client/servlet/conf/xtandem.properties.in

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2660 06 May 08 olle 1 # $Id: xtandem.properties.in 2597 2008-04-22 13:54:41Z olle $
2660 06 May 08 olle 2
2660 06 May 08 olle 3 # Copyright (C) 2008 Olle Mansson
2660 06 May 08 olle 4
2660 06 May 08 olle 5 # This file is part of Proteios
2660 06 May 08 olle 6 # Available at http://www.proteios.org/
2660 06 May 08 olle 7
2660 06 May 08 olle 8 # Proteios is free software; you can redistribute it and/or modify it
2660 06 May 08 olle 9 # under the terms of the GNU General Public License as published by
2660 06 May 08 olle 10 # the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
2660 06 May 08 olle 11 # (at your option) any later version.
2660 06 May 08 olle 12
2660 06 May 08 olle 13 # Proteios is distributed in the hope that it will be useful, but
2660 06 May 08 olle 14 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
2660 06 May 08 olle 15 # MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
2660 06 May 08 olle 16 # General Public License for more details.
2660 06 May 08 olle 17
2660 06 May 08 olle 18 # You should have received a copy of the GNU General Public License
2660 06 May 08 olle 19 # along with this program; if not, write to the Free Software
2660 06 May 08 olle 20 # Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA
2660 06 May 08 olle 21 # 02111-1307, USA.
2660 06 May 08 olle 22
2660 06 May 08 olle 23 # Copy this file to xtandem.properties and make necessary configuration 
2660 06 May 08 olle 24 # before running X!Tandem search from Proteios.
2660 06 May 08 olle 25  
2660 06 May 08 olle 26 #
2660 06 May 08 olle 27 # Settings for accessing GPM web interface - required
2660 06 May 08 olle 28 #
2711 26 May 08 olle 29 # Default settings for GPM installed on the same system
2711 26 May 08 olle 30 # as the Proteios server are:
2711 26 May 08 olle 31 #
2711 26 May 08 olle 32 # xtandem.gpm.server.url = http://localhost
2711 26 May 08 olle 33 # xtandem.gpm.script.path = /thegpm-cgi/thegpm.pl
2711 26 May 08 olle 34 # xtandem.gpm.archive.path = /gpm/archive
2711 26 May 08 olle 35 # xtandem.gpm.result.filename.prefix = GPM003
2711 26 May 08 olle 36 # xtandem.gpm.server.timediff.hours = 0
2711 26 May 08 olle 37 # xtandem.gpm.server.timediff.correction.minutes = 0
2711 26 May 08 olle 38 #
2711 26 May 08 olle 39 # Notes:
2711 26 May 08 olle 40 #
2711 26 May 08 olle 41 # xtandem.gpm.server.url is the part of the url
2711 26 May 08 olle 42 # of a GPM search site before "/tandem/thegpm_tandem.html".
2711 26 May 08 olle 43 # For search site http://h.thegpm.org/tandem/thegpm_tandem.html
2711 26 May 08 olle 44 # the following setting should be used:
2711 26 May 08 olle 45 #
2711 26 May 08 olle 46 # xtandem.gpm.server.url = http://h.thegpm.org
2711 26 May 08 olle 47 #
2711 26 May 08 olle 48 # A number of GPM search sites can be found on
2711 26 May 08 olle 49 # url http://thegpm.org/ under header "Search sites".
2711 26 May 08 olle 50 # Please click the link to check if it is redirected,
2711 26 May 08 olle 51 # if so, use the redirected link to find the url.
2711 26 May 08 olle 52 #
2711 26 May 08 olle 53 # xtandem.gpm.server.timediff.hours is the time difference
2711 26 May 08 olle 54 # in hours between the Proteios server and the GPM server.
2711 26 May 08 olle 55 # It is used to construct result filenames containing
2711 26 May 08 olle 56 # time stamps when uploading the result file to Proteios.
2711 26 May 08 olle 57 # For a Proteios server in Paris, France (timezone GMT+1)
2711 26 May 08 olle 58 # and a GPM server in San Francisco, California, USA,
2711 26 May 08 olle 59 # (timezone GMT-8), the following setting should be used:
2711 26 May 08 olle 60 #
2711 26 May 08 olle 61 # xtandem.gpm.server.timediff.hours = -9
2711 26 May 08 olle 62 #
2711 26 May 08 olle 63 # xtandem.gpm.server.timediff.correction.minutes is
2711 26 May 08 olle 64 # an added correction to the time difference aimed at
2711 26 May 08 olle 65 # synchronizing the output of system clocks from
2711 26 May 08 olle 66 # the Proteios server and the GPM server to within
2711 26 May 08 olle 67 # the same minute when constructing a time stamp
2711 26 May 08 olle 68 # in Proteios (the system clocks are not changed). 
2711 26 May 08 olle 69 # If both system clocks were tuned to a time standard,
2711 26 May 08 olle 70 # this correction would be 0.
2711 26 May 08 olle 71 # For a Proteios server whose system clock is 2 minutes
2711 26 May 08 olle 72 # behind the system clock of the GPM server, after
2711 26 May 08 olle 73 # correcting for the differences in time zones,
2711 26 May 08 olle 74 # e.g. 20.10.52 GMT+1 and 11.10.54 GMT-8, respectively,
2711 26 May 08 olle 75 # the following setting should be used:
2711 26 May 08 olle 76 #
2711 26 May 08 olle 77 # xtandem.gpm.server.timediff.correction.minutes = 2
2711 26 May 08 olle 78 #
2712 26 May 08 olle 79 xtandem.gpm.server.url = http://h777.thegpm.org
2660 06 May 08 olle 80 xtandem.gpm.script.path = /thegpm-cgi/thegpm.pl
2660 06 May 08 olle 81 xtandem.gpm.archive.path = /gpm/archive
2712 26 May 08 olle 82 xtandem.gpm.result.filename.prefix = GPM777
2712 26 May 08 olle 83 xtandem.gpm.server.timediff.hours = -9
2711 26 May 08 olle 84 xtandem.gpm.server.timediff.correction.minutes = 0
2660 06 May 08 olle 85 #
4189 25 Mar 11 olle 86 # xtandem.local.disabled = no
4189 25 Mar 11 olle 87 #
4189 25 Mar 11 olle 88 # When the X!Tandem properties file has been updated,
4189 25 Mar 11 olle 89 # the "disabled" flag should be set to
4189 25 Mar 11 olle 90 # "xtandem.local.disabled = no", in order to make
4189 25 Mar 11 olle 91 # the functionality accessible from Proteios SE.
4189 25 Mar 11 olle 92 #
4189 25 Mar 11 olle 93 xtandem.local.disabled = yes
4189 25 Mar 11 olle 94 #
2660 06 May 08 olle 95 # Settings for X!Tandem local installation - optional
2660 06 May 08 olle 96 #
2660 06 May 08 olle 97 # The install path normally ends with "/bin"
2660 06 May 08 olle 98 #
2660 06 May 08 olle 99 xtandem.local.install.path = /tandem-linux-08-02-01-1/bin
2660 06 May 08 olle 100 xtandem.local.program.name = tandem.exe
2660 06 May 08 olle 101 xtandem.local.input.basename = proteios_autogenerated_input.xml
2660 06 May 08 olle 102

Generated on Thu Jul 20 09:42:05 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)