webservices/se.lu.thep.webservices/trunk/R-Perl_install.txt

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
259 20 Apr 07 jari 1 $Id$
259 20 Apr 07 jari 2
259 20 Apr 07 jari 3
257 20 Apr 07 mattias 4 The following steps are important when using the BaseWebService perl module
257 20 Apr 07 mattias 5 from R.
257 20 Apr 07 mattias 6
257 20 Apr 07 mattias 7 0. The BaseWebService.pm module requires the following modules to work:
257 20 Apr 07 mattias 8     
257 20 Apr 07 mattias 9    SOAP::Lite
257 20 Apr 07 mattias 10    LWP::Simple
257 20 Apr 07 mattias 11
257 20 Apr 07 mattias 12 1. Installation of R (currently version 2.4.1)
257 20 Apr 07 mattias 13
257 20 Apr 07 mattias 14 When running the configure script it is important that you specify the
257 20 Apr 07 mattias 15
257 20 Apr 07 mattias 16 --enable-R-shlib 
257 20 Apr 07 mattias 17
257 20 Apr 07 mattias 18 option to the configure script in order to build a shared/dynamic library.
257 20 Apr 07 mattias 19
257 20 Apr 07 mattias 20
257 20 Apr 07 mattias 21 2. Installation of RSPerl (currently RSPerl_0.91-2.tar.gz)
257 20 Apr 07 mattias 22
257 20 Apr 07 mattias 23   2.1 Download the RSPerl package from http://www.omegahat.org/RSPerl/
257 20 Apr 07 mattias 24
257 20 Apr 07 mattias 25   2.2 Normally one can install an R package directly using the tar archive,
257 20 Apr 07 mattias 26       but now we need a script inside the archive. So, unpack this file
257 20 Apr 07 mattias 27       (e.g. tar xvzf RSPerl_0.91-2.tar.gz).
257 20 Apr 07 mattias 28
257 20 Apr 07 mattias 29   2.3 We need to figure out what perl modules to link during compile
257 20 Apr 07 mattias 30       time. For a discussion on this issue, see the FAQ.html at the top most
257 20 Apr 07 mattias 31       directory. 
257 20 Apr 07 mattias 32   
257 20 Apr 07 mattias 33       Enter the top most RSPerl directory (cd RSPerl) and issue the command
257 20 Apr 07 mattias 34       
257 20 Apr 07 mattias 35       unix>> perl -s modules.pl -modules
257 20 Apr 07 mattias 36
257 20 Apr 07 mattias 37             
257 20 Apr 07 mattias 38       Paste the output from this script into and file and enclose the line in double
257 20 Apr 07 mattias 39       quotes. Also, add in the beginning of the line:
257 20 Apr 07 mattias 40       
257 20 Apr 07 mattias 41       export PERL_MODULES= 
257 20 Apr 07 mattias 42
257 20 Apr 07 mattias 43       Now paste this line into your unix shell and execute the command. We
257 20 Apr 07 mattias 44       have now created the environment variable PERL_MODULES.
257 20 Apr 07 mattias 45
257 20 Apr 07 mattias 46   2.4 Leave the RSPerl directory and goto the directory where you have 
257 20 Apr 07 mattias 47       the archive (RSPerl_0.91-2.tar.gz) 
257 20 Apr 07 mattias 48
257 20 Apr 07 mattias 49   2.5 Install RSPerl using the command (here you might have to be root if
257 20 Apr 07 mattias 50       you have installed R as root)
257 20 Apr 07 mattias 51
257 20 Apr 07 mattias 52       unix>> R CMD INSTALL RSPerl_0.91-2.tar.gz
257 20 Apr 07 mattias 53
257 20 Apr 07 mattias 54       This should run quite fast.
257 20 Apr 07 mattias 55
257 20 Apr 07 mattias 56   2.6 Now test the RSPerl interface by starting R
257 20 Apr 07 mattias 57
257 20 Apr 07 mattias 58       unix>> R
257 20 Apr 07 mattias 59
257 20 Apr 07 mattias 60       R> library(RSPerl)
257 20 Apr 07 mattias 61
257 20 Apr 07 mattias 62       This last command should run without error (you might get warnings).
257 20 Apr 07 mattias 63
257 20 Apr 07 mattias 64   2.7 If you get an error above you have to go back and try to delete some
257 20 Apr 07 mattias 65       of the modules in the PERL_MODULES environment variable. The error
257 20 Apr 07 mattias 66       message that you get might be helpful in order to figure out what
257 20 Apr 07 mattias 67       modules to remove from PERL_MODULES. Then execute the new "export
257 20 Apr 07 mattias 68       PERL_MODULES="..." expression and redo item 2.5-2.6. Hopefully it
257 20 Apr 07 mattias 69       should now run without errors. 
257 20 Apr 07 mattias 70
257 20 Apr 07 mattias 71 3.    Testing the BaseWebService.pm module from R
257 20 Apr 07 mattias 72
257 20 Apr 07 mattias 73       The websFunc.R file contains useful R functions that works as a simple
257 20 Apr 07 mattias 74       wrapper for most of the methods in the BaseWebService.pm perl module.
257 20 Apr 07 mattias 75       See the webs-test.R for an example of how to use these functions.

Generated on Tue Nov 21 03:45:37 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)