
575 07 Feb 08 martin 128       <description />
575 07 Feb 08 martin 129       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 130       <value>\Source_Reference_ID\</value>
575 07 Feb 08 martin 131     </parameter>
575 07 Feb 08 martin 132     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 133       <name>extendedColumnMapping.ilmnGene</name>
575 07 Feb 08 martin 134       <label>ILMN Gene</label>
575 07 Feb 08 martin 135       <description />
575 07 Feb 08 martin 136       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 137       <value>\ILMN_Gene\</value>
575 07 Feb 08 martin 138     </parameter>
575 07 Feb 08 martin 139     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 140       <name>extendedColumnMapping.library</name>
559 29 Jan 08 nicklas 141       <label>Library</label>
559 29 Jan 08 nicklas 142       <description>The library from which the reporter is derived</description>
559 29 Jan 08 nicklas 143       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 144       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 145     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 146     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 147       <name>maxDataColumns</name>
559 29 Jan 08 nicklas 148       <label>Max data columns</label>
559 29 Jan 08 nicklas 149       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
559 29 Jan 08 nicklas 150       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 151       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 152     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 153     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 154       <name>extendedColumnMapping.probeCoordinates</name>
580 11 Feb 08 nicklas 155       <label>Probe coordinates</label>
575 07 Feb 08 martin 156       <description />
575 07 Feb 08 martin 157       <class>java.lang.String</class>
580 11 Feb 08 nicklas 158       <value>\Probe_Coordinates\</value>
575 07 Feb 08 martin 159     </parameter>
575 07 Feb 08 martin 160     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 161       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
559 29 Jan 08 nicklas 162       <label>Chromosome</label>
559 29 Jan 08 nicklas 163       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
559 29 Jan 08 nicklas 164       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 165       <value>\Chromosome\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 166     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 167     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 168       <name>symbolColumnMapping</name>
559 29 Jan 08 nicklas 169       <label>Gene symbol</label>
559 29 Jan 08 nicklas 170       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
559 29 Jan 08 nicklas 171       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 172       <value>\Symbol\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 173     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 174     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 175       <name>headerRegexp</name>
559 29 Jan 08 nicklas 176       <label>Header</label>
559 29 Jan 08 nicklas 177       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
559 29 Jan 08 nicklas 178       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 179       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 180     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 181     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 182       <name>scoreColumnMapping</name>
559 29 Jan 08 nicklas 183       <label>Score</label>
559 29 Jan 08 nicklas 184       <description>Mapping that picks the reporter's score in some context. This mapping is only used when importing to a reporter list.</description>
559 29 Jan 08 nicklas 185       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 186       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 187     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 188     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 189       <name>dataHeaderRegexp</name>
559 29 Jan 08 nicklas 190       <label>Data header</label>
559 29 Jan 08 nicklas 191       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
559 29 Jan 08 nicklas 192       <class>java.lang.String</class>
580 11 Feb 08 nicklas 193       <value>.*Probe_Id.+Array_Address_Id.*</value>
559 29 Jan 08 nicklas 194     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 195     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 196       <name>extendedColumnMapping.controlCompositeMap</name>
580 11 Feb 08 nicklas 197       <label>Control composite map</label>
580 11 Feb 08 nicklas 198       <description />
580 11 Feb 08 nicklas 199       <class />
580 11 Feb 08 nicklas 200       <value />
580 11 Feb 08 nicklas 201     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 202     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 203       <name>reporterType</name>
559 29 Jan 08 nicklas 204       <label>Reporter type</label>
559 29 Jan 08 nicklas 205       <description>The reporter type assigned to the imported reporters</description>
559 29 Jan 08 nicklas 206       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 207       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 208     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 209     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 210       <name>extendedColumnMapping.length</name>
559 29 Jan 08 nicklas 211       <label>Length</label>
559 29 Jan 08 nicklas 212       <description>The length of the sequence</description>
559 29 Jan 08 nicklas 213       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 214       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 215     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 216     <parameter>
575 07 Feb 08 martin 217       <name>extendedColumnMapping.probeChrOrientation</name>
575 07 Feb 08 martin 218       <label>Probe chr orientation</label>
575 07 Feb 08 martin 219       <description />
575 07 Feb 08 martin 220       <class>java.lang.String</class>
575 07 Feb 08 martin 221       <value>\Probe_Chr_Orientation\</value>
575 07 Feb 08 martin 222     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 223     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 224       <name>complexExpressions</name>
559 29 Jan 08 nicklas 225       <label>Complex column mappings</label>
559 29 Jan 08 nicklas 226       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
559 29 Jan 08 nicklas 227 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
559 29 Jan 08 nicklas 228       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 229       <value>disallow</value>
559 29 Jan 08 nicklas 230     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 231     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 232       <name>reporterTypeColumnMapping</name>
559 29 Jan 08 nicklas 233       <label>Reporter type</label>
559 29 Jan 08 nicklas 234       <description>Mapping that pick the reporter's type from the data columns. This will overide the reporter type parameter. For example: \Reporter type\</description>
559 29 Jan 08 nicklas 235       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 236       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 237     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 238     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 239       <name>charset</name>
559 29 Jan 08 nicklas 240       <label>Character set</label>
559 29 Jan 08 nicklas 241       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
559 29 Jan 08 nicklas 242       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 243       <value>ISO-8859-1</value>
559 29 Jan 08 nicklas 244     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 245     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 246       <name>extendedColumnMapping.controlGroupName</name>
580 11 Feb 08 nicklas 247       <label>Control group name</label>
580 11 Feb 08 nicklas 248       <description />
580 11 Feb 08 nicklas 249       <class />
580 11 Feb 08 nicklas 250       <value />
580 11 Feb 08 nicklas 251     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 252     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 253       <name>extendedColumnMapping.controlGroupId</name>
580 11 Feb 08 nicklas 254       <label>Control group id</label>
580 11 Feb 08 nicklas 255       <description />
580 11 Feb 08 nicklas 256       <class />
580 11 Feb 08 nicklas 257       <value />
580 11 Feb 08 nicklas 258     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 259     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 260       <name>dataSplitterRegexp</name>
559 29 Jan 08 nicklas 261       <label>Data splitter</label>
559 29 Jan 08 nicklas 262       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
559 29 Jan 08 nicklas 263       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 264       <value>\t</value>
559 29 Jan 08 nicklas 265     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 266     <parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 267       <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
580 11 Feb 08 nicklas 268       <label>Antibiotics</label>
580 11 Feb 08 nicklas 269       <description />
580 11 Feb 08 nicklas 270       <class />
580 11 Feb 08 nicklas 271       <value />
580 11 Feb 08 nicklas 272     </parameter>
580 11 Feb 08 nicklas 273     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 274       <name>reporterIdColumnMapping</name>
559 29 Jan 08 nicklas 275       <label>Reporter ID</label>
559 29 Jan 08 nicklas 276       <description>Mapping that picks the reporter's ID from the data columns. For example: \ID\</description>
559 29 Jan 08 nicklas 277       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 278       <value>\Probe_Id\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 279     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 280     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 281       <name>extendedColumnMapping.species</name>
559 29 Jan 08 nicklas 282       <label>Species</label>
559 29 Jan 08 nicklas 283       <description>The organism from which the reporter is derived</description>
559 29 Jan 08 nicklas 284       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 285       <value>\Species\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 286     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 287     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 288       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
559 29 Jan 08 nicklas 289       <label>Sequence</label>
559 29 Jan 08 nicklas 290       <description>The nucleotide sequence of the reporter</description>
559 29 Jan 08 nicklas 291       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 292       <value>\Probe_Sequence\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 293     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 294     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 295       <name>nameColumnMapping</name>
559 29 Jan 08 nicklas 296       <label>Name</label>
559 29 Jan 08 nicklas 297       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
559 29 Jan 08 nicklas 298       <class>java.lang.String</class>
559 29 Jan 08 nicklas 299       <value>\Probe_Id\</value>
559 29 Jan 08 nicklas 300     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 301     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 302       <name>extendedColumnMapping.vector</name>
559 29 Jan 08 nicklas 303       <label>Vector</label>
559 29 Jan 08 nicklas 304       <description>The vector from which the reporter is derived</description>
559 29 Jan 08 nicklas 305       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 306       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 307     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 308     <parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 309       <name>extendedColumnMapping.nid</name>
559 29 Jan 08 nicklas 310       <label>NID</label>
559 29 Jan 08 nicklas 311       <description />
559 29 Jan 08 nicklas 312       <class />
559 29 Jan 08 nicklas 313       <value />
559 29 Jan 08 nicklas 314     </parameter>
559 29 Jan 08 nicklas 315   </configuration>
1148 31 Jul 09 nicklas 316   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.illumina.plugins.BgxReporterImporter">
1148 31 Jul 09 nicklas 317     <configname>Illumina MicroRNA BGX file</configname>
1148 31 Jul 09 nicklas 318     <description>A configuration for MicroRNA BGX files which contains a different set of reporter annotation columns than an ordinary BGX file.</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 319     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 320       <name>extendedColumnMapping.accession</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 321       <label>Accession</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 322       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 323       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 324       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 325     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 326     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 327       <name>minDataColumns</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 328       <label>Min data columns</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 329       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 330       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 331       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 332     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 333     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 334       <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 335       <label>Cytoband</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 336       <description>The cytoband from which the reporter is derived</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 337       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 338       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 339     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 340     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 341       <name>dataFooterRegexp</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 342       <label>Data footer</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 343       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 344       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 345       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 346     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 347     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 348       <name>extendedColumnMapping.source</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 349       <label>Source</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 350       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 351       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 352       <value>\Source\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 353     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 354     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 355       <name>extendedColumnMapping.markers</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 356       <label>Markers</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 357       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 358       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 359       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 360     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 361     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 362       <name>extendedColumnMapping.omim</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 363       <label>OMIM</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 364       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 365       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 366       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 367     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 368     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 369       <name>extendedColumnMapping.searchKey</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 370       <label>Search key</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 371       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 372       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 373       <value>\Search_Key\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 374     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 375     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 376       <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 377       <label>Tissue</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 378       <description>The tissue from which the reporter is derived</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 379       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 380       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 381     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 382     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 383       <name>ignoreRegexp</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 384       <label>Ignore</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 385       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 386       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 387       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 388     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 389     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 390       <name>descriptionColumnMapping</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 391       <label>Description</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 392       <description>Mapping that picks the reporter's description from the data columns. For example: \Description\</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 393       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 394       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 395     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 396     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 397       <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 398       <label>Cluster ID</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 399       <description>A unique identifier for a Unigene entry</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 400       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 401       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 402     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 403     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 404       <name>decimalSeparator</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 405       <label>Decimal separator</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 406       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 407       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 408       <value>dot</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 409     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 410     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 411       <name>extendedColumnMapping.ilmnStrand</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 412       <label>Ilmn strand</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 413       <description>Strand definition of the SNP</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 414       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 415       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 416     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 417     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 418       <name>trimQuotes</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 419       <label>Remove quotes</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 420       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 421       <class>java.lang.Boolean</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 422       <value>true</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 423     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 424     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 425       <name>extendedColumnMapping.snp</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 426       <label>SNP</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 427       <description>Type of SNP</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 428       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 429       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 430     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 431     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 432       <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 433       <label>LocusLink</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 434       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 435       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 436       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 437     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 438     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 439       <name>extendedColumnMapping.synonyms</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 440       <label>Synonyms</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 441       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 442       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 443       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 444     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 445     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 446       <name>extendedColumnMapping.isoformType</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 447       <label>Isoform type</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 448       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 449       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 450       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 451     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 452     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 453       <name>extendedColumnMapping.sourceReferenceId</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 454       <label>Source reference id</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 455       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 456       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 457       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 458     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 459     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 460       <name>extendedColumnMapping.ilmnGene</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 461       <label>ILMN Gene</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 462       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 463       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 464       <value>\ILMN_Gene\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 465     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 466     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 467       <name>extendedColumnMapping.library</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 468       <label>Library</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 469       <description>The library from which the reporter is derived</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 470       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 471       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 472     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 473     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 474       <name>maxDataColumns</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 475       <label>Max data columns</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 476       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 477       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 478       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 479     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 480     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 481       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 482       <label>Chromosome</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 483       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 484       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 485       <value>\Chromosome\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 486     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 487     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 488       <name>symbolColumnMapping</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 489       <label>Gene symbol</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 490       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 491       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 492       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 493     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 494     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 495       <name>headerRegexp</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 496       <label>Header</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 497       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 498       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 499       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 500     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 501     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 502       <name>scoreColumnMapping</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 503       <label>Score</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 504       <description>Mapping that picks the reporter's score in some context. This mapping is only used when importing to a reporter list.</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 505       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 506       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 507     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 508     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 509       <name>dataHeaderRegexp</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 510       <label>Data header</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 511       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 512       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 513       <value>^SYMBOL.+Probe_Id.+Array_Address_Id.*</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 514     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 515     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 516       <name>extendedColumnMapping.controlCompositeMap</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 517       <label>Control composite map</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 518       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 519       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 520       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 521     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 522     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 523       <name>reporterType</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 524       <label>Reporter type</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 525       <description>The reporter type assigned to the imported reporters</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 526       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 527       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 528     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 529     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 530       <name>extendedColumnMapping.length</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 531       <label>Length</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 532       <description>The length of the sequence</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 533       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 534       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 535     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 536     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 537       <name>extendedColumnMapping.probeChrOrientation</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 538       <label>Probe chr orientation</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 539       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 540       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 541       <value>\Probe_Chr_Orientation\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 542     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 543     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 544       <name>extendedColumnMapping.startPosition</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 545       <label>Start position</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 546       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 547       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 548       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 549     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 550     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 551       <name>complexExpressions</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 552       <label>Complex column mappings</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 553       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
1148 31 Jul 09 nicklas 554 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 555       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 556       <value>disallow</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 557     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 558     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 559       <name>reporterTypeColumnMapping</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 560       <label>Reporter type</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 561       <description>Mapping that pick the reporter's type from the data columns. This will overide the reporter type parameter. For example: \Reporter type\</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 562       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 563       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 564     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 565     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 566       <name>charset</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 567       <label>Character set</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 568       <description>The character set to use when reading the file. This setting overrides the character set specified by the file. If neither this parameter nor the file specifies a character set, the system default is used (ISO-8859-1).</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 569       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 570       <value>ISO-8859-1</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 571     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 572     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 573       <name>extendedColumnMapping.controlGroupName</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 574       <label>Control group name</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 575       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 576       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 577       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 578     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 579     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 580       <name>extendedColumnMapping.probeCoordinates</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 581       <label>Probe coordinates</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 582       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 583       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 584       <value>\Probe_Coordinates\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 585     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 586     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 587       <name>extendedColumnMapping.controlGroupId</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 588       <label>Control group id</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 589       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 590       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 591       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 592     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 593     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 594       <name>dataSplitterRegexp</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 595       <label>Data splitter</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 596       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 597       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 598       <value>\t</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 599     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 600     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 601       <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 602       <label>Antibiotics</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 603       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 604       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 605       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 606     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 607     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 608       <name>reporterIdColumnMapping</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 609       <label>External ID</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 610       <description>Mapping that picks the reporter's external ID from the data columns. For example: \ID\</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 611       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 612       <value>\Probe_Id\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 613     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 614     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 615       <name>extendedColumnMapping.species</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 616       <label>Species</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 617       <description>The organism from which the reporter is derived</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 618       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 619       <value>\Species\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 620     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 621     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 622       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 623       <label>Sequence</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 624       <description>The nucleotide sequence of the reporter</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 625       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 626       <value>\ProbeSeq\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 627     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 628     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 629       <name>nameColumnMapping</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 630       <label>Name</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 631       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 632       <class>java.lang.String</class>
1148 31 Jul 09 nicklas 633       <value>\Probe_Id\</value>
1148 31 Jul 09 nicklas 634     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 635     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 636       <name>extendedColumnMapping.vector</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 637       <label>Vector</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 638       <description>The vector from which the reporter is derived</description>
1148 31 Jul 09 nicklas 639       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 640       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 641     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 642     <parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 643       <name>extendedColumnMapping.nid</name>
1148 31 Jul 09 nicklas 644       <label>NID</label>
1148 31 Jul 09 nicklas 645       <description />
1148 31 Jul 09 nicklas 646       <class />
1148 31 Jul 09 nicklas 647       <value />
1148 31 Jul 09 nicklas 648     </parameter>
1148 31 Jul 09 nicklas 649   </configuration>
565 31 Jan 08 martin 650   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.illumina.plugins.BgxFeatureImporter">
565 31 Jan 08 martin 651     <configname>Features from BGX file</configname>
565 31 Jan 08 martin 652     <description>This is a standard configuration to import features from a BGX file.</description>
565 31 Jan 08 martin 653     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 654       <name>trimQuotes</name>
565 31 Jan 08 martin 655       <label>Remove quotes</label>
565 31 Jan 08 martin 656       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
565 31 Jan 08 martin 657       <class>java.lang.Boolean</class>
565 31 Jan 08 martin 658       <value>true</value>
565 31 Jan 08 martin 659     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 660     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 661       <name>dataHeaderRegexp</name>
565 31 Jan 08 martin 662       <label>Data header</label>
565 31 Jan 08 martin 663       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
565 31 Jan 08 martin 664       <class>java.lang.String</class>
580 11 Feb 08 nicklas 665       <value>.*Probe_Id.+Array_Address_Id.*</value>
565 31 Jan 08 martin 666     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 667     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 668       <name>reporterIdColumnMapping</name>
565 31 Jan 08 martin 669       <label>Reporter ID</label>
565 31 Jan 08 martin 670       <description>Mapping that picks the reporter's ID from the data columns. For example: \ID\</description>
565 31 Jan 08 martin 671       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 672       <value>\Probe_Id\</value>
565 31 Jan 08 martin 673     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 674     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 675       <name>featureIdentification</name>
565 31 Jan 08 martin 676       <label>Identify features by</label>
565 31 Jan 08 martin 677       <description>Choose which method to use for identifying features: 
565 31 Jan 08 martin 678 COORDINATES: Use block, meta-grid, row and column coordinates
565 31 Jan 08 martin 679 POSITION: Use a position number only
565 31 Jan 08 martin 680 FEATURE_ID: Use the feature ID value (string)
565 31 Jan 08 martin 681 In all cases, the identifier value must be unique.</description>
565 31 Jan 08 martin 682       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 683       <value>FEATURE_ID</value>
565 31 Jan 08 martin 684     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 685     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 686       <name>complexExpressions</name>
565 31 Jan 08 martin 687       <label>Complex column mappings</label>
565 31 Jan 08 martin 688       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
565 31 Jan 08 martin 689 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
565 31 Jan 08 martin 690       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 691       <value>disallow</value>
565 31 Jan 08 martin 692     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 693     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 694       <name>charset</name>
565 31 Jan 08 martin 695       <label>Character set</label>
565 31 Jan 08 martin 696       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
565 31 Jan 08 martin 697       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 698       <value>ISO-8859-1</value>
565 31 Jan 08 martin 699     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 700     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 701       <name>featureIdColumnMapping</name>
565 31 Jan 08 martin 702       <label>Feature ID</label>
565 31 Jan 08 martin 703       <description>Mapping that picks the feature's ID from the data columns. This column is only used when the array design uses the FEATURE_ID method for identifying features. In the other cases, the value is just stored as it is.For example: \Feature ID\</description>
565 31 Jan 08 martin 704       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 705       <value>\Array_Address_Id\</value>
565 31 Jan 08 martin 706     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 707     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 708       <name>dataSplitterRegexp</name>
565 31 Jan 08 martin 709       <label>Data splitter</label>
565 31 Jan 08 martin 710       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
565 31 Jan 08 martin 711       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 712       <value>\t</value>
565 31 Jan 08 martin 713     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 714     <parameter>
565 31 Jan 08 martin 715       <name>headerRegexp</name>
565 31 Jan 08 martin 716       <label>Header</label>
565 31 Jan 08 martin 717       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
565 31 Jan 08 martin 718       <class>java.lang.String</class>
565 31 Jan 08 martin 719       <value>(.+)=(.*)</value>
565 31 Jan 08 martin 720     </parameter>
565 31 Jan 08 martin 721   </configuration>
624 10 Mar 08 nicklas 722   <configuration pluginClassName="net.sf.basedb.illumina.plugins.SnpReporterImporter">
624 10 Mar 08 nicklas 723     <configname>Reporters from Illumina SNP manifest file</configname>
624 10 Mar 08 nicklas 724     <description>Import reporter annotations from an Illumina SNP manifest file.</description>
624 10 Mar 08 nicklas 725     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 726       <name>extendedColumnMapping.accession</name>
624 10 Mar 08 nicklas 727       <label>Accession</label>
624 10 Mar 08 nicklas 728       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 729       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 730       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 731     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 732     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 733       <name>minDataColumns</name>
624 10 Mar 08 nicklas 734       <label>Min data columns</label>
624 10 Mar 08 nicklas 735       <description>The minimum number of columns for a line to be counted as a data line.</description>
624 10 Mar 08 nicklas 736       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 737       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 738     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 739     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 740       <name>dataFooterRegexp</name>
624 10 Mar 08 nicklas 741       <label>Data footer</label>
624 10 Mar 08 nicklas 742       <description>A regular expression that matches the first line of non-data after the data lines. For example: __END_OF_DATA__</description>
624 10 Mar 08 nicklas 743       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 744       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 745     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 746     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 747       <name>extendedColumnMapping.cytoband</name>
624 10 Mar 08 nicklas 748       <label>Cytoband</label>
624 10 Mar 08 nicklas 749       <description>The cytoband from which the reporter is derived</description>
624 10 Mar 08 nicklas 750       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 751       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 752     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 753     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 754       <name>extendedColumnMapping.markers</name>
624 10 Mar 08 nicklas 755       <label>Markers</label>
624 10 Mar 08 nicklas 756       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 757       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 758       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 759     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 760     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 761       <name>extendedColumnMapping.source</name>
624 10 Mar 08 nicklas 762       <label>Source</label>
624 10 Mar 08 nicklas 763       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 764       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 765       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 766     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 767     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 768       <name>extendedColumnMapping.omim</name>
624 10 Mar 08 nicklas 769       <label>OMIM</label>
624 10 Mar 08 nicklas 770       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 771       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 772       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 773     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 774     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 775       <name>extendedColumnMapping.searchKey</name>
624 10 Mar 08 nicklas 776       <label>Search key</label>
624 10 Mar 08 nicklas 777       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 778       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 779       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 780     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 781     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 782       <name>extendedColumnMapping.tissue</name>
624 10 Mar 08 nicklas 783       <label>Tissue</label>
624 10 Mar 08 nicklas 784       <description>The tissue from which the reporter is derived</description>
624 10 Mar 08 nicklas 785       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 786       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 787     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 788     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 789       <name>descriptionColumnMapping</name>
624 10 Mar 08 nicklas 790       <label>Description</label>
624 10 Mar 08 nicklas 791       <description>Mapping that picks the reporter's description from the data columns. For example: \Description\</description>
624 10 Mar 08 nicklas 792       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 793       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 794     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 795     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 796       <name>ignoreRegexp</name>
624 10 Mar 08 nicklas 797       <label>Ignore</label>
624 10 Mar 08 nicklas 798       <description>A regular expression that matches any line that should be ignored. For example, ignore lines starting with #: ^#.*</description>
624 10 Mar 08 nicklas 799       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 800       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 801     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 802     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 803       <name>extendedColumnMapping.clusterId</name>
624 10 Mar 08 nicklas 804       <label>Cluster ID</label>
624 10 Mar 08 nicklas 805       <description>A unique identifier for a Unigene entry</description>
624 10 Mar 08 nicklas 806       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 807       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 808     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 809     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 810       <name>decimalSeparator</name>
624 10 Mar 08 nicklas 811       <label>Decimal separator</label>
624 10 Mar 08 nicklas 812       <description>The decimal separator used in numeric values, if not specified dot is assumed.</description>
624 10 Mar 08 nicklas 813       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 814       <value>dot</value>
624 10 Mar 08 nicklas 815     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 816     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 817       <name>extendedColumnMapping.ilmnStrand</name>
624 10 Mar 08 nicklas 818       <label>Ilmn strand</label>
624 10 Mar 08 nicklas 819       <description>Strand definition of the SNP</description>
624 10 Mar 08 nicklas 820       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 821       <value>\IlmnStrand\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 822     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 823     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 824       <name>extendedColumnMapping.snp</name>
624 10 Mar 08 nicklas 825       <label>SNP</label>
624 10 Mar 08 nicklas 826       <description>Type of SNP</description>
624 10 Mar 08 nicklas 827       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 828       <value>\SNP\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 829     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 830     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 831       <name>extendedColumnMapping.startPosition</name>
624 10 Mar 08 nicklas 832       <label>Start position</label>
624 10 Mar 08 nicklas 833       <description>Start position</description>
624 10 Mar 08 nicklas 834       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 835       <value>\MapInfo\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 836     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 837     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 838       <name>trimQuotes</name>
624 10 Mar 08 nicklas 839       <label>Remove quotes</label>
624 10 Mar 08 nicklas 840       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
624 10 Mar 08 nicklas 841       <class>java.lang.Boolean</class>
624 10 Mar 08 nicklas 842       <value>true</value>
624 10 Mar 08 nicklas 843     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 844     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 845       <name>extendedColumnMapping.locusLink</name>
624 10 Mar 08 nicklas 846       <label>LocusLink</label>
624 10 Mar 08 nicklas 847       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 848       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 849       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 850     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 851     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 852       <name>extendedColumnMapping.synonyms</name>
624 10 Mar 08 nicklas 853       <label>Synonyms</label>
624 10 Mar 08 nicklas 854       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 855       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 856       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 857     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 858     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 859       <name>extendedColumnMapping.isoformType</name>
624 10 Mar 08 nicklas 860       <label>Isoform type</label>
624 10 Mar 08 nicklas 861       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 862       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 863       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 864     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 865     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 866       <name>extendedColumnMapping.sourceReferenceId</name>
624 10 Mar 08 nicklas 867       <label>Source reference id</label>
624 10 Mar 08 nicklas 868       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 869       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 870       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 871     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 872     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 873       <name>extendedColumnMapping.ilmnGene</name>
624 10 Mar 08 nicklas 874       <label>ILMN Gene</label>
624 10 Mar 08 nicklas 875       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 876       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 877       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 878     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 879     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 880       <name>extendedColumnMapping.library</name>
624 10 Mar 08 nicklas 881       <label>Library</label>
624 10 Mar 08 nicklas 882       <description>The library from which the reporter is derived</description>
624 10 Mar 08 nicklas 883       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 884       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 885     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 886     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 887       <name>maxDataColumns</name>
624 10 Mar 08 nicklas 888       <label>Max data columns</label>
624 10 Mar 08 nicklas 889       <description>The maximum number of columns for a line to be counted as a data line, or 0 to allow any number of columns.</description>
624 10 Mar 08 nicklas 890       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 891       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 892     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 893     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 894       <name>extendedColumnMapping.chromosome</name>
624 10 Mar 08 nicklas 895       <label>Chromosome</label>
624 10 Mar 08 nicklas 896       <description>The chromosome from which the reporter is derived</description>
624 10 Mar 08 nicklas 897       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 898       <value>\Chr\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 899     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 900     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 901       <name>symbolColumnMapping</name>
624 10 Mar 08 nicklas 902       <label>Gene symbol</label>
624 10 Mar 08 nicklas 903       <description>Mapping that picks the reporter's gene symbol from the data columns. For example: \Gene symbol\</description>
624 10 Mar 08 nicklas 904       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 905       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 906     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 907     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 908       <name>headerRegexp</name>
624 10 Mar 08 nicklas 909       <label>Header</label>
624 10 Mar 08 nicklas 910       <description>A regular expression that matches a header line and extracts the name and a value parts. For example, split on equal symbol: (.+)=(.*)</description>
624 10 Mar 08 nicklas 911       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 912       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 913     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 914     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 915       <name>scoreColumnMapping</name>
624 10 Mar 08 nicklas 916       <label>Score</label>
624 10 Mar 08 nicklas 917       <description>Mapping that picks the reporter's score in some context. This mapping is only used when importing to a reporter list.</description>
624 10 Mar 08 nicklas 918       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 919       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 920     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 921     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 922       <name>dataHeaderRegexp</name>
624 10 Mar 08 nicklas 923       <label>Data header</label>
624 10 Mar 08 nicklas 924       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
624 10 Mar 08 nicklas 925       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 926       <value>IlmnID,.*AddressA_ID.*</value>
624 10 Mar 08 nicklas 927     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 928     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 929       <name>extendedColumnMapping.controlCompositeMap</name>
624 10 Mar 08 nicklas 930       <label>Control composite map</label>
624 10 Mar 08 nicklas 931       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 932       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 933       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 934     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 935     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 936       <name>reporterType</name>
624 10 Mar 08 nicklas 937       <label>Reporter type</label>
624 10 Mar 08 nicklas 938       <description>The reporter type assigned to the imported reporters</description>
624 10 Mar 08 nicklas 939       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 940       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 941     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 942     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 943       <name>extendedColumnMapping.length</name>
624 10 Mar 08 nicklas 944       <label>Length</label>
624 10 Mar 08 nicklas 945       <description>The length of the sequence</description>
624 10 Mar 08 nicklas 946       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 947       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 948     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 949     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 950       <name>extendedColumnMapping.probeChrOrientation</name>
624 10 Mar 08 nicklas 951       <label>Probe chr orientation</label>
624 10 Mar 08 nicklas 952       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 953       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 954       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 955     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 956     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 957       <name>reporterTypeColumnMapping</name>
624 10 Mar 08 nicklas 958       <label>Reporter type</label>
624 10 Mar 08 nicklas 959       <description>Mapping that pick the reporter's type from the data columns. This will overide the reporter type parameter. For example: \Reporter type\</description>
624 10 Mar 08 nicklas 960       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 961       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 962     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 963     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 964       <name>complexExpressions</name>
624 10 Mar 08 nicklas 965       <label>Complex column mappings</label>
624 10 Mar 08 nicklas 966       <description>disallow = Only allow simple mappings that are constant value or pick the value from one column only, for example, '1.6' or '\Row\'
624 10 Mar 08 nicklas 967 allow = Allow expression and complex mappings, for example, '\Row\, \Column\' or '=2*col('radius')'</description>
624 10 Mar 08 nicklas 968       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 969       <value>disallow</value>
624 10 Mar 08 nicklas 970     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 971     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 972       <name>extendedColumnMapping.controlGroupName</name>
624 10 Mar 08 nicklas 973       <label>Control group name</label>
624 10 Mar 08 nicklas 974       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 975       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 976       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 977     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 978     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 979       <name>charset</name>
624 10 Mar 08 nicklas 980       <label>Character set</label>
624 10 Mar 08 nicklas 981       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
624 10 Mar 08 nicklas 982       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 983       <value>ISO-8859-1</value>
624 10 Mar 08 nicklas 984     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 985     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 986       <name>extendedColumnMapping.probeCoordinates</name>
624 10 Mar 08 nicklas 987       <label>Probe coordinates</label>
624 10 Mar 08 nicklas 988       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 989       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 990       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 991     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 992     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 993       <name>extendedColumnMapping.controlGroupId</name>
624 10 Mar 08 nicklas 994       <label>Control group id</label>
624 10 Mar 08 nicklas 995       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 996       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 997       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 998     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 999     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1000       <name>dataSplitterRegexp</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1001       <label>Data splitter</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1002       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
624 10 Mar 08 nicklas 1003       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 1004       <value>,</value>
624 10 Mar 08 nicklas 1005     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1006     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1007       <name>extendedColumnMapping.antibiotics</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1008       <label>Antibiotics</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1009       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 1010       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 1011       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 1012     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1013     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1014       <name>reporterIdColumnMapping</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1015       <label>Reporter ID</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1016       <description>Mapping that picks the reporter's ID from the data columns. For example: \ID\</description>
624 10 Mar 08 nicklas 1017       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 1018       <value>\IlmnID\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 1019     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1020     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1021       <name>extendedColumnMapping.species</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1022       <label>Species</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1023       <description>The organism from which the reporter is derived</description>
624 10 Mar 08 nicklas 1024       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 1025       <value>\Species\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 1026     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1027     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1028       <name>extendedColumnMapping.sequence</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1029       <label>Sequence</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1030       <description>The nucleotide sequence of the reporter</description>
624 10 Mar 08 nicklas 1031       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 1032       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 1033     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1034     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1035       <name>nameColumnMapping</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1036       <label>Name</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1037       <description>Mapping that picks the reporter's name from the data columns. For example: \Name\</description>
624 10 Mar 08 nicklas 1038       <class>java.lang.String</class>
624 10 Mar 08 nicklas 1039       <value>\Name\</value>
624 10 Mar 08 nicklas 1040     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1041     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1042       <name>extendedColumnMapping.vector</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1043       <label>Vector</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1044       <description>The vector from which the reporter is derived</description>
624 10 Mar 08 nicklas 1045       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 1046       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 1047     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1048     <parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1049       <name>extendedColumnMapping.nid</name>
624 10 Mar 08 nicklas 1050       <label>NID</label>
624 10 Mar 08 nicklas 1051       <description />
624 10 Mar 08 nicklas 1052       <class />
624 10 Mar 08 nicklas 1053       <value />
624 10 Mar 08 nicklas 1054     </parameter>
624 10 Mar 08 nicklas 1055   </configuration>
559 29 Jan 08 nicklas 1056 </configfile>

Generated on Tue Nov 21 03:43:00 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)