client/servlet/conf/omssa.properties.in

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2915 27 Oct 08 olle 1 # $Id: omssa.properties.in 2597 2008-10-15 12:30:41Z olle $
2915 27 Oct 08 olle 2
2915 27 Oct 08 olle 3 # Copyright (C) 2008 Olle Mansson
2915 27 Oct 08 olle 4
2915 27 Oct 08 olle 5 # This file is part of Proteios
2915 27 Oct 08 olle 6 # Available at http://www.proteios.org/
2915 27 Oct 08 olle 7
2915 27 Oct 08 olle 8 # Proteios is free software; you can redistribute it and/or modify it
2915 27 Oct 08 olle 9 # under the terms of the GNU General Public License as published by
2915 27 Oct 08 olle 10 # the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
2915 27 Oct 08 olle 11 # (at your option) any later version.
2915 27 Oct 08 olle 12
2915 27 Oct 08 olle 13 # Proteios is distributed in the hope that it will be useful, but
2915 27 Oct 08 olle 14 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2915 27 Oct 08 olle 15 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2915 27 Oct 08 olle 16 # General Public License for more details.
2915 27 Oct 08 olle 17
2915 27 Oct 08 olle 18 # You should have received a copy of the GNU General Public License
2915 27 Oct 08 olle 19 # along with this program; if not, write to the Free Software
2915 27 Oct 08 olle 20 # Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
2915 27 Oct 08 olle 21 # 02111-1307, USA.
2915 27 Oct 08 olle 22
2915 27 Oct 08 olle 23 # Copy this file to omssa.properties and make necessary configuration 
2915 27 Oct 08 olle 24 # before running OMSSA search from Proteios.
2915 27 Oct 08 olle 25  
2915 27 Oct 08 olle 26 #
2931 04 Nov 08 olle 27 # Settings for accessing OMSSA web interface - optional
2915 27 Oct 08 olle 28 #
2915 27 Oct 08 olle 29 # Default settings for OMSSA installed on the same system
2915 27 Oct 08 olle 30 # as the Proteios server are:
2915 27 Oct 08 olle 31 #
2915 27 Oct 08 olle 32 # omssa.web.server.url = http://localhost
2915 27 Oct 08 olle 33 # (For searching MS/MS spectra from ion trap spectrometers)
2915 27 Oct 08 olle 34 # omssa.web.script.path = /omssa/omssacgi.cgi?searchsettings=iontrap.xml
2915 27 Oct 08 olle 35 # - or -
2915 27 Oct 08 olle 36 # (For searching ETD MS/MS spectra)
2915 27 Oct 08 olle 37 # omssa.web.script.path = /omssa/omssacgi.cgi
2915 27 Oct 08 olle 38 # omssa.web.archive.path = /omssa/omssacgi.cgi?cmd=reply&intype=rid&rid=10
2915 27 Oct 08 olle 39 # omssa.web.result.filename.prefix = 
2915 27 Oct 08 olle 40 # omssa.web.server.timediff.hours = 0
2915 27 Oct 08 olle 41 # omssa.web.server.timediff.correction.minutes = 0
3379 22 Jul 09 olle 42 # omssa.web.convert.mzdata_to_mgf = true
2915 27 Oct 08 olle 43 #
2915 27 Oct 08 olle 44 # Notes:
2915 27 Oct 08 olle 45 #
2915 27 Oct 08 olle 46 # omssa.web.server.url is the part of the url
2915 27 Oct 08 olle 47 # of an OMSSA search site before "/omssa/omssacgi.cgi".
2915 27 Oct 08 olle 48 # For search site http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/omssa/index.htm
2915 27 Oct 08 olle 49 # the following setting should be used:
2915 27 Oct 08 olle 50 #
2915 27 Oct 08 olle 51 # omssa.web.server.url = http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
2915 27 Oct 08 olle 52 #
2915 27 Oct 08 olle 53 # omssa.web.server.timediff.hours is the time difference
2915 27 Oct 08 olle 54 # in hours between the Proteios server and the OMSSA server.
2915 27 Oct 08 olle 55 # It is used to construct result filenames containing
2915 27 Oct 08 olle 56 # time stamps when uploading the result file to Proteios.
2915 27 Oct 08 olle 57 # For a Proteios server in Paris, France (timezone GMT+1)
2915 27 Oct 08 olle 58 # and an OMSSA server in San Francisco, California, USA,
2915 27 Oct 08 olle 59 # (timezone GMT-8), the following setting should be used:
2915 27 Oct 08 olle 60 #
2915 27 Oct 08 olle 61 # omssa.web.server.timediff.hours = -9
2915 27 Oct 08 olle 62 #
2915 27 Oct 08 olle 63 # omssa.web.server.timediff.correction.minutes is
2915 27 Oct 08 olle 64 # an added correction to the time difference aimed at
2915 27 Oct 08 olle 65 # synchronizing the output of system clocks from
2915 27 Oct 08 olle 66 # the Proteios server and the OMSSA server to within
2915 27 Oct 08 olle 67 # the same minute when constructing a time stamp
2915 27 Oct 08 olle 68 # in Proteios (the system clocks are not changed). 
2915 27 Oct 08 olle 69 # If both system clocks were tuned to a time standard,
2915 27 Oct 08 olle 70 # this correction would be 0.
2915 27 Oct 08 olle 71 # For a Proteios server whose system clock is 2 minutes
2915 27 Oct 08 olle 72 # behind the system clock of the OMSSA server, after
2915 27 Oct 08 olle 73 # correcting for the differences in time zones,
2915 27 Oct 08 olle 74 # e.g. 20.10.52 GMT+1 and 11.10.54 GMT-8, respectively,
2915 27 Oct 08 olle 75 # the following setting should be used:
2915 27 Oct 08 olle 76 #
2915 27 Oct 08 olle 77 # omssa.web.server.timediff.correction.minutes = 2
2915 27 Oct 08 olle 78 #
3379 22 Jul 09 olle 79 # omssa.web.convert.mzdata_to_mgf is a flag variable,
3379 22 Jul 09 olle 80 # indicating if an mzData input file should be converted
3379 22 Jul 09 olle 81 # to an MGF file before an OMSSA search is performed.
3379 22 Jul 09 olle 82 # If set to `true`, the created MGF file will be placed
3379 22 Jul 09 olle 83 # in the same Proteios directory as the input mzData file.
3379 22 Jul 09 olle 84 # The OMSSA result file will refer to the original mzData
3379 22 Jul 09 olle 85 # file as the input file.
3379 22 Jul 09 olle 86 #
3379 22 Jul 09 olle 87 # omssa.web.convert.mzdata_to_mgf = true
3379 22 Jul 09 olle 88 #
2915 27 Oct 08 olle 89 omssa.web.server.url = http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
2915 27 Oct 08 olle 90 omssa.web.script.path = /omssa/omssacgi.cgi
2915 27 Oct 08 olle 91 omssa.web.archive.path = /omssa/omssacgi.cgi?cmd=reply&intype=rid&rid=10
2915 27 Oct 08 olle 92 omssa.web.result.filename.prefix = 
2915 27 Oct 08 olle 93 omssa.web.server.timediff.hours = -9
2915 27 Oct 08 olle 94 omssa.web.server.timediff.correction.minutes = 0
3379 22 Jul 09 olle 95 omssa.web.convert.mzdata_to_mgf = true
2915 27 Oct 08 olle 96 #
2931 04 Nov 08 olle 97 # Settings for OMSSA local installation - required
2915 27 Oct 08 olle 98 #
2935 05 Nov 08 olle 99 # Use web format for paths, i.e. directory delimiter "/",
2935 05 Nov 08 olle 100 # e.g. for MS-Windows path C:\tools\omssa-2.1.4.win32\db
2935 05 Nov 08 olle 101 # use C:/tools/omssa-2.1.4.win32/db.
2935 05 Nov 08 olle 102 #
2932 04 Nov 08 olle 103 omssa.local.install.path = /omssa-2.1.4.linux
2915 27 Oct 08 olle 104 omssa.local.program.name = omssacl
2934 04 Nov 08 olle 105 omssa.local.database.directory.path = /omssa-2.1.4.linux/db
2915 27 Oct 08 olle 106 omssa.local.input.basename = omssa_input.xml
3379 22 Jul 09 olle 107 omssa.local.convert.mzdata_to_mgf = true
4191 25 Mar 11 olle 108 #
4191 25 Mar 11 olle 109 # omssa.local.disabled = no
4191 25 Mar 11 olle 110 #
4191 25 Mar 11 olle 111 # When OMSSA has been installed locally and the properties
4191 25 Mar 11 olle 112 # file updated, the "disabled" flag should be set to
4191 25 Mar 11 olle 113 # "omssa.local.disabled = no", in order to make
4191 25 Mar 11 olle 114 # the functionality accessible from Proteios SE.
4191 25 Mar 11 olle 115 #
4191 25 Mar 11 olle 116 omssa.local.disabled = yes
2915 27 Oct 08 olle 117

Generated on Thu Jul 20 09:42:02 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)