client/servlet/www/tandem-style.xsl

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
2658 05 May 08 olle 1 <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
2658 05 May 08 olle 2 <xsl:stylesheet version="1.0"
2658 05 May 08 olle 3                 xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" 
2658 05 May 08 olle 4                 xmlns:GAML="http://www.bioml.com/gaml/" >
2658 05 May 08 olle 5 <!--
2658 05 May 08 olle 6 X! tandem default style sheet
2658 05 May 08 olle 7 Copyright (C) 2003-2004 Ronald C. Beavis
2658 05 May 08 olle 8 Version 2004.03.01
2658 05 May 08 olle 9 All Rights Reserved
2658 05 May 08 olle 10      This source code is distributed under the terms of the
2658 05 May 08 olle 11      Artistic License. 
2658 05 May 08 olle 12 -->
2658 05 May 08 olle 13 <xsl:template match="/">
2658 05 May 08 olle 14   <html>
2658 05 May 08 olle 15     <head>
2658 05 May 08 olle 16       <title>thegpm site 000 <xsl:value-of select="/bioml/@label" /></title>
2658 05 May 08 olle 17       <link rel="stylesheet" href="/tandem/tandem-style.css" />
2658 05 May 08 olle 18  <SCRIPT lanuage="JavaScript">
2658 05 May 08 olle 19  
2658 05 May 08 olle 20 function changeState(id)
2658 05 May 08 olle 21 {
2658 05 May 08 olle 22   var block = document.getElementById(id);
2658 05 May 08 olle 23   if(block.style.display == 'none')  {
2658 05 May 08 olle 24     block.style.display = 'block';
2658 05 May 08 olle 25   }
2658 05 May 08 olle 26   else  {
2658 05 May 08 olle 27     block.style.display = 'none';
2658 05 May 08 olle 28   }
2658 05 May 08 olle 29 }
2658 05 May 08 olle 30   </SCRIPT>
2658 05 May 08 olle 31     </head>
2658 05 May 08 olle 32
2658 05 May 08 olle 33     <body bgcolor="#FFFFFF">
2658 05 May 08 olle 34   <TABLE bgcolor="#d0d0d0" CELLSPACING="2" CELLPADDING="2">
2658 05 May 08 olle 35   <TR>
2658 05 May 08 olle 36   <TD WIDTH="700" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT" class="top_note">X! tandem results</TD>
2658 05 May 08 olle 37   </TR>
2658 05 May 08 olle 38   <TR>
2658 05 May 08 olle 39   <TD WIDTH="700" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT" class="top_note"><B><xsl:value-of select="/bioml/@label" /></B></TD>
2658 05 May 08 olle 40   </TR>
2658 05 May 08 olle 41   </TABLE>
2658 05 May 08 olle 42   <BR></BR>
2658 05 May 08 olle 43   <table border="1" bgcolor="#d0ffd0" cellpadding="2" cellspacing="2">
2658 05 May 08 olle 44     <xsl:apply-templates select="/bioml/group" />
2658 05 May 08 olle 45   </table>
2658 05 May 08 olle 46      <xsl:if test="not(/bioml/group)">
2658 05 May 08 olle 47    <TABLE CELLSPACING="2" CELLPADDING="2">
2658 05 May 08 olle 48   <TR>
2658 05 May 08 olle 49   <TD WIDTH="700" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT">No models were provided.</TD>
2658 05 May 08 olle 50   </TR>
2658 05 May 08 olle 51   </TABLE>
2658 05 May 08 olle 52    
2658 05 May 08 olle 53      </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 54     </body>
2658 05 May 08 olle 55   </html>
2658 05 May 08 olle 56 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 57
2658 05 May 08 olle 58 <xsl:template match="group">
2658 05 May 08 olle 59   <xsl:if test="not(contains(@label,'parameters'))">
2658 05 May 08 olle 60     <tr><td>
2658 05 May 08 olle 61     <DIV onClick="changeState('{generate-id()}');" class="e" title="click to see/hide sequences and evidence">
2658 05 May 08 olle 62           <SPAN CLASS="top_label">
2658 05 May 08 olle 63       #<xsl:value-of select="@id" />, 
2658 05 May 08 olle 64       e = <xsl:value-of select="@expect" />,
2658 05 May 08 olle 65       M+H = <sup><xsl:value-of select="@z" /></sup><xsl:value-of select="@mh" />
2658 05 May 08 olle 66       <sup><xsl:value-of select="./protein/peptide/domain/@delta" /></sup>,
2658 05 May 08 olle 67       <SPAN class="aa_s"><xsl:value-of select="./protein/peptide/domain/@pre" /></SPAN>
2658 05 May 08 olle 68       <SUP><xsl:value-of select="./protein/peptide/domain/@start" /></SUP>
2658 05 May 08 olle 69       <SPAN class="aa_h"><xsl:value-of select="./protein/peptide/domain/@seq" /></SPAN>
2658 05 May 08 olle 70       <SUP><xsl:value-of select="./protein/peptide/domain/@end" /></SUP>
2658 05 May 08 olle 71       <SPAN class="aa_s"><xsl:value-of select="./protein/peptide/domain/@post" /></SPAN>,
2658 05 May 08 olle 72       <xsl:for-each select="./protein[1]/peptide[1]/domain[1]/aa">
2658 05 May 08 olle 73         
2658 05 May 08 olle 74         <SUP><xsl:value-of select="@at" /></SUP><xsl:value-of select="@type" />(<xsl:value-of select="@modified" />),
2658 05 May 08 olle 75         
2658 05 May 08 olle 76       </xsl:for-each>
2658 05 May 08 olle 77       </SPAN><BR></BR>
2658 05 May 08 olle 78       <SPAN CLASS="top_note"> 
2658 05 May 08 olle 79       <span class="b"> log(E) = <xsl:value-of select="./protein/@expect" /></span>,
2658 05 May 08 olle 80       <xsl:value-of select="@label" />
2658 05 May 08 olle 81       </SPAN>
2658 05 May 08 olle 82       </DIV>
2658 05 May 08 olle 83
2658 05 May 08 olle 84       <DIV id="{generate-id()}" STYLE="display:none" class="k">
2658 05 May 08 olle 85       <TABLE border="1" bgcolor="#ffd0ff" CELLPADDING="1" CELLSPACING="1">
2658 05 May 08 olle 86         <xsl:apply-templates select="protein" mode="sequence"/>
2658 05 May 08 olle 87       </TABLE>
2658 05 May 08 olle 88         <xsl:apply-templates select="group" mode="support"/>
2658 05 May 08 olle 89       </DIV>
2658 05 May 08 olle 90     </td></tr>
2658 05 May 08 olle 91   </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 92   
2658 05 May 08 olle 93   <xsl:if test="contains(@label,'parameters')">
2658 05 May 08 olle 94     <DIV onClick="changeState('{generate-id()}');" title="click to see/hide values" class="e">
2658 05 May 08 olle 95     <SPAN CLASS="top_label">+ <xsl:value-of select="@label" />
2658 05 May 08 olle 96     </SPAN>
2658 05 May 08 olle 97     </DIV>
2658 05 May 08 olle 98     <DIV id="{generate-id()}" class="k" STYLE="display:none">
2658 05 May 08 olle 99     <BR></BR>
2658 05 May 08 olle 100     <TABLE border="0" bgcolor="#ffd0d0" CELLPADDING="1" CELLSPACING="1">
2658 05 May 08 olle 101     <SPAN CLASS="top_note"><xsl:apply-templates select="note" />
2658 05 May 08 olle 102     </SPAN>
2658 05 May 08 olle 103     </TABLE>
2658 05 May 08 olle 104     <HR></HR>
2658 05 May 08 olle 105     </DIV>
2658 05 May 08 olle 106   </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 107 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 108
2658 05 May 08 olle 109 <xsl:template match="protein" mode="description">
2658 05 May 08 olle 110     <BR></BR><SPAN CLASS="top_note"><B><xsl:value-of select="@id" /></B> : </SPAN><PRE><xsl:apply-templates select="note" /></PRE>
2658 05 May 08 olle 111 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 112
2658 05 May 08 olle 113 <xsl:template match="protein" mode="sequence">
2658 05 May 08 olle 114     <tr><td>
2658 05 May 08 olle 115     <DIV onClick="changeState('{generate-id()}');" title="click to see/hide details">
2658 05 May 08 olle 116     <SPAN CLASS="top_label"><xsl:value-of select="@id" />: <xsl:value-of select="@label" />
2658 05 May 08 olle 117     <xsl:apply-templates select="file" /></SPAN>
2658 05 May 08 olle 118     </DIV>
2658 05 May 08 olle 119     <DIV id="{generate-id()}" class="k" STYLE="display:none">
2658 05 May 08 olle 120     <xsl:apply-templates select="peptide" />
2658 05 May 08 olle 121     </DIV>
2658 05 May 08 olle 122     </td></tr>
2658 05 May 08 olle 123 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 124
2658 05 May 08 olle 125 <xsl:template match="file">
2658 05 May 08 olle 126     <SPAN class="top_label">(<xsl:value-of select="@URL" />)</SPAN>
2658 05 May 08 olle 127 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 128
2658 05 May 08 olle 129 <xsl:template match="aa">
2658 05 May 08 olle 130     <SPAN class="top_note"><SUP><xsl:value-of select="@at" /></SUP><xsl:value-of select="@type" />(<xsl:value-of select="@modified" />),</SPAN>
2658 05 May 08 olle 131 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 132
2658 05 May 08 olle 133 <xsl:template match="GAML:attribute">
2658 05 May 08 olle 134     <SPAN class="small_label"><xsl:value-of select="@type" /> = <xsl:value-of select="text()" />, </SPAN>
2658 05 May 08 olle 135 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 136
2658 05 May 08 olle 137 <xsl:template match="GAML:trace">
2658 05 May 08 olle 138
2658 05 May 08 olle 139         <SPAN class="small_label">
2658 05 May 08 olle 140         <B>
2658 05 May 08 olle 141           <xsl:value-of select="@type" />
2658 05 May 08 olle 142         </B>
2658 05 May 08 olle 143         </SPAN>
2658 05 May 08 olle 144       <TABLE BORDER="0" bgcolor="#ffffd0" CELLPADDING="1" CELLSPACING="1">
2658 05 May 08 olle 145       <xsl:if test="GAML:attribute">
2658 05 May 08 olle 146         <TR>
2658 05 May 08 olle 147         <TD WIDTH="500" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT">
2658 05 May 08 olle 148         parameters: <xsl:apply-templates select="GAML:attribute" />
2658 05 May 08 olle 149         </TD>
2658 05 May 08 olle 150         </TR>
2658 05 May 08 olle 151       </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 152       <TR>
2658 05 May 08 olle 153       <TD WIDTH="500" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT">
2658 05 May 08 olle 154         x-values
2658 05 May 08 olle 155       </TD>
2658 05 May 08 olle 156       </TR>
2658 05 May 08 olle 157       <TR>
2658 05 May 08 olle 158       <TD WIDTH="500" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT">
2658 05 May 08 olle 159         <xsl:value-of select="./GAML:Xdata/GAML:values/text()" />
2658 05 May 08 olle 160       </TD>
2658 05 May 08 olle 161       </TR>
2658 05 May 08 olle 162       <TR>
2658 05 May 08 olle 163       <TD WIDTH="500" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT">
2658 05 May 08 olle 164         y-values
2658 05 May 08 olle 165       </TD>
2658 05 May 08 olle 166       </TR>
2658 05 May 08 olle 167       <TR>
2658 05 May 08 olle 168       <TD WIDTH="500" VALIGN="TOP" ALIGN="LEFT">
2658 05 May 08 olle 169         <xsl:value-of select="./GAML:Ydata/GAML:values/text()" />
2658 05 May 08 olle 170       </TD>
2658 05 May 08 olle 171       </TR>
2658 05 May 08 olle 172       </TABLE>
2658 05 May 08 olle 173 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 174
2658 05 May 08 olle 175 <xsl:template match="group" mode="support">
2658 05 May 08 olle 176 <xsl:if test="@type='support'">
2658 05 May 08 olle 177   <DIV onClick="changeState('{generate-id()}');" class="e" title="click to see/hide evidence">
2658 05 May 08 olle 178   <SPAN CLASS="top_label">
2658 05 May 08 olle 179       <xsl:value-of select="@label" />
2658 05 May 08 olle 180   </SPAN></DIV>
2658 05 May 08 olle 181   <DIV id="{generate-id()}" STYLE="display:none" class="k">
2658 05 May 08 olle 182     <xsl:apply-templates select="GAML:trace" />
2658 05 May 08 olle 183   </DIV>
2658 05 May 08 olle 184   </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 185 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 186
2658 05 May 08 olle 187
2658 05 May 08 olle 188
2658 05 May 08 olle 189 <xsl:template match="peptide">
2658 05 May 08 olle 190     <xsl:apply-templates select="domain" />
2658 05 May 08 olle 191   <DIV onClick="changeState('{generate-id()}');" class="e" title="click to see/hide sequence">
2658 05 May 08 olle 192         <SPAN class="top_label">
2658 05 May 08 olle 193           log(e) = <xsl:value-of select="./../@expect" />,
2658 05 May 08 olle 194           <xsl:value-of select="./../@label" />
2658 05 May 08 olle 195         </SPAN>
2658 05 May 08 olle 196   </DIV>
2658 05 May 08 olle 197   <DIV id="{generate-id()}" STYLE="display:none">
2658 05 May 08 olle 198     <TABLE BORDER="0" gbcolor="#d0d0ff">
2658 05 May 08 olle 199       <TR>
2658 05 May 08 olle 200         <TD WIDTH="500" ALIGN="LEFT" VALIGN="TOP" CLASS="residues"><xsl:value-of select="text()" />
2658 05 May 08 olle 201         </TD>
2658 05 May 08 olle 202       </TR>
2658 05 May 08 olle 203     </TABLE>
2658 05 May 08 olle 204   </DIV>
2658 05 May 08 olle 205 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 206
2658 05 May 08 olle 207 <xsl:template match="domain">
2658 05 May 08 olle 208     <SPAN CLASS="top_note">
2658 05 May 08 olle 209     <B><xsl:value-of select="@id" /></B>: 
2658 05 May 08 olle 210     e = <xsl:value-of select="@expect" />,
2658 05 May 08 olle 211     <SUP><xsl:value-of select="@start" /></SUP><SPAN class="aa_h"><xsl:value-of select="@seq" /></SPAN><SUP><xsl:value-of select="@end" /></SUP>,
2658 05 May 08 olle 212     <xsl:apply-templates select="aa"/><BR></BR>
2658 05 May 08 olle 213     M+H = <xsl:value-of select="@mh" /> Da,
2658 05 May 08 olle 214     <SPAN CLASS="greek">d</SPAN> = <xsl:value-of select="@delta" />,
2658 05 May 08 olle 215     !score = <xsl:value-of select="@hyperscore" />,
2658 05 May 08 olle 216     y/b: scores = <xsl:value-of select="@y_score" />/<xsl:value-of select="@b_score" />,
2658 05 May 08 olle 217     ions = <xsl:value-of select="@y_ions" />/<xsl:value-of select="@b_ions" />
2658 05 May 08 olle 218     </SPAN>
2658 05 May 08 olle 219     <BR></BR>
2658 05 May 08 olle 220 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 221
2658 05 May 08 olle 222 <xsl:template match="note">
2658 05 May 08 olle 223   <xsl:if test="not(contains(@label,'description'))">
2658 05 May 08 olle 224   <TR>
2658 05 May 08 olle 225     <TD WIDTH="350" ALIGN="RIGHT"><xsl:value-of select="@label" /> = </TD>
2658 05 May 08 olle 226     <TD WIDTH="350" ALIGN="LEFT"><xsl:value-of select="text()" /></TD>
2658 05 May 08 olle 227   </TR>
2658 05 May 08 olle 228   </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 229   <xsl:if test="contains(@label,'description')">
2658 05 May 08 olle 230     <SPAN CLASS="top_note">
2658 05 May 08 olle 231     <xsl:choose>
2658 05 May 08 olle 232       <xsl:when test="contains(self::note,'ENSMUSP')">
2658 05 May 08 olle 233         <a target="_BLANK">
2658 05 May 08 olle 234         <xsl:attribute name="href">http://www.ensembl.org/Mus_musculus/protview?peptide=<xsl:value-of select="text()"/></xsl:attribute>
2658 05 May 08 olle 235         <xsl:attribute name="title">View Ensembl Protein Report</xsl:attribute>
2658 05 May 08 olle 236         <span class="ensembl"><xsl:value-of select="text()" /></span>
2658 05 May 08 olle 237         </a>
2658 05 May 08 olle 238       </xsl:when>
2658 05 May 08 olle 239       <xsl:when test="contains(self::note,'ENSRNOP')">
2658 05 May 08 olle 240         <a target="_BLANK">
2658 05 May 08 olle 241         <xsl:attribute name="href">http://www.ensembl.org/Rattus_norvegicus/protview?peptide=<xsl:value-of select="text()"/></xsl:attribute>
2658 05 May 08 olle 242         <xsl:attribute name="title">View Ensembl Protein Report</xsl:attribute>
2658 05 May 08 olle 243         <span class="ensembl"><xsl:value-of select="text()" /></span>
2658 05 May 08 olle 244         </a>
2658 05 May 08 olle 245       </xsl:when>
2658 05 May 08 olle 246       <xsl:when test="contains(self::note,'ENSP')">
2658 05 May 08 olle 247         <a target="_BLANK">
2658 05 May 08 olle 248         <xsl:attribute name="href">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/protview?peptide=<xsl:value-of select="text()"/></xsl:attribute>
2658 05 May 08 olle 249         <xsl:attribute name="title">View Ensembl Protein Report</xsl:attribute>
2658 05 May 08 olle 250         <span class="ensembl"><xsl:value-of select="text()" /></span>
2658 05 May 08 olle 251         </a>
2658 05 May 08 olle 252       </xsl:when>
2658 05 May 08 olle 253       <xsl:otherwise>
2658 05 May 08 olle 254         <xsl:value-of select="text()" />
2658 05 May 08 olle 255       </xsl:otherwise>
2658 05 May 08 olle 256     </xsl:choose>
2658 05 May 08 olle 257     </SPAN>
2658 05 May 08 olle 258   </xsl:if>
2658 05 May 08 olle 259 </xsl:template>
2658 05 May 08 olle 260
2658 05 May 08 olle 261
2658 05 May 08 olle 262
2658 05 May 08 olle 263 </xsl:stylesheet>
2658 05 May 08 olle 264

Generated on Thu Jul 20 09:47:50 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)