plugins/base2/uk.ac.scri.batchimporter/trunk/src/sbrn/base/BatchDataImport.java

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
226 09 Jan 07 mbayer 1 /*
239 20 Feb 07 mbayer 2  Copyright (C) Authors contributing to this file. 
226 09 Jan 07 mbayer 3
239 20 Feb 07 mbayer 4  This program is free software; you can redistribute it and/or modify
239 20 Feb 07 mbayer 5  it under the terms of the GNU General Public License as published by
239 20 Feb 07 mbayer 6  the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
239 20 Feb 07 mbayer 7  (at your option) any later version.
226 09 Jan 07 mbayer 8
239 20 Feb 07 mbayer 9  This program is distributed in the hope that it will be useful,
239 20 Feb 07 mbayer 10  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
239 20 Feb 07 mbayer 11  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
239 20 Feb 07 mbayer 12  GNU General Public License for more details.
226 09 Jan 07 mbayer 13
239 20 Feb 07 mbayer 14  You should have received a copy of the GNU General Public License along
239 20 Feb 07 mbayer 15  with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc.,
239 20 Feb 07 mbayer 16  51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA.
226 09 Jan 07 mbayer 17
239 20 Feb 07 mbayer 18  See also http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt. 
231 14 Feb 07 mbayer 19  */
226 09 Jan 07 mbayer 20 package sbrn.base;
226 09 Jan 07 mbayer 21
239 20 Feb 07 mbayer 22 import java.io.IOException;
239 20 Feb 07 mbayer 23 import java.io.InputStream;
239 20 Feb 07 mbayer 24 import java.net.InetAddress;
239 20 Feb 07 mbayer 25 import java.net.UnknownHostException;
239 20 Feb 07 mbayer 26 import java.text.SimpleDateFormat;
239 20 Feb 07 mbayer 27 import java.util.Date;
239 20 Feb 07 mbayer 28 import java.util.Enumeration;
239 20 Feb 07 mbayer 29 import java.util.List;
239 20 Feb 07 mbayer 30 import java.util.Locale;
239 20 Feb 07 mbayer 31 import java.util.zip.ZipEntry;
239 20 Feb 07 mbayer 32 import java.util.zip.ZipFile;
239 20 Feb 07 mbayer 33 import java.util.zip.ZipInputStream;
239 20 Feb 07 mbayer 34
231 14 Feb 07 mbayer 35 import net.sf.basedb.core.Affymetrix;
231 14 Feb 07 mbayer 36 import net.sf.basedb.core.ArrayDesign;
226 09 Jan 07 mbayer 37 import net.sf.basedb.core.BaseException;
226 09 Jan 07 mbayer 38 import net.sf.basedb.core.DbControl;
226 09 Jan 07 mbayer 39 import net.sf.basedb.core.Directory;
226 09 Jan 07 mbayer 40 import net.sf.basedb.core.Experiment;
226 09 Jan 07 mbayer 41 import net.sf.basedb.core.File;
226 09 Jan 07 mbayer 42 import net.sf.basedb.core.FileParameterType;
226 09 Jan 07 mbayer 43 import net.sf.basedb.core.ItemParameterType;
226 09 Jan 07 mbayer 44 import net.sf.basedb.core.ItemQuery;
226 09 Jan 07 mbayer 45 import net.sf.basedb.core.ItemResultList;
226 09 Jan 07 mbayer 46 import net.sf.basedb.core.Job;
239 20 Feb 07 mbayer 47 import net.sf.basedb.core.Location;
226 09 Jan 07 mbayer 48 import net.sf.basedb.core.Permission;
226 09 Jan 07 mbayer 49 import net.sf.basedb.core.PluginConfiguration;
226 09 Jan 07 mbayer 50 import net.sf.basedb.core.PluginDefinition;
226 09 Jan 07 mbayer 51 import net.sf.basedb.core.PluginExecutionRequest;
226 09 Jan 07 mbayer 52 import net.sf.basedb.core.PluginResponse;
226 09 Jan 07 mbayer 53 import net.sf.basedb.core.ProgressReporter;
239 20 Feb 07 mbayer 54 import net.sf.basedb.core.Quota;
239 20 Feb 07 mbayer 55 import net.sf.basedb.core.QuotaType;
226 09 Jan 07 mbayer 56 import net.sf.basedb.core.RawBioAssay;
226 09 Jan 07 mbayer 57 import net.sf.basedb.core.RawDataType;
226 09 Jan 07 mbayer 58 import net.sf.basedb.core.SessionControl;
226 09 Jan 07 mbayer 59 import net.sf.basedb.core.SimpleProgressReporter;
226 09 Jan 07 mbayer 60 import net.sf.basedb.core.StringParameterType;
239 20 Feb 07 mbayer 61 import net.sf.basedb.core.SystemItems;
226 09 Jan 07 mbayer 62 import net.sf.basedb.core.User;
226 09 Jan 07 mbayer 63 import net.sf.basedb.core.plugin.Response;
226 09 Jan 07 mbayer 64 import net.sf.basedb.core.query.Expressions;
226 09 Jan 07 mbayer 65 import net.sf.basedb.core.query.Hql;
226 09 Jan 07 mbayer 66 import net.sf.basedb.core.query.Restrictions;
226 09 Jan 07 mbayer 67 import net.sf.basedb.util.zip.FileUnpacker;
226 09 Jan 07 mbayer 68
226 09 Jan 07 mbayer 69 /**
239 20 Feb 07 mbayer 70  * Imports raw data from a batch of flat files into BASE2. The data files must
239 20 Feb 07 mbayer 71  * be packaged as a zip file and conform to the same data format. It is assumed
239 20 Feb 07 mbayer 72  * that this code is executed after an Experiment object has been created
239 20 Feb 07 mbayer 73  * already and that it is of the same data type as the data that are being
239 20 Feb 07 mbayer 74  * imported. Currently only supports the creation of RawBioAssay objects as part
239 20 Feb 07 mbayer 75  * of the import but could be extended to create other objects as needed.
239 20 Feb 07 mbayer 76  * 
239 20 Feb 07 mbayer 77  * @author Micha Bayer - Plant Bioinformatics Group, Scottish Crop Research
239 20 Feb 07 mbayer 78  *         Institute email: sbrn@scri.ac.uk, web http://www.scri.ac.uk
226 09 Jan 07 mbayer 79  */
226 09 Jan 07 mbayer 80 public class BatchDataImport
226 09 Jan 07 mbayer 81 {
239 20 Feb 07 mbayer 82   // ======================================vars=============================
226 09 Jan 07 mbayer 83
239 20 Feb 07 mbayer 84   // BASE client infrastructure
239 20 Feb 07 mbayer 85   private DbControl dc = null;
239 20 Feb 07 mbayer 86
226 09 Jan 07 mbayer 87   private SessionControl sc = null;
226 09 Jan 07 mbayer 88
239 20 Feb 07 mbayer 89   // the directory the files for import are located in
226 09 Jan 07 mbayer 90   private Directory dir = null;
226 09 Jan 07 mbayer 91
239 20 Feb 07 mbayer 92   // the name of the zip file minus the extension
226 09 Jan 07 mbayer 93   private String fileName = null;
226 09 Jan 07 mbayer 94
239 20 Feb 07 mbayer 95   // the zip file we want to import
226 09 Jan 07 mbayer 96   private File zipFile = null;
226 09 Jan 07 mbayer 97
239 20 Feb 07 mbayer 98   // the Experiment that this import will be attached to
226 09 Jan 07 mbayer 99   private Experiment experiment = null;
231 14 Feb 07 mbayer 100
239 20 Feb 07 mbayer 101   // the progress reporter for the overall batch import
226 09 Jan 07 mbayer 102   private ProgressReporter progress = null;
231 14 Feb 07 mbayer 103
239 20 Feb 07 mbayer 104   // the percentage complete of the currently executing file import
239 20 Feb 07 mbayer 105   // (subjob)
226 09 Jan 07 mbayer 106   private double currentJobPercentComplete = 0;
231 14 Feb 07 mbayer 107
239 20 Feb 07 mbayer 108   // the currently executing file import job
226 09 Jan 07 mbayer 109   private Job currentJob = null;
226 09 Jan 07 mbayer 110
239 20 Feb 07 mbayer 111   // the cdf file for the array desing for Affy data
231 14 Feb 07 mbayer 112   private File cdfFile = null;
231 14 Feb 07 mbayer 113
239 20 Feb 07 mbayer 114   // ================================c'tor=================================
226 09 Jan 07 mbayer 115
239 20 Feb 07 mbayer 116   public BatchDataImport(SessionControl sc, File zipFile, Experiment experiment, ProgressReporter progress)
226 09 Jan 07 mbayer 117   {
226 09 Jan 07 mbayer 118     dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 119     this.sc = sc;
226 09 Jan 07 mbayer 120     this.zipFile = zipFile;
226 09 Jan 07 mbayer 121     this.experiment = experiment;
226 09 Jan 07 mbayer 122     this.progress = progress;
226 09 Jan 07 mbayer 123   }
226 09 Jan 07 mbayer 124
239 20 Feb 07 mbayer 125   // ================================methods==================================
226 09 Jan 07 mbayer 126
226 09 Jan 07 mbayer 127   /**
239 20 Feb 07 mbayer 128    * Unpacks the zip file in a new subdirectory of the directory where the zip file is located.
239 20 Feb 07 mbayer 129    * The new dir is named after the name of the zip file (minus the extension).
226 09 Jan 07 mbayer 130    */
231 14 Feb 07 mbayer 131   public boolean unpackZipFile() throws Exception
226 09 Jan 07 mbayer 132   {
239 20 Feb 07 mbayer 133
226 09 Jan 07 mbayer 134     int numUnpackedFiles = 0;
239 20 Feb 07 mbayer 135     boolean unpackSuccess = false;
226 09 Jan 07 mbayer 136
226 09 Jan 07 mbayer 137     try
226 09 Jan 07 mbayer 138     {
239 20 Feb 07 mbayer 139       // figure out where the zip file is located
239 20 Feb 07 mbayer 140       Directory zipFileDir = zipFile.getDirectory();
239 20 Feb 07 mbayer 141       System.out.println("zipFile is located in dir " + zipFileDir.toString());
226 09 Jan 07 mbayer 142
239 20 Feb 07 mbayer 143       // make a new subdir in that dir
239 20 Feb 07 mbayer 144       // the zip file should then be unzipped in here
239 20 Feb 07 mbayer 145       // give it the same name as that of the zip file plus a
239 20 Feb 07 mbayer 146       // timestamp
231 14 Feb 07 mbayer 147       String timeStamp = getTime("ddMMyy_HHmmss");
239 20 Feb 07 mbayer 148       Directory subDir = Directory.getNew(dc, zipFileDir);
226 09 Jan 07 mbayer 149       fileName = zipFile.getName();
239 20 Feb 07 mbayer 150       String fileNameNoExt = fileName.substring(0, fileName.indexOf("."));
239 20 Feb 07 mbayer 151       System.out.println("new subDir = " + fileNameNoExt + timeStamp);
239 20 Feb 07 mbayer 152       subDir.setName(fileNameNoExt + timeStamp);
226 09 Jan 07 mbayer 153
239 20 Feb 07 mbayer 154       // save the new subDir
239 20 Feb 07 mbayer 155       dc.saveItem(subDir);
226 09 Jan 07 mbayer 156       dir = subDir;
239 20 Feb 07 mbayer 157       
239 20 Feb 07 mbayer 158       //check the size of the zip file content
239 20 Feb 07 mbayer 159       //if unzipping this file we must not execeed our disk quota
239 20 Feb 07 mbayer 160       InputStream inStream = zipFile.getDownloadStream(0);      
239 20 Feb 07 mbayer 161       long zipFileSize = getZipfileEntriesSize(inStream);  
239 20 Feb 07 mbayer 162       
239 20 Feb 07 mbayer 163       //get the user's current disk usage and quota
239 20 Feb 07 mbayer 164       int userID = sc.getLoggedInUserId();
239 20 Feb 07 mbayer 165       User user = User.getById(dc, userID);
239 20 Feb 07 mbayer 166       Quota quota = user.getQuota();
239 20 Feb 07 mbayer 167       QuotaType totalQuotaType = QuotaType.getById(dc, SystemItems.getId(QuotaType.TOTAL));
239 20 Feb 07 mbayer 168       //unlimited storage (e.g. for user root) will return -1 here so need to check for this further down
239 20 Feb 07 mbayer 169       long quotaValue = quota.getQuotaValue(totalQuotaType, Location.PRIMARY);      
239 20 Feb 07 mbayer 170       long currentDiskUsage = user.getDiskUsage(totalQuotaType, Location.PRIMARY);
239 20 Feb 07 mbayer 171       
239 20 Feb 07 mbayer 172       //check whether remaining disk space and zip file size are compatible
239 20 Feb 07 mbayer 173       long remainingSpace = quotaValue - currentDiskUsage;
239 20 Feb 07 mbayer 174       System.out.println("quotaValue for user " + user.toString() + " = " + quotaValue);
239 20 Feb 07 mbayer 175       System.out.println("currentDiskUsage = " + currentDiskUsage);
239 20 Feb 07 mbayer 176       System.out.println("remainingSpace = " + remainingSpace);
239 20 Feb 07 mbayer 177       System.out.println("zipFileSize = " + zipFileSize);
239 20 Feb 07 mbayer 178       if(remainingSpace < zipFileSize && quotaValue!=-1L)
239 20 Feb 07 mbayer 179       {
239 20 Feb 07 mbayer 180         throw new Exception("insufficient disk space remaining for unzipping of file -- please contact your BASE administrator or remove some files");
239 20 Feb 07 mbayer 181       }
226 09 Jan 07 mbayer 182
239 20 Feb 07 mbayer 183       // now unzip the zip file into the new subdir
226 09 Jan 07 mbayer 184       if (zipFile != null)
239 20 Feb 07 mbayer 185       {
226 09 Jan 07 mbayer 186         PluginDefinition plugin = PluginDefinition.getByClassName(dc, "net.sf.basedb.plugins.ZipFileUnpacker");
239 20 Feb 07 mbayer 187         FileUnpacker unpacker = plugin.newInstance(net.sf.basedb.plugins.ZipFileUnpacker.class, null, sc, null, null);
226 09 Jan 07 mbayer 188         InputStream uploadStream = zipFile.getDownloadStream(0);
226 09 Jan 07 mbayer 189         if (unpacker != null)
226 09 Jan 07 mbayer 190         {
226 09 Jan 07 mbayer 191           System.out.println("unpacking");
226 09 Jan 07 mbayer 192           numUnpackedFiles = unpacker.unpack(dc, subDir, uploadStream, false, null);
239 20 Feb 07 mbayer 193         }
226 09 Jan 07 mbayer 194         uploadStream.close();
226 09 Jan 07 mbayer 195       }
226 09 Jan 07 mbayer 196
239 20 Feb 07 mbayer 197       // commit the changes
226 09 Jan 07 mbayer 198       dc.commit();
226 09 Jan 07 mbayer 199
239 20 Feb 07 mbayer 200       // can't check for all the files so we have to assume
239 20 Feb 07 mbayer 201       // that if any files were unpacked ok, they all worked
239 20 Feb 07 mbayer 202       if (numUnpackedFiles > 0)
226 09 Jan 07 mbayer 203       {
226 09 Jan 07 mbayer 204         unpackSuccess = true;
226 09 Jan 07 mbayer 205       }
226 09 Jan 07 mbayer 206       System.out.println("numUnpackedFiles = " + numUnpackedFiles);
226 09 Jan 07 mbayer 207     }
226 09 Jan 07 mbayer 208     catch (Exception e)
226 09 Jan 07 mbayer 209     {
226 09 Jan 07 mbayer 210       e.printStackTrace();
239 20 Feb 07 mbayer 211       throw new Exception("zip file unpacking failed: " + e.getMessage());
226 09 Jan 07 mbayer 212     }
239 20 Feb 07 mbayer 213     finally
239 20 Feb 07 mbayer 214     {
239 20 Feb 07 mbayer 215       if (dc != null)
239 20 Feb 07 mbayer 216         dc.close();
239 20 Feb 07 mbayer 217     }
226 09 Jan 07 mbayer 218     return unpackSuccess;
226 09 Jan 07 mbayer 219   }
226 09 Jan 07 mbayer 220
239 20 Feb 07 mbayer 221   // -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
226 09 Jan 07 mbayer 222
226 09 Jan 07 mbayer 223   /**
239 20 Feb 07 mbayer 224    * Imports the data from a batch of text files into new RawBioAssay
239 20 Feb 07 mbayer 225    * objects (one per file), then creates a new experiment with all of
239 20 Feb 07 mbayer 226    * these RBAs attached.
239 20 Feb 07 mbayer 227    * 
239 20 Feb 07 mbayer 228    * @return boolean success -- true if everything worked as defined
226 09 Jan 07 mbayer 229    */
226 09 Jan 07 mbayer 230   public boolean importData() throws Exception
226 09 Jan 07 mbayer 231   {
226 09 Jan 07 mbayer 232     boolean importSuccess = false;
226 09 Jan 07 mbayer 233     boolean unpackSuccess = unpackZipFile();
226 09 Jan 07 mbayer 234
226 09 Jan 07 mbayer 235     System.out.println("BatchDataImport importData");
226 09 Jan 07 mbayer 236     System.out.println("dir = " + dir.getName());
226 09 Jan 07 mbayer 237
239 20 Feb 07 mbayer 238     // get the raw data type from the experiment
239 20 Feb 07 mbayer 239     RawDataType rawDataType = experiment.getRawDataType();
231 14 Feb 07 mbayer 240     System.out.println("rawDataType = " + rawDataType.getName());
231 14 Feb 07 mbayer 241
226 09 Jan 07 mbayer 242     ItemQuery<File> fileQuery = null;
239 20 Feb 07 mbayer 243     ItemResultList<File> fileList = null;
226 09 Jan 07 mbayer 244
239 20 Feb 07 mbayer 245     if (dc == null || !dc.isConnected())
239 20 Feb 07 mbayer 246       dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 247
226 09 Jan 07 mbayer 248     try
239 20 Feb 07 mbayer 249     {
239 20 Feb 07 mbayer 250       // list all files in dir -- this should be what we
239 20 Feb 07 mbayer 251       // unzipped from the zip file
226 09 Jan 07 mbayer 252       fileQuery = dir.getFiles();
239 20 Feb 07 mbayer 253       fileList = fileQuery.list(dc);
231 14 Feb 07 mbayer 254
239 20 Feb 07 mbayer 255       File[] dataFiles = null;
239 20 Feb 07 mbayer 256       if (fileQuery != null)
226 09 Jan 07 mbayer 257       {
239 20 Feb 07 mbayer 258         // for Affy data the zip file uploaded should
239 20 Feb 07 mbayer 259         // contain the cdf file for the chip and all the
239 20 Feb 07 mbayer 260         // cel files
239 20 Feb 07 mbayer 261         // need to separate these out
231 14 Feb 07 mbayer 262         if (rawDataType.getName().equalsIgnoreCase("affymetrix"))
231 14 Feb 07 mbayer 263         {
231 14 Feb 07 mbayer 264
239 20 Feb 07 mbayer 265           // iterate over all the files and check
239 20 Feb 07 mbayer 266           // their extensions
239 20 Feb 07 mbayer 267           int dataFileCount = 0;
239 20 Feb 07 mbayer 268           // initiate a shorter array for the data
239 20 Feb 07 mbayer 269           // files since this should not include
239 20 Feb 07 mbayer 270           // the cdf file
239 20 Feb 07 mbayer 271           dataFiles = new File[fileList.size() - 1];
231 14 Feb 07 mbayer 272           System.out.println("instantiating dataFiles array of length " + dataFiles.length);
239 20 Feb 07 mbayer 273
231 14 Feb 07 mbayer 274           System.out.println("affy data -- iterating over file names");
231 14 Feb 07 mbayer 275           for (int i = 0; i < fileList.size(); i++)
231 14 Feb 07 mbayer 276           {
239 20 Feb 07 mbayer 277             // get the current file and
239 20 Feb 07 mbayer 278             // check its extension
231 14 Feb 07 mbayer 279             File file = fileList.get(i);
231 14 Feb 07 mbayer 280             String fileName = file.getName();
239 20 Feb 07 mbayer 281             String extension = fileName.substring(fileName.lastIndexOf(".") + 1);
239 20 Feb 07 mbayer 282             System.out.println("file name = " + fileName + ", extension = " + extension);
231 14 Feb 07 mbayer 283
239 20 Feb 07 mbayer 284             // if it's the cdf file, point
239 20 Feb 07 mbayer 285             // the global var for this at it
239 20 Feb 07 mbayer 286             if (extension.equalsIgnoreCase("cdf"))
231 14 Feb 07 mbayer 287             {
231 14 Feb 07 mbayer 288               System.out.println("cdf file found");
231 14 Feb 07 mbayer 289               cdfFile = file;
239 20 Feb 07 mbayer 290               System.out.println("cdf file = " + cdfFile);
231 14 Feb 07 mbayer 291             }
239 20 Feb 07 mbayer 292             // if it's a cel file, add it to
239 20 Feb 07 mbayer 293             // the dataFiles array
239 20 Feb 07 mbayer 294             else if (extension.equalsIgnoreCase("cel"))
231 14 Feb 07 mbayer 295             {
239 20 Feb 07 mbayer 296               System.out.println("setting dataFiles[" + dataFileCount + "] to file " + file.getName());
239 20 Feb 07 mbayer 297               dataFiles[dataFileCount] = file;
239 20 Feb 07 mbayer 298               dataFileCount++;
231 14 Feb 07 mbayer 299             }
239 20 Feb 07 mbayer 300             // if it is neither a cel file
239 20 Feb 07 mbayer 301             // nor a cdf file then the user
239 20 Feb 07 mbayer 302             // must have defined the
239 20 Feb 07 mbayer 303             // Experiment as
239 20 Feb 07 mbayer 304             // being Affy but the data they
239 20 Feb 07 mbayer 305             // are importing is not Affy
239 20 Feb 07 mbayer 306             // in that case we need to throw
239 20 Feb 07 mbayer 307             // an Exception and abort the
239 20 Feb 07 mbayer 308             // whole import
234 14 Feb 07 mbayer 309             else
234 14 Feb 07 mbayer 310             {
234 14 Feb 07 mbayer 311               throw new Exception("data file is not Affymetrix cel file but Experiment was defined as Affymetrix data type");
234 14 Feb 07 mbayer 312             }
231 14 Feb 07 mbayer 313           }
226 09 Jan 07 mbayer 314         }
239 20 Feb 07 mbayer 315         else
239 20 Feb 07 mbayer 316         // non-Affy data types
231 14 Feb 07 mbayer 317         {
239 20 Feb 07 mbayer 318           // in this case all the files in the zip
239 20 Feb 07 mbayer 319           // file should be data files
239 20 Feb 07 mbayer 320           dataFiles = new File[fileList.size()];
231 14 Feb 07 mbayer 321           System.out.println("instantiating dataFiles array of length " + dataFiles.length);
231 14 Feb 07 mbayer 322
239 20 Feb 07 mbayer 323           // put the files from the list into the
239 20 Feb 07 mbayer 324           // array for homogeneity's sake
231 14 Feb 07 mbayer 325           fileList.toArray(dataFiles);
231 14 Feb 07 mbayer 326         }
231 14 Feb 07 mbayer 327
239 20 Feb 07 mbayer 328         // list all the data files
239 20 Feb 07 mbayer 329         System.out.println("data files: ");
239 20 Feb 07 mbayer 330         for (int i = 0; i < dataFiles.length; i++)
239 20 Feb 07 mbayer 331         {
231 14 Feb 07 mbayer 332           System.out.println(dataFiles[i].getName());
231 14 Feb 07 mbayer 333         }
226 09 Jan 07 mbayer 334       }
226 09 Jan 07 mbayer 335
239 20 Feb 07 mbayer 336       // earmark this one file for autodetecting the file
239 20 Feb 07 mbayer 337       // format
239 20 Feb 07 mbayer 338       // all files must have same format
226 09 Jan 07 mbayer 339       File exampleFile = fileList.get(0);
226 09 Jan 07 mbayer 340       System.out.println("exampleFile = " + exampleFile.getName());
239 20 Feb 07 mbayer 341
239 20 Feb 07 mbayer 342       // check we don't have a discrepancy between the raw
239 20 Feb 07 mbayer 343       // data type and the data files here
239 20 Feb 07 mbayer 344       // if users have specified a non-affy data type and the
239 20 Feb 07 mbayer 345       // data is affy we need to abort the import with an
239 20 Feb 07 mbayer 346       // appropriate error
239 20 Feb 07 mbayer 347       // get the current file and check its extension
234 14 Feb 07 mbayer 348       String exampleFileName = exampleFile.getName();
239 20 Feb 07 mbayer 349       String exampleFileExtension = exampleFileName.substring(exampleFileName.lastIndexOf(".") + 1);
239 20 Feb 07 mbayer 350       if ((exampleFileExtension.equalsIgnoreCase("cdf") || exampleFileExtension.equalsIgnoreCase("cel")) && !rawDataType.getName().equalsIgnoreCase("affymetrix"))
234 14 Feb 07 mbayer 351       {
234 14 Feb 07 mbayer 352         throw new Exception("Affymetrix data found but Experiment data type was specified as non-Affy");
234 14 Feb 07 mbayer 353       }
226 09 Jan 07 mbayer 354
239 20 Feb 07 mbayer 355       // for non-Affy data types, find a suitable plugin
239 20 Feb 07 mbayer 356       // configuration
231 14 Feb 07 mbayer 357       PluginConfiguration importConfig = null;
231 14 Feb 07 mbayer 358       if (!rawDataType.getName().equalsIgnoreCase("affymetrix"))
231 14 Feb 07 mbayer 359       {
239 20 Feb 07 mbayer 360         // get the appropriate plugin config
231 14 Feb 07 mbayer 361         PluginConfigDetector detector = new PluginConfigDetector(sc);
239 20 Feb 07 mbayer 362         importConfig = detector.detectPluginConfig(exampleFile);
231 14 Feb 07 mbayer 363         System.out.println("PluginConfiguration importConfig = " + importConfig);
239 20 Feb 07 mbayer 364
239 20 Feb 07 mbayer 365         // now need to figure out the raw data type to
239 20 Feb 07 mbayer 366         // make sure it matches that of the Experiment
239 20 Feb 07 mbayer 367         // we are importing into
239 20 Feb 07 mbayer 368         // this can be done by looking at the plugin
239 20 Feb 07 mbayer 369         // config which should have it stored in it
234 14 Feb 07 mbayer 370         List rdtVal = importConfig.getParameterValues("rawDataType");
239 20 Feb 07 mbayer 371         String rawDataTypeStr = (String) rdtVal.get(0);
239 20 Feb 07 mbayer 372         System.out.println("rawDataType detected from files = " + rawDataTypeStr);
239 20 Feb 07 mbayer 373         // compare this to the raw data type of the
239 20 Feb 07 mbayer 374         // experiment
239 20 Feb 07 mbayer 375         if (!rawDataType.getName().equalsIgnoreCase(rawDataTypeStr))
234 14 Feb 07 mbayer 376         {
234 14 Feb 07 mbayer 377           throw new Exception("raw data types of experiment and data files do not match");
234 14 Feb 07 mbayer 378         }
239 20 Feb 07 mbayer 379
231 14 Feb 07 mbayer 380       }
226 09 Jan 07 mbayer 381
231 14 Feb 07 mbayer 382       // for each data file
239 20 Feb 07 mbayer 383       // create a new RawBioAssay
239 20 Feb 07 mbayer 384       RawBioAssay[] rawBioAssays = new RawBioAssay[dataFiles.length];
231 14 Feb 07 mbayer 385       System.out.println("dataFiles.length = " + dataFiles.length);
231 14 Feb 07 mbayer 386       for (int i = 0; i < dataFiles.length; i++)
226 09 Jan 07 mbayer 387       {
239 20 Feb 07 mbayer 388         if (dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 389           dc = sc.newDbControl();
231 14 Feb 07 mbayer 390         System.out.println("current data file is " + dataFiles[i].getName());
239 20 Feb 07 mbayer 391         RawBioAssay rba = createRawBioAssay(dc, "raw bioassay " + dataFiles[i].getName(), rawDataType);
231 14 Feb 07 mbayer 392         rawBioAssays[i] = rba;
239 20 Feb 07 mbayer 393       }
226 09 Jan 07 mbayer 394
239 20 Feb 07 mbayer 395       // write all this to the database
226 09 Jan 07 mbayer 396       dc.commit();
226 09 Jan 07 mbayer 397
239 20 Feb 07 mbayer 398       // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 399       if (dc.isClosed())
239 20 Feb 07 mbayer 400         dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 401
239 20 Feb 07 mbayer 402       // monitor the job progress
239 20 Feb 07 mbayer 403       ProgressMonitorThread pm = new ProgressMonitorThread(progress, rawBioAssays.length, this);
226 09 Jan 07 mbayer 404       pm.start();
231 14 Feb 07 mbayer 405
239 20 Feb 07 mbayer 406       // import the data for each RawBioAssay
239 20 Feb 07 mbayer 407       // only do this for non-Affy data types
231 14 Feb 07 mbayer 408       if (!rawDataType.getName().equalsIgnoreCase("affymetrix"))
226 09 Jan 07 mbayer 409       {
239 20 Feb 07 mbayer 410         for (int i = 0; i < rawBioAssays.length; i++)
231 14 Feb 07 mbayer 411         {
231 14 Feb 07 mbayer 412           SimpleProgressReporter pr = new SimpleProgressReporter(null);
231 14 Feb 07 mbayer 413           pm.setPr(pr);
231 14 Feb 07 mbayer 414           importRawData(importConfig, dataFiles[i], rawBioAssays[i], pr);
231 14 Feb 07 mbayer 415           pm.setCount(i);
231 14 Feb 07 mbayer 416         }
239 20 Feb 07 mbayer 417       }
239 20 Feb 07 mbayer 418       else
239 20 Feb 07 mbayer 419       // Affy data
231 14 Feb 07 mbayer 420       {
231 14 Feb 07 mbayer 421         System.out.println("Affymetrix experiment -- attaching cel files to raw bioassays");
231 14 Feb 07 mbayer 422
239 20 Feb 07 mbayer 423         // make a new ArrayDesign for this affy chip
231 14 Feb 07 mbayer 424         ArrayDesign arrayDesign = ArrayDesign.getNew(dc, true);
231 14 Feb 07 mbayer 425         arrayDesign.setName(cdfFile.getName());
231 14 Feb 07 mbayer 426         dc.saveItem(arrayDesign);
231 14 Feb 07 mbayer 427         dc.commit();
239 20 Feb 07 mbayer 428         // ArrayDesign arrayDesign =
239 20 Feb 07 mbayer 429         // ArrayDesign.getById(dc, 7);
231 14 Feb 07 mbayer 430         System.out.println("using arrayDesign object " + arrayDesign.getName());
231 14 Feb 07 mbayer 431
239 20 Feb 07 mbayer 432         // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 433         if (dc.isClosed())
239 20 Feb 07 mbayer 434           dc = sc.newDbControl();
239 20 Feb 07 mbayer 435
239 20 Feb 07 mbayer 436         // check the cdf file exists -- this should have
239 20 Feb 07 mbayer 437         // been included in the zip file
239 20 Feb 07 mbayer 438         // else fail the whole import
239 20 Feb 07 mbayer 439         if (cdfFile == null)
231 14 Feb 07 mbayer 440         {
231 14 Feb 07 mbayer 441           throw new Exception("no cdf file found for Affy data -- check that the zip file included this");
231 14 Feb 07 mbayer 442         }
231 14 Feb 07 mbayer 443
239 20 Feb 07 mbayer 444         // now set the cdf file on the array design
231 14 Feb 07 mbayer 445         System.out.println("setting cdf file on the array design object");
231 14 Feb 07 mbayer 446         dc.reattachItem(arrayDesign);
231 14 Feb 07 mbayer 447         dc.reattachItem(cdfFile);
231 14 Feb 07 mbayer 448         Affymetrix.setCdfFile(arrayDesign, cdfFile);
231 14 Feb 07 mbayer 449
239 20 Feb 07 mbayer 450         // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 451         if (dc.isClosed())
239 20 Feb 07 mbayer 452           dc = sc.newDbControl();
239 20 Feb 07 mbayer 453
231 14 Feb 07 mbayer 454         System.out.println("adding cel files to raw bioassays");
239 20 Feb 07 mbayer 455         for (int i = 0; i < rawBioAssays.length; i++)
239 20 Feb 07 mbayer 456         {
231 14 Feb 07 mbayer 457           RawBioAssay rba = RawBioAssay.getById(dc, rawBioAssays[i].getId());
239 20 Feb 07 mbayer 458
231 14 Feb 07 mbayer 459           System.out.println("iteration " + i);
231 14 Feb 07 mbayer 460           System.out.println("rba = " + rba.getName());
231 14 Feb 07 mbayer 461           System.out.println("file = " + dataFiles[i].getName());
239 20 Feb 07 mbayer 462
239 20 Feb 07 mbayer 463           // must set the array design
231 14 Feb 07 mbayer 464           rba.setArrayDesign(arrayDesign);
231 14 Feb 07 mbayer 465
239 20 Feb 07 mbayer 466           // need to attach the cel file to the
239 20 Feb 07 mbayer 467           // bioassay object
239 20 Feb 07 mbayer 468           Affymetrix.setCelFile(rba, dataFiles[i]);
231 14 Feb 07 mbayer 469         }
226 09 Jan 07 mbayer 470       }
239 20 Feb 07 mbayer 471
239 20 Feb 07 mbayer 472       // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 473       if (dc.isClosed())
239 20 Feb 07 mbayer 474         dc = sc.newDbControl();
239 20 Feb 07 mbayer 475       // commit the changes to the database
231 14 Feb 07 mbayer 476       dc.commit();
226 09 Jan 07 mbayer 477
239 20 Feb 07 mbayer 478       // now attach all the new RawBioAssay objects to the
239 20 Feb 07 mbayer 479       // current Experiment item
239 20 Feb 07 mbayer 480       // this is the Experiment the user will be running the
239 20 Feb 07 mbayer 481       // import from
239 20 Feb 07 mbayer 482       configureExperiment(dc, rawDataType, rawBioAssays);
231 14 Feb 07 mbayer 483
239 20 Feb 07 mbayer 484       // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 485       if (dc.isClosed())
239 20 Feb 07 mbayer 486         dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 487
239 20 Feb 07 mbayer 488       // check whether the import worked
239 20 Feb 07 mbayer 489       // if item 0 in the list of RawBioAssay objects can be
239 20 Feb 07 mbayer 490       // retrieved, we assume it all worked
226 09 Jan 07 mbayer 491       ItemQuery<RawBioAssay> query = RawBioAssay.getQuery();
231 14 Feb 07 mbayer 492       query.restrict(Restrictions.eq(Hql.property("name"), Expressions.string(rawBioAssays[0].getName())));
226 09 Jan 07 mbayer 493       RawBioAssay testRba = query.list(dc).get(0);
239 20 Feb 07 mbayer 494       if (testRba != null)
226 09 Jan 07 mbayer 495       {
226 09 Jan 07 mbayer 496         importSuccess = true;
226 09 Jan 07 mbayer 497       }
226 09 Jan 07 mbayer 498
226 09 Jan 07 mbayer 499     }
226 09 Jan 07 mbayer 500     catch (Exception e)
226 09 Jan 07 mbayer 501     {
226 09 Jan 07 mbayer 502       e.printStackTrace();
231 14 Feb 07 mbayer 503       throw new Exception(e);
226 09 Jan 07 mbayer 504     }
226 09 Jan 07 mbayer 505     finally
226 09 Jan 07 mbayer 506     {
239 20 Feb 07 mbayer 507       if (dc != null)
226 09 Jan 07 mbayer 508         dc.close();
226 09 Jan 07 mbayer 509     }
226 09 Jan 07 mbayer 510
226 09 Jan 07 mbayer 511     return importSuccess;
226 09 Jan 07 mbayer 512   }
226 09 Jan 07 mbayer 513
226 09 Jan 07 mbayer 514   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
226 09 Jan 07 mbayer 515
226 09 Jan 07 mbayer 516   /**
239 20 Feb 07 mbayer 517    * Import features.
226 09 Jan 07 mbayer 518    */
239 20 Feb 07 mbayer 519   private void importRawData(PluginConfiguration config, File file, RawBioAssay rba, SimpleProgressReporter pr) throws Exception
226 09 Jan 07 mbayer 520   {
239 20 Feb 07 mbayer 521     System.out.println("importing raw data from file: " + file.getName());
226 09 Jan 07 mbayer 522     Job job = null;
226 09 Jan 07 mbayer 523     try
226 09 Jan 07 mbayer 524     {
239 20 Feb 07 mbayer 525       // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 526       if (dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 527         dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 528
226 09 Jan 07 mbayer 529       config = PluginConfiguration.getById(dc, config.getId());
226 09 Jan 07 mbayer 530       job = Job.getNew(dc, config.getPluginDefinition(), config);
226 09 Jan 07 mbayer 531       job.setName("Importing data to raw bioassay: " + rba.getName());
226 09 Jan 07 mbayer 532       job.setParameterValue("file", new FileParameterType(), file);
226 09 Jan 07 mbayer 533       job.setParameterValue("rawBioAssay", new ItemParameterType<RawBioAssay>(RawBioAssay.class, null), rba);
226 09 Jan 07 mbayer 534       job.setParameterValue("missingReporterError", new StringParameterType(), "skip");
226 09 Jan 07 mbayer 535       job.setParameterValue("featureMismatchError", new StringParameterType(), "skip");
231 14 Feb 07 mbayer 536
226 09 Jan 07 mbayer 537       currentJob = job;
231 14 Feb 07 mbayer 538
226 09 Jan 07 mbayer 539       dc.saveItem(job);
226 09 Jan 07 mbayer 540       dc.commit();
239 20 Feb 07 mbayer 541       executeJob(job, pr);
226 09 Jan 07 mbayer 542     }
239 20 Feb 07 mbayer 543     catch (Exception x)
226 09 Jan 07 mbayer 544     {
226 09 Jan 07 mbayer 545       x.printStackTrace();
226 09 Jan 07 mbayer 546     }
226 09 Jan 07 mbayer 547     finally
226 09 Jan 07 mbayer 548     {
239 20 Feb 07 mbayer 549       if (!dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 550         dc.close();
226 09 Jan 07 mbayer 551     }
226 09 Jan 07 mbayer 552   }
226 09 Jan 07 mbayer 553
226 09 Jan 07 mbayer 554   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
226 09 Jan 07 mbayer 555
226 09 Jan 07 mbayer 556   /**
239 20 Feb 07 mbayer 557    * Execute a job.
239 20 Feb 07 mbayer 558    * 
239 20 Feb 07 mbayer 559    * @param job
226 09 Jan 07 mbayer 560    */
239 20 Feb 07 mbayer 561   private void executeJob(Job job, SimpleProgressReporter pr)
226 09 Jan 07 mbayer 562   {
239 20 Feb 07 mbayer 563     // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 564     if (dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 565       dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 566
226 09 Jan 07 mbayer 567     String localhost = "";
226 09 Jan 07 mbayer 568     try
226 09 Jan 07 mbayer 569     {
239 20 Feb 07 mbayer 570       localhost = InetAddress.getLocalHost().toString();
226 09 Jan 07 mbayer 571     }
226 09 Jan 07 mbayer 572     catch (UnknownHostException e)
226 09 Jan 07 mbayer 573     {
226 09 Jan 07 mbayer 574       e.printStackTrace();
226 09 Jan 07 mbayer 575     }
226 09 Jan 07 mbayer 576
239 20 Feb 07 mbayer 577     System.out.println("Executing job: " + job.getName());
226 09 Jan 07 mbayer 578     job = Job.getById(dc, job.getId());
231 14 Feb 07 mbayer 579
226 09 Jan 07 mbayer 580     PluginExecutionRequest request = job.execute(pr, localhost);
226 09 Jan 07 mbayer 581     dc.commit();
226 09 Jan 07 mbayer 582
239 20 Feb 07 mbayer 583     // execute the job request
226 09 Jan 07 mbayer 584     PluginResponse response = request.invoke();
231 14 Feb 07 mbayer 585
239 20 Feb 07 mbayer 586     // check the job ended sucessfully
226 09 Jan 07 mbayer 587     if (response.getStatus() == Response.Status.ERROR)
226 09 Jan 07 mbayer 588     {
226 09 Jan 07 mbayer 589       throw new BaseException(response.getMessage(), response.getErrorList().get(0));
226 09 Jan 07 mbayer 590     }
239 20 Feb 07 mbayer 591     System.out.println("Job ended successfully: " + response.getMessage());
226 09 Jan 07 mbayer 592
239 20 Feb 07 mbayer 593     if (!dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 594       dc.close();
226 09 Jan 07 mbayer 595   }
226 09 Jan 07 mbayer 596
226 09 Jan 07 mbayer 597   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
226 09 Jan 07 mbayer 598
226 09 Jan 07 mbayer 599   /**
239 20 Feb 07 mbayer 600    * Adds the raw bioassays to our experiment.
226 09 Jan 07 mbayer 601    */
239 20 Feb 07 mbayer 602   private void configureExperiment(DbControl dc, RawDataType rawDataType, RawBioAssay[] rawBioAssays) throws Exception
226 09 Jan 07 mbayer 603   {
226 09 Jan 07 mbayer 604     try
226 09 Jan 07 mbayer 605     {
239 20 Feb 07 mbayer 606       // make sure we have a working dbcontrol object
239 20 Feb 07 mbayer 607       if (dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 608         dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 609
226 09 Jan 07 mbayer 610       System.out.println("Configuring experiment " + experiment);
226 09 Jan 07 mbayer 611
239 20 Feb 07 mbayer 612       // make sure the raw data type is set to the correct
239 20 Feb 07 mbayer 613       // value
239 20 Feb 07 mbayer 614       // rather than relying on the one specified by the user,
239 20 Feb 07 mbayer 615       // we want to use the one that we have
239 20 Feb 07 mbayer 616       // actually detected by looking at the data to be
239 20 Feb 07 mbayer 617       // imported (see above)
239 20 Feb 07 mbayer 618       // check what the user has set is correct -- if not, we
239 20 Feb 07 mbayer 619       // need to fail the whole run
226 09 Jan 07 mbayer 620       RawDataType actualRdt = experiment.getRawDataType();
226 09 Jan 07 mbayer 621       if (!actualRdt.getName().equals(rawDataType.getName()))
226 09 Jan 07 mbayer 622       {
239 20 Feb 07 mbayer 623         throw new BaseException("Import failed -- the raw data type of the selected experiment and that of the " + "data to be imported don't match. Please change your data type to " + rawDataType.getName() + " and try again.");
226 09 Jan 07 mbayer 624       }
226 09 Jan 07 mbayer 625
239 20 Feb 07 mbayer 626       // now attach the raw bioassays
239 20 Feb 07 mbayer 627       // tried to do this directly on the Experiment object
239 20 Feb 07 mbayer 628       // passed into this class -- that fails
239 20 Feb 07 mbayer 629       // the following is a workaround -- just make a fresh
239 20 Feb 07 mbayer 630       // Experiment object from the ID of the one passed in
226 09 Jan 07 mbayer 631       int expID = experiment.getId();
226 09 Jan 07 mbayer 632       Experiment exp = Experiment.getById(dc, expID);
231 14 Feb 07 mbayer 633
226 09 Jan 07 mbayer 634       for (RawBioAssay rba : rawBioAssays)
226 09 Jan 07 mbayer 635       {
226 09 Jan 07 mbayer 636         rba = RawBioAssay.getById(dc, rba.getId());
226 09 Jan 07 mbayer 637         System.out.println("adding raw bioassay to experiment : " + rba);
226 09 Jan 07 mbayer 638         exp.addRawBioAssay(rba);
226 09 Jan 07 mbayer 639       }
226 09 Jan 07 mbayer 640
239 20 Feb 07 mbayer 641       // housekeeping
226 09 Jan 07 mbayer 642       dc.commit();
239 20 Feb 07 mbayer 643       if (!dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 644         dc.close();
226 09 Jan 07 mbayer 645     }
226 09 Jan 07 mbayer 646     catch (Exception e)
226 09 Jan 07 mbayer 647     {
226 09 Jan 07 mbayer 648       e.printStackTrace();
226 09 Jan 07 mbayer 649       throw new Exception("configuration of existing experiment failed");
226 09 Jan 07 mbayer 650     }
226 09 Jan 07 mbayer 651   }
226 09 Jan 07 mbayer 652
226 09 Jan 07 mbayer 653   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
226 09 Jan 07 mbayer 654
226 09 Jan 07 mbayer 655   /**
239 20 Feb 07 mbayer 656    * Create a raw bioassay.
226 09 Jan 07 mbayer 657    */
239 20 Feb 07 mbayer 658   private RawBioAssay createRawBioAssay(DbControl dc, String name, RawDataType rawDataType)
226 09 Jan 07 mbayer 659   {
239 20 Feb 07 mbayer 660     if (dc.isClosed())
226 09 Jan 07 mbayer 661       dc = sc.newDbControl();
226 09 Jan 07 mbayer 662
239 20 Feb 07 mbayer 663     System.out.println("Creating raw bioassay: " + name);
226 09 Jan 07 mbayer 664     RawBioAssay rba = RawBioAssay.getNew(dc, rawDataType);
226 09 Jan 07 mbayer 665     rba.setName(name);
226 09 Jan 07 mbayer 666     dc.saveItem(rba);
226 09 Jan 07 mbayer 667     return rba;
226 09 Jan 07 mbayer 668   }
226 09 Jan 07 mbayer 669
239 20 Feb 07 mbayer 670   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
231 14 Feb 07 mbayer 671
231 14 Feb 07 mbayer 672   private String getTime(String pattern)
231 14 Feb 07 mbayer 673   {
231 14 Feb 07 mbayer 674     SimpleDateFormat formatter;
231 14 Feb 07 mbayer 675     Locale currentLocale = Locale.getDefault();
231 14 Feb 07 mbayer 676     formatter = new SimpleDateFormat(pattern, currentLocale);
239 20 Feb 07 mbayer 677     String timeStamp = formatter.format(new Date());
231 14 Feb 07 mbayer 678     return timeStamp;
231 14 Feb 07 mbayer 679   }
231 14 Feb 07 mbayer 680
239 20 Feb 07 mbayer 681   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
231 14 Feb 07 mbayer 682
226 09 Jan 07 mbayer 683   public Job getCurrentJob()
226 09 Jan 07 mbayer 684   {
226 09 Jan 07 mbayer 685     return currentJob;
226 09 Jan 07 mbayer 686   }
226 09 Jan 07 mbayer 687
239 20 Feb 07 mbayer 688   // -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
239 20 Feb 07 mbayer 689   
239 20 Feb 07 mbayer 690   /**
239 20 Feb 07 mbayer 691    * Checks the total size of a given zip file (uncompressed)
239 20 Feb 07 mbayer 692    * @param InputStream fileInputStream -- an input stream from the zip file
239 20 Feb 07 mbayer 693    * @return long - the total size of the zip file uncompressed, in bytes
239 20 Feb 07 mbayer 694    * 
239 20 Feb 07 mbayer 695    */
239 20 Feb 07 mbayer 696   public static long getZipfileEntriesSize(InputStream fileInputStream)
239 20 Feb 07 mbayer 697   {
239 20 Feb 07 mbayer 698     long totalSize =0;
239 20 Feb 07 mbayer 699     try
239 20 Feb 07 mbayer 700     {
239 20 Feb 07 mbayer 701       ZipInputStream zipStream = new ZipInputStream(fileInputStream);     
239 20 Feb 07 mbayer 702       ZipEntry entry = zipStream.getNextEntry();
239 20 Feb 07 mbayer 703       while(entry!=null)
239 20 Feb 07 mbayer 704       {
239 20 Feb 07 mbayer 705         long size = entry.getSize();
239 20 Feb 07 mbayer 706         totalSize += size;
239 20 Feb 07 mbayer 707         entry = zipStream.getNextEntry();
239 20 Feb 07 mbayer 708       }
239 20 Feb 07 mbayer 709     }
239 20 Feb 07 mbayer 710     catch (IOException ioe)
239 20 Feb 07 mbayer 711     {
239 20 Feb 07 mbayer 712       ioe.printStackTrace();
239 20 Feb 07 mbayer 713     }
239 20 Feb 07 mbayer 714     return totalSize;
239 20 Feb 07 mbayer 715   }
239 20 Feb 07 mbayer 716   
239 20 Feb 07 mbayer 717 //   -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
226 09 Jan 07 mbayer 718
226 09 Jan 07 mbayer 719 }// end class

Generated on Tue Nov 21 03:45:15 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)