client/servlet/www/WEB-INF/init.sh

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
4371 26 Oct 12 olle 1 #!/bin/bash
3131 20 Feb 09 gregory 2
3141 25 Feb 09 gregory 3 # $Id$
3131 20 Feb 09 gregory 4
3142 25 Feb 09 gregory 5 #  Copyright (C) 2009 Gregory Vincic
3131 20 Feb 09 gregory 6
3131 20 Feb 09 gregory 7 #  Files are copyright by their respective authors. The contributions to
3131 20 Feb 09 gregory 8 #  files where copyright is not explicitly stated can be traced with the
3131 20 Feb 09 gregory 9 #  source code revision system.
3131 20 Feb 09 gregory 10
3131 20 Feb 09 gregory 11 #  This file is part of Proteios.
3131 20 Feb 09 gregory 12 #  Available at http://www.proteios.org/
3131 20 Feb 09 gregory 13
3131 20 Feb 09 gregory 14 #  Proteios is free software; you can redistribute it and/or
3131 20 Feb 09 gregory 15 #  modify it under the terms of the GNU General Public License
3131 20 Feb 09 gregory 16 #  as published by the Free Software Foundation; either version 2
3131 20 Feb 09 gregory 17 #  of the License, or (at your option) any later version.
3131 20 Feb 09 gregory 18
3131 20 Feb 09 gregory 19 #  Proteios is distributed in the hope that it will be useful,
3131 20 Feb 09 gregory 20 #  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
3131 20 Feb 09 gregory 21 #  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
3131 20 Feb 09 gregory 22 #  GNU General Public License for more details.
3131 20 Feb 09 gregory 23
3131 20 Feb 09 gregory 24 #  You should have received a copy of the GNU General Public License
3131 20 Feb 09 gregory 25 #  along with this program; if not, write to the Free Software
3131 20 Feb 09 gregory 26 #  Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330,
3131 20 Feb 09 gregory 27 #  Boston, MA  02111-1307, USA.
3131 20 Feb 09 gregory 28
3133 24 Feb 09 gregory 29 #  Configuration script that should be used after istallation. (rpm only)
3131 20 Feb 09 gregory 30
3568 18 Feb 10 gregory 31 . ./config
3131 20 Feb 09 gregory 32
3131 20 Feb 09 gregory 33
3131 20 Feb 09 gregory 34 stty -echo
3133 24 Feb 09 gregory 35 read -p "Mysql password for user $DB_MANAGER: " DB_MANAGER_PWD; echo
4151 03 Mar 11 olle 36 SQL_EXEC="mysql -h $DB_HOST -u $DB_MANAGER -p$DB_MANAGER_PWD -e"
3147 27 Feb 09 gregory 37 DB_EXISTS=`$SQL_EXEC "show databases" | grep "^$DB_NAME\$"`
3136 24 Feb 09 gregory 38 if [ "$DB_EXISTS" == "$DB_NAME" ]; then
3136 24 Feb 09 gregory 39   echo "Database '$DB_NAME' already exists. Change DB_NAME in config file and try again."
3136 24 Feb 09 gregory 40   stty echo
3136 24 Feb 09 gregory 41   exit
3136 24 Feb 09 gregory 42 fi
3136 24 Feb 09 gregory 43
3133 24 Feb 09 gregory 44 read -p "Proteios SE password for root: " APP_ROOT_PWD; echo
3131 20 Feb 09 gregory 45 stty echo
3133 24 Feb 09 gregory 46 HOST_NAME=`java -jar lib/GetHostName.jar`
3131 20 Feb 09 gregory 47
3136 24 Feb 09 gregory 48
3133 24 Feb 09 gregory 49 # Create database and user
3131 20 Feb 09 gregory 50 $SQL_EXEC "CREATE DATABASE IF NOT EXISTS \`$DB_NAME\` DEFAULT CHARACTER SET utf8;"
3131 20 Feb 09 gregory 51 $SQL_EXEC "GRANT ALL ON \`$DB_NAME\`.* TO '$APP_USER'@'$DB_HOST' IDENTIFIED BY '$APP_USER_PWD'; FLUSH PRIVILEGES;"
3131 20 Feb 09 gregory 52
3131 20 Feb 09 gregory 53 #  Update proteios web.xml file (used by Tomcat)
3133 24 Feb 09 gregory 54 java -jar lib/Replace.jar \
3133 24 Feb 09 gregory 55                 web.xml.in web.xml \
3133 24 Feb 09 gregory 56                 __TEMPFILES__="$TEMP_FILES_DIR"
3131 20 Feb 09 gregory 57
3133 24 Feb 09 gregory 58 cd classes
3133 24 Feb 09 gregory 59 java -jar ../lib/Replace.jar \
3133 24 Feb 09 gregory 60                 proteios.config.in proteios.config \
3133 24 Feb 09 gregory 61                 __USERNAME__=$APP_USER \
3133 24 Feb 09 gregory 62                 __PASSWORD__=$APP_USER_PWD \
3133 24 Feb 09 gregory 63                 __DATABASE__=$DB_NAME \
3133 24 Feb 09 gregory 64                 __USERFILES__="$USER_FILES_DIR" \
3133 24 Feb 09 gregory 65                 __HOST__=$DB_HOST \
3133 24 Feb 09 gregory 66                 __SMTPHOST__=$MAIL_SERVER \
3133 24 Feb 09 gregory 67                 __MAIL_FROM_ADDRESS__=$MAIL_FROM_ADDRESS
3131 20 Feb 09 gregory 68
3133 24 Feb 09 gregory 69
3131 20 Feb 09 gregory 70 #  Update proteios ftp.properties file (used by FTP Server)
3133 24 Feb 09 gregory 71 java -jar ../lib/Replace.jar \
3133 24 Feb 09 gregory 72                 ftp.properties.in ftp.properties \
3133 24 Feb 09 gregory 73                 __CONTROL_PORT__=$FTP_CONTROL_PORT \
3133 24 Feb 09 gregory 74                 __PASSIVE_PORT_RANGE__=$FTP_PASSIVE_PORT_RANGE \
3133 24 Feb 09 gregory 75                 __USERNAME__=$APP_USER \
3133 24 Feb 09 gregory 76                 __PASSWORD__=$APP_USER_PWD \
3133 24 Feb 09 gregory 77                 __DATABASE__=$DB_NAME \
3133 24 Feb 09 gregory 78                 __USERFILES__="$USER_FILES_DIR" \
3133 24 Feb 09 gregory 79                 __HOST__=$DB_HOST
3131 20 Feb 09 gregory 80
3131 20 Feb 09 gregory 81 #  Create proteios xtandem.properties file if not existing.
3131 20 Feb 09 gregory 82 if [ ! -f xtandem.properties ]; then
3131 20 Feb 09 gregory 83   cp -p xtandem.properties.in xtandem.properties
3131 20 Feb 09 gregory 84 fi
3131 20 Feb 09 gregory 85
3131 20 Feb 09 gregory 86 #  Create proteios mascot.properties file if not existing.
3131 20 Feb 09 gregory 87 if [ ! -f mascot.properties ]; then
3131 20 Feb 09 gregory 88   cp -p mascot.properties.in mascot.properties
3131 20 Feb 09 gregory 89 fi
3131 20 Feb 09 gregory 90
3131 20 Feb 09 gregory 91 #  Create proteios omssa.properties file if not existing.
3131 20 Feb 09 gregory 92 if [ ! -f omssa.properties ]; then
3131 20 Feb 09 gregory 93   cp -p omssa.properties.in omssa.properties
3131 20 Feb 09 gregory 94 fi
3131 20 Feb 09 gregory 95
3131 20 Feb 09 gregory 96 #  Create proteios pike.properties file if not existing.
3131 20 Feb 09 gregory 97 if [ ! -f pike.properties ]; then
3131 20 Feb 09 gregory 98   cp -p pike.properties.in pike.properties
3131 20 Feb 09 gregory 99 fi
3131 20 Feb 09 gregory 100
4568 28 Apr 15 fredrik 101 #  Create proteios dinosaur.properties file if not existing.
4568 28 Apr 15 fredrik 102 if [ ! -f dinosaur.properties ]; then
4568 28 Apr 15 fredrik 103   cp -p dinosaur.properties.in dinosaur.properties
4568 28 Apr 15 fredrik 104 fi
4568 28 Apr 15 fredrik 105
4618 07 Jul 16 fredrik 106 #  Create proteios msgfplus.properties file if not existing.
4618 07 Jul 16 fredrik 107 if [ ! -f msgfplus.properties ]; then
4618 07 Jul 16 fredrik 108   cp -p msgfplus.properties.in msgfplus.properties
4618 07 Jul 16 fredrik 109 fi
4618 07 Jul 16 fredrik 110
4084 20 Dec 10 olle 111 #  Create proteios msinspect.properties file if not existing.
4084 20 Dec 10 olle 112 if [ ! -f msinspect.properties ]; then
4084 20 Dec 10 olle 113   cp -p msinspect.properties.in msinspect.properties
4084 20 Dec 10 olle 114 fi
4084 20 Dec 10 olle 115
4150 03 Mar 11 olle 116 #  Create proteios openms.properties file if not existing.
4150 03 Mar 11 olle 117 if [ ! -f openms.properties ]; then
4150 03 Mar 11 olle 118   cp -p openms.properties.in openms.properties
4150 03 Mar 11 olle 119 fi
4150 03 Mar 11 olle 120
3131 20 Feb 09 gregory 121 #  Create proteios log4j.properties file if not existing.
3131 20 Feb 09 gregory 122 if [ ! -f log4j.properties ]; then
3131 20 Feb 09 gregory 123   cp -p log4j.properties.in log4j.properties
3131 20 Feb 09 gregory 124 fi
3131 20 Feb 09 gregory 125
4551 25 Mar 14 fredrik 126 #  Create proteios connection.properties file if not existing.
4551 25 Mar 14 fredrik 127 if [ ! -f connection.properties ]; then
4551 25 Mar 14 fredrik 128   cp -p connection.properties.in connection.properties
4551 25 Mar 14 fredrik 129 fi
4551 25 Mar 14 fredrik 130
4551 25 Mar 14 fredrik 131
3133 24 Feb 09 gregory 132 # Update proteios Proteios FTP Server start script
3133 24 Feb 09 gregory 133 java -jar ../lib/Replace.jar \
4045 26 Nov 10 gregory 134                 $SERVICE_PATH/proteios_ftp_server.sh.in $SERVICE_PATH/proteios_ftp_server.sh \
4387 04 Dec 12 olle 135                 __CATALINA_BASE__="$CATALINA_BASE" \
4045 26 Nov 10 gregory 136                 __FTP_CONTROL_PORT__=$FTP_CONTROL_PORT \
4430 06 Mar 13 olle 137                 __TEMP_FILES_DIR__=$TEMP_FILES_DIR \
4430 06 Mar 13 olle 138                 __TOMCAT_USER__=$TOMCAT_USER
3133 24 Feb 09 gregory 139
3133 24 Feb 09 gregory 140 # End configuration replacements
3133 24 Feb 09 gregory 141 cd ..
3133 24 Feb 09 gregory 142
3131 20 Feb 09 gregory 143 # Build classpath
3133 24 Feb 09 gregory 144 CP=classes
3133 24 Feb 09 gregory 145 for i in `ls lib/*.jar`; do CP=${CP}:${i}; done
3131 20 Feb 09 gregory 146
3131 20 Feb 09 gregory 147 #  Create user files directory if not existing.
3133 24 Feb 09 gregory 148 mkdir -p "$USER_FILES_DIR/conf"
3574 23 Feb 10 gregory 149 chown $TOMCAT_USER -R $USER_FILES_DIR
3574 23 Feb 10 gregory 150 chgrp $TOMCAT_GROUP -R $USER_FILES_DIR
3131 20 Feb 09 gregory 151
3131 20 Feb 09 gregory 152 #  Create temporary files directory if not existing.
3133 24 Feb 09 gregory 153 mkdir -p "$TEMP_FILES_DIR"
3574 23 Feb 10 gregory 154 chown $TOMCAT_USER -R $TEMP_FILES_DIR
3574 23 Feb 10 gregory 155 chgrp $TOMCAT_GROUP -R $TEMP_FILES_DIR
3131 20 Feb 09 gregory 156
3574 23 Feb 10 gregory 157 #  Initialize database
3574 23 Feb 10 gregory 158 java -server -cp $CP org.proteios.install.InitDB $APP_ROOT_PWD
3574 23 Feb 10 gregory 159
3574 23 Feb 10 gregory 160
3261 07 May 09 gregory 161 if [ -e $SERVICE_PATH/proteios_ftp_server.sh ]; then
3261 07 May 09 gregory 162   chmod ugo+x $SERVICE_PATH/proteios_ftp_server.sh
3148 27 Feb 09 gregory 163 else
3261 07 May 09 gregory 164   echo "warning: $SERVICE_PATH/proteios_ftp_server.sh is missing"
3148 27 Feb 09 gregory 165 fi
3131 20 Feb 09 gregory 166
3131 20 Feb 09 gregory 167

Generated on Thu Jul 20 09:47:38 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)