api/core/conf/common-queries.xml

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
1746 15 Jun 07 gregory 1 <?xml version="1.0" ?>
1746 15 Jun 07 gregory 2 <!DOCTYPE predefined-queries SYSTEM "predefined-queries.dtd" >
1746 15 Jun 07 gregory 3 <!--
1746 15 Jun 07 gregory 4   $Id: common-queries.xml 1618 2007-05-09 13:53:02Z fredrik $
1746 15 Jun 07 gregory 5
1916 31 Aug 07 jari 6   Copyright (C) 2007 Gregory Vincic
1746 15 Jun 07 gregory 7
1746 15 Jun 07 gregory 8   This file is part of Proteios.
1746 15 Jun 07 gregory 9   Available at http://www.proteios.org/
1746 15 Jun 07 gregory 10
1746 15 Jun 07 gregory 11   Proteios is free software; you can redistribute it and/or
1746 15 Jun 07 gregory 12   modify it under the terms of the GNU General Public License
1746 15 Jun 07 gregory 13   as published by the Free Software Foundation; either version 2
1746 15 Jun 07 gregory 14   of the License, or (at your option) any later version.
1746 15 Jun 07 gregory 15
1746 15 Jun 07 gregory 16   Proteios is distributed in the hope that it will be useful,
1746 15 Jun 07 gregory 17   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
1746 15 Jun 07 gregory 18   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
1746 15 Jun 07 gregory 19   GNU General Public License for more details.
1746 15 Jun 07 gregory 20
1746 15 Jun 07 gregory 21   You should have received a copy of the GNU General Public License
1746 15 Jun 07 gregory 22   along with this program; if not, write to the Free Software
1746 15 Jun 07 gregory 23   Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
1746 15 Jun 07 gregory 24   Boston, MA  02111-1307, USA.
1746 15 Jun 07 gregory 25 -->
1746 15 Jun 07 gregory 26 <!--
1746 15 Jun 07 gregory 27   This XML file contains HQL and SQL queries that are common
1746 15 Jun 07 gregory 28   to all databases. If one of them happens to fail on your
1746 15 Jun 07 gregory 29   particular database, do not modify this file. Instead, you
1746 15 Jun 07 gregory 30   should add an entry into the file that is specific for your
1746 15 Jun 07 gregory 31   particular database that overrides the query in this file.
1746 15 Jun 07 gregory 32   For example, for MySQL modify the mysql-queries.xml.
1746 15 Jun 07 gregory 33 -->
1746 15 Jun 07 gregory 34 <predefined-queries>
1746 15 Jun 07 gregory 35
1746 15 Jun 07 gregory 36   <query id="LOAD_SYSTEM_ITEMS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 37     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 38       SELECT item.id, item.systemId
1746 15 Jun 07 gregory 39       FROM org.proteios.core.data.SystemData item
1746 15 Jun 07 gregory 40       WHERE NOT item.systemId IS NULL
1746 15 Jun 07 gregory 41     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 42     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 43       Load the ID and systemID, in that order, of all SystemData
1746 15 Jun 07 gregory 44       items.
1746 15 Jun 07 gregory 45     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 46   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 47
1746 15 Jun 07 gregory 48   <query id="LOAD_ROLE_KEY_IDS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 49     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 50       SELECT rk.id, rk.itemType
1746 15 Jun 07 gregory 51       FROM RoleKeyData rk
1746 15 Jun 07 gregory 52     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 53     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 54       Load the ID and itemType, in that order, of all RoleKeyData
1746 15 Jun 07 gregory 55       items.
1746 15 Jun 07 gregory 56     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 57   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 58
1746 15 Jun 07 gregory 59   <query id="GET_USER_FOR_LOGIN" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 60     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 61       SELECT usr
1746 15 Jun 07 gregory 62       FROM UserData usr
1746 15 Jun 07 gregory 63       WHERE usr.login = :login
1746 15 Jun 07 gregory 64     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 65     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 66       Load a user when you know the login.
1746 15 Jun 07 gregory 67     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 68   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 69   
1746 15 Jun 07 gregory 70   <query id="GET_USER_FOR_EXTERNAL_ID" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 71     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 72       SELECT usr
1746 15 Jun 07 gregory 73       FROM UserData usr
1746 15 Jun 07 gregory 74       WHERE usr.externalId = :externalId
1746 15 Jun 07 gregory 75     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 76     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 77       Load a user when you know the external id.
1746 15 Jun 07 gregory 78     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 79   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 80
1746 15 Jun 07 gregory 81   <query id="GET_CLIENT_FOR_EXTERNAL_ID" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 82     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 83       SELECT cli
1746 15 Jun 07 gregory 84       FROM ClientData cli
1746 15 Jun 07 gregory 85       WHERE cli.externalId = :externalId
1746 15 Jun 07 gregory 86     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 87     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 88       Load a client when you know the external ID.
1746 15 Jun 07 gregory 89     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 90   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 91   
1746 15 Jun 07 gregory 92   <query id="GET_ROLE_IDS_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 93     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 94       SELECT ur.roleId
1746 15 Jun 07 gregory 95       FROM UserRoles ur
1746 15 Jun 07 gregory 96       WHERE ur.userId = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 97     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 98     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 99       Load the ID of all roles where the given user is a member.
1746 15 Jun 07 gregory 100     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 101   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 102
1746 15 Jun 07 gregory 103   <query id="GET_GROUP_IDS_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 104     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 105       SELECT ug.groupId
1746 15 Jun 07 gregory 106       FROM UserGroups ug
1746 15 Jun 07 gregory 107       WHERE ug.userId = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 108     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 109     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 110       Load the ID of all groups where the given user is a direct member.
1746 15 Jun 07 gregory 111     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 112   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 113
1746 15 Jun 07 gregory 114   <query id="GET_PARENTGROUPS_IDS_FOR_GROUPS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 115     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 116       SELECT DISTINCT gg.parentId
1746 15 Jun 07 gregory 117       FROM GroupGroups gg
1746 15 Jun 07 gregory 118       WHERE gg.childId IN (:groups)
1746 15 Jun 07 gregory 119       AND gg.parentId NOT IN (:groups)
1746 15 Jun 07 gregory 120     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 121     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 122       Load the ID of all groups that are parents to at least one of
1746 15 Jun 07 gregory 123       the given groups, excluding the given groups.
1746 15 Jun 07 gregory 124     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 125   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 126
1746 15 Jun 07 gregory 127   <query id="GET_PROJECT_IDS_FOR_OWNER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 128     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 129       SELECT p.id
1746 15 Jun 07 gregory 130       FROM ProjectData p
1746 15 Jun 07 gregory 131       WHERE p.owner = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 132     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 133     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 134       Load the ID of all projects where the given user is the owner.
1746 15 Jun 07 gregory 135     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 136   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 137
1746 15 Jun 07 gregory 138   <query id="GET_PROJECTINFO_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 139     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 140       SELECT up
1746 15 Jun 07 gregory 141       FROM UserProjects up
1746 15 Jun 07 gregory 142       WHERE up.userId = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 143     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 144     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 145       Load the UserProjects of all projects where the given user is a member.
1746 15 Jun 07 gregory 146     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 147   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 148
2852 15 Sep 08 fredrik 149   <query id="GET_UNIQUE_SCORE_TYPES_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
2852 15 Sep 08 fredrik 150     <sql>
2852 15 Sep 08 fredrik 151       SELECT DISTINCT h.scoreType
2852 15 Sep 08 fredrik 152       FROM HitData h
2853 15 Sep 08 fredrik 153       WHERE h.project = :project
2852 15 Sep 08 fredrik 154       ORDER by h.scoreType
2852 15 Sep 08 fredrik 155     </sql>
2852 15 Sep 08 fredrik 156     <description>
2852 15 Sep 08 fredrik 157       Load all distinct (unique) score types in the Hits table for a project 
2852 15 Sep 08 fredrik 158     </description>
2852 15 Sep 08 fredrik 159   </query>
4506 13 Aug 13 fredrik 160   
4506 13 Aug 13 fredrik 161     <query id="GET_UNIQUE_SCORE_TYPES_IN_HITS_FOR_PROJECT_WITH_FDR" type="HQL">
4506 13 Aug 13 fredrik 162     <sql>
4506 13 Aug 13 fredrik 163       SELECT DISTINCT h.scoreType
4506 13 Aug 13 fredrik 164       FROM HitData h
4506 13 Aug 13 fredrik 165       WHERE h.project = :project
4506 13 Aug 13 fredrik 166       AND h.combinedFDR IS NOT NULL 
4506 13 Aug 13 fredrik 167       ORDER by h.scoreType
4506 13 Aug 13 fredrik 168     </sql>
4506 13 Aug 13 fredrik 169     <description>
4506 13 Aug 13 fredrik 170       Load all distinct (unique) score types in the Hits table for a project 
4506 13 Aug 13 fredrik 171     </description>
4506 13 Aug 13 fredrik 172   </query>
2852 15 Sep 08 fredrik 173
1746 15 Jun 07 gregory 174   <query id="GET_UNIQUE_PLATEIDS_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 175     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 176       SELECT DISTINCT h.plateId
1746 15 Jun 07 gregory 177       FROM HitData h
1746 15 Jun 07 gregory 178       WHERE h.project = :project
1746 15 Jun 07 gregory 179       ORDER by h.plateId
1746 15 Jun 07 gregory 180     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 181     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 182       Load all distinct (unique) plateIds in the Hits table for a project.
1746 15 Jun 07 gregory 183     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 184   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 185
1925 07 Sep 07 fredrik 186   <query id="GET_UNIQUE_GELEXTERNALIDS_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
1925 07 Sep 07 fredrik 187     <sql>
1925 07 Sep 07 fredrik 188       SELECT DISTINCT h.gelExternalId
1925 07 Sep 07 fredrik 189       FROM HitData h
1925 07 Sep 07 fredrik 190       WHERE h.project = :project
1925 07 Sep 07 fredrik 191       ORDER by h.gelExternalId
1925 07 Sep 07 fredrik 192     </sql>
1925 07 Sep 07 fredrik 193     <description>
1925 07 Sep 07 fredrik 194       Load all distinct (unique) gelIds in the Hits table for a project.
1925 07 Sep 07 fredrik 195     </description>
1925 07 Sep 07 fredrik 196   </query>
1925 07 Sep 07 fredrik 197
2723 09 Jun 08 olle 198   <query id="GET_UNIQUE_LOCALSAMPLEIDS_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
2723 09 Jun 08 olle 199     <sql>
2723 09 Jun 08 olle 200       SELECT DISTINCT h.localSampleId
2723 09 Jun 08 olle 201       FROM HitData h
2723 09 Jun 08 olle 202       WHERE h.project = :project
2723 09 Jun 08 olle 203       ORDER by h.localSampleId
2723 09 Jun 08 olle 204     </sql>
2723 09 Jun 08 olle 205     <description>
2723 09 Jun 08 olle 206       Load all distinct (unique) localSampleIds in the Hits table for a project.
2723 09 Jun 08 olle 207     </description>
2723 09 Jun 08 olle 208   </query>
2723 09 Jun 08 olle 209
3320 22 Jun 09 olle 210   <query id="GET_UNIQUE_FRACTIONIDS_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
3320 22 Jun 09 olle 211     <sql>
3320 22 Jun 09 olle 212       SELECT DISTINCT h.fractionId
3320 22 Jun 09 olle 213       FROM HitData h
3320 22 Jun 09 olle 214       WHERE h.project = :project
3320 22 Jun 09 olle 215       ORDER by h.fractionId
3320 22 Jun 09 olle 216     </sql>
3320 22 Jun 09 olle 217     <description>
4104 03 Feb 11 olle 218       Load all distinct (unique) fractionIds in the Hits table for a project.
3320 22 Jun 09 olle 219     </description>
3320 22 Jun 09 olle 220   </query>
3445 14 Oct 09 fredrik 221   
4462 27 Mar 13 olle 222   <query id="GET_UNIQUE_REPLICATEIDS_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4462 27 Mar 13 olle 223     <sql>
4462 27 Mar 13 olle 224       SELECT DISTINCT h.replicateId
4462 27 Mar 13 olle 225       FROM HitData h
4462 27 Mar 13 olle 226       WHERE h.project = :project
4462 27 Mar 13 olle 227       ORDER by h.replicateId
4462 27 Mar 13 olle 228     </sql>
4462 27 Mar 13 olle 229     <description>
4462 27 Mar 13 olle 230       Load all distinct (unique) replicateIds in the Hits table for a project.
4462 27 Mar 13 olle 231     </description>
4462 27 Mar 13 olle 232   </query>
4462 27 Mar 13 olle 233   
4462 27 Mar 13 olle 234   <query id="GET_UNIQUE_REPLICATEIDS_IN_HITS_FOR_LOCALSAMPLEID_IN_PROJECT" type="HQL">
4462 27 Mar 13 olle 235     <sql>
4462 27 Mar 13 olle 236       SELECT DISTINCT h.replicateId
4462 27 Mar 13 olle 237       FROM HitData h
4462 27 Mar 13 olle 238       WHERE h.project = :project AND h.localSampleId = :localSampleId
4462 27 Mar 13 olle 239       ORDER by h.replicateId
4462 27 Mar 13 olle 240     </sql>
4462 27 Mar 13 olle 241     <description>
4462 27 Mar 13 olle 242       Load all distinct (unique) replicateIds for a sampleLocalId in the Hits table for a project.
4462 27 Mar 13 olle 243     </description>
4462 27 Mar 13 olle 244   </query>
4462 27 Mar 13 olle 245   
4104 03 Feb 11 olle 246   <query id="GET_UNIQUE_PEPTIDE_SEQUENCES_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4104 03 Feb 11 olle 247     <sql>
4104 03 Feb 11 olle 248       SELECT DISTINCT h.description
4104 03 Feb 11 olle 249       FROM HitData h
4104 03 Feb 11 olle 250       WHERE h.project = :project AND h.protein = false
4104 03 Feb 11 olle 251       ORDER by h.description
4104 03 Feb 11 olle 252     </sql>
4104 03 Feb 11 olle 253     <description>
4104 03 Feb 11 olle 254       Load all distinct (unique) peptide sequences in the Hits table for a project.
4104 03 Feb 11 olle 255     </description>
4104 03 Feb 11 olle 256   </query>
4535 22 Nov 13 fredrik 257
4535 22 Nov 13 fredrik 258   <query id="GET_UNIQUE_PEPTIDE_SEQUENCES_BELOW_FDR_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4535 22 Nov 13 fredrik 259     <sql>
4535 22 Nov 13 fredrik 260       SELECT DISTINCT h.description
4535 22 Nov 13 fredrik 261       FROM HitData h
4535 22 Nov 13 fredrik 262       WHERE h.project = :project AND h.protein = false AND h.combinedFDR &lt;= :combinedFDR
4535 22 Nov 13 fredrik 263       ORDER by h.description 
4535 22 Nov 13 fredrik 264     </sql>
4535 22 Nov 13 fredrik 265     <description>
4535 22 Nov 13 fredrik 266       Load all distinct (unique) peptide sequences in the Hits table for a project.
4535 22 Nov 13 fredrik 267     </description>
4535 22 Nov 13 fredrik 268   </query>
4104 03 Feb 11 olle 269   
4104 03 Feb 11 olle 270   <query id="GET_UNIQUE_CHARGES_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4104 03 Feb 11 olle 271     <sql>
4104 03 Feb 11 olle 272       SELECT DISTINCT h.charge
4104 03 Feb 11 olle 273       FROM HitData h
4104 03 Feb 11 olle 274       WHERE h.project = :project
4104 03 Feb 11 olle 275       ORDER by h.charge
4104 03 Feb 11 olle 276     </sql>
4104 03 Feb 11 olle 277     <description>
4104 03 Feb 11 olle 278       Load all distinct (unique) charges in the Hits table for a project.
4104 03 Feb 11 olle 279     </description>
4104 03 Feb 11 olle 280   </query>
4104 03 Feb 11 olle 281   
4104 03 Feb 11 olle 282   <query id="GET_UNIQUE_EXTERNALIDS_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4104 03 Feb 11 olle 283     <sql>
4104 03 Feb 11 olle 284       SELECT DISTINCT h.externalId
4104 03 Feb 11 olle 285       FROM HitData h
4104 03 Feb 11 olle 286       WHERE h.project = :project
4104 03 Feb 11 olle 287       ORDER by h.externalId
4104 03 Feb 11 olle 288     </sql>
4104 03 Feb 11 olle 289     <description>
4104 03 Feb 11 olle 290       Load all distinct (unique) external Ids in the Hits table for a project.
4104 03 Feb 11 olle 291     </description>
4104 03 Feb 11 olle 292   </query>
4104 03 Feb 11 olle 293
4468 22 May 13 olle 294   <query id="GET_UNIQUE_IDENTIFICATIONRESULTFILES_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4468 22 May 13 olle 295     <sql>
4468 22 May 13 olle 296       SELECT DISTINCT h.identificationResultFile
4468 22 May 13 olle 297       FROM HitData h
4468 22 May 13 olle 298       WHERE h.project = :project
4468 22 May 13 olle 299       ORDER by h.identificationResultFile
4468 22 May 13 olle 300     </sql>
4468 22 May 13 olle 301     <description>
4468 22 May 13 olle 302       Load all distinct (unique) identification result file Ids in the Hits table for a project.
4468 22 May 13 olle 303     </description>
4468 22 May 13 olle 304   </query>
4468 22 May 13 olle 305
4468 22 May 13 olle 306   <query id="GET_UNIQUE_PEAKLISTFILES_IN_HITS_FOR_PROJECT" type="HQL">
4468 22 May 13 olle 307     <sql>
4468 22 May 13 olle 308       SELECT DISTINCT h.peakListFile
4468 22 May 13 olle 309       FROM HitData h
4468 22 May 13 olle 310       WHERE h.project = :project
4468 22 May 13 olle 311       ORDER by h.peakListFile
4468 22 May 13 olle 312     </sql>
4468 22 May 13 olle 313     <description>
4468 22 May 13 olle 314       Load all distinct (unique) peakList file Ids in the Hits table for a project.
4468 22 May 13 olle 315     </description>
4468 22 May 13 olle 316   </query>
4468 22 May 13 olle 317
4468 22 May 13 olle 318   <query id="GET_UNIQUE_PEAKLISTFILES_IN_HITS_FOR_IDENTIFICATIONRESULTFILE_IN_PROJECT" type="HQL">
4468 22 May 13 olle 319     <sql>
4468 22 May 13 olle 320       SELECT DISTINCT h.peakListFile
4468 22 May 13 olle 321       FROM HitData h
4468 22 May 13 olle 322       WHERE h.project = :project AND h.identificationResultFile = :identificationResultFile
4468 22 May 13 olle 323       ORDER by h.peakListFile
4468 22 May 13 olle 324     </sql>
4468 22 May 13 olle 325     <description>
4468 22 May 13 olle 326       Load all distinct (unique) peakList file Ids for an identification result file in the Hits table for a project.
4468 22 May 13 olle 327     </description>
4468 22 May 13 olle 328   </query>
4468 22 May 13 olle 329
4472 27 May 13 olle 330   <query id="GET_UNIQUE_IDENTIFICATIONRESULTFILES_IN_HITS_FOR_PEAKLISTFILE_IN_PROJECT" type="HQL">
4472 27 May 13 olle 331     <sql>
4472 27 May 13 olle 332       SELECT DISTINCT h.identificationResultFile
4472 27 May 13 olle 333       FROM HitData h
4472 27 May 13 olle 334       WHERE h.project = :project AND h.peakListFile = :peakListFile
4472 27 May 13 olle 335       ORDER by h.identificationResultFile
4472 27 May 13 olle 336     </sql>
4472 27 May 13 olle 337     <description>
4472 27 May 13 olle 338       Load all distinct (unique) identification result file Ids for a peakList file in the Hits table for a project.
4472 27 May 13 olle 339     </description>
4472 27 May 13 olle 340   </query>
4472 27 May 13 olle 341
4281 08 Feb 12 fredrik 342   <query id="GET_HIT_FOR_FEATURE_MSFILE_FOR_PROJECT" type="HQL">
4281 08 Feb 12 fredrik 343     <sql>
4281 08 Feb 12 fredrik 344       SELECT h
4281 08 Feb 12 fredrik 345       FROM HitData h
4281 08 Feb 12 fredrik 346       WHERE h.feature.msFile = :msFile AND h.project = :project
4281 08 Feb 12 fredrik 347     </sql>
4281 08 Feb 12 fredrik 348     <description>
4281 08 Feb 12 fredrik 349       Load all hits which have features with the given msFile in the Feature table for a project 
4281 08 Feb 12 fredrik 350     </description>
4281 08 Feb 12 fredrik 351   </query>
4281 08 Feb 12 fredrik 352
3445 14 Oct 09 fredrik 353   <query id="GET_UNIQUE_MSFILES_IN_FEATURES_FOR_PROJECT" type="HQL">
3445 14 Oct 09 fredrik 354     <sql>
3445 14 Oct 09 fredrik 355       SELECT DISTINCT h.msFile
3445 14 Oct 09 fredrik 356       FROM FeatureData h
3445 14 Oct 09 fredrik 357       WHERE h.project = :project
3445 14 Oct 09 fredrik 358     </sql>
3445 14 Oct 09 fredrik 359     <description>
3445 14 Oct 09 fredrik 360       Load all distinct (unique) ms files in the Feature table for a project 
3445 14 Oct 09 fredrik 361     </description>
3445 14 Oct 09 fredrik 362   </query>
3320 22 Jun 09 olle 363
4468 22 May 13 olle 364   <query id="GET_UNIQUE_FEATUREFILES_IN_FEATURES_FOR_PROJECT" type="HQL">
4468 22 May 13 olle 365     <sql>
4468 22 May 13 olle 366       SELECT DISTINCT h.featureFile
4468 22 May 13 olle 367       FROM FeatureData h
4468 22 May 13 olle 368       WHERE h.project = :project
4468 22 May 13 olle 369       ORDER by h.featureFile
4468 22 May 13 olle 370     </sql>
4468 22 May 13 olle 371     <description>
4468 22 May 13 olle 372       Load all distinct (unique) feature files in the Feature table for a project 
4468 22 May 13 olle 373     </description>
4468 22 May 13 olle 374   </query>
4468 22 May 13 olle 375
4468 22 May 13 olle 376   <query id="GET_UNIQUE_MSFILES_IN_FEATURES_FOR_FEATUREFILE_IN_PROJECT" type="HQL">
4468 22 May 13 olle 377     <sql>
4468 22 May 13 olle 378       SELECT DISTINCT h.msFile
4468 22 May 13 olle 379       FROM FeatureData h
4468 22 May 13 olle 380       WHERE h.project = :project AND h.featureFile = :featureFile
4468 22 May 13 olle 381     </sql>
4468 22 May 13 olle 382     <description>
4468 22 May 13 olle 383       Load all distinct (unique) ms files for a feature file in the Feature table for a project 
4468 22 May 13 olle 384     </description>
4468 22 May 13 olle 385   </query>
4468 22 May 13 olle 386
4475 30 May 13 olle 387   <query id="GET_UNIQUE_FEATUREFILES_IN_FEATURES_FOR_MSFILE_IN_PROJECT" type="HQL">
4475 30 May 13 olle 388     <sql>
4475 30 May 13 olle 389       SELECT DISTINCT h.featureFile
4475 30 May 13 olle 390       FROM FeatureData h
4475 30 May 13 olle 391       WHERE h.project = :project AND h.msFile = :msFile
4475 30 May 13 olle 392     </sql>
4475 30 May 13 olle 393     <description>
4475 30 May 13 olle 394       Load all distinct (unique) feature files for an ms file in the Feature table for a project 
4475 30 May 13 olle 395     </description>
4475 30 May 13 olle 396   </query>
4475 30 May 13 olle 397
4310 21 Mar 12 fredrik 398   <query id="DELETE_FEATURES_FOR_MSFILE_IN_PROJECT" type="HQL">
4308 20 Mar 12 fredrik 399     <sql>
4308 20 Mar 12 fredrik 400       DELETE FeatureData f
4310 21 Mar 12 fredrik 401       WHERE f.project = :project AND f.msFile = :msFile
4308 20 Mar 12 fredrik 402     </sql>
4308 20 Mar 12 fredrik 403     <description>
4310 21 Mar 12 fredrik 404       Delete all features for an ms file in the Feature table for a project 
4308 20 Mar 12 fredrik 405     </description>
4308 20 Mar 12 fredrik 406   </query>
4308 20 Mar 12 fredrik 407
2202 22 Oct 07 fredrik 408   <query id="GET_IDS_FOR_SEPARATION_METHODS_WITH_SEPARATION_EVENTS" type="HQL">
2202 22 Oct 07 fredrik 409     <sql>
2202 22 Oct 07 fredrik 410       SELECT separationMethod.id
2202 22 Oct 07 fredrik 411       FROM SeparationEventData bme
2202 22 Oct 07 fredrik 412       WHERE NOT bme.separationMethod IS NULL
2202 22 Oct 07 fredrik 413     </sql>
2202 22 Oct 07 fredrik 414     <description>
2202 22 Oct 07 fredrik 415       Load all separationMethod ids for separation methods with associated seapration events.
2202 22 Oct 07 fredrik 416     </description>
2202 22 Oct 07 fredrik 417   </query>
2623 27 Mar 08 gregory 418   
2623 27 Mar 08 gregory 419   <query id="GET_SEPARATIONMETHOD_FOR_EXTERNAL_ID" type="HQL">
2623 27 Mar 08 gregory 420     <sql>
2623 27 Mar 08 gregory 421       SELECT sm 
2623 27 Mar 08 gregory 422       FROM SeparationMethodData sm 
2623 27 Mar 08 gregory 423       WHERE sm.externalId = :externalId
2623 27 Mar 08 gregory 424     </sql>
2623 27 Mar 08 gregory 425     <description>
2623 27 Mar 08 gregory 426       Load Separationmethod by the given externalId.
2623 27 Mar 08 gregory 427     </description>
2623 27 Mar 08 gregory 428   </query>
2202 22 Oct 07 fredrik 429
1746 15 Jun 07 gregory 430   <query id="GET_PROJECTINFO_FOR_GROUPS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 431     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 432       SELECT DISTINCT gp
1746 15 Jun 07 gregory 433       FROM GroupProjects gp
1746 15 Jun 07 gregory 434       WHERE gp.groupId IN (:groups)
1746 15 Jun 07 gregory 435     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 436     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 437       Load the GroupProjects of all projects where at least one of the given groups 
1746 15 Jun 07 gregory 438       is a member.
1746 15 Jun 07 gregory 439     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 440   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 441
1746 15 Jun 07 gregory 442   <query id="GET_USER_IDS_FOR_GROUPS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 443     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 444       SELECT ug.userId
1746 15 Jun 07 gregory 445       FROM UserGroups ug
1746 15 Jun 07 gregory 446       WHERE ug.groupId IN (:groups)
1746 15 Jun 07 gregory 447     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 448     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 449       Load the ID of all users which is a member of at least one of the given groups.
1746 15 Jun 07 gregory 450     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 451   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 452
1746 15 Jun 07 gregory 453   <query id="GET_USERKEYS_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 454     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 455       SELECT uk
1746 15 Jun 07 gregory 456       FROM UserKeys uk
1746 15 Jun 07 gregory 457       WHERE uk.userId = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 458     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 459     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 460       Load the UserKeys for the given user.
1746 15 Jun 07 gregory 461     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 462   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 463
1746 15 Jun 07 gregory 464   <query id="GET_GROUPKEYS_FOR_GROUPS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 465     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 466       SELECT gk
1746 15 Jun 07 gregory 467       FROM GroupKeys gk
1746 15 Jun 07 gregory 468       WHERE gk.groupId IN (:groups)
1746 15 Jun 07 gregory 469     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 470     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 471       Load the GroupKeys for the given groups.
1746 15 Jun 07 gregory 472     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 473   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 474
1746 15 Jun 07 gregory 475   <query id="GET_ROLEKEYS_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 476     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 477       SELECT rk
1746 15 Jun 07 gregory 478       FROM RoleKeys rk, UserRoles ur
1746 15 Jun 07 gregory 479       WHERE rk.roleId = ur.roleId AND ur.userId = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 480       ORDER BY rk.keyId
1746 15 Jun 07 gregory 481     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 482     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 483       Load the RoleKeys for the roles where the given user is a member.
1746 15 Jun 07 gregory 484     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 485   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 486
1746 15 Jun 07 gregory 487   <query id="GET_PROJECTKEYS_FOR_PROJECT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 488     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 489       SELECT pk
1746 15 Jun 07 gregory 490       FROM ProjectKeys pk
1746 15 Jun 07 gregory 491       WHERE pk.projectId = :projectId
1746 15 Jun 07 gregory 492       ORDER BY pk.keyId
1746 15 Jun 07 gregory 493     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 494     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 495       Load the ProjectKeys for the given project.
1746 15 Jun 07 gregory 496     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 497   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 498
1746 15 Jun 07 gregory 499   <query id="GET_PERMISSION_FOR_USER_IN_PROJECT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 500     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 501       SELECT up.permission
1746 15 Jun 07 gregory 502       FROM UserProjects up
1746 15 Jun 07 gregory 503       WHERE up.userId = :userId
1746 15 Jun 07 gregory 504       AND up.projectId = :projectId
1746 15 Jun 07 gregory 505     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 506     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 507       Load the permission for the given user in the given project.
1746 15 Jun 07 gregory 508     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 509   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 510
1746 15 Jun 07 gregory 511   <query id="GET_PERMISSIONS_FOR_GROUPS_IN_PROJECT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 512     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 513       SELECT gp.permission
1746 15 Jun 07 gregory 514       FROM GroupProjects gp
1746 15 Jun 07 gregory 515       WHERE gp.groupId IN (:groups)
1746 15 Jun 07 gregory 516       AND gp.projectId = :projectId
1746 15 Jun 07 gregory 517     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 518     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 519       Load the permissions for the given groups in the given project.
1746 15 Jun 07 gregory 520     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 521   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 522
1746 15 Jun 07 gregory 523   <query id="GET_PROJECTKEY_IDS_FOR_COUNT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 524     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 525       SELECT pk.keyId FROM ProjectKeys pk
1746 15 Jun 07 gregory 526       GROUP BY pk.keyId
1746 15 Jun 07 gregory 527       HAVING count(pk.projectId) = :numPermissions
1746 15 Jun 07 gregory 528     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 529     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 530       Load the ID of all project keys which have permissions for the 
1746 15 Jun 07 gregory 531       specified number of projects.
1746 15 Jun 07 gregory 532     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 533   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 534
1746 15 Jun 07 gregory 535   <query id="FIND_USED_PROJECTKEY_IDS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 536     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 537       SELECT DISTINCT sd.projectKey.id
1746 15 Jun 07 gregory 538       FROM org.proteios.core.data.ShareableData sd
1746 15 Jun 07 gregory 539       WHERE NOT sd.projectKey IS NULL
1746 15 Jun 07 gregory 540     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 541     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 542       Load the ID of all project keys which are used by at least one 
1746 15 Jun 07 gregory 543       shareable item.
1746 15 Jun 07 gregory 544     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 545   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 546   
1746 15 Jun 07 gregory 547   <query id="SELECT_UNUSED_PROJECTKEYS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 548     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 549       SELECT pk FROM ProjectKeyData pk 
1746 15 Jun 07 gregory 550       WHERE pk.id NOT IN (:used)
1746 15 Jun 07 gregory 551     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 552     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 553       Load all unused project keys given a list of the ID:s of all used
1746 15 Jun 07 gregory 554       keys.
1746 15 Jun 07 gregory 555     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 556   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 557
1746 15 Jun 07 gregory 558   <query id="GET_ITEMKEY_IDS_FOR_USERCOUNT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 559     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 560       SELECT ik.id FROM ItemKeyData ik
1746 15 Jun 07 gregory 561       LEFT JOIN ik.users u
1746 15 Jun 07 gregory 562       GROUP BY ik.id
1746 15 Jun 07 gregory 563       HAVING COUNT(u.index) = :numPermissions
1746 15 Jun 07 gregory 564     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 565     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 566       Load the ID of all item keys which have permissions for the 
1746 15 Jun 07 gregory 567       specified number of users.
1746 15 Jun 07 gregory 568     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 569   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 570
1746 15 Jun 07 gregory 571   <query id="GET_ITEMKEY_IDS_FOR_GROUPCOUNT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 572     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 573       SELECT ik.id FROM ItemKeyData ik
1746 15 Jun 07 gregory 574       LEFT JOIN ik.groups g
1746 15 Jun 07 gregory 575       WHERE ik.id IN (:candidates)
1746 15 Jun 07 gregory 576       GROUP BY ik.id
1746 15 Jun 07 gregory 577       HAVING count(g.index) = :numPermissions
1746 15 Jun 07 gregory 578     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 579     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 580       Load the ID of all item keys which have permissions for the 
1746 15 Jun 07 gregory 581       specified number of groups and are among the list of candidates.
1746 15 Jun 07 gregory 582     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 583   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 584   
1746 15 Jun 07 gregory 585   <query id="FIND_USED_ITEMKEY_IDS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 586     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 587       SELECT DISTINCT sd.itemKey.id
1746 15 Jun 07 gregory 588       FROM org.proteios.core.data.ShareableData sd
1746 15 Jun 07 gregory 589       WHERE NOT sd.itemKey IS NULL
1746 15 Jun 07 gregory 590     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 591     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 592       Load the ID of all item keys which are used by at least one 
1746 15 Jun 07 gregory 593       shareable item.
1746 15 Jun 07 gregory 594     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 595   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 596   
1746 15 Jun 07 gregory 597   <query id="SELECT_UNUSED_ITEMKEYS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 598     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 599       SELECT ik FROM ItemKeyData ik 
1746 15 Jun 07 gregory 600       WHERE ik.id NOT IN (:used)
1746 15 Jun 07 gregory 601     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 602     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 603       Load all unused item keys given a list of the ID:s of all used
1746 15 Jun 07 gregory 604       keys.
1746 15 Jun 07 gregory 605     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 606   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 607
1746 15 Jun 07 gregory 608   <query id="COUNT_USERS_FOR_QUOTAGROUP" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 609     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 610       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 611       FROM UserData usr
1746 15 Jun 07 gregory 612       WHERE usr.quotaGroup = :theGroup
1746 15 Jun 07 gregory 613     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 614     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 615       Count the number of users having the specified group as
1746 15 Jun 07 gregory 616       their quota group.
1746 15 Jun 07 gregory 617     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 618   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 619   
1746 15 Jun 07 gregory 620   <query id="COUNT_USERS_FOR_QUOTA" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 621     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 622       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 623       FROM UserData u
1746 15 Jun 07 gregory 624       WHERE u.quota = :quota
1746 15 Jun 07 gregory 625     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 626     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 627       A Hibernate query that counts the number of users
1746 15 Jun 07 gregory 628       that has been assigned a given quota.
1746 15 Jun 07 gregory 629     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 630   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 631   
1746 15 Jun 07 gregory 632   <query id="COUNT_GROUPS_FOR_QUOTA" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 633     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 634       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 635       FROM GroupData g
1746 15 Jun 07 gregory 636       WHERE g.quota = :quota
1746 15 Jun 07 gregory 637     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 638     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 639       A Hibernate query that counts the number of groups
1746 15 Jun 07 gregory 640       that has been assigned a given quota.
1746 15 Jun 07 gregory 641     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 642   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 643
1746 15 Jun 07 gregory 644   <query id="GET_SHAREABLE_ITEMS_FOR_ITEMKEY" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 645     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 646       SELECT s
1746 15 Jun 07 gregory 647       FROM org.proteios.core.data.ShareableData s
1746 15 Jun 07 gregory 648       WHERE s.itemKey = :itemKey
1746 15 Jun 07 gregory 649     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 650     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 651       Get all items beeing shared to the specified item key.
1746 15 Jun 07 gregory 652     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 653   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 654
1746 15 Jun 07 gregory 655   <query id="GET_SHAREABLE_ITEMS_FOR_PROJECTKEY" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 656     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 657       SELECT s
1746 15 Jun 07 gregory 658       FROM org.proteios.core.data.ShareableData s
1746 15 Jun 07 gregory 659       WHERE s.projectKey = :projectKey
1746 15 Jun 07 gregory 660     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 661     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 662       Get all items beeing shared to the specified project key.
1746 15 Jun 07 gregory 663     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 664   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 665
1746 15 Jun 07 gregory 666   <query id="GET_OWNABLE_ITEMS_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 667     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 668       SELECT o
1746 15 Jun 07 gregory 669       FROM org.proteios.core.data.OwnableData o
1746 15 Jun 07 gregory 670       WHERE o.owner = :user
1746 15 Jun 07 gregory 671     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 672     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 673       Get all items that are owned by the specified user.
1746 15 Jun 07 gregory 674     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 675   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 676   
1746 15 Jun 07 gregory 677   <query id="LOAD_USER_CLIENT_SETTINGS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 678     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 679       SELECT s 
1746 15 Jun 07 gregory 680       FROM UserClientSettingData s
1746 15 Jun 07 gregory 681       WHERE s.user = :user AND s.client = :client
1746 15 Jun 07 gregory 682     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 683     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 684       Load all settings for the specified user and client application.
1746 15 Jun 07 gregory 685     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 686   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 687   
1746 15 Jun 07 gregory 688   <query id="LOAD_USER_DEFAULT_SETTINGS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 689     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 690       SELECT s 
1746 15 Jun 07 gregory 691       FROM UserDefaultSettingData s
1746 15 Jun 07 gregory 692       WHERE s.user = :user
1746 15 Jun 07 gregory 693     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 694     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 695       Load all default settings for the specified user.
1746 15 Jun 07 gregory 696     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 697   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 698
1746 15 Jun 07 gregory 699   <query id="LOAD_CLIENT_DEFAULT_SETTINGS" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 700     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 701       SELECT s 
1746 15 Jun 07 gregory 702       FROM ClientDefaultSettingData s
1746 15 Jun 07 gregory 703       WHERE s.client = :client
1746 15 Jun 07 gregory 704     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 705     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 706       Load all default settings for the specified client application.
1746 15 Jun 07 gregory 707     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 708   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 709   
1746 15 Jun 07 gregory 710   <query id="GET_MIME_TYPE_FROM_EXTENSION" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 711     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 712       SELECT s
1746 15 Jun 07 gregory 713       FROM org.proteios.core.data.MimeTypeData s
1746 15 Jun 07 gregory 714       WHERE s.extension = :extension
1746 15 Jun 07 gregory 715     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 716     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 717       A Hibernate query that returns a MimeType given an extension.
1746 15 Jun 07 gregory 718     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 719   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 720   
3388 05 Aug 09 olle 721   <query id="GET_MIME_TYPE_DATA_LIST" type="HQL">
3388 05 Aug 09 olle 722     <sql>
3388 05 Aug 09 olle 723       SELECT mt
3388 05 Aug 09 olle 724       FROM MimeTypeData mt
3388 05 Aug 09 olle 725     </sql>
3388 05 Aug 09 olle 726     <description>
3388 05 Aug 09 olle 727       A Hibernate query that returns a list of available MimeTypeData.
3388 05 Aug 09 olle 728     </description>
3388 05 Aug 09 olle 729   </query>
3388 05 Aug 09 olle 730   
1746 15 Jun 07 gregory 731   <query id="GET_TOTAL_DISKUSAGE_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 732     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 733       SELECT sum(du.bytes)
1746 15 Jun 07 gregory 734       FROM DiskUsageData du
1746 15 Jun 07 gregory 735       WHERE du.user = :user
1746 15 Jun 07 gregory 736       AND du.location = :location
1746 15 Jun 07 gregory 737     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 738     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 739       A Hibernate query that returns the total used quota
1746 15 Jun 07 gregory 740       for the specified user at the specified location.
1746 15 Jun 07 gregory 741     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 742   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 743   
1746 15 Jun 07 gregory 744   <query id="GET_SPECIFIC_DISKUSAGE_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 745     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 746       SELECT sum(du.bytes)
1746 15 Jun 07 gregory 747       FROM DiskUsageData du
1746 15 Jun 07 gregory 748       WHERE du.user = :user
1746 15 Jun 07 gregory 749       AND du.location = :location
1746 15 Jun 07 gregory 750       AND du.quotaType = :quotaType
1746 15 Jun 07 gregory 751     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 752     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 753       A Hibernate query that returns the used quota for the
1746 15 Jun 07 gregory 754       specific quota type for the specified user at the
1746 15 Jun 07 gregory 755       specified location.
1746 15 Jun 07 gregory 756     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 757   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 758
1746 15 Jun 07 gregory 759   <query id="GET_TOTAL_DISKUSAGE_FOR_GROUP" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 760     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 761       SELECT sum(du.bytes)
1746 15 Jun 07 gregory 762       FROM DiskUsageData du
1746 15 Jun 07 gregory 763       WHERE du.group = :group
1746 15 Jun 07 gregory 764       AND du.location = :location
1746 15 Jun 07 gregory 765     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 766     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 767       A Hibernate query that returns the total used quota
1746 15 Jun 07 gregory 768       for the specified group at the specified location.
1746 15 Jun 07 gregory 769     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 770   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 771
1746 15 Jun 07 gregory 772   <query id="GET_SPECIFIC_DISKUSAGE_FOR_GROUP" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 773     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 774       SELECT sum(du.bytes)
1746 15 Jun 07 gregory 775       FROM DiskUsageData du
1746 15 Jun 07 gregory 776       WHERE du.group = :group
1746 15 Jun 07 gregory 777       AND du.location = :location
1746 15 Jun 07 gregory 778       AND du.quotaType = :quotaType
1746 15 Jun 07 gregory 779     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 780     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 781       A Hibernate query that returns the used quota for the
1746 15 Jun 07 gregory 782       specific quota type for the specified group at the
1746 15 Jun 07 gregory 783       specified location.
1746 15 Jun 07 gregory 784     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 785   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 786
1746 15 Jun 07 gregory 787   <query id="COUNT_FILES_IN_DIRECTORY" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 788     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 789       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 790       FROM FileData f
1746 15 Jun 07 gregory 791       WHERE f.directory = :directory
1746 15 Jun 07 gregory 792     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 793     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 794       A Hibernate query that counts the number of files
1746 15 Jun 07 gregory 795       in a given directory.
1746 15 Jun 07 gregory 796     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 797   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 798   
1746 15 Jun 07 gregory 799   <query id="COUNT_FILES_FOR_FILETYPE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 800     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 801       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 802       FROM FileData f
1746 15 Jun 07 gregory 803       WHERE f.fileType = :filetype
1746 15 Jun 07 gregory 804     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 805     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 806       A Hibernate query that counts the number of files
1746 15 Jun 07 gregory 807       with a given filetype.
1746 15 Jun 07 gregory 808     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 809   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 810
1746 15 Jun 07 gregory 811   <query id="COUNT_SUBDIRECTORIES_IN_DIRECTORY" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 812     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 813       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 814       FROM DirectoryData d
1746 15 Jun 07 gregory 815       WHERE d.parent = :directory
1746 15 Jun 07 gregory 816     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 817     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 818       A Hibernate query that counts the number of subdirectories
1746 15 Jun 07 gregory 819       in a given directory.
1746 15 Jun 07 gregory 820     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 821   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 822   
1746 15 Jun 07 gregory 823   <query id="COUNT_HOME_DIRECTORIES" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 824     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 825       SELECT COUNT(*)
1746 15 Jun 07 gregory 826       FROM UserData usr
1746 15 Jun 07 gregory 827       WHERE usr.homeDirectory = :directory
1746 15 Jun 07 gregory 828     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 829     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 830       A Hibernate query that counts the number of users having
1746 15 Jun 07 gregory 831       the specified directory as home directory.
1746 15 Jun 07 gregory 832     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 833   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 834
2836 11 Sep 08 gregory 835   <query id="IS_PROJECT_DIRECTORY" type="HQL">
2836 11 Sep 08 gregory 836     <sql>
2836 11 Sep 08 gregory 837       SELECT count(*)
2836 11 Sep 08 gregory 838       FROM ProjectData d
2836 11 Sep 08 gregory 839       WHERE d.projectDirectory = :directory
2836 11 Sep 08 gregory 840     </sql>
2836 11 Sep 08 gregory 841     <description>
2836 11 Sep 08 gregory 842       A Hibernate query that checks if the given directory is 
2836 11 Sep 08 gregory 843       connected to any project as it's main directory.
2836 11 Sep 08 gregory 844     </description>
2836 11 Sep 08 gregory 845   </query>
2836 11 Sep 08 gregory 846   
1746 15 Jun 07 gregory 847   <query id="GET_SUBDIRECTORIES" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 848     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 849       SELECT dir
1746 15 Jun 07 gregory 850       FROM DirectoryData dir
1746 15 Jun 07 gregory 851       WHERE dir.parent = :parent
1746 15 Jun 07 gregory 852     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 853     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 854       A Hibernate query that returns all subdirectories in a directory.
1746 15 Jun 07 gregory 855     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 856   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 857   
1746 15 Jun 07 gregory 858   <query id="GET_SUBDIRECTORY_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 859     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 860       SELECT dir
1746 15 Jun 07 gregory 861       FROM DirectoryData dir
1746 15 Jun 07 gregory 862       WHERE dir.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 863       AND dir.parent = :parent
1746 15 Jun 07 gregory 864     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 865     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 866       A Hibernate query that returns the a subdirectory with the
1746 15 Jun 07 gregory 867       specified name in a given directory.
1746 15 Jun 07 gregory 868     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 869   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 870
1746 15 Jun 07 gregory 871   <query id="GET_FILE_TYPE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 872     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 873       SELECT ft
1746 15 Jun 07 gregory 874       FROM FileTypeData ft
1746 15 Jun 07 gregory 875       WHERE ft.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 876     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 877     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 878       A Hibernate query that returns the file type with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 879       name.
1746 15 Jun 07 gregory 880     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 881   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 882   
1746 15 Jun 07 gregory 883   <query id="GET_QUOTA_TYPE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 884     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 885       SELECT qt
1746 15 Jun 07 gregory 886       FROM QuotaTypeData qt
1746 15 Jun 07 gregory 887       WHERE qt.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 888     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 889     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 890       A Hibernate query that returns the quota type with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 891       name.
1746 15 Jun 07 gregory 892     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 893   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 894   
1746 15 Jun 07 gregory 895   <query id="GET_QUOTA_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 896     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 897       SELECT q
1746 15 Jun 07 gregory 898       FROM QuotaData q
1746 15 Jun 07 gregory 899       WHERE q.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 900     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 901     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 902       A Hibernate query that returns the quota with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 903       name.
1746 15 Jun 07 gregory 904     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 905   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 906   
1746 15 Jun 07 gregory 907   <query id="GET_GROUP_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 908     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 909       SELECT grp
1746 15 Jun 07 gregory 910       FROM GroupData grp
1746 15 Jun 07 gregory 911       WHERE grp.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 912     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 913     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 914       A Hibernate query that returns the group with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 915       name.
1746 15 Jun 07 gregory 916     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 917   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 918   
1746 15 Jun 07 gregory 919   <query id="GET_ROLE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 920     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 921       SELECT rle
1746 15 Jun 07 gregory 922       FROM RoleData rle
1746 15 Jun 07 gregory 923       WHERE rle.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 924     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 925     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 926       A Hibernate query that returns the role with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 927       name.
1746 15 Jun 07 gregory 928     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 929   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 930   
1746 15 Jun 07 gregory 931   <query id="GET_PROTOCOL_TYPE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 932     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 933       SELECT pt
1746 15 Jun 07 gregory 934       FROM ProtocolTypeData pt
1746 15 Jun 07 gregory 935       WHERE pt.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 936     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 937     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 938       A Hibernate query that returns the protocol type with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 939       name.
1746 15 Jun 07 gregory 940     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 941   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 942   
1746 15 Jun 07 gregory 943   <query id="GET_SOFTWARE_TYPE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 944     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 945       SELECT st
1746 15 Jun 07 gregory 946       FROM SoftwareTypeData st
1746 15 Jun 07 gregory 947       WHERE st.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 948     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 949     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 950       A Hibernate query that returns the software type with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 951       name.
1746 15 Jun 07 gregory 952     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 953   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 954   
1746 15 Jun 07 gregory 955   <query id="GET_SOFTWARE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 956     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 957       SELECT sw
1746 15 Jun 07 gregory 958       FROM SoftwareData sw
1746 15 Jun 07 gregory 959       WHERE sw.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 960     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 961     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 962       A Hibernate query that returns the software with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 963       name.
1746 15 Jun 07 gregory 964     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 965   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 966   
1746 15 Jun 07 gregory 967   <query id="GET_HARDWARE_TYPE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 968     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 969       SELECT ht
1746 15 Jun 07 gregory 970       FROM HardwareTypeData ht
1746 15 Jun 07 gregory 971       WHERE ht.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 972     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 973     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 974       A Hibernate query that returns the hardware type with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 975       name.
1746 15 Jun 07 gregory 976     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 977   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 978   
1746 15 Jun 07 gregory 979   <query id="GET_HARDWARE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 980     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 981       SELECT hw
1746 15 Jun 07 gregory 982       FROM HardwareData hw
1746 15 Jun 07 gregory 983       WHERE hw.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 984     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 985     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 986       A Hibernate query that returns the hardware with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 987       name.
1746 15 Jun 07 gregory 988     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 989   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 990   
1746 15 Jun 07 gregory 991   <query id="GET_LABEL_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 992     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 993       SELECT lbl
1746 15 Jun 07 gregory 994       FROM LabelData lbl
1746 15 Jun 07 gregory 995       WHERE lbl.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 996     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 997     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 998       A Hibernate query that returns the label with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 999       name.
1746 15 Jun 07 gregory 1000     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1001   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1002   
1746 15 Jun 07 gregory 1003   <query id="GET_ANNOTATION_TYPE_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1004     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1005       SELECT at
1746 15 Jun 07 gregory 1006       FROM AnnotationTypeData at
1746 15 Jun 07 gregory 1007       WHERE at.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 1008     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1009     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1010       A Hibernate query that returns the annotation type with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 1011       name.
1746 15 Jun 07 gregory 1012     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1013   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1014   
1746 15 Jun 07 gregory 1015   <query id="GET_NEWS_WITH_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1016     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1017       SELECT nws
1746 15 Jun 07 gregory 1018       FROM NewsData nws
1746 15 Jun 07 gregory 1019       WHERE nws.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 1020     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1021     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1022       A Hibernate query that returns the news with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 1023       name.
1746 15 Jun 07 gregory 1024     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1025   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1026
1746 15 Jun 07 gregory 1027   <query id="GET_FILE_IN_DIRECTORY" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1028     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1029       SELECT f
1746 15 Jun 07 gregory 1030       FROM FileData f
1746 15 Jun 07 gregory 1031       WHERE f.directory = :directory
1746 15 Jun 07 gregory 1032       AND f.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 1033     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1034     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1035       A Hibernate query that returns the file with the specified 
1746 15 Jun 07 gregory 1036       name in a given directory.
1746 15 Jun 07 gregory 1037     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1038   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1039
1746 15 Jun 07 gregory 1040   <query id="COUNT_PROTOCOLS_FOR_PROTOCOLTYPE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1041     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1042       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1043       FROM ProtocolData p
1746 15 Jun 07 gregory 1044       WHERE p.protocolType = :protocolType
1746 15 Jun 07 gregory 1045     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1046     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1047       Counts the protocols the uses a protocol type.
1746 15 Jun 07 gregory 1048     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1049   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1050
1746 15 Jun 07 gregory 1051   <query id="COUNT_BIOMATERIALEVENTS_FOR_PROTOCOL" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1052     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1053       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1054       FROM BioMaterialEventData bme
1746 15 Jun 07 gregory 1055       WHERE bme.protocol = :protocol
1746 15 Jun 07 gregory 1056     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1057     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1058       A Hibernate query that counts the number of biomaterial
1746 15 Jun 07 gregory 1059       events using a protocol.
1746 15 Jun 07 gregory 1060     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1061   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1062
1746 15 Jun 07 gregory 1063   <query id="FIND_USED_FILES" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1064     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1065       SELECT fad
1746 15 Jun 07 gregory 1066       FROM org.proteios.core.data.FileAttachableData fad
1746 15 Jun 07 gregory 1067       WHERE fad.file = :file
1746 15 Jun 07 gregory 1068     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1069     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1070       Load the files that is used by any FileAttachableData.
1746 15 Jun 07 gregory 1071     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1072   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1073
1746 15 Jun 07 gregory 1074   <query id="COUNT_HARDWARE_FOR_TYPE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1075     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1076       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1077       FROM HardwareData hw
1746 15 Jun 07 gregory 1078       WHERE hw.hardwareType = :hardwaretype
1746 15 Jun 07 gregory 1079     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1080     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1081       A Hibernate query that counts the number of hardware items
1746 15 Jun 07 gregory 1082       of the given hardware type.
1746 15 Jun 07 gregory 1083     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1084   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1085
1746 15 Jun 07 gregory 1086   <query id="COUNT_SOFTWARE_FOR_SOFTWARETYPE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1087     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1088       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1089       FROM SoftwareData sw
1746 15 Jun 07 gregory 1090       WHERE sw.softwareType = :softwaretype
1746 15 Jun 07 gregory 1091     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1092     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1093       A Hibernate query that counts the number of software items
1746 15 Jun 07 gregory 1094       of the given software type.
1746 15 Jun 07 gregory 1095     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1096   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1097
1746 15 Jun 07 gregory 1098   <query id="COUNT_ANNOTATIONS_FOR_ANNOTATIONTYPE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1099     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1100       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1101       FROM AnnotationData a
1746 15 Jun 07 gregory 1102       WHERE a.annotationType = :annotationType
1746 15 Jun 07 gregory 1103     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1104     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1105       A Hibernate query that counts the number of annotations 
1746 15 Jun 07 gregory 1106       of the given annotation type.
1746 15 Jun 07 gregory 1107     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1108   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1109
1746 15 Jun 07 gregory 1110   <query id="COUNT_SAMPLES_FOR_BIOSOURCE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1111     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1112       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1113       FROM SampleData s
1746 15 Jun 07 gregory 1114       WHERE s.parent = :biosource
1746 15 Jun 07 gregory 1115     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1116     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1117       A Hibernate query that counts the number of samples 
1746 15 Jun 07 gregory 1118       created from a given biosource.
1746 15 Jun 07 gregory 1119     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1120   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1121
1746 15 Jun 07 gregory 1122   <query id="COUNT_EXTRACTS_FOR_SAMPLE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1123     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1124       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1125       FROM ExtractData e
1746 15 Jun 07 gregory 1126       WHERE e.parent = :sample
1746 15 Jun 07 gregory 1127     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1128     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1129       A Hibernate query that counts the number of extracts 
1746 15 Jun 07 gregory 1130       created from a given sample.
1746 15 Jun 07 gregory 1131     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1132   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1133   
1746 15 Jun 07 gregory 1134   <query id="COUNT_LABELED_EXTRACTS_FOR_EXTRACT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1135     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1136       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1137       FROM LabeledExtractData le
1746 15 Jun 07 gregory 1138       WHERE le.parent = :extract
1746 15 Jun 07 gregory 1139     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1140     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1141       A Hibernate query that counts the number of labeled extracts 
1746 15 Jun 07 gregory 1142       created from a given extract.
1746 15 Jun 07 gregory 1143     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1144   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1145
1746 15 Jun 07 gregory 1146   <query id="COUNT_LABELED_EXTRACTS_FOR_LABEL" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1147     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1148       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1149       FROM LabeledExtractData le
1746 15 Jun 07 gregory 1150       WHERE le.label = :label
1746 15 Jun 07 gregory 1151     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1152     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1153       A Hibernate query that counts the number of labeled extracts 
1746 15 Jun 07 gregory 1154       with the given label.
1746 15 Jun 07 gregory 1155     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1156   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1157
1746 15 Jun 07 gregory 1158   <query id="COUNT_SOURCEEVENTS_FOR_BIOMATERIAL" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1159     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1160       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1161       FROM BioMaterialEventData bme
1746 15 Jun 07 gregory 1162       JOIN bme.sources src
1746 15 Jun 07 gregory 1163       WHERE index(src) = :bioMaterial
1746 15 Jun 07 gregory 1164     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1165     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1166       A Hibernate query that counts the number of events a given
1746 15 Jun 07 gregory 1167       biomaterial has been part of as a source biomaterial, ie. the number 
1746 15 Jun 07 gregory 1168       of pooled biomaterials that have been created from it.
1746 15 Jun 07 gregory 1169     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1170   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1171
1746 15 Jun 07 gregory 1172   <query id="GET_CREATION_EVENT_FOR_BIOMATERIAL" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1173     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1174       SELECT evt
1746 15 Jun 07 gregory 1175       FROM BioMaterialEventData evt
1746 15 Jun 07 gregory 1176       WHERE evt.bioMaterial = :bioMaterial
1746 15 Jun 07 gregory 1177       AND evt.eventType = 1
1746 15 Jun 07 gregory 1178     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1179     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1180       A Hibernate query that returns the creation event for
1746 15 Jun 07 gregory 1181       a biomaterial.
1746 15 Jun 07 gregory 1182     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1183   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1184   
1746 15 Jun 07 gregory 1185   <query id="COUNT_UNREAD_MESSAGES_FOR_USER" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1186     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1187       SELECT count(*) 
1746 15 Jun 07 gregory 1188       FROM MessageData msg
1746 15 Jun 07 gregory 1189       WHERE msg.to = :user AND msg.read = false AND msg.removed = false
1746 15 Jun 07 gregory 1190     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1191     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1192       A Hibernate query that counts the number of
1746 15 Jun 07 gregory 1193       unread messages for a given user
1746 15 Jun 07 gregory 1194     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1195   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1196   
1746 15 Jun 07 gregory 1197   <query id="COUNT_PLUGINCONFIGURATIONS_FOR_PLUGINDEFINITION" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1198     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1199       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1200       FROM PluginConfigurationData pc
1746 15 Jun 07 gregory 1201       WHERE pc.pluginDefinition = :pluginDefinition
1746 15 Jun 07 gregory 1202     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1203     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1204       A Hibernate query that counts the number of plugin configurations
1746 15 Jun 07 gregory 1205       using a plugin definition.
1746 15 Jun 07 gregory 1206     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1207   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1208   
1746 15 Jun 07 gregory 1209   <query id="COUNT_JOBS_FOR_PLUGINCONFIGURATION" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1210     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1211       SELECT count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1212       FROM JobData j
1746 15 Jun 07 gregory 1213       WHERE j.pluginConfiguration = :pluginConfiguration
1746 15 Jun 07 gregory 1214     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1215     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1216       A Hibernate query that counts the number of jobs
1746 15 Jun 07 gregory 1217       using a plugin configuration.
1746 15 Jun 07 gregory 1218     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1219   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1220
1746 15 Jun 07 gregory 1221   <query id="FIND_JOBS_IN_QUEUE" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1222     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1223       SELECT job
1746 15 Jun 07 gregory 1224       FROM JobData job
1746 15 Jun 07 gregory 1225       WHERE job.status = :status
1746 15 Jun 07 gregory 1226       AND job.type = :type
1746 15 Jun 07 gregory 1227       ORDER BY job.priority ASC, job.created ASC
1746 15 Jun 07 gregory 1228     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1229     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1230       A Hibernate query that loads plugin jobs in the job queue waiting to be
1746 15 Jun 07 gregory 1231       executed sorted by priority and waiting type.
1746 15 Jun 07 gregory 1232     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1233   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1234   
1746 15 Jun 07 gregory 1235   <query id="GET_PLUGINTYPE_FOR_INTERFACENAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1236     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1237       SELECT plt
1746 15 Jun 07 gregory 1238       FROM PluginTypeData plt
1746 15 Jun 07 gregory 1239       WHERE plt.interfaceName = :interfaceName
1746 15 Jun 07 gregory 1240     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1241     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1242       Load a plugin type when you know the interface name.
1746 15 Jun 07 gregory 1243     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1244   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1245
1746 15 Jun 07 gregory 1246   <query id="GET_PLUGINDEFINITION_FOR_CLASSNAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1247     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1248       SELECT pd
1746 15 Jun 07 gregory 1249       FROM PluginDefinitionData pd
1746 15 Jun 07 gregory 1250       WHERE pd.className = :className
1746 15 Jun 07 gregory 1251     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1252     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1253       Load a plugin definition when you know the class name.
1746 15 Jun 07 gregory 1254     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1255   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1256
1746 15 Jun 07 gregory 1257   <query id="LOAD_CONTEXT_NAMES" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1258     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1259       SELECT ctx.id, ctx.name
1746 15 Jun 07 gregory 1260       FROM ContextData ctx
1746 15 Jun 07 gregory 1261       WHERE ctx.client = :client AND 
1746 15 Jun 07 gregory 1262       (ctx.user = :user OR ctx.public = true) 
1746 15 Jun 07 gregory 1263       AND ctx.itemType = :itemType
1746 15 Jun 07 gregory 1264       AND ctx.subContext = :subContext
1746 15 Jun 07 gregory 1265       ORDER BY ctx.name
1746 15 Jun 07 gregory 1266     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1267     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1268       A Hibernate query that selects the id and name of all contexts for
1746 15 Jun 07 gregory 1269       a user and item type. The names should be sorted in ascending order.
1746 15 Jun 07 gregory 1270     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1271   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1272   
1746 15 Jun 07 gregory 1273   <query id="LOAD_CONTEXT_BY_NAME" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1274     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1275       SELECT ctx
1746 15 Jun 07 gregory 1276       FROM ContextData ctx
1746 15 Jun 07 gregory 1277       WHERE ctx.user = :user
1746 15 Jun 07 gregory 1278       AND ctx.client = :client
1746 15 Jun 07 gregory 1279       AND ctx.itemType = :itemType
1746 15 Jun 07 gregory 1280       AND ctx.subContext  = :subContext
1746 15 Jun 07 gregory 1281       AND ctx.name = :name
1746 15 Jun 07 gregory 1282     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1283     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1284       A Hibernate query that load a context given the user, client,
1746 15 Jun 07 gregory 1285       item type, subcontext and name of the context.
1746 15 Jun 07 gregory 1286     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1287   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1288   
1746 15 Jun 07 gregory 1289   <query id="COUNT_PLUGINS_BY_TYPE_FOR_CONTEXT" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1290     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1291       SELECT plg.mainType, count(*)
1746 15 Jun 07 gregory 1292       FROM PluginDefinitionData plg
1746 15 Jun 07 gregory 1293       JOIN plg.guiContexts gcx
1746 15 Jun 07 gregory 1294       WHERE gcx.itemType = :itemType AND gcx.contextType = :contextType
1746 15 Jun 07 gregory 1295       GROUP BY plg.mainType
1746 15 Jun 07 gregory 1296     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1297     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1298       A Hibernate query that counts the number of
1746 15 Jun 07 gregory 1299       plugins available for a given GUI context grouped by
1746 15 Jun 07 gregory 1300       the main type of the plugins.
1746 15 Jun 07 gregory 1301     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1302   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1303   
1746 15 Jun 07 gregory 1304   <query id="GET_SCHEMA_VERSION" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1305     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1306       SELECT sv
1746 15 Jun 07 gregory 1307       FROM SchemaVersionData sv
1746 15 Jun 07 gregory 1308     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1309     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1310       A Hibernate query that loads the schema version (there should only be one record).
1746 15 Jun 07 gregory 1311     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1312   </query>
1746 15 Jun 07 gregory 1313   
1746 15 Jun 07 gregory 1314   <query id="SET_SCHEMA_VERSION" type="HQL">
1746 15 Jun 07 gregory 1315     <sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1316       UPDATE SchemaVersionData sv
1746 15 Jun 07 gregory 1317       SET sv.schemaVersion = :schemaVersion,
1746 15 Jun 07 gregory 1318       sv.build = :build
1746 15 Jun 07 gregory 1319     </sql>
1746 15 Jun 07 gregory 1320     <description>
1746 15 Jun 07 gregory 1321       A Hibernate query that updates the schema version and build number.
1746 15 Jun 07 gregory 1322     </description>
1746 15 Jun 07 gregory 1323   </query>
3313 17 Jun 09 gregory 1324
3313 17 Jun 09 gregory 1325   <query id="SET_PROJECT_TYPE" type="HQL">
3313 17 Jun 09 gregory 1326     <sql>
3313 17 Jun 09 gregory 1327       UPDATE ProjectData pd
3313 17 Jun 09 gregory 1328       SET pd.projectType = 0
3313 17 Jun 09 gregory 1329       WHERE pd.projectType IS NULL
3313 17 Jun 09 gregory 1330     </sql>
3313 17 Jun 09 gregory 1331     <description>
3313 17 Jun 09 gregory 1332       A Hibernate query that updates the new column projectType when going from
3313 17 Jun 09 gregory 1333 schema 6 to 7
3313 17 Jun 09 gregory 1334     </description>
3313 17 Jun 09 gregory 1335   </query>
3212 16 Apr 09 olle 1336   
3212 16 Apr 09 olle 1337   <query id="SET_JOBS_ABORTED_BY_SERVER_SHUTDOWN" type="HQL">
3212 16 Apr 09 olle 1338     <sql>
3212 16 Apr 09 olle 1339       UPDATE JobData job
3212 16 Apr 09 olle 1340       SET job.statusMessage = :newStatusMessage,
3212 16 Apr 09 olle 1341       job.percentComplete = :newPercentComplete,
3212 16 Apr 09 olle 1342       job.status = :newStatus,
3212 16 Apr 09 olle 1343       job.ended = :newEnded
3212 16 Apr 09 olle 1344       WHERE job.status = :status AND job.type = :type
3212 16 Apr 09 olle 1345     </sql>
3212 16 Apr 09 olle 1346     <description>
3212 16 Apr 09 olle 1347       A Hibernate query that updates job properties.
3212 16 Apr 09 olle 1348     </description>
3212 16 Apr 09 olle 1349   </query>
3284 26 May 09 olle 1350   
3284 26 May 09 olle 1351   <query id="FIND_PENDING_JOBS" type="HQL">
3284 26 May 09 olle 1352     <sql>
3284 26 May 09 olle 1353       SELECT job
3284 26 May 09 olle 1354       FROM JobData job
3284 26 May 09 olle 1355       WHERE job.type = :type AND job.ended = null
3284 26 May 09 olle 1356       ORDER BY job.priority ASC, job.created ASC
3284 26 May 09 olle 1357     </sql>
3284 26 May 09 olle 1358     <description>
3284 26 May 09 olle 1359       A Hibernate query that loads pending jobs
3284 26 May 09 olle 1360       sorted by priority and creation time.
3284 26 May 09 olle 1361     </description>
3284 26 May 09 olle 1362   </query>
3473 06 Nov 09 olle 1363
3473 06 Nov 09 olle 1364   <query id="SET_COMPRESSED_ON_FILES" type="HQL">
3473 06 Nov 09 olle 1365     <sql>
3473 06 Nov 09 olle 1366       UPDATE FileData f
3473 06 Nov 09 olle 1367       SET
3473 06 Nov 09 olle 1368         f.compressed = false,
3473 06 Nov 09 olle 1369         f.compressedSize = f.size
3473 06 Nov 09 olle 1370       WHERE f.compressed IS NULL
3473 06 Nov 09 olle 1371     </sql>
3473 06 Nov 09 olle 1372     <description>
3473 06 Nov 09 olle 1373       A HQL query that sets the compressed property to false and the
3473 06 Nov 09 olle 1374       compressedSize to size for all files with a null value.
3473 06 Nov 09 olle 1375     </description>
3473 06 Nov 09 olle 1376   </query>
3473 06 Nov 09 olle 1377
1746 15 Jun 07 gregory 1378 </predefined-queries>

Generated on Thu Jul 20 09:34:49 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)