plugins/base2/uk.ac.ebi.tab2mage/trunk/Tab2MageImporter/tab2mage-spreadsheet-rules.txt

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452 31 Oct 07 dominic 1 Tab2Mage Files Specification Instructions. (All the example zip files provided on the downlad page adhere to this instructions)
439 23 Oct 07 dominic 2 ----------------------------------------------------------
439 23 Oct 07 dominic 3 Experiment Section
439 23 Oct 07 dominic 4 ---------------------------
439 23 Oct 07 dominic 5
452 31 Oct 07 dominic 6 Experiment name (i.e. name in the tab2mage file) , and submitter are mandatory and must be provided.
439 23 Oct 07 dominic 7
439 23 Oct 07 dominic 8 Protocol Section
439 23 Oct 07 dominic 9 -----------------------
439 23 Oct 07 dominic 10
439 23 Oct 07 dominic 11 accession, text, type, name, parameters headers must all be provided.
439 23 Oct 07 dominic 12 For  every protocol with an accession number e.g P-TOXM-3, the protocol type, protocol name must be provided else the tab2mage spreadsheet is not valid.
439 23 Oct 07 dominic 13 If parameters are used in the Hybridization section, they must be specified here otherwise, the loading will fail.
439 23 Oct 07 dominic 14
439 23 Oct 07 dominic 15
439 23 Oct 07 dominic 16 Hybridization Section
439 23 Oct 07 dominic 17 -----------------------------
439 23 Oct 07 dominic 18 Header:
439 23 Oct 07 dominic 19 ----------
439 23 Oct 07 dominic 20 Hybridization, Labeled Extract, Dye, Extract, Sample, Biosource, Array[accession] must be provided.
439 23 Oct 07 dominic 21 At least one BioMaterial Characteristics should be provided
439 23 Oct 07 dominic 22 At least one Experimental Factor should be provided
439 23 Oct 07 dominic 23 Protocol headers e.g. Protocol[Hybridization] must be amongst the known ones allowed in the Tab2Mage Specification (http://tab2mage.sourceforge.net/.)
439 23 Oct 07 dominic 24 If the experimnent involves pooling, protocol[pool] header must be specified in the Hybridization section and the Protocol section
439 23 Oct 07 dominic 25
452 31 Oct 07 dominic 26 Hybridization Data
452 31 Oct 07 dominic 27 ------------------------
439 23 Oct 07 dominic 28 The raw data file specified in the File[raw] column must be provided in the zip file to be loaded.
439 23 Oct 07 dominic 29 If an image file is provided it must be provided in the zip file to be loaded.
439 23 Oct 07 dominic 30 Array Design specified in the  Array[accession] column must exist in BASE2  and owned /or shared to the user running the tab2mage importer.
439 23 Oct 07 dominic 31
439 23 Oct 07 dominic 32 The above instructions are in addition to the ArrayExpress Tab2Mage Instructions at - http://tab2mage.sourceforge.net/ . Please check this out for more information if needed.