webservices/se.lu.thep.webservices/trunk/webs-test.R

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
257 20 Apr 07 mattias 1 #######################################################
257 20 Apr 07 mattias 2 #
259 20 Apr 07 jari 3 # $Id$
259 20 Apr 07 jari 4 #
257 20 Apr 07 mattias 5 # This is a small test script to test the R/Perl to
257 20 Apr 07 mattias 6 # Base connection.
257 20 Apr 07 mattias 7 #
257 20 Apr 07 mattias 8 #######################################################
257 20 Apr 07 mattias 9
257 20 Apr 07 mattias 10 library(RSPerl)
257 20 Apr 07 mattias 11 .PerlPackage("BaseWebService")
257 20 Apr 07 mattias 12 source("websFunc.R");
257 20 Apr 07 mattias 13
257 20 Apr 07 mattias 14
257 20 Apr 07 mattias 15 # Login onto the BASE server
261 20 Apr 07 jari 16 #webobj <- login("http://base2.thep.lu.se:8080/demo", "login", "passwd");
261 20 Apr 07 jari 17 webobj <- login("http://base2.thep.lu.se:8080/demo", "base2", "base2");
257 20 Apr 07 mattias 18
257 20 Apr 07 mattias 19 # The session ID
257 20 Apr 07 mattias 20 sessionID <- webobj$sessionID();
257 20 Apr 07 mattias 21
257 20 Apr 07 mattias 22 # Get the list of projects as a list of lists
257 20 Apr 07 mattias 23 projs <- getProjects(webobj);
257 20 Apr 07 mattias 24
257 20 Apr 07 mattias 25 # get the ID of the first one
257 20 Apr 07 mattias 26 id <- projs[[1]]["id"];
257 20 Apr 07 mattias 27
257 20 Apr 07 mattias 28 # Set to be the active project
257 20 Apr 07 mattias 29 setActiveProject(webobj, id);
257 20 Apr 07 mattias 30
257 20 Apr 07 mattias 31 # Get the list of experiments as a list of lists
257 20 Apr 07 mattias 32 exps <- getExperiments(webobj);
257 20 Apr 07 mattias 33
257 20 Apr 07 mattias 34 # Select the first experiment
257 20 Apr 07 mattias 35 expId <- exps[[1]]["id"];
257 20 Apr 07 mattias 36
257 20 Apr 07 mattias 37 # Get all rawBioAssays for this experiment as a list of lists
257 20 Apr 07 mattias 38 raw <- getRawBioAssays_by_expID(webobj, expId);
257 20 Apr 07 mattias 39
257 20 Apr 07 mattias 40 # Now download all files to a local directory
257 20 Apr 07 mattias 41 downloadRawBioAssays_by_expID(webobj, expId, "./tmp");
257 20 Apr 07 mattias 42

Generated on Tue Nov 21 03:45:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)