plugins/base2/uk.ac.ebi.tab2mage/trunk/AnnotationTypeCvImporter/annotationtypecvimporter.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
424 12 Sep 07 dominic 1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
424 12 Sep 07 dominic 2 <!DOCTYPE configfile SYSTEM "plugin-configuration-file.dtd"><configfile>
424 12 Sep 07 dominic 3   <configuration pluginClassName="uk.ac.ebi.nugo.plugins.AnnotationTypeCvImporter">
436 27 Sep 07 dominic 4     <configname>Sample ATCV Config</configname>
424 12 Sep 07 dominic 5     <description />
424 12 Sep 07 dominic 6     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 7       <name>dataHeaderRegexp</name>
424 12 Sep 07 dominic 8       <label>Data header</label>
424 12 Sep 07 dominic 9       <description>A regular expression that matches the header line just before the data begins. For example: Block\tRow\tColumn.*</description>
424 12 Sep 07 dominic 10       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 11       <value>Category Name\tAnnotationType Name\tDescription\tValue type\tRequired for MIAME\tEnumeration\tMultiplicity\tParameter\tDefault value\tItem types\tCv values</value>
424 12 Sep 07 dominic 12     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 13     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 14       <name>parameterColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 15       <label>Parameter</label>
424 12 Sep 07 dominic 16       <description>Mapping that picks the annotation type's parameter from the data columns. For example: \Parameter\</description>
424 12 Sep 07 dominic 17       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 18       <value>\7\</value>
424 12 Sep 07 dominic 19     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 20     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 21       <name>trimQuotes</name>
424 12 Sep 07 dominic 22       <label>Remove quotes</label>
424 12 Sep 07 dominic 23       <description>If true quotes (" or ') around data value will be removed.</description>
424 12 Sep 07 dominic 24       <class>java.lang.Boolean</class>
424 12 Sep 07 dominic 25       <value>true</value>
424 12 Sep 07 dominic 26     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 27     <parameter>
436 27 Sep 07 dominic 28       <name>multiplicityColumnMapping</name>
436 27 Sep 07 dominic 29       <label>Multiplicity</label>
436 27 Sep 07 dominic 30       <description>Mapping that picks the annotation type's multiplicity from the data columns. For example: \Multiplicity\</description>
436 27 Sep 07 dominic 31       <class>java.lang.String</class>
436 27 Sep 07 dominic 32       <value>\6\</value>
436 27 Sep 07 dominic 33     </parameter>
436 27 Sep 07 dominic 34     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 35       <name>dataSplitterRegexp</name>
424 12 Sep 07 dominic 36       <label>Data splitter</label>
424 12 Sep 07 dominic 37       <description>A regular expression that splits each data line into individual columns. For example, split on tabs: \t</description>
424 12 Sep 07 dominic 38       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 39       <value>\t</value>
424 12 Sep 07 dominic 40     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 41     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 42       <name>itemTypeColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 43       <label>Item types</label>
424 12 Sep 07 dominic 44       <description>Mapping that picks the annotation types's item  types from the data columns. For example: \Item types\</description>
424 12 Sep 07 dominic 45       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 46       <value>\9\</value>
424 12 Sep 07 dominic 47     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 48     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 49       <name>charset</name>
424 12 Sep 07 dominic 50       <label>Character set</label>
424 12 Sep 07 dominic 51       <description>The character set used in the file, if not specified the default character set is used (ISO-8859-1).</description>
424 12 Sep 07 dominic 52       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 53       <value>ISO-8859-1</value>
424 12 Sep 07 dominic 54     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 55     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 56       <name>requiredForMIAMEColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 57       <label>Required for MIAME</label>
424 12 Sep 07 dominic 58       <description>Mapping that picks the annotation type's required for MIAME property from the data columns. For example: \Required for MIAME\</description>
424 12 Sep 07 dominic 59       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 60       <value>\4\</value>
424 12 Sep 07 dominic 61     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 62     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 63       <name>valueTypeColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 64       <label>Value type</label>
424 12 Sep 07 dominic 65       <description>Mapping that picks the annotation type's value type from the data columns. For example: \Value type\</description>
424 12 Sep 07 dominic 66       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 67       <value>\3\</value>
424 12 Sep 07 dominic 68     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 69     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 70       <name>categoryColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 71       <label>Category Name</label>
424 12 Sep 07 dominic 72       <description>The categories assigned to the imported annotation type. For example: \Category Name\</description>
424 12 Sep 07 dominic 73       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 74       <value>\0\</value>
424 12 Sep 07 dominic 75     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 76     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 77       <name>cvValueColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 78       <label>Cv values</label>
424 12 Sep 07 dominic 79       <description>Mapping that picks the annotation types's cv  values from the data columns. For example: \Cv values\</description>
424 12 Sep 07 dominic 80       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 81       <value>\10\</value>
424 12 Sep 07 dominic 82     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 83     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 84       <name>enumerationColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 85       <label>Enumeration</label>
424 12 Sep 07 dominic 86       <description>Mapping that picks the annotation type's enumeration property from the data columns. For example: \Enumeration\</description>
424 12 Sep 07 dominic 87       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 88       <value>\5\</value>
424 12 Sep 07 dominic 89     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 90     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 91       <name>descriptionColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 92       <label>Description</label>
424 12 Sep 07 dominic 93       <description>Mapping that picks the annotation types's description from the data columns. For example: \Description\</description>
424 12 Sep 07 dominic 94       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 95       <value>\2\</value>
424 12 Sep 07 dominic 96     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 97     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 98       <name>defaultValueColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 99       <label>Default value</label>
424 12 Sep 07 dominic 100       <description>Mapping that picks the annotation types's default value from the data columns. For example: \Default value\</description>
424 12 Sep 07 dominic 101       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 102       <value>\8\</value>
424 12 Sep 07 dominic 103     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 104     <parameter>
424 12 Sep 07 dominic 105       <name>annotationTypeNameColumnMapping</name>
424 12 Sep 07 dominic 106       <label>AnnotationType Name</label>
424 12 Sep 07 dominic 107       <description>Mapping that picks the annotation type's name from the data columns. For example: \AnnotationType Name\</description>
424 12 Sep 07 dominic 108       <class>java.lang.String</class>
424 12 Sep 07 dominic 109       <value>\1\</value>
424 12 Sep 07 dominic 110     </parameter>
424 12 Sep 07 dominic 111   </configuration>
424 12 Sep 07 dominic 112 </configfile>

Generated on Tue Nov 21 03:44:23 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)